data_1RG9
#
_model_server_result.job_id            UekdI2TBsfKeNKoeqoKWHQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 01:28:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1rg9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":588}' 
#
_entry.id    1RG9 
#
_exptl.entry_id    1RG9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1RG9 
_cell.length_a            225.82 
_cell.length_b            69.13 
_cell.length_c            118.23 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1RG9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 U N N 
? 3 W N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 16 A ASP 16 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 42 A GLU 42 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.131 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.282 ? 
metalc ? metalc5 A O CYS 239 A CYS 239 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.195 ? 
metalc ? metalc6 I O2B PPK . A PPK 384 1_555 E K K . A K 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.098 ? 
metalc ? metalc7 I O1A PPK . A PPK 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc8 I O1G PPK . A PPK 384 1_555 F MG MG . A MG 387 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc9 I O2B PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? 
metalc ? metalc10 I O2A PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? 
metalc ? metalc11 I O2G PPK . A PPK 384 1_555 G MG MG . A MG 388 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? 
metalc ? metalc12 E K K . A K 386 1_555 B OE2 GLU 42 B GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 16 B ASP 16 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.97 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 238 B ASP 238 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.084 ? 
metalc ? metalc16 B O CYS 239 B CYS 239 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.244 ? 
metalc ? metalc17 N O2B PPK . B PPK 484 1_555 J K K . B K 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.192 ? 
metalc ? metalc18 N O1A PPK . B PPK 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc19 N O1G PPK . B PPK 484 1_555 K MG MG . B MG 487 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc20 N O2B PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc21 N O2A PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? 
metalc ? metalc22 N O2G PPK . B PPK 484 1_555 L MG MG . B MG 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc23 C OD1 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? 
metalc ? metalc24 C OD2 ASP 16 C ASP 16 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc25 C OE2 GLU 42 C GLU 42 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? 
metalc ? metalc26 C OD1 ASP 238 C ASP 238 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.992 ? 
metalc ? metalc27 C O CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.119 ? 
metalc ? metalc28 C N CYS 239 C CYS 239 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.66 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 271 C ASP 271 1_555 Q MG MG . C MG 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? 
metalc ? metalc30 T O2B PPK . C PPK 584 1_555 O K K . C K 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.157 ? 
metalc ? metalc31 T O2G PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? 
metalc ? metalc32 T O2B PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? 
metalc ? metalc33 T O2A PPK . C PPK 584 1_555 P MG MG . C MG 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc34 T O1G PPK . C PPK 584 1_555 U MG MG . D MG 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? 
metalc ? metalc35 T O1A PPK . C PPK 584 1_555 U MG MG . D MG 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? 
metalc ? metalc36 O K K . C K 586 1_555 D OE2 GLU 42 D GLU 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? 
metalc ? metalc37 Q MG MG . C MG 687 1_555 X O1A PPK . D PPK 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.537 ? 
metalc ? metalc38 Q MG MG . C MG 687 1_555 X O1G PPK . D PPK 684 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? 
metalc ? metalc39 D OD1 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? 
metalc ? metalc40 D OD2 ASP 16 D ASP 16 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc41 D OD1 ASP 238 D ASP 238 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.086 ? 
metalc ? metalc42 D N CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.697 ? 
metalc ? metalc43 D O CYS 239 D CYS 239 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.094 ? 
metalc ? metalc44 X O2B PPK . D PPK 684 1_555 V K K . D K 686 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.204 ? 
metalc ? metalc45 X O2A PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc46 X O2B PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? 
metalc ? metalc47 X O2G PPK . D PPK 684 1_555 W MG MG . D MG 688 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1RG9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004428 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014465 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008458 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 K A 1 386 386 K K+ . 
F 3 MG A 1 387 387 MG MG+ . 
G 3 MG A 1 388 388 MG MG+ . 
H 4 SAM A 1 385 385 SAM SAM . 
I 5 PPK A 1 384 384 PPK PPN . 
J 2 K B 1 486 386 K K+ . 
K 3 MG B 1 487 387 MG MG+ . 
L 3 MG B 1 488 388 MG MG+ . 
M 4 SAM B 1 485 385 SAM SAM . 
N 5 PPK B 1 484 384 PPK PPN . 
O 2 K C 1 586 386 K K+ . 
P 3 MG C 1 588 388 MG MG+ . 
Q 3 MG C 1 687 387 MG MG+ . 
R 4 SAM C 1 585 385 SAM SAM . 
S 4 SAM C 1 685 385 SAM SAM . 
T 5 PPK C 1 584 384 PPK PPN . 
U 3 MG D 1 587 387 MG MG+ . 
V 2 K D 1 686 386 K K+ . 
W 3 MG D 1 688 388 MG MG+ . 
X 5 PPK D 1 684 384 PPK PPN . 
Y 6 HOH A 1 389 400 HOH H2O . 
Y 6 HOH A 2 390 401 HOH H2O . 
Y 6 HOH A 3 391 411 HOH H2O . 
Y 6 HOH A 4 392 413 HOH H2O . 
Y 6 HOH A 5 393 401 HOH H2O . 
Y 6 HOH A 6 394 431 HOH H2O . 
Z 6 HOH B 1 500 400 HOH H2O . 
Z 6 HOH B 2 513 413 HOH H2O . 
Z 6 HOH B 3 530 430 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 1 700 400 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 2 702 402 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 3 711 411 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 4 716 416 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 5 731 431 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 6 900 400 HOH H2O . 
AA 6 HOH C 7 902 402 HOH H2O . 
BA 6 HOH D 1 911 411 HOH H2O . 
BA 6 HOH D 2 916 416 HOH H2O . 
BA 6 HOH D 3 930 430 HOH H2O . 
BA 6 HOH D 4 931 431 HOH H2O . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         P 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -39.18 
_atom_site.Cartn_y               5.767 
_atom_site.Cartn_z               2.58 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        40.16 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           588 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           28 
_model_server_stats.create_model_time_ms    37 
_model_server_stats.query_time_ms           662 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           1 
#