data_1R7I # _model_server_result.job_id '_c7AOD861YK4tZXUbW7xsw' _model_server_result.datetime_utc '2024-12-04 10:12:02' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1r7i # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":1003}' # _entry.id 1R7I # _exptl.entry_id 1R7I _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1R7I _cell.length_a 226.186 _cell.length_b 226.186 _cell.length_c 226.186 _cell.Z_PDB 96 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1R7I _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 214 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'I 41 3 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 software_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I 1 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I 2 1,2,3 A,B,C,D,E,F,G,H,I 3 1,4 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 5_555 z,x,y 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 9_555 y,z,x 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 4 'crystal symmetry operation' 13_456 y-1/4,x+1/4,-z+5/4 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 -56.5465 56.5465 282.7325 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 1R7I _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004421 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004421 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004421 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 SO4 A 1 1000 1000 SO4 SO4 . D 2 SO4 A 1 1002 1002 SO4 SO4 . E 3 GOL A 1 1003 1003 GOL GOL . F 3 GOL A 1 1004 1004 GOL GOL . G 2 SO4 B 1 1001 1001 SO4 SO4 . H 4 HOH A 1 3001 3001 HOH WAT . H 4 HOH A 2 3009 3009 HOH WAT . H 4 HOH A 3 3017 3017 HOH WAT . H 4 HOH A 4 3019 3019 HOH WAT . H 4 HOH A 5 3023 3023 HOH WAT . H 4 HOH A 6 3028 3028 HOH WAT . H 4 HOH A 7 3029 3029 HOH WAT . H 4 HOH A 8 3033 3033 HOH WAT . H 4 HOH A 9 3036 3036 HOH WAT . H 4 HOH A 10 3038 3038 HOH WAT . H 4 HOH A 11 3046 3046 HOH WAT . H 4 HOH A 12 3047 3047 HOH WAT . H 4 HOH A 13 3048 3048 HOH WAT . H 4 HOH A 14 3049 3049 HOH WAT . H 4 HOH A 15 3055 3055 HOH WAT . H 4 HOH A 16 3057 3057 HOH WAT . H 4 HOH A 17 3058 3058 HOH WAT . H 4 HOH A 18 3061 3061 HOH WAT . H 4 HOH A 19 3062 3062 HOH WAT . H 4 HOH A 20 3064 3064 HOH WAT . H 4 HOH A 21 3065 3065 HOH WAT . H 4 HOH A 22 3066 3066 HOH WAT . H 4 HOH A 23 3068 3068 HOH WAT . H 4 HOH A 24 3072 3072 HOH WAT . H 4 HOH A 25 3073 3073 HOH WAT . H 4 HOH A 26 3074 3074 HOH WAT . H 4 HOH A 27 3076 3076 HOH WAT . H 4 HOH A 28 3077 3077 HOH WAT . H 4 HOH A 29 3078 3078 HOH WAT . H 4 HOH A 30 3080 3080 HOH WAT . H 4 HOH A 31 3081 3081 HOH WAT . H 4 HOH A 32 3084 3084 HOH WAT . H 4 HOH A 33 3086 3086 HOH WAT . H 4 HOH A 34 3091 3091 HOH WAT . H 4 HOH A 35 3096 3096 HOH WAT . H 4 HOH A 36 3097 3097 HOH WAT . H 4 HOH