data_1R8E
#
_model_server_result.job_id            G3KKtDdRMnflnZj3okp5tg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-15 02:17:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1r8e 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":203}' 
#
_entry.id    1R8E 
#
_exptl.entry_id    1R8E 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            1R8E 
_cell.length_a            107.28 
_cell.length_b            107.28 
_cell.length_c            145.7 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1R8E 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        95 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 2 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 6_555 x,-y,-z+1/2 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 72.85 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 C N N 
? 3 D N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 DG 1 B DG -12 1_555 A N3 DC 23 B DC 12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 DG 1 B DG -12 1_555 A O2 DC 23 B DC 12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 DG 1 B DG -12 1_555 A N4 DC 23 B DC 12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog4 A N1 DA 2 B DA -11 1_555 A N3 DT 22 B DT 11 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N3 DC 3 B DC -10 1_555 A N1 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N4 DC 3 B DC -10 1_555 A O6 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O2 DC 3 B DC -10 1_555 A N2 DG 21 B DG 10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 DC 4 B DC -9 1_555 A N1 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N4 DC 4 B DC -9 1_555 A O6 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O2 DC 4 B DC -9 1_555 A N2 DG 20 B DG 9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N3 DC 5 B DC -8 1_555 A N1 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N4 DC 5 B DC -8 1_555 A O6 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O2 DC 5 B DC -8 1_555 A N2 DG 19 B DG 8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N3 DT 6 B DT -7 1_555 A N1 DA 18 B DA 7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O4 DT 6 B DT -7 1_555 A N6 DA 18 B DA 7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DC 7 B DC -6 1_555 A N1 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 DC 7 B DC -6 1_555 A O6 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 DC 7 B DC -6 1_555 A N2 DG 17 B DG 6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 8 B DC -5 1_555 A N1 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 8 B DC -5 1_555 A O6 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 8 B DC -5 1_555 A N2 DG 16 B DG 5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 DC 9 B DC -4 1_555 A N1 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 DC 9 B DC -4 1_555 A O6 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 DC 9 B DC -4 1_555 A N2 DG 15 B DG 4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 DC 10 B DC -3 1_555 A N1 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 DC 10 B DC -3 1_555 A O6 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 DC 10 B DC -3 1_555 A N2 DG 14 B DG 3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N3 DT 11 B DT -2 1_555 A N1 DA 13 B DA 2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O4 DT 11 B DT -2 1_555 A N6 DA 13 B DA 2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 DA 13 B DA 2 1_555 A N3 DT 11 B DT -2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N6 DA 13 B DA 2 1_555 A O4 DT 11 B DT -2 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N1 DG 14 B DG 3 1_555 A N3 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N2 DG 14 B DG 3 1_555 A O2 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A O6 DG 14 B DG 3 1_555 A N4 DC 10 B DC -3 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N1 DG 15 B DG 4 1_555 A N3 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N2 DG 15 B DG 4 1_555 A O2 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A O6 DG 15 B DG 4 1_555 A N4 DC 9 B DC -4 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N1 DG 16 B DG 5 1_555 A N3 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N2 DG 16 B DG 5 1_555 A O2 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O6 DG 16 B DG 5 1_555 A N4 DC 8 B DC -5 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N1 DG 17 B DG 6 1_555 A N3 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N2 DG 17 B DG 6 1_555 A O2 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O6 DG 17 B DG 6 1_555 A N4 DC 7 B DC -6 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N1 DA 18 B DA 7 1_555 A N3 DT 6 B DT -7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N6 DA 18 B DA 7 1_555 A O4 DT 6 B DT -7 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N1 DG 19 B DG 8 1_555 A N3 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N2 DG 19 B DG 8 1_555 A O2 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O6 DG 19 B DG 8 1_555 A N4 DC 5 B DC -8 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N1 DG 20 B DG 9 1_555 A N3 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N2 DG 20 B DG 9 1_555 A O2 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O6 DG 20 B DG 9 1_555 A N4 DC 4 B DC -9 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 DG 21 B DG 10 1_555 A N3 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 DG 21 B DG 10 1_555 A O2 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 DG 21 B DG 10 1_555 A N4 DC 3 B DC -10 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog55 A N3 DT 22 B DT 11 1_555 A N1 DA 2 B DA -11 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A N3 DC 23 B DC 12 1_555 A N1 DG 1 B DG -12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A N4 DC 23 B DC 12 1_555 A O6 DG 1 B DG -12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog58 A O2 DC 23 B DC 12 1_555 A N2 DG 1 B DG -12 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 278 n n 
C1 C2 GOL sing 279 n n 
C1 H11 GOL sing 280 n n 
C1 H12 GOL sing 281 n n 
O1 HO1 GOL sing 282 n n 
C2 O2 GOL sing 283 n n 
C2 C3 GOL sing 284 n n 
C2 H2 GOL sing 285 n n 
O2 HO2 GOL sing 286 n n 
C3 O3 GOL sing 287 n n 
C3 H31 GOL sing 288 n n 
C3 H32 GOL sing 289 n n 
O3 HO3 GOL sing 290 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1R8E 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009321 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009321 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006863 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 GOL B 1 203 203 GOL GOL . 
