data_1RF8
#
_model_server_result.job_id            AF16wQzuinCUbWnTUU0zAA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-18 01:58:21' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1rf8 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":325}' 
#
_entry.id    1RF8 
#
_exptl.entry_id    1RF8 
_exptl.method      'SOLUTION NMR' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              458.235 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             G 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 120 A CYS 120 1_555 C S1 MTN . A MTN 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
covale ? covale2 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 D S1 MTN . A MTN 321 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
covale ? covale3 A SG CYS 169 A CYS 169 1_555 E S1 MTN . A MTN 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
covale ? covale4 A SG CYS 200 A CYS 200 1_555 F S1 MTN . A MTN 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H18 N5 O11 P2 1' 
_chem_comp.formula_weight    458.235 
_chem_comp.id                M7G 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A M7G doub 216 n n 
PA O2A M7G sing 217 n n 
PA O3A M7G sing 218 n n 
PA O5' M7G sing 219 n n 
O2A HOA2 M7G sing 220 n n 
O3A PB M7G sing 221 n n 
O5' C5' M7G sing 222 n n 
PB O1B M7G doub 223 n n 
PB O2B M7G sing 224 n n 
PB O3B M7G sing 225 n n 
O2B HOB2 M7G sing 226 n n 
O3B HOB3 M7G sing 227 n n 
C5' C4' M7G sing 228 n n 
C5' "H5'1" M7G sing 229 n n 
C5' "H5'2" M7G sing 230 n n 
C4' O4' M7G sing 231 n n 
C4' C3' M7G sing 232 n n 
C4' H4' M7G sing 233 n n 
O4' C1' M7G sing 234 n n 
C3' O3' M7G sing 235 n n 
C3' C2' M7G sing 236 n n 
C3' H3' M7G sing 237 n n 
O3' HO3' M7G sing 238 n n 
C2' O2' M7G sing 239 n n 
C2' C1' M7G sing 240 n n 
C2' H2' M7G sing 241 n n 
O2' HO2' M7G sing 242 n n 
C1' N9 M7G sing 243 n n 
C1' H1' M7G sing 244 n n 
N9 C8 M7G sing 245 n y 
N9 C4 M7G sing 246 n y 
C8 N7 M7G doub 247 n y 
C8 H81 M7G sing 248 n n 
N7 CM7 M7G sing 249 n n 
N7 C5 M7G sing 250 n y 
CM7 HM71 M7G sing 251 n n 
CM7 HM72 M7G sing 252 n n 
CM7 HM73 M7G sing 253 n n 
C5 C6 M7G sing 254 n n 
C5 C4 M7G doub 255 n y 
C6 O6 M7G doub 256 n n 
C6 N1 M7G sing 257 n n 
N1 C2 M7G sing 258 n n 
N1 HN1 M7G sing 259 n n 
C2 N2 M7G sing 260 n n 
C2 N3 M7G doub 261 n n 
N2 HN21 M7G sing 262 n n 
N2 HN22 M7G sing 263 n n 
N3 C4 M7G sing 264 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1RF8 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 MTN A 1 320 220 MTN MTS . 
D 3 MTN A 1 321 221 MTN MTS . 
E 3 MTN A 1 322 222 MTN MTS . 
F 3 MTN A 1 323 223 MTN MTS . 
G 4 M7G A 1 325 214 M7G M7G . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA M7G . . . G 4 17.891 4.299 2.423 1 0 ? PA M7G 325 A 1 
HETATM 2 O O1A M7G . . . G 4 17.026 5.135 1.56 1 0 ? O1A M7G 325 A 1 
HETATM 3 O O2A M7G . . . G 4 19.221 3.863 1.943 1 0 ? O2A M7G 325 A 1 
HETATM 4 O O3A M7G . . . G 4 17.062 3.033 2.97 1 0 ? O3A M7G 325 A 1 
HETATM 5 O O5' M7G . . . G 4 18.078 5.048 3.836 1 0 ? O5' M7G 325 A 1 
