data_1RF0
#
_model_server_result.job_id            LMWrwyfQVVaaXlJ03wlZYg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-05 14:35:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1rf0 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    1RF0 
#
_exptl.entry_id    1RF0 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1RF0 
_cell.length_a            88.408 
_cell.length_b            94.948 
_cell.length_c            227.614 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1RF0 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,H,I,J,O,P,Q 1 1 
D,E,F,K,L,M,N,R,S,T 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 I N N 
? 5 J N N 
? 5 L N N 
? 5 M N N 
? 5 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 36 A CYS 161 1_555 C SG CYS 40 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 40 A CYS 165 1_555 B SG CYS 45 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 49 B CYS 197 1_555 C SG CYS 44 C CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 53 B CYS 201 1_555 B SG CYS 138 B CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 63 B CYS 211 1_555 B SG CYS 92 B CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 246 B CYS 394 1_555 B SG CYS 259 B CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 58 C CYS 153 1_555 C SG CYS 87 C CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 231 C CYS 326 1_555 C SG CYS 244 C CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? 
disulf ? disulf9 D SG CYS 36 D CYS 161 1_555 F SG CYS 40 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 40 D CYS 165 1_555 E SG CYS 45 E CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf11 E SG CYS 49 E CYS 197 1_555 F SG CYS 44 F CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf12 E SG CYS 53 E CYS 201 1_555 E SG CYS 138 E CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf13 E SG CYS 63 E CYS 211 1_555 E SG CYS 92 E CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf14 E SG CYS 246 E CYS 394 1_555 E SG CYS 259 E CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf15 F SG CYS 58 F CYS 153 1_555 F SG CYS 87 F CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
disulf ? disulf16 F SG CYS 231 F CYS 326 1_555 F SG CYS 244 F CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
covale ? covale1 B ND2 ASN 216 B ASN 364 1_555 G C1 NAG . B NAG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? 
covale ? covale2 E ND2 ASN 216 E ASN 364 1_555 K C1 NAG . E NAG 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? 
metalc ? metalc1 P O HOH . B HOH 37 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.077 ? 
metalc ? metalc2 B OD2 ASP 113 B ASP 261 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? 
metalc ? metalc3 B O GLY 115 B GLY 263 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc4 B OD2 ASP 233 B ASP 381 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc5 B OD1 ASP 233 B ASP 381 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc6 B OD1 ASP 235 B ASP 383 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 235 B ASP 383 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.315 ? 
metalc ? metalc8 B O TRP 237 B TRP 385 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc9 B OD1 ASP 250 B ASP 398 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.156 ? 
metalc ? metalc10 C OD1 ASP 223 C ASP 318 1_555 J CA CA . C CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc11 C OD2 ASP 223 C ASP 318 1_555 J CA CA . C CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 225 C ASP 320 1_555 J CA CA . C CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc13 C O PHE 227 C PHE 322 1_555 J CA CA . C CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc14 C O GLY 229 C GLY 324 1_555 J CA CA . C CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc15 S O HOH . E HOH 61 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc16 E OD1 ASP 113 E ASP 261 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.349 ? 
metalc ? metalc17 E OD2 ASP 113 E ASP 261 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc18 E O GLY 115 E GLY 263 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? 
metalc ? metalc19 E OD2 ASP 233 E ASP 381 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc20 E OD1 ASP 233 E ASP 381 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? 
metalc ? metalc21 E OD1 ASP 235 E ASP 383 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? 
metalc ? metalc22 E OD2 ASP 235 E ASP 383 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.21 ? 
metalc ? metalc23 E O TRP 237 E TRP 385 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc24 E OD2 ASP 250 E ASP 398 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
metalc ? metalc25 F OD2 ASP 223 F ASP 318 1_555 N CA CA . F CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? 
metalc ? metalc26 F OD1 ASP 223 F ASP 318 1_555 N CA CA . F CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? 
metalc ? metalc27 F OD1 ASP 225 F ASP 320 1_555 N CA CA . F CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? 
metalc ? metalc28 F O PHE 227 F PHE 322 1_555 N CA CA . F CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc29 F O GLY 229 F GLY 324 1_555 N CA CA . F CA 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1RF0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011311 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010532 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004393 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 4 NAG B 1 500 3 NAG NAG . 
H 5 CA B 1 501 2 CA CA2 . 
I 5 CA B 1 502 1 CA CA2 . 
J 5 CA C 1 407 1 CA CA2 . 
K 4 NAG E 1 500 3 NAG NAG . 
L 5 CA E 1 501 2 CA CA2 . 
M 5 CA E 1 502 1 CA CA2 . 
N 5 CA F 1 407 1 CA CA2 . 
O 6 HOH A 1 15 15 HOH WAT . 
O 6 HOH A 2 110 110 HOH WAT . 
P 6 HOH B 1 6 6 HOH WAT . 
P 6 HOH B 2 17 17 HOH WAT . 
P 6 HOH B 3 19 19 HOH WAT . 
P 6 HOH B 4 27 27 HOH WAT . 
P 6 HOH B 5 33 33 HOH WAT . 
P 6 HOH B 6 37 37 HOH WAT . 
P 6 HOH B 7 41 41 HOH WAT . 
P 6 HOH B 8 44 44 HOH WAT . 
P 6 HOH B 9 48 48 HOH WAT . 
P 6 HOH B 10 53 53 HOH WAT . 
P 6 HOH B 11 54 54 HOH WAT . 
P 6 HOH B 12 55 55 HOH WAT . 
P 6 HOH B 13 56 56 HOH WAT . 
P 6 HOH B 14 58 58 HOH WAT . 
P 6 HOH B 15 62 62 HOH WAT . 