A 37 3098 3098 HOH WAT . H 4 HOH A 38 3100 3100 HOH WAT . H 4 HOH A 39 3101 3101 HOH WAT . H 4 HOH A 40 3104 3104 HOH WAT . H 4 HOH A 41 3105 3105 HOH WAT . H 4 HOH A 42 3106 3106 HOH WAT . H 4 HOH A 43 3110 3110 HOH WAT . H 4 HOH A 44 3120 3120 HOH WAT . H 4 HOH A 45 3126 3126 HOH WAT . H 4 HOH A 46 3130 3130 HOH WAT . H 4 HOH A 47 3133 3133 HOH WAT . H 4 HOH A 48 3141 3141 HOH WAT . H 4 HOH A 49 3143 3143 HOH WAT . H 4 HOH A 50 3157 3157 HOH WAT . H 4 HOH A 51 3159 3159 HOH WAT . H 4 HOH A 52 3168 3168 HOH WAT . H 4 HOH A 53 3169 3169 HOH WAT . H 4 HOH A 54 3175 3175 HOH WAT . H 4 HOH A 55 3177 3177 HOH WAT . H 4 HOH A 56 3181 3181 HOH WAT . H 4 HOH A 57 3206 3206 HOH WAT . H 4 HOH A 58 3224 3224 HOH WAT . H 4 HOH A 59 3227 3227 HOH WAT . H 4 HOH A 60 3228 3228 HOH WAT . H 4 HOH A 61 3241 3241 HOH WAT . H 4 HOH A 62 3244 3244 HOH WAT . H 4 HOH A 63 3245 3245 HOH WAT . H 4 HOH A 64 3249 3249 HOH WAT . H 4 HOH A 65 3252 3252 HOH WAT . H 4 HOH A 66 3259 3259 HOH WAT . H 4 HOH A 67 3262 3262 HOH WAT . H 4 HOH A 68 3266 3266 HOH WAT . H 4 HOH A 69 3267 3267 HOH WAT . H 4 HOH A 70 3285 3285 HOH WAT . H 4 HOH A 71 3298 3298 HOH WAT . H 4 HOH A 72 3301 3301 HOH WAT . H 4 HOH A 73 3314 3314 HOH WAT . H 4 HOH A 74 3315 3315 HOH WAT . H 4 HOH A 75 3316 3316 HOH WAT . H 4 HOH A 76 3317 3317 HOH WAT . H 4 HOH A 77 3320 3320 HOH WAT . H 4 HOH A 78 3321 3321 HOH WAT . H 4 HOH A 79 3330 3330 HOH WAT . H 4 HOH A 80 3336 3336 HOH WAT . H 4 HOH A 81 3337 3337 HOH WAT . H 4 HOH A 82 3338 3338 HOH WAT . H 4 HOH A 83 3340 3340 HOH WAT . H 4 HOH A 84 3343 3343 HOH WAT . H 4 HOH A 85 3355 3355 HOH WAT . H 4 HOH A 86 3356 3356 HOH WAT . H 4 HOH A 87 3363 3363 HOH WAT . H 4 HOH A 88 3373 3373 HOH WAT . H 4 HOH A 89 3375 3375 HOH WAT . H 4 HOH A 90 3379 3379 HOH WAT . H 4 HOH A 91 3380 3380 HOH WAT . H 4 HOH A 92 3381 3381 HOH WAT . H 4 HOH A 93 3389 3389 HOH WAT . H 4 HOH A 94 3420 3420 HOH WAT . H 4 HOH A 95 3431 3431 HOH WAT . H 4 HOH A 96 3460 3460 HOH WAT . H 4 HOH A 97 3500 3500 HOH WAT . H 4 HOH A 98 3503 3503 HOH WAT . H 4 HOH A 99 3511 3511 HOH WAT . H 4 HOH A 100 3512 3512 HOH WAT . H 4 HOH A 101 3513 3513 HOH WAT . H 4 HOH A 102 3536 3536 HOH WAT . H 4 HOH A 103 3539 3539 HOH WAT . H 4 HOH A 104 3545 3545 HOH WAT . H 4 HOH A 105 3548 3548 HOH WAT . H 4 HOH A 106 3549 3549 HOH WAT . H 4 HOH A 107 3550 3550 HOH WAT . H 4 HOH A 108 3552 3552 HOH WAT . H 4 HOH A 109 3553 3553 HOH WAT . H 4 HOH A 110 3555 3555 HOH WAT . H 4 HOH A 111 3556 3556 HOH WAT . H 4 HOH A 112 3557 3557 HOH WAT . H 4 HOH A 113 3558 3558 HOH WAT . H 4 HOH A 114 3560 3560 HOH WAT . H 4 HOH A 115 3561 3561 HOH WAT . H 4 HOH A 116 3562 3562 HOH WAT . H 4 HOH A 117 3563 3563 HOH WAT . H 4 HOH A 118 3564 3564 HOH WAT . H 4 HOH A 119 3565 3565 HOH WAT . H 4 HOH A 120 