data_1R4A
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_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          1r4a 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1202}' 
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_entry.id    1R4A 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
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_entity.details                     ? 
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_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
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_entity.pdbx_description            'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
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_cell.angle_alpha         118.11 
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_cell.entry_id            1R4A 
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_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
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_symmetry.entry_id                 1R4A 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 J N N 
? 4 L N N 
? 4 N N N 
? 4 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 16 A THR 31 1_555 I MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc2 A O ILE 31 A ILE 46 1_555 I MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.946 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 33 A THR 48 1_555 I MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc4 I MG MG . A MG 901 1_555 J O2G GNP . A GNP 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc5 I MG MG . A MG 901 1_555 J O2B GNP . A GNP 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc6 I MG MG . A MG 901 1_555 J O2A GNP . A GNP 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 16 B THR 31 1_555 K MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc8 C OG1 THR 33 B THR 48 1_555 K MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc9 K MG MG . B MG 902 1_555 L O2B GNP . B GNP 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc10 K MG MG . B MG 902 1_555 L O2A GNP . B GNP 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.037 ? 
metalc ? metalc11 K MG MG . B MG 902 1_555 L O2G GNP . B GNP 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc12 K MG MG . B MG 902 1_555 S O HOH . B HOH 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? 
metalc ? metalc13 E OG1 THR 16 C THR 31 1_555 M MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc14 E O ILE 31 C ILE 46 1_555 M MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? 
metalc ? metalc15 E OG1 THR 33 C THR 48 1_555 M MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
metalc ? metalc16 M MG MG . C MG 903 1_555 N O2G GNP . C GNP 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc17 M MG MG . C MG 903 1_555 N O2B GNP . C GNP 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc18 M MG MG . C MG 903 1_555 U O HOH . C HOH 1260 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? 
metalc ? metalc19 G OG1 THR 16 D THR 31 1_555 O MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc20 G OG1 THR 33 D THR 48 1_555 O MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc21 O MG MG . D MG 904 1_555 P O2G GNP . D GNP 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc22 O MG MG . D MG 904 1_555 P O2B GNP . D GNP 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N6 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    522.196 
_chem_comp.id                GNP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GNP doub 129 n n 
PG O2G GNP sing 130 n n 
PG O3G GNP sing 131 n n 
PG N3B GNP sing 132 n n 
O2G HOG2 GNP sing 133 n n 
O3G HOG3 GNP sing 134 n n 
N3B PB GNP sing 135 n n 
N3B HNB3 GNP sing 136 n n 
PB O1B GNP doub 137 n n 
PB O2B GNP sing 138 n n 
PB O3A GNP sing 139 n n 
O2B HOB2 GNP sing 140 n n 
O3A PA GNP sing 141 n n 
PA O1A GNP doub 142 n n 
PA O2A GNP sing 143 n n 
PA O5' GNP sing 144 n n 
O2A HOA2 GNP sing 145 n n 
O5' C5' GNP sing 146 n n 
C5' C4' GNP sing 147 n n 
C5' "H5'2" GNP sing 148 n n 
C5' "H5'1" GNP sing 149 n n 
C4' O4' GNP sing 150 n n 
C4' C3' GNP sing 151 n n 
C4' H4' GNP sing 152 n n 
O4' C1' GNP sing 153 n n 
C3' O3' GNP sing 154 n n 
C3' C2' GNP sing 155 n n 
C3' H3' GNP sing 156 n n 
O3' HO3' GNP sing 157 n n 
C2' O2' GNP sing 158 n n 
C2' C1' GNP sing 159 n n 
C2' H2' GNP sing 160 n n 
O2' HO2' GNP sing 161 n n 
C1' N9 GNP sing 162 n n 
C1' H1' GNP sing 163 n n 
N9 C8 GNP sing 164 n y 
N9 C4 GNP sing 165 n y 
C8 N7 GNP doub 166 n y 
C8 H8 GNP sing 167 n n 
N7 C5 GNP sing 168 n y 
C5 C6 GNP sing 169 n y 
C5 C4 GNP doub 170 n y 
C6 O6 GNP doub 171 n n 
C6 N1 GNP sing 172 n y 
N1 C2 GNP sing 173 n y 
N1 HN1 GNP sing 174 n n 
C2 N2 GNP sing 175 n n 
C2 N3 GNP doub 176 n y 
N2 HN21 GNP sing 177 n n 
N2 HN22 GNP sing 178 n n 
N3 C4 GNP sing 179 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     1R4A 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023763 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002275 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.005957 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011557 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.006609 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013548 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 MG A 1 901 901 MG MG . 
J 4 GNP A 1 1201 201 GNP GNP . 
K 3 MG B 1 902 902 MG MG . 
L 4 GNP B 1 1202 202 GNP GNP . 
M 3 MG C 1 903 903 MG MG . 
N 4 GNP C 1 1203 203 GNP GNP . 
O 3 MG D 1 904 904 MG MG . 
P 4 GNP D 1 1204 204 GNP GNP . 
