data_1SB8 # _model_server_result.job_id fJhovMbqyM65_JNtIEuk7g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 01:19:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1sb8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":343}' # _entry.id 1SB8 # _exptl.entry_id 1SB8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 607.354 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1SB8 _cell.length_a 60.438 _cell.length_b 95.877 _cell.length_c 139.638 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1SB8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA,PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 4_556 x,-y,-z+1 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 139.638 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C17 H27 N3 O17 P2' _chem_comp.formula_weight 607.354 _chem_comp.id UD2 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGALACTOSAMINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms '(2R,3R,4R,5R,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O4 C4 UD2 doub 433 n n C4 N3 UD2 sing 434 n n C4 C5 UD2 sing 435 n n N3 C2 UD2 sing 436 n n C5 C6 UD2 doub 437 n n C2 O2 UD2 doub 438 n n C2 N1 UD2 sing 439 n n C6 N1 UD2 sing 440 n n N1 C1B UD2 sing 441 n n O2' C2B UD2 sing 442 n n C1B C2B UD2 sing 443 n n C1B O4B UD2 sing 444 n n C2B C3B UD2 sing 445 n n O2A PA UD2 doub 446 n n O4B C4B UD2 sing 447 n n O6' C6' UD2 sing 448 n n O5B PA UD2 sing 449 n n O5B C5B UD2 sing 450 n n C3B C4B UD2 sing 451 n n C3B O3B UD2 sing 452 n n PA O3A UD2 sing 453 n n PA O1A UD2 sing 454 n n C4B C5B UD2 sing 455 n n O3A PB UD2 sing 456 n n C6' C5' UD2 sing 457 n n O2B PB UD2 doub 458 n n C5' O5' UD2 sing 459 n n C5' C4' UD2 sing 460 n n PB O1B UD2 sing 461 n n PB O1' UD2 sing 462 n n O5' C1' UD2 sing 463 n n C4' O4' UD2 sing 464 n n C4' C3' UD2 sing 465 n n O1' C1' UD2 sing 466 n n C1' C2' UD2 sing 467 n n C3' C2' UD2 sing 468 n n C3' O3' UD2 sing 469 n n C2' N2' UD2 sing 470 n n N2' C7' UD2 sing 471 n n C7' O7' UD2 doub 472 n n C7' C8' UD2 sing 473 n n C1' H1' UD2 sing 474 n n C2' H2' UD2 sing 475 n n C3' H3' UD2 sing 476 n n C4' H4' UD2 sing 477 n n C5' H5' UD2 sing 478 n n C6' "H6'1" UD2 sing 479 n n C6' "H6'2" UD2 sing 480 n n C8' "H8'1" UD2 sing 481 n n C8' "H8'2" UD2 sing 482 n n C8' "H8'3" UD2 sing 483 n n N2' HN2' UD2 sing 484 n n O3' HO3' UD2 sing 485 n n O4' HO4' UD2 sing 486 n n O6' HO6' UD2 sing 487 n n N3 HN3 UD2 sing 488 n n C5 H5 UD2 sing 489 n n C6 H6 UD2 sing 490 n n C1B H1B UD2 sing 491 n n C2B H2B UD2 sing 492 n n O2' HO2' UD2 sing 493 n n C3B H3B UD2 sing 494 n n C4B H4B UD2 sing 495 n n O3B HO3A UD2 sing 496 n n C5B "H5'1" UD2 sing 497 n n C5B "H5'2" UD2 sing 498 n n O1A HOA2 UD2 sing 499 n n O1B HOB2 UD2 sing 500 n n # _atom_sites.entry_id 1SB8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016546 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01043 