data_1R30
#
_model_server_result.job_id            EOnWQMLlDRhQNpoohOuEFg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 15:11:03' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1r30 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    1R30 
#
_exptl.entry_id    1R30 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              398.437 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            S-ADENOSYLMETHIONINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1R30 
_cell.length_a            155.69 
_cell.length_b            155.69 
_cell.length_c            90.88 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1R30 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 76 A CYS 53 1_555 D FE4 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 80 A CYS 57 1_555 D FE1 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 83 A CYS 60 1_555 D FE3 SF4 . A SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 120 A CYS 97 1_555 E FE2 FES . A FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 151 A CYS 128 1_555 E FE2 FES . A FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 211 A CYS 188 1_555 E FE1 FES . A FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc7 A NH1 ARG 283 A ARG 260 1_555 E FE1 FES . A FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc8 A NH2 ARG 283 A ARG 260 1_555 E FE1 FES . A FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc9 D FE2 SF4 . A SF4 401 1_555 C N SAM . A SAM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? 
metalc ? metalc10 D FE2 SF4 . A SF4 401 1_555 C O SAM . A SAM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc11 B SG CYS 76 B CYS 53 1_555 I FE4 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc12 B SG CYS 80 B CYS 57 1_555 I FE1 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 83 B CYS 60 1_555 I FE3 SF4 . B SF4 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 120 B CYS 97 1_555 J FE2 FES . B FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 151 B CYS 128 1_555 J FE2 FES . B FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 211 B CYS 188 1_555 J FE1 FES . B FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc17 B NH1 ARG 283 B ARG 260 1_555 J FE1 FES . B FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc18 B NH2 ARG 283 B ARG 260 1_555 J FE1 FES . B FES 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.07 ? 
metalc ? metalc19 I FE2 SF4 . B SF4 401 1_555 H N SAM . B SAM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
metalc ? metalc20 I FE2 SF4 . B SF4 401 1_555 H O SAM . B SAM 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.194 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H22 N6 O5 S' 
_chem_comp.formula_weight    398.437 
_chem_comp.id                SAM 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              S-ADENOSYLMETHIONINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA SAM sing 312 n n 
N HN1 SAM sing 313 n n 
N HN2 SAM sing 314 n n 
CA C SAM sing 315 n n 
CA CB SAM sing 316 n n 
CA HA SAM sing 317 n n 
C O SAM doub 318 n n 
C OXT SAM sing 319 n n 
CB CG SAM sing 320 n n 
CB HB1 SAM sing 321 n n 
CB HB2 SAM sing 322 n n 
CG SD SAM sing 323 n n 
CG HG1 SAM sing 324 n n 
CG HG2 SAM sing 325 n n 
SD CE SAM sing 326 n n 
SD C5' SAM sing 327 n n 
CE HE1 SAM sing 328 n n 
CE HE2 SAM sing 329 n n 
CE HE3 SAM sing 330 n n 
C5' C4' SAM sing 331 n n 
C5' "H5'1" SAM sing 332 n n 
C5' "H5'2" SAM sing 333 n n 
C4' O4' SAM sing 334 n n 
C4' C3' SAM sing 335 n n 
C4' H4' SAM sing 336 n n 
O4' C1' SAM sing 337 n n 
C3' O3' SAM sing 338 n n 
C3' C2' SAM sing 339 n n 
C3' H3' SAM sing 340 n n 
O3' HO3' SAM sing 341 n n 
C2' O2' SAM sing 342 n n 
C2' C1' SAM sing 343 n n 
C2' H2' SAM sing 344 n n 
O2' HO2' SAM sing 345 n n 
C1' N9 SAM sing 346 n n 
C1' H1' SAM sing 347 n n 
N9 C8 SAM sing 348 n y 
N9 C4 SAM sing 349 n y 
C8 N7 SAM doub 350 n y 
C8 H8 SAM sing 351 n n 
N7 C5 SAM sing 352 n y 
C5 C6 SAM sing 353 n y 
C5 C4 SAM doub 354 n y 
C6 N6 SAM sing 355 n n 
C6 N1 SAM doub 356 n y 
N6 HN61 SAM sing 357 n n 
N6 HN62 SAM sing 358 n n 
N1 C2 SAM sing 359 n y 
C2 N3 SAM doub 360 n y 
C2 H2 SAM sing 361 n n 
N3 C4 SAM sing 362 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1R30 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006423 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.003708 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007417 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.011004 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 SAM A 1 501 501 SAM SAM . 