Q 5 HOH A 1 1202 13 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 2 1203 16 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 3 1204 33 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 4 1205 39 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 5 1206 45 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 6 1207 47 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 7 1208 49 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 8 1209 60 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 9 1210 61 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 10 1211 66 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 11 1212 68 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 12 1213 88 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 13 1214 112 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 14 1215 114 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 15 1216 117 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 16 1217 118 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 17 1218 131 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 18 1219 139 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 19 1220 150 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 20 1221 151 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 21 1222 161 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 22 1223 184 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 23 1224 197 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 24 1225 199 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 25 1226 204 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 26 1227 208 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 27 1228 215 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 28 1229 222 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 29 1230 226 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 30 1231 231 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 31 1232 235 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 32 1233 236 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 33 1234 238 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 34 1235 244 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 35 1236 249 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 36 1237 257 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 37 1238 260 HOH WAT . 
Q 5 HOH A 38 1239 268 HOH WAT . 
R 5 HOH E 1 3 3 HOH WAT . 
R 5 HOH E 2 22 22 HOH WAT . 
R 5 HOH E 3 51 51 HOH WAT . 
R 5 HOH E 4 80 80 HOH WAT . 
R 5 HOH E 5 106 106 HOH WAT . 
R 5 HOH E 6 119 119 HOH WAT . 
R 5 HOH E 7 128 128 HOH WAT . 
R 5 HOH E 8 132 132 HOH WAT . 
R 5 HOH E 9 138 138 HOH WAT . 
R 5 HOH E 10 176 176 HOH WAT . 
R 5 HOH E 11 178 178 HOH WAT . 
R 5 HOH E 12 181 181 HOH WAT . 
R 5 HOH E 13 223 223 HOH WAT . 
R 5 HOH E 14 242 242 HOH WAT . 
S 5 HOH B 1 1203 2 HOH WAT . 
S 5 HOH B 2 1204 9 HOH WAT . 
S 5 HOH B 3 1205 18 HOH WAT . 
S 5 HOH B 4 1206 30 HOH WAT . 
S 5 HOH B 5 1207 73 HOH WAT . 
S 5 HOH B 6 1208 74 HOH WAT . 
S 5 HOH B 7 1209 76 HOH WAT . 
S 5 HOH B 8 1210 84 HOH WAT . 
S 5 HOH B 9 1211 87 HOH WAT . 
S 5 HOH B 10 1212 90 HOH WAT . 
S 5 HOH B 11 1213 93 HOH WAT . 
S 5 HOH B 12 1214 100 HOH WAT . 
S 5 HOH B 13 1215 104 HOH WAT . 
S 5 HOH B 14 1216 116 HOH WAT . 
S 5 HOH B 15 1217 122 HOH WAT . 
S 5 HOH B 16 1218 123 HOH WAT . 
S 5 HOH B 17 1219 124 HOH WAT . 
S 5 HOH B 18 1220 130 HOH WAT . 
S 5 HOH B 19 1221 141 HOH WAT . 
S 5 HOH B 20 1222 145 HOH WAT . 
S 5 HOH B 21 1223 148 HOH WAT . 
S 5 HOH B 22 1224 149 HOH WAT . 
S 5 HOH B 23 1225 155 HOH WAT . 
S 5 HOH B 24 1226 158 HOH WAT . 
S 5 HOH B 25 1227 159 HOH WAT . 
S 5 HOH B 26 1228 160 HOH WAT . 
S 5 HOH B 27 1229 163 HOH WAT . 
S 5 HOH B 28 1230 167 HOH WAT . 
S 5 HOH B 29 1231 169 HOH WAT . 
S 5 HOH B 30 1232 171 HOH WAT . 
S 5 HOH B 31 1233 177 HOH WAT . 
S 5 HOH B 32 1234 179 HOH WAT . 
S 5 HOH B 33 1235 187 HOH WAT . 
S 5 HOH B 34 1236 192 HOH WAT . 
S 5 HOH B 35 1237 206 HOH WAT . 
S 5 HOH B 36 1238 213 HOH WAT . 
S 5 HOH B 37 1239 225 HOH WAT . 
S 5 HOH B 38 1240 228 HOH WAT . 
S 5 HOH B 39 1241 239 HOH WAT . 
S 5 HOH B 40 1242 240 HOH WAT . 
S 5 HOH B 41 1243 241 HOH WAT . 
S 5 HOH B 42 1244 247 HOH WAT . 
S 5 HOH B 43 1245 251 HOH WAT . 
S 5 HOH B 44 1246 261 HOH WAT . 
S 5 HOH B 45 1247 264 HOH WAT . 
S 5 HOH B 46 1248 266 HOH WAT . 
T 5 HOH F 1 26 26 HOH WAT . 
T 5 HOH F 2 71 71 HOH WAT . 
T 5 HOH F 3 85 85 HOH WAT . 
T 5 HOH F 4 127 127 HOH WAT . 
T 5 HOH F 5 152 152 HOH WAT . 
T 5 HOH F 6 172 172 HOH WAT . 
T 5 HOH F 7 186 186 HOH WAT . 
T 5 HOH F 8 201 201 HOH WAT . 
T 5 HOH F 9 233 233 HOH WAT . 
T 5 HOH F 10 243 243 HOH WAT . 
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T 5 HOH F 12 258 258 HOH WAT . 
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