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007161 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 NAD A 1 342 342 NAD NAD . C 3 UD2 A 1 343 343 UD2 UD2 . D 4 HOH A 1 344 1 HOH WAT . D 4 HOH A 2 345 2 HOH WAT . D 4 HOH A 3 346 3 HOH WAT . D 4 HOH A 4 347 4 HOH WAT . D 4 HOH A 5 348 5 HOH WAT . D 4 HOH A 6 349 6 HOH WAT . D 4 HOH A 7 350 7 HOH WAT . D 4 HOH A 8 351 8 HOH WAT . D 4 HOH A 9 352 9 HOH WAT . D 4 HOH A 10 353 10 HOH WAT . D 4 HOH A 11 354 11 HOH WAT . D 4 HOH A 12 355 12 HOH WAT . D 4 HOH A 13 356 13 HOH WAT . D 4 HOH A 14 357 14 HOH WAT . D 4 HOH A 15 358 15 HOH WAT . D 4 HOH A 16 359 16 HOH WAT . D 4 HOH A 17 360 17 HOH WAT . D 4 HOH A 18 361 18 HOH WAT . D 4 HOH A 19 362 19 HOH WAT . D 4 HOH A 20 363 20 HOH WAT . D 4 HOH A 21 364 21 HOH WAT . D 4 HOH A 22 365 22 HOH WAT . D 4 HOH A 23 366 23 HOH WAT . D 4 HOH A 24 367 24 HOH WAT . D 4 HOH A 25 368 25 HOH WAT . D 4 HOH A 26 369 26 HOH WAT . D 4 HOH A 27 370 27 HOH WAT . D 4 HOH A 28 371 28 HOH WAT . D 4 HOH A 29 372 29 HOH WAT . D 4 HOH A 30 373 30 HOH WAT . D 4 HOH A 31 374 31 HOH WAT . D 4 HOH A 32 375 32 HOH WAT . D 4 HOH A 33 376 33 HOH WAT . D 4 HOH A 34 377 34 HOH WAT . D 4 HOH A 35 378 35 HOH WAT . D 4 HOH A 36 379 36 HOH WAT . D 4 HOH A 37 380 37 HOH WAT . D 4 HOH A 38 381 38 HOH WAT . D 4 HOH A 39 382 39 HOH WAT . D 4 HOH A 40 383 40 HOH WAT . D 4 HOH A 41 384 41 HOH WAT . D 4 HOH A 42 385 42 HOH WAT . D 4 HOH A 43 386 43 HOH WAT . D 4 HOH A 44 387 44 HOH WAT . D 4 HOH A 45 388 45 HOH WAT . D 4 HOH A 46 389 46 HOH WAT . D 4 HOH A 47 390 47 HOH WAT . D 4 HOH A 48 391 48 HOH WAT . D 4 HOH A 49 392 49 HOH WAT . D 4 HOH A 50 393 50 HOH WAT . D 4 HOH A 51 394 51 HOH WAT . D 4 HOH A 52 395 52 HOH WAT . D 4 HOH A 53 396 53 HOH WAT . D 4 HOH A 54 397 54 HOH WAT . D 4 HOH A 55 398 55 HOH WAT . D 4 HOH A 56 399 56 HOH WAT . D 4 HOH A 57 400 57 HOH WAT . D 4 HOH A 58 401 58 HOH WAT . D 4 HOH A 59 402 59 HOH WAT . D 4 HOH A 60 403 60 HOH WAT . D 4 HOH A 61 404 61 HOH WAT . D 4 HOH A 62 405 62 HOH WAT . D 4 HOH A 63 406 63 HOH WAT . D 4 HOH A 64 407 64 HOH WAT . D 4 HOH A 65 408 65 HOH WAT . D 4 HOH A 66 409 66 HOH WAT . D 4 HOH A 67 410 67 HOH WAT . D 4 HOH A 68 411 68 HOH WAT . D 4 HOH A 69 412 69 HOH WAT . D 4 HOH A 70 413 70 HOH WAT . D 4 HOH A 71 414 71 HOH WAT . D 4 HOH A 72 415 72 HOH WAT . D 4 HOH A 73 416 73 HOH WAT . D 4 HOH A 74 417 74 HOH WAT . D 4 HOH A 75 418 75 HOH WAT . D 4 HOH A 76 419 76 HOH WAT . D 4 HOH A 77 420 77 HOH WAT . D 4 HOH A 78 421 78 HOH WAT . D 4 HOH A 79 422 79 HOH WAT . D 4 HOH A 80 423 80 HOH WAT . D 4 HOH A 81 424 81 HOH WAT . D 4 HOH A 82 425 82 HOH WAT . D 4 HOH A 83 426 83 HOH WAT . D 4 HOH A 84 427 84 HOH WAT . D 4 HOH A 85 428 85 HOH WAT . D 4 HOH A 86 429 86 HOH WAT . D 4 HOH A 87 430 87 HOH WAT . D 4 HOH A 88 431 88 HOH WAT . D 4 HOH A 89 432 89 