D 3 SF4 A 1 401 401 SF4 FS4 . 
E 4 FES A 1 402 402 FES FS2 . 
F 5 DTB A 1 502 502 DTB DTB . 
G 6 TRS A 1 503 503 TRS TRI . 
H 2 SAM B 1 501 501 SAM SAM . 
I 3 SF4 B 1 401 401 SF4 FS4 . 
J 4 FES B 1 402 402 FES FS2 . 
K 5 DTB B 1 502 502 DTB DTB . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SAM . . . H 2 121.647 79.804 30.743 1 146.32 ? N SAM 501 B 1 
HETATM 2 C CA SAM . . . H 2 120.992 79.854 32.06 1 146.32 ? CA SAM 501 B 1 
HETATM 3 C C SAM . . . H 2 121.888 79.19 33.101 1 146.32 ? C SAM 501 B 1 
HETATM 4 O O SAM . . . H 2 122.398 78.09 32.793 1 146.32 ? O SAM 501 B 1 
HETATM 5 O OXT SAM . . . H 2 122.029 79.79 34.19 1 146.32 ? OXT SAM 501 B 1 
HETATM 6 C CB SAM . . . H 2 119.68 79.088 32.005 1 146.32 ? CB SAM 501 B 1 
HETATM 7 C CG SAM . . . H 2 118.728 79.748 31.019 1 146.32 ? CG SAM 501 B 1 
HETATM 8 S SD SAM . . . H 2 117.212 78.754 31 1 146.32 ? SD SAM 501 B 1 
HETATM 9 C CE SAM . . . H 2 115.911 79.66 30.113 1 146.32 ? CE SAM 501 B 1 
HETATM 10 C C5' SAM . . . H 2 116.669 78.444 32.716 1 84.6 ? C5' SAM 501 B 1 
HETATM 11 C C4' SAM . . . H 2 115.975 77.084 32.912 1 84.6 ? C4' SAM 501 B 1 
HETATM 12 O O4' SAM . . . H 2 114.864 76.894 32.016 1 84.6 ? O4' SAM 501 B 1 
HETATM 13 C C3' SAM . . . H 2 116.844 75.9 32.577 1 84.6 ? C3' SAM 501 B 1 
HETATM 14 O O3' SAM . . . H 2 117.972 75.73 33.462 1 84.6 ? O3' SAM 501 B 1 
HETATM 15 C C2' SAM . . . H 2 115.832 74.786 32.698 1 84.6 ? C2' SAM 501 B 1 
HETATM 16 O O2' SAM . . . H 2 115.627 74.476 34.088 1 84.6 ? O2' SAM 501 B 1 
HETATM 17 C C1' SAM . . . H 2 114.554 75.45 32.1 1 84.6 ? C1' SAM 501 B 1 
HETATM 18 N N9 SAM . . . H 2 114.27 74.976 30.712 1 88.63 ? N9 SAM 501 B 1 
HETATM 19 C C8 SAM . . . H 2 114.829 75.446 29.586 1 88.63 ? C8 SAM 501 B 1 
HETATM 20 N N7 SAM . . . H 2 114.352 74.768 28.542 1 88.63 ? N7 SAM 501 B 1 
HETATM 21 C C5 SAM . . . H 2 113.493 73.875 29.002 1 88.63 ? C5 SAM 501 B 1 
HETATM 22 C C6 SAM . . . H 2 112.703 72.91 28.394 1 96.59 ? C6 SAM 501 B 1 
HETATM 23 N N6 SAM . . . H 2 112.751 72.747 27.077 1 88.63 ? N6 SAM 501 B 1 
HETATM 24 N N1 SAM . . . H 2 111.892 72.134 29.155 1 88.63 ? N1 SAM 501 B 1 
HETATM 25 C C2 SAM . . . H 2 111.852 72.283 30.486 1 88.63 ? C2 SAM 501 B 1 
HETATM 26 N N3 SAM . . . H 2 112.612 73.207 31.092 1 88.63 ? N3 SAM 501 B 1 
HETATM 27 C C4 SAM . . . H 2 113.436 74.004 30.374 1 88.63 ? C4 SAM 501 B 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              6 
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_model_server_stats.query_time_ms           250 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           27 
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