data_1RG9 # _model_server_result.job_id QHg7-J-AnziLL2KOxmTDTA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 19:49:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1rg9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":485}' # _entry.id 1RG9 # _exptl.entry_id 1RG9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 398.437 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description S-ADENOSYLMETHIONINE _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1RG9 _cell.length_a 225.82 _cell.length_b 69.13 _cell.length_c 118.23 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1RG9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 H N N ? 4 M N N ? 4 R N N ? 4 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 42 A GLU 42 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.131 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.282 ? metalc ? metalc5 A O CYS 239 A CYS 239 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.195 ? metalc ? metalc6 I O2B PPK . A PPK 384 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.098 ? metalc ? metalc7 I O1A PPK . A PPK 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc8 I O1G PPK . A PPK 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc9 I O2B PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc10 I O2A PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc11 I O2G PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc12 E K K . A K 386 1_555 B OE2 GLU 42 B GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 238 B ASP 238 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.084 ? metalc ? metalc16 B O CYS 239 B CYS 239 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.244 ? metalc ? metalc17 N O2B PPK . B PPK 484 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.192 ? metalc ? metalc18 N O1A PPK . B PPK 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc19 N O1G PPK . B PPK 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc20 N O2B PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc21 N O2A PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc22 N O2G PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc25 C OE2 GLU 42 C GLU 42 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 238 C ASP 238 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? metalc ? metalc27 C O CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.119 ? metalc ? metalc28 C N CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.66 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 271 C ASP 271 1_555 Q MG MG . C MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? metalc ? metalc30 T O2B PPK . C PPK 584 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.157 ? metalc ? metalc31 T O2G PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc ? metalc32 T O2B PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc33 T O2A PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc34 T O1G PPK . C PPK 584 1_555 U MG MG . D MG 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc35 T O1A PPK . C PPK 584 1_555 U MG MG . D MG 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc36 O K K . C K 586 1_555 D OE2 GLU 42 D GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? metalc ? metalc37 Q MG MG . C MG 687 1_555 X O1A PPK . D PPK 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? metalc ? metalc38 Q MG MG . C MG 687 1_555 X O1G PPK . D PPK 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc41 D OD1 ASP 238 D ASP 238 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.086 ? metalc ? metalc42 D N CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.697 ? metalc ? metalc43 D O CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.094 ? metalc ? metalc44 X O2B PPK . D PPK 684 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.204 ? metalc ? metalc45 X O2A PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc46 X O2B PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc47 X O2G PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? # _chem_comp.formula 'C15 H22 N6 O5 S' _chem_comp.formula_weight 398.437 _chem_comp.id SAM _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name S-ADENOSYLMETHIONINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N CA SAM sing 295 n n N HN1 SAM sing 296 n n N HN2 SAM sing 297 n n CA C SAM sing 298 n n CA CB SAM sing 299 n n CA HA SAM sing 300 n n C O SAM doub 301 n n C OXT SAM sing 302 n n CB CG SAM sing 303 n n CB HB1 SAM sing 304 n n CB HB2 SAM sing 305 n n CG SD SAM sing 