HOH WAT . D 4 HOH A 90 433 90 HOH WAT . D 4 HOH A 91 434 91 HOH WAT . D 4 HOH A 92 435 92 HOH WAT . D 4 HOH A 93 436 93 HOH WAT . D 4 HOH A 94 437 94 HOH WAT . D 4 HOH A 95 438 95 HOH WAT . D 4 HOH A 96 439 96 HOH WAT . D 4 HOH A 97 440 97 HOH WAT . D 4 HOH A 98 441 98 HOH WAT . D 4 HOH A 99 442 99 HOH WAT . D 4 HOH A 100 443 100 HOH WAT . D 4 HOH A 101 444 101 HOH WAT . D 4 HOH A 102 445 102 HOH WAT . D 4 HOH A 103 446 103 HOH WAT . D 4 HOH A 104 447 104 HOH WAT . D 4 HOH A 105 448 105 HOH WAT . D 4 HOH A 106 449 106 HOH WAT . D 4 HOH A 107 450 107 HOH WAT . D 4 HOH A 108 451 108 HOH WAT . D 4 HOH A 109 452 109 HOH WAT . D 4 HOH A 110 453 110 HOH WAT . D 4 HOH A 111 454 111 HOH WAT . D 4 HOH A 112 455 112 HOH WAT . D 4 HOH A 113 456 113 HOH WAT . D 4 HOH A 114 457 114 HOH WAT . D 4 HOH A 115 458 115 HOH WAT . D 4 HOH A 116 459 116 HOH WAT . D 4 HOH A 117 460 117 HOH WAT . D 4 HOH A 118 461 118 HOH WAT . D 4 HOH A 119 462 119 HOH WAT . D 4 HOH A 120 463 120 HOH WAT . D 4 HOH A 121 464 121 HOH WAT . D 4 HOH A 122 465 122 HOH WAT . D 4 HOH A 123 466 123 HOH WAT . D 4 HOH A 124 467 124 HOH WAT . D 4 HOH A 125 468 125 HOH WAT . D 4 HOH A 126 469 126 HOH WAT . D 4 HOH A 127 470 127 HOH WAT . D 4 HOH A 128 471 128 HOH WAT . D 4 HOH A 129 472 129 HOH WAT . D 4 HOH A 130 473 130 HOH WAT . D 4 HOH A 131 474 131 HOH WAT . D 4 HOH A 132 475 132 HOH WAT . D 4 HOH A 133 476 133 HOH WAT . D 4 HOH A 134 477 134 HOH WAT . D 4 HOH A 135 478 135 HOH WAT . D 4 HOH A 136 479 136 HOH WAT . D 4 HOH A 137 480 137 HOH WAT . D 4 HOH A 138 481 138 HOH WAT . D 4 HOH A 139 482 139 HOH WAT . D 4 HOH A 140 483 140 HOH WAT . D 4 HOH A 141 484 141 HOH WAT . D 4 HOH A 142 485 142 HOH WAT . D 4 HOH A 143 486 143 HOH WAT . D 4 HOH A 144 487 144 HOH WAT . D 4 HOH A 145 488 145 HOH WAT . D 4 HOH A 146 489 146 HOH WAT . D 4 HOH A 147 490 147 HOH WAT . D 4 HOH A 148 491 148 HOH WAT . D 4 HOH A 149 492 149 HOH WAT . D 4 HOH A 150 493 150 HOH WAT . D 4 HOH A 151 494 151 HOH WAT . D 4 HOH A 152 495 152 HOH WAT . D 4 HOH A 153 496 153 HOH WAT . D 4 HOH A 154 497 154 HOH WAT . D 4 HOH A 155 498 155 HOH WAT . D 4 HOH A 156 499 156 HOH WAT . D 4 HOH A 157 500 157 HOH WAT . D 4 HOH A 158 501 158 HOH WAT . D 4 HOH A 159 502 159 HOH WAT . D 4 HOH A 160 503 160 HOH WAT . D 4 HOH A 161 504 161 HOH WAT . D 4 HOH A 162 505 162 HOH WAT . D 4 HOH A 163 506 163 HOH WAT . D 4 HOH A 164 507 164 HOH WAT . D 4 HOH A 165 508 165 HOH WAT . D 4 HOH A 166 509 166 HOH WAT . D 4 HOH A 167 510 167 HOH WAT . D 4 HOH A 168 511 168 HOH WAT . D 4 HOH A 169 512 169 HOH WAT . D 4 HOH A 170 513 170 HOH WAT . D 4 HOH A 171 514 171 HOH WAT . D 4 HOH A 172 515 172 HOH WAT . D 4 HOH A 173 516 173 HOH WAT . D 4 HOH A 174 517 174 HOH WAT . D 4 HOH A 175 518 175 HOH WAT . D 4 HOH A 176 519 176 HOH WAT . D 4 HOH A 177 520 177 HOH WAT . D 4 HOH A 178 521 178 HOH WAT . D 4 