3566 3566 HOH WAT . H 4 HOH A 121 3567 3567 HOH WAT . H 4 HOH A 122 3568 3568 HOH WAT . H 4 HOH A 123 3585 3585 HOH WAT . H 4 HOH A 124 3587 3587 HOH WAT . H 4 HOH A 125 3589 3589 HOH WAT . H 4 HOH A 126 3590 3590 HOH WAT . H 4 HOH A 127 3592 3592 HOH WAT . H 4 HOH A 128 3598 3598 HOH WAT . H 4 HOH A 129 3602 3602 HOH WAT . H 4 HOH A 130 3603 3603 HOH WAT . H 4 HOH A 131 3604 3604 HOH WAT . H 4 HOH A 132 3610 3610 HOH WAT . H 4 HOH A 133 3613 3613 HOH WAT . I 4 HOH B 1 3002 3002 HOH WAT . I 4 HOH B 2 3003 3003 HOH WAT . I 4 HOH B 3 3004 3004 HOH WAT . I 4 HOH B 4 3005 3005 HOH WAT . I 4 HOH B 5 3006 3006 HOH WAT . I 4 HOH B 6 3007 3007 HOH WAT . I 4 HOH B 7 3010 3010 HOH WAT . I 4 HOH B 8 3011 3011 HOH WAT . I 4 HOH B 9 3012 3012 HOH WAT . I 4 HOH B 10 3013 3013 HOH WAT . I 4 HOH B 11 3014 3014 HOH WAT . I 4 HOH B 12 3015 3015 HOH WAT . I 4 HOH B 13 3020 3020 HOH WAT . I 4 HOH B 14 3025 3025 HOH WAT . I 4 HOH B 15 3030 3030 HOH WAT . I 4 HOH B 16 3044 3044 HOH WAT . I 4 HOH B 17 3045 3045 HOH WAT . I 4 HOH B 18 3050 3050 HOH WAT . I 4 HOH B 19 3051 3051 HOH WAT . I 4 HOH B 20 3052 3052 HOH WAT . I 4 HOH B 21 3053 3053 HOH WAT . I 4 HOH B 22 3059 3059 HOH WAT . I 4 HOH B 23 3060 3060 HOH WAT . I 4 HOH B 24 3067 3067 HOH WAT . I 4 HOH B 25 3069 3069 HOH WAT . I 4 HOH B 26 3070 3070 HOH WAT . I 4 HOH B 27 3071 3071 HOH WAT . I 4 HOH B 28 3083 3083 HOH WAT . I 4 HOH B 29 3087 3087 HOH WAT . I 4 HOH B 30 3092 3092 HOH WAT . I 4 HOH B 31 3094 3094 HOH WAT . I 4 HOH B 32 3102 3102 HOH WAT . I 4 HOH B 33 3112 3112 HOH WAT . I 4 HOH B 34 3122 3122 HOH WAT . I 4 HOH B 35 3123 3123 HOH WAT . I 4 HOH B 36 3125 3125 HOH WAT . I 4 HOH B 37 3127 3127 HOH WAT . I 4 HOH B 38 3132 3132 HOH WAT . I 4 HOH B 39 3134 3134 HOH WAT . I 4 HOH B 40 3138 3138 HOH WAT . I 4 HOH B 41 3144 3144 HOH WAT . I 4 HOH B 42 3151 3151 HOH WAT . I 4 HOH B 43 3173 3173 HOH WAT . I 4 HOH B 44 3179 3179 HOH WAT . I 4 HOH B 45 3180 3180 HOH WAT . I 4 HOH B 46 3183 3183 HOH WAT . I 4 HOH B 47 3185 3185 HOH WAT . I 4 HOH B 48 3188 3188 HOH WAT . I 4 HOH B 49 3196 3196 HOH WAT . I 4 HOH B 50 3197 3197 HOH WAT . I 4 HOH B 51 3207 3207 HOH WAT . I 4 HOH B 52 3215 3215 HOH WAT . I 4 HOH B 53 3220 3220 HOH WAT . I 4 HOH B 54 3221 3221 HOH WAT . I 4 HOH B 55 3223 3223 HOH WAT . I 4 HOH B 56 3229 3229 HOH WAT . I 4 HOH B 57 3230 3230 HOH WAT . I 4 HOH B 58 3247 3247 HOH WAT . I 4 HOH B 59 3260 3260 HOH WAT . I 4 HOH B 60 3274 3274 HOH WAT . I 4 HOH B 61 3278 3278 HOH WAT . I 4 HOH B 62 3281 3281 HOH WAT . I 4 HOH B 63 3282 3282 HOH WAT . I 4 HOH B 64 3288 3288 HOH WAT . I 4 HOH B 65 3297 3297 HOH WAT . I 4 HOH B 66 3310 3310 HOH WAT . I 4 HOH B 67 3324 3324 HOH WAT . I 4 HOH B 68 3325 3325 HOH WAT . I 4 HOH B 69 3335 3335 HOH WAT . I 4 HOH B 70 3382 3382 HOH WAT . I 4 HOH