306 n n CG HG1 SAM sing 307 n n CG HG2 SAM sing 308 n n SD CE SAM sing 309 n n SD C5' SAM sing 310 n n CE HE1 SAM sing 311 n n CE HE2 SAM sing 312 n n CE HE3 SAM sing 313 n n C5' C4' SAM sing 314 n n C5' "H5'1" SAM sing 315 n n C5' "H5'2" SAM sing 316 n n C4' O4' SAM sing 317 n n C4' C3' SAM sing 318 n n C4' H4' SAM sing 319 n n O4' C1' SAM sing 320 n n C3' O3' SAM sing 321 n n C3' C2' SAM sing 322 n n C3' H3' SAM sing 323 n n O3' HO3' SAM sing 324 n n C2' O2' SAM sing 325 n n C2' C1' SAM sing 326 n n C2' H2' SAM sing 327 n n O2' HO2' SAM sing 328 n n C1' N9 SAM sing 329 n n C1' H1' SAM sing 330 n n N9 C8 SAM sing 331 n y N9 C4 SAM sing 332 n y C8 N7 SAM doub 333 n y C8 H8 SAM sing 334 n n N7 C5 SAM sing 335 n y C5 C6 SAM sing 336 n y C5 C4 SAM doub 337 n y C6 N6 SAM sing 338 n n C6 N1 SAM doub 339 n y N6 HN61 SAM sing 340 n n N6 HN62 SAM sing 341 n n N1 C2 SAM sing 342 n y C2 N3 SAM doub 343 n y C2 H2 SAM sing 344 n n N3 C4 SAM sing 345 n y # _atom_sites.entry_id 1RG9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004428 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.014465 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008458 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 K A 1 386 386 K K+ . F 3 MG A 1 387 387 MG MG+ . G 3 MG A 1 388 388 MG MG+ . H 4 SAM A 1 385 385 SAM SAM . I 5 PPK A 1 384 384 PPK PPN . J 2 K B 1 486 386 K K+ . K 3 MG B 1 487 387 MG MG+ . L 3 MG B 1 488 388 MG MG+ . M 4 SAM B 1 485 385 SAM SAM . N 5 PPK B 1 484 384 PPK PPN . O 2 K C 1 586 386 K K+ . P 3 MG C 1 588 388 MG MG+ . Q 3 MG C 1 687 387 MG MG+ . R 4 SAM C 1 585 385 SAM SAM . S 4 SAM C 1 685 385 SAM SAM . T 5 PPK C 1 584 384 PPK PPN . U 3 MG D 1 587 387 MG MG+ . V 2 K D 1 686 386 K K+ . W 3 MG D 1 688 388 MG MG+ . X 5 PPK D 1 684 384 PPK PPN . Y 6 HOH A 1 389 400 HOH H2O . Y 6 HOH A 2 390 401 HOH H2O . Y 6 HOH A 3 391 411 HOH H2O . Y 6 HOH A 4 392 413 HOH H2O . Y 6 HOH A 5 393 401 HOH H2O . Y 6 HOH A 6 394 431 HOH H2O . Z 6 HOH B 1 500 400 HOH H2O . Z 6 HOH B 2 513 413 HOH H2O . Z 6 HOH B 3 530 430 HOH H2O . AA 6 HOH C 1 700 400 HOH H2O . AA 6 HOH C 2 702 402 HOH H2O . AA 6 HOH C 3 711 411 HOH H2O . AA 6 HOH C 4 716 416 HOH H2O . AA 6 HOH C 5 731 431 HOH H2O . AA 6 HOH C 6 900 400 HOH H2O . AA 6 HOH C 7 902 402 HOH H2O . BA 6 HOH D 1 911 411 HOH H2O . BA 6 HOH D 2 916 416 HOH H2O . BA 6 HOH D 3 930 430 HOH H2O . BA 6 HOH D 4 931 431 HOH H2O . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N SAM . . . M 4 -5.692 14.912 12.96 1 12.48 ? N SAM 485 B 1 HETATM 2 C CA SAM . . . M 4 -5.167 14.679 14.331 1 18.17 ? CA SAM 485 B 1 HETATM 3 C C SAM . . . M 4 -5.631 15.797 15.259 1 25.78 ? C SAM 485 B 1 HETATM 4 O O SAM . . . M 4 -4.8 16.344 16.017 1 25.69 ? O SAM 485 B 1 HETATM 5 O OXT SAM . . . M 4 -6.878 16.091 15.172 1 30.34 ? OXT SAM 485 B 1 HETATM 6 C CB SAM . . . M 4 -3.646 14.617 14.29 1 10.6 ? CB SAM 485 B 1 HETATM 7 C CG SAM . . . M 4 -3.2 13.389 13.595 1 7.96 ? CG SAM 485 B 1 HETATM 8 S SD SAM . . . M 4 -3.215 11.804 14.501 1 2 ? SD SAM 485 B 1 HETATM 9 C CE SAM . . . M 4 -1.972 12.002 15.776 1 2 ? CE SAM 485 B 1 HETATM 10 C C5' SAM . . . M 4 -2.561 10.692 13.306 1 5.86 ? C5' SAM 485 B 1 HETATM 11 C C4' SAM . . . M 4 -2.342 9.222 13.598 1 4.37 ? C4' SAM 485 B 1 HETATM 12 O O4' SAM . . . M 4 -1.784 9.004 14.927 1 2 ? O4' SAM 485 B 1 HETATM 13 C C3' SAM . . . M 4 -3.587 8.345 13.58 1 4.63 ? C3' SAM 485 B 1 HETATM 14 O O3' SAM . . . M 4 -3.881 8.022 12.196 1 2 ? O3' SAM 485 B 1 HETATM 15 C C2' SAM . . . M 4 -3.109 7.144 14.345 1 2 ? C2' SAM 485 B 1 HETATM 16 O O2' SAM . . . M 4 -2.436 6.092 13.662 1 4.03 ? O2' SAM 485 B 1 HETATM 17 C C1' SAM . . . M 4 -2.294 7.803 15.465 1 2 ? C1' SAM 485 B 1 HETATM 18 N N9 SAM . . . M 4 -3.053 8.106 16.68 1 3.41 ? N9 SAM 485 B 1 HETATM 19 C C8 SAM . . . M 4 -4.357 8.52 16.863 1 7.51 ? C8 SAM 485 B 1 HETATM 20 N N7 SAM . . . M 4 -4.691 8.703 18.11 1 10.09 ? N7 SAM 485 B 1 HETATM 21 C C5 SAM . . . M 4 -3.534 8.391 18.809 1 7.48 ? C5 SAM 485 B 1 HETATM 22 C C6 SAM . . . M 4 -3.216 8.385 20.198 1 7.04 ? C6 SAM 485 B 1 HETATM 23 N N6 SAM . . . M 4 -4.117 8.726 21.143 1 15.76 ? N6 SAM 485 B 1 HETATM 24 N N1 SAM . . . M 4 -1.95 8.02 20.597 1 6.49 ? N1 SAM 485 B 1 HETATM 25 C C2 SAM . . . M 4 -1.054 7.681 19.641 1 5.98 ? C2 SAM 485 B 1 HETATM 26 N N3 SAM . . . M 4 -1.24 7.65 18.301 1 2.81 ? N3 SAM 485 B 1 HETATM 27 C C4 SAM . . . M 4 -2.516 8.021 17.945 1 6.57 ? C4 SAM 485 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 225 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 27 #