HETATM 6 P PB M7G . . . G 4 15.727 2.364 2.367 1 0 ? PB M7G 325 A 1 
HETATM 7 O O1B M7G . . . G 4 15.663 2.689 0.935 1 0 ? O1B M7G 325 A 1 
HETATM 8 O O2B M7G . . . G 4 14.602 2.728 3.241 1 0 ? O2B M7G 325 A 1 
HETATM 9 O O3B M7G . . . G 4 16.027 0.853 2.531 1 0 ? O3B M7G 325 A 1 
HETATM 10 C C5' M7G . . . G 4 18.29 6.467 3.881 1 0 ? C5' M7G 325 A 1 
HETATM 11 C C4' M7G . . . G 4 18.873 6.937 5.207 1 0 ? C4' M7G 325 A 1 
HETATM 12 O O4' M7G . . . G 4 17.842 7.027 6.214 1 0 ? O4' M7G 325 A 1 
HETATM 13 C C3' M7G . . . G 4 19.936 5.978 5.714 1 0 ? C3' M7G 325 A 1 
HETATM 14 O O3' M7G . . . G 4 21.246 6.531 5.555 1 0 ? O3' M7G 325 A 1 
HETATM 15 C C2' M7G . . . G 4 19.618 5.746 7.171 1 0 ? C2' M7G 325 A 1 
HETATM 16 O O2' M7G . . . G 4 20.548 6.416 8.026 1 0 ? O2' M7G 325 A 1 
HETATM 17 C C1' M7G . . . G 4 18.214 6.256 7.376 1 0 ? C1' M7G 325 A 1 
HETATM 18 N N9 M7G . . . G 4 17.335 5.102 7.549 1 0 ? N9 M7G 325 A 1 
HETATM 19 C C8 M7G . . . G 4 16.693 4.37 6.611 1 0 ? C8 M7G 325 A 1 
HETATM 20 N N7 M7G . . . G 4 16.111 3.292 6.997 1 0 ? N7 M7G 325 A 1 
HETATM 21 C CM7 M7G . . . G 4 15.375 2.331 6.18 1 0 ? CM7 M7G 325 A 1 
HETATM 22 C C5 M7G . . . G 4 16.378 3.293 8.363 1 0 ? C5 M7G 325 A 1 
HETATM 23 C C6 M7G . . . G 4 16.004 2.355 9.353 1 0 ? C6 M7G 325 A 1 
HETATM 24 O O6 M7G . . . G 4 15.363 1.32 9.207 1 0 ? O6 M7G 325 A 1 
HETATM 25 N N1 M7G . . . G 4 16.475 2.722 10.606 1 0 ? N1 M7G 325 A 1 
HETATM 26 C C2 M7G . . . G 4 17.221 3.852 10.875 1 0 ? C2 M7G 325 A 1 
HETATM 27 N N2 M7G . . . G 4 17.588 4.027 12.144 1 0 ? N2 M7G 325 A 1 
HETATM 28 N N3 M7G . . . G 4 17.579 4.741 9.943 1 0 ? N3 M7G 325 A 1 
HETATM 29 C C4 M7G . . . G 4 17.128 4.4 8.714 1 0 ? C4 M7G 325 A 1 
HETATM 30 H "H5'1" M7G . . . G 4 17.334 6.97 3.733 1 0 ? "H5'1" M7G 325 A 1 
HETATM 31 H "H5'2" M7G . . . G 4 18.982 6.745 3.084 1 0 ? "H5'2" M7G 325 A 1 
HETATM 32 H H4' M7G . . . G 4 19.315 7.924 5.067 1 0 ? H4' M7G 325 A 1 
HETATM 33 H H3' M7G . . . G 4 19.861 5.027 5.185 1 0 ? H3' M7G 325 A 1 
HETATM 34 H HO3' M7G . . . G 4 21.498 6.918 6.396 1 0 ? HO3' M7G 325 A 1 
HETATM 35 H H2' M7G . . . G 4 19.626 4.672 7.368 1 0 ? H2' M7G 325 A 1 
HETATM 36 H HO2' M7G . . . G 4 20.735 5.829 8.762 1 0 ? HO2' M7G 325 A 1 
HETATM 37 H H1' M7G . . . G 4 18.168 6.884 8.266 1 0 ? H1' M7G 325 A 1 
HETATM 38 H HM71 M7G . . . G 4 14.845 1.689 6.802 1 0 ? HM71 M7G 325 A 1 
HETATM 39 H HM72 M7G . . . G 4 16.047 1.787 5.608 1 0 ? HM72 M7G 325 A 1 
HETATM 40 H HM73 M7G . . . G 4 14.719 2.834 5.556 1 0 ? HM73 M7G 325 A 1 
HETATM 41 H HN1 M7G . . . G 4 16.245 2.098 11.367 1 0 ? HN1 M7G 325 A 1 
HETATM 42 H HN21 M7G . . . G 4 18.14 4.832 12.404 1 0 ? HN21 M7G 325 A 1 
HETATM 43 H HN22 M7G . . . G 4 17.315 3.354 12.846 1 0 ? HN22 M7G 325 A 1 
HETATM 44 H H82 M7G . . . G 4 16.671 4.683 5.568 1 0 ? H82 M7G 325 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              18 
_model_server_stats.parse_time_ms           6 
_model_server_stats.create_model_time_ms    61 
_model_server_stats.query_time_ms           2670 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           44 
#