B 71 3383 3383 HOH WAT . I 4 HOH B 72 3391 3391 HOH WAT . I 4 HOH B 73 3392 3392 HOH WAT . I 4 HOH B 74 3393 3393 HOH WAT . I 4 HOH B 75 3394 3394 HOH WAT . I 4 HOH B 76 3395 3395 HOH WAT . I 4 HOH B 77 3419 3419 HOH WAT . I 4 HOH B 78 3421 3421 HOH WAT . I 4 HOH B 79 3422 3422 HOH WAT . I 4 HOH B 80 3423 3423 HOH WAT . I 4 HOH B 81 3429 3429 HOH WAT . I 4 HOH B 82 3436 3436 HOH WAT . I 4 HOH B 83 3442 3442 HOH WAT . I 4 HOH B 84 3443 3443 HOH WAT . I 4 HOH B 85 3444 3444 HOH WAT . I 4 HOH B 86 3479 3479 HOH WAT . I 4 HOH B 87 3487 3487 HOH WAT . I 4 HOH B 88 3504 3504 HOH WAT . I 4 HOH B 89 3514 3514 HOH WAT . I 4 HOH B 90 3516 3516 HOH WAT . I 4 HOH B 91 3517 3517 HOH WAT . I 4 HOH B 92 3518 3518 HOH WAT . I 4 HOH B 93 3519 3519 HOH WAT . I 4 HOH B 94 3520 3520 HOH WAT . I 4 HOH B 95 3522 3522 HOH WAT . I 4 HOH B 96 3523 3523 HOH WAT . I 4 HOH B 97 3524 3524 HOH WAT . I 4 HOH B 98 3525 3525 HOH WAT . I 4 HOH B 99 3526 3526 HOH WAT . I 4 HOH B 100 3528 3528 HOH WAT . I 4 HOH B 101 3534 3534 HOH WAT . I 4 HOH B 102 3535 3535 HOH WAT . I 4 HOH B 103 3537 3537 HOH WAT . I 4 HOH B 104 3538 3538 HOH WAT . I 4 HOH B 105 3540 3540 HOH WAT . I 4 HOH B 106 3541 3541 HOH WAT . I 4 HOH B 107 3543 3543 HOH WAT . I 4 HOH B 108 3544 3544 HOH WAT . I 4 HOH B 109 3547 3547 HOH WAT . I 4 HOH B 110 3554 3554 HOH WAT . I 4 HOH B 111 3570 3570 HOH WAT . I 4 HOH B 112 3571 3571 HOH WAT . I 4 HOH B 113 3572 3572 HOH WAT . I 4 HOH B 114 3574 3574 HOH WAT . I 4 HOH B 115 3575 3575 HOH WAT . I 4 HOH B 116 3576 3576 HOH WAT . I 4 HOH B 117 3579 3579 HOH WAT . I 4 HOH B 118 3582 3582 HOH WAT . I 4 HOH B 119 3583 3583 HOH WAT . I 4 HOH B 120 3584 3584 HOH WAT . I 4 HOH B 121 3586 3586 HOH WAT . I 4 HOH B 122 3588 3588 HOH WAT . I 4 HOH B 123 3597 3597 HOH WAT . I 4 HOH B 124 3601 3601 HOH WAT . I 4 HOH B 125 3605 3605 HOH WAT . I 4 HOH B 126 3606 3606 HOH WAT . I 4 HOH B 127 3608 3608 HOH WAT . I 4 HOH B 128 3609 3609 HOH WAT . I 4 HOH B 129 3611 3611 HOH WAT . I 4 HOH B 130 3612 3612 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . E 3 85.916 123.245 107.432 1 66.85 ? C1 GOL 1003 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . E 3 85.027 122.34 108.078 1 67.22 ? O1 GOL 1003 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . E 3 85.523 123.556 106.012 1 68.28 ? C2 GOL 1003 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . E 3 85.855 122.466 105.146 1 68.64 ? O2 GOL 1003 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . E 3 84.301 123.765 105.901 1 67.32 ? C3 GOL 1003 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . E 3 84.062 125.397 106.063 1 70.62 ? O3 GOL 1003 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 28 _model_server_stats.query_time_ms 296 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 6 #