P 6 HOH B 16 64 64 HOH WAT . 
P 6 HOH B 17 77 77 HOH WAT . 
P 6 HOH B 18 85 85 HOH WAT . 
P 6 HOH B 19 90 90 HOH WAT . 
P 6 HOH B 20 91 91 HOH WAT . 
P 6 HOH B 21 94 94 HOH WAT . 
P 6 HOH B 22 95 95 HOH WAT . 
P 6 HOH B 23 98 98 HOH WAT . 
P 6 HOH B 24 102 102 HOH WAT . 
P 6 HOH B 25 105 105 HOH WAT . 
P 6 HOH B 26 114 114 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 1 408 3 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 2 409 16 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 3 410 30 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 4 411 31 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 5 412 38 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 6 413 46 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 7 414 57 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 8 415 60 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 9 416 66 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 10 417 69 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 11 418 89 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 12 419 103 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 13 420 104 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 14 421 106 HOH WAT . 
Q 6 HOH C 15 422 115 HOH WAT . 
R 6 HOH D 1 5 5 HOH WAT . 
R 6 HOH D 2 28 28 HOH WAT . 
R 6 HOH D 3 111 111 HOH WAT . 
S 6 HOH E 1 1 1 HOH WAT . 
S 6 HOH E 2 2 2 HOH WAT . 
S 6 HOH E 3 4 4 HOH WAT . 
S 6 HOH E 4 7 7 HOH WAT . 
S 6 HOH E 5 8 8 HOH WAT . 
S 6 HOH E 6 9 9 HOH WAT . 
S 6 HOH E 7 10 10 HOH WAT . 
S 6 HOH E 8 12 12 HOH WAT . 
S 6 HOH E 9 18 18 HOH WAT . 
S 6 HOH E 10 20 20 HOH WAT . 
S 6 HOH E 11 22 22 HOH WAT . 
S 6 HOH E 12 23 23 HOH WAT . 
S 6 HOH E 13 24 24 HOH WAT . 
S 6 HOH E 14 25 25 HOH WAT . 
S 6 HOH E 15 26 26 HOH WAT . 
S 6 HOH E 16 29 29 HOH WAT . 
S 6 HOH E 17 32 32 HOH WAT . 
S 6 HOH E 18 35 35 HOH WAT . 
S 6 HOH E 19 39 39 HOH WAT . 
S 6 HOH E 20 42 42 HOH WAT . 
S 6 HOH E 21 45 45 HOH WAT . 
S 6 HOH E 22 49 49 HOH WAT . 
S 6 HOH E 23 51 51 HOH WAT . 
S 6 HOH E 24 52 52 HOH WAT . 
S 6 HOH E 25 59 59 HOH WAT . 
S 6 HOH E 26 61 61 HOH WAT . 
S 6 HOH E 27 63 63 HOH WAT . 
S 6 HOH E 28 65 65 HOH WAT . 
S 6 HOH E 29 67 67 HOH WAT . 
S 6 HOH E 30 70 70 HOH WAT . 
S 6 HOH E 31 72 72 HOH WAT . 
S 6 HOH E 32 73 73 HOH WAT . 
S 6 HOH E 33 75 75 HOH WAT . 
S 6 HOH E 34 76 76 HOH WAT . 
S 6 HOH E 35 78 78 HOH WAT . 
S 6 HOH E 36 80 80 HOH WAT . 
S 6 HOH E 37 81 81 HOH WAT . 
S 6 HOH E 38 84 84 HOH WAT . 
S 6 HOH E 39 86 86 HOH WAT . 
S 6 HOH E 40 87 87 HOH WAT . 
S 6 HOH E 41 92 92 HOH WAT . 
S 6 HOH E 42 93 93 HOH WAT . 
S 6 HOH E 43 97 97 HOH WAT . 
S 6 HOH E 44 99 99 HOH WAT . 
S 6 HOH E 45 101 101 HOH WAT . 
S 6 HOH E 46 107 107 HOH WAT . 
S 6 HOH E 47 108 108 HOH WAT . 
S 6 HOH E 48 109 109 HOH WAT . 
S 6 HOH E 49 112 112 HOH WAT . 
S 6 HOH E 50 113 113 HOH WAT . 
T 6 HOH F 1 408 11 HOH WAT . 
T 6 HOH F 2 409 13 HOH WAT . 
T 6 HOH F 3 410 14 HOH WAT . 
T 6 HOH F 4 411 21 HOH WAT . 
T 6 HOH F 5 412 34 HOH WAT . 
T 6 HOH F 6 413 36 HOH WAT . 
T 6 HOH F 7 414 40 HOH WAT . 
T 6 HOH F 8 415 43 HOH WAT . 
T 6 HOH F 9 416 47 HOH WAT . 
T 6 HOH F 10 417 50 HOH WAT . 
T 6 HOH F 11 418 68 HOH WAT . 
T 6 HOH F 12 419 71 HOH WAT . 
T 6 HOH F 13 420 74 HOH WAT . 
T 6 HOH F 14 421 79 HOH WAT . 
T 6 HOH F 15 422 82 HOH WAT . 
T 6 HOH F 16 423 83 HOH WAT . 
T 6 HOH F 17 424 88 HOH WAT . 
T 6 HOH F 18 425 96 HOH WAT . 
T 6 HOH F 19 426 100 HOH WAT . 
T 6 HOH F 20 427 116 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         M 
_atom_site.label_entity_id       5 
_atom_site.Cartn_x               66.789 
_atom_site.Cartn_y               18.04 
_atom_site.Cartn_z               89.205 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        37.99 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          E 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              53 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    16 
_model_server_stats.query_time_ms           327 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#