data_1R9S # _model_server_result.job_id NHvJh0W_7v4u-JolBwHgYQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 00:54:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1r9s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":101}' # _entry.id 1R9S # _exptl.entry_id 1R9S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 15 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 101.67 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1R9S _cell.length_a 169.647 _cell.length_b 222.338 _cell.length_c 194.316 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1R9S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 15 O N N ? 15 P N N ? 15 R N N ? 15 S N N ? 15 T N N ? 15 U N N ? 15 V N N ? 15 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' A 10 R A 10 1_555 N O2A UTP . R UTP 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? metalc ? metalc1 A O3' A 10 R A 10 1_555 M MG MG . R MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.799 ? metalc ? metalc2 A O2' A 10 R A 10 1_555 M MG MG . R MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc3 M MG MG . R MG 2001 1_555 N O2A UTP . R UTP 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc4 M MG MG . R MG 2001 1_555 N O5' UTP . R UTP 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc5 M MG MG . R MG 2001 1_555 N O1A UTP . R UTP 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? metalc ? metalc6 N O1G UTP . R UTP 3000 1_555 Q MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc7 N O3G UTP . R UTP 3000 1_555 Q MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.047 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 67 A CYS 67 1_555 P ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc9 C SG CYS 70 A CYS 70 1_555 P ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc10 C NE2 HIS 80 A HIS 80 1_555 P ZN ZN . A ZN 1735 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 110 A CYS 110 1_555 O ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 167 A CYS 167 1_555 O ZN ZN . A ZN 1734 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc13 C OD1 ASP 483 A ASP 483 1_555 Q MG MG . A MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc14 D SG CYS 1163 B CYS 1163 1_555 R ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 1166 B CYS 1166 1_555 R ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.966 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 1182 B CYS 1182 1_555 R ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc17 D SG CYS 1185 B CYS 1185 1_555 R ZN ZN . B ZN 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? metalc ? metalc18 E SG CYS 86 C CYS 86 1_555 S ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? metalc ? metalc19 E SG CYS 88 C CYS 88 1_555 S ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 92 C CYS 92 1_555 S ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 95 C CYS 95 1_555 S ZN ZN . C ZN 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc22 I SG CYS 7 I CYS 7 1_555 T ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.8 ? metalc ? metalc23 I SG CYS 10 I CYS 10 1_555 T ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? metalc ? metalc24 I SG CYS 29 I CYS 29 1_555 T ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 32 I CYS 32 1_555 T ZN ZN . I ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 75 I CYS 75 1_555 U ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.755 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 78 I CYS 78 1_555 U ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 103 I CYS 103 1_555 U ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 106 I CYS 106 1_555 U ZN ZN . I ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? metalc ? metalc30 J SG CYS 7 J CYS 7 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc31 J SG CYS 10 J CYS 10 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc32 J SG CYS 45 J CYS 45 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.926 ? metalc ? metalc33 J SG CYS 46 J CYS 46 1_555 V ZN ZN . J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.814 ? metalc ? metalc34 L SG CYS 31 L CYS 31 1_555 W ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc35 L SG CYS 34 L CYS 34 1_555 W ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.721 ? metalc ? metalc36 L SG CYS 48 L CYS 48 1_555 W ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc37 L SG CYS 51 L CYS 51 1_555 W ZN ZN . L ZN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.806 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 G 4 R G 4 1_555 B N3 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N2 G 4 R G 4 1_555 B O2 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O6 G 4 R G 4 1_555 B N4 DC 11 T DC 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 A 5 R A 5 1_555 B N3 DT 10 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N6 A 5 R A 5 1_555 B O4 DT 10 T DT 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 A 7 R A 7 1_555 B N3 DT 8 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N6 A 7 R A 7 1_555 B O4 DT 8 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N1 G 8 R G 8 1_555 B N3 DC 7 T DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N2 G 8 R G 8 1_555 B O2 DC 7 T DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A O6 G 8 R G 8 1_555 B N4 DC 7 T DC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DT MISPAIR' hydrog11 A N1 G 8 R G 8 1_555 B O4 DT 8 T DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 9 R G 9 1_555 B N3 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 9 R G 9 1_555 B O2 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 9 R G 9 1_555 B N4 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N1 A 10 R A 10 1_555 B N3 DT 5 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N6 A 10 R A 10 1_555 B O4 DT 5 T DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-DC MISPAIR' hydrog17 A N6 A 10 R A 10 1_555 B N3 DC 6 T DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1R9S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005985 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001066 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00452 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005244 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 13 MG R 1 2001 2001 MG MG . N 14 UTP R 1 3000 3000 UTP UTP . O 15 ZN A 1 1734 1506 ZN ZN . P 15 ZN A 1 1735 1508 ZN ZN . Q 13 MG A 1 2002 2002 MG MG . R 15 ZN B 1 1307 1307 ZN ZN . S 15 ZN C 1 319 302 ZN ZN . T 15 ZN I 1 203 203 ZN ZN . U 15 ZN I 1 204 204 ZN ZN . V 15 ZN J 1 101 101 ZN ZN . W 15 ZN L 1 105 105 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id V _atom_site.label_entity_id 15 _atom_site.Cartn_x -29.666 _atom_site.Cartn_y 1.691 _atom_site.Cartn_z 34.078 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 90.35 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 101 _atom_site.auth_asym_id J _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 152 _model_server_stats.parse_time_ms 172 _model_server_stats.create_model_time_ms 48 _model_server_stats.query_time_ms 337 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 1 #