D 3 GOL B 1 205 205 GOL GOL . 
E 4 P4P A 1 400 2 P4P 119 . 
F 5 IMD A 1 302 302 IMD IMD . 
G 5 IMD A 1 303 303 IMD IMD . 
H 5 IMD A 1 304 304 IMD IMD . 
I 5 IMD A 1 305 305 IMD IMD . 
J 5 IMD A 1 306 306 IMD IMD . 
K 5 IMD A 1 307 307 IMD IMD . 
L 5 IMD A 1 308 308 IMD IMD . 
M 5 IMD A 1 309 309 IMD IMD . 
N 5 IMD A 1 310 310 IMD IMD . 
O 5 IMD A 1 311 311 IMD IMD . 
P 5 IMD A 1 312 312 IMD IMD . 
Q 3 GOL A 1 401 201 GOL GOL . 
R 3 GOL A 1 402 202 GOL GOL . 
S 3 GOL A 1 403 204 GOL GOL . 
T 6 HOH B 1 206 6 HOH HOH . 
T 6 HOH B 2 207 9 HOH HOH . 
T 6 HOH B 3 208 24 HOH HOH . 
T 6 HOH B 4 209 33 HOH HOH . 
T 6 HOH B 5 210 47 HOH HOH . 
T 6 HOH B 6 211 62 HOH HOH . 
T 6 HOH B 7 212 73 HOH HOH . 
T 6 HOH B 8 213 93 HOH HOH . 
T 6 HOH B 9 214 112 HOH HOH . 
T 6 HOH B 10 215 113 HOH HOH . 
T 6 HOH B 11 216 114 HOH HOH . 
T 6 HOH B 12 217 117 HOH HOH . 
T 6 HOH B 13 218 119 HOH HOH . 
U 6 HOH A 1 404 1 HOH HOH . 
U 6 HOH A 2 405 2 HOH HOH . 
U 6 HOH A 3 406 3 HOH HOH . 
U 6 HOH A 4 407 4 HOH HOH . 
U 6 HOH A 5 408 5 HOH HOH . 
U 6 HOH A 6 409 7 HOH HOH . 
U 6 HOH A 7 410 8 HOH HOH . 
U 6 HOH A 8 411 10 HOH HOH . 
U 6 HOH A 9 412 11 HOH HOH . 
U 6 HOH A 10 413 12 HOH HOH . 
U 6 HOH A 11 414 13 HOH HOH . 
U 6 HOH A 12 415 14 HOH HOH . 
U 6 HOH A 13 416 15 HOH HOH . 
U 6 HOH A 14 417 16 HOH HOH . 
U 6 HOH A 15 418 17 HOH HOH . 
U 6 HOH A 16 419 18 HOH HOH . 
U 6 HOH A 17 420 19 HOH HOH . 
U 6 HOH A 18 421 20 HOH HOH . 
U 6 HOH A 19 422 21 HOH HOH . 
U 6 HOH A 20 423 22 HOH HOH . 
U 6 HOH A 21 424 23 HOH HOH . 
U 6 HOH A 22 425 25 HOH HOH . 
U 6 HOH A 23 426 26 HOH HOH . 
U 6 HOH A 24 427 27 HOH HOH . 
U 6 HOH A 25 428 28 HOH HOH . 
U 6 HOH A 26 429 29 HOH HOH . 
U 6 HOH A 27 430 30 HOH HOH . 
U 6 HOH A 28 431 31 HOH HOH . 
U 6 HOH A 29 432 32 HOH HOH . 
U 6 HOH A 30 433 34 HOH HOH . 
U 6 HOH A 31 434 35 HOH HOH . 
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