HOH A 179 522 179 HOH WAT . D 4 HOH A 180 523 180 HOH WAT . D 4 HOH A 181 524 181 HOH WAT . D 4 HOH A 182 525 182 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1' UD2 . . . C 3 39.614 3.977 86.593 0.7 23.38 ? C1' UD2 343 A 1 HETATM 2 C C2' UD2 . . . C 3 38.57 2.881 86.396 0.7 23.03 ? C2' UD2 343 A 1 HETATM 3 C C3' UD2 . . . C 3 39.069 1.59 87.031 0.7 23.07 ? C3' UD2 343 A 1 HETATM 4 C C4' UD2 . . . C 3 40.49 1.27 86.568 0.7 23.24 ? C4' UD2 343 A 1 HETATM 5 C C5' UD2 . . . C 3 41.398 2.458 86.818 0.7 23.17 ? C5' UD2 343 A 1 HETATM 6 C C6' UD2 . . . C 3 42.808 2.174 86.378 0.7 21.69 ? C6' UD2 343 A 1 HETATM 7 C C7' UD2 . . . C 3 36.301 3.816 86.197 0.7 25.09 ? C7' UD2 343 A 1 HETATM 8 C C8' UD2 . . . C 3 34.91 3.667 86.758 0.7 23.78 ? C8' UD2 343 A 1 HETATM 9 N N2' UD2 . . . C 3 37.292 3.284 86.998 0.7 25.09 ? N2' UD2 343 A 1 HETATM 10 O O1' UD2 . . . C 3 39.885 4.106 87.979 1 22.69 ? O1' UD2 343 A 1 HETATM 11 O O3' UD2 . . . C 3 38.205 0.519 86.653 0.7 20.06 ? O3' UD2 343 A 1 HETATM 12 O O4' UD2 . . . C 3 40.471 0.972 85.169 0.7 25.29 ? O4' UD2 343 A 1 HETATM 13 O O5' UD2 . . . C 3 40.896 3.585 86.087 0.7 22.55 ? O5' UD2 343 A 1 HETATM 14 O O6' UD2 . . . C 3 43.653 3.065 87.09 0.7 24.5 ? O6' UD2 343 A 1 HETATM 15 O O7' UD2 . . . C 3 36.519 4.364 85.138 0.7 25.4 ? O7' UD2 343 A 1 HETATM 16 N N1 UD2 . . . C 3 40.069 11.017 93.558 1 21.97 ? N1 UD2 343 A 1 HETATM 17 C C2 UD2 . . . C 3 39.912 12.081 94.446 1 21.71 ? C2 UD2 343 A 1 HETATM 18 N N3 UD2 . . . C 3 41.031 12.492 95.137 1 20.14 ? N3 UD2 343 A 1 HETATM 19 C C4 UD2 . . . C 3 42.301 11.943 95.034 1 20.5 ? C4 UD2 343 A 1 HETATM 20 C C5 UD2 . . . C 3 42.416 10.801 94.063 1 19.4 ? C5 UD2 343 A 1 HETATM 21 C C6 UD2 . . . C 3 41.294 10.417 93.393 1 20.13 ? C6 UD2 343 A 1 HETATM 22 O O2 UD2 . . . C 3 38.841 12.633 94.613 1 22.38 ? O2 UD2 343 A 1 HETATM 23 O O4 UD2 . . . C 3 43.246 12.363 95.687 1 20.81 ? O4 UD2 343 A 1 HETATM 24 C C1B UD2 . . . C 3 38.887 10.551 92.821 1 18.61 ? C1B UD2 343 A 1 HETATM 25 C C2B UD2 . . . C 3 39.063 10.456 91.334 1 18.06 ? C2B UD2 343 A 1 HETATM 26 O O2' UD2 . . . C 3 38.859 11.721 90.716 1 19 ? O2' UD2 343 A 1 HETATM 27 C C3B UD2 . . . C 3 38.04 9.462 90.914 1 18.28 ? C3B UD2 343 A 1 HETATM 28 C C4B UD2 . . . C 3 37.883 8.564 92.13 1 17.15 ? C4B UD2 343 A 1 HETATM 29 O O4B UD2 . . . C 3 38.478 9.25 93.245 1 18.35 ? O4B UD2 343 A 1 HETATM 30 O O3B UD2 . . . C 3 36.803 10.125 90.698 1 15.42 ? O3B UD2 343 A 1 HETATM 31 C C5B UD2 . . . C 3 38.604 7.232 91.924 1 16.1 ? C5B UD2 343 A 1 HETATM 32 O O5B UD2 . . . C 3 39.843 7.516 91.319 1 17.58 ? O5B UD2 343 A 1 HETATM 33 P PA UD2 . . . C 3 40.922 6.336 91.073 1 16.37 ? PA UD2 343 A 1 HETATM 34 O O1A UD2 . . . C 3 42.314 6.872 90.487 1 21.15 ? O1A UD2 343 A 1 HETATM 35 O O2A UD2 . . . C 3 41.046 5.585 92.496 1 17.89 ? O2A UD2 343 A 1 HETATM 36 O O3A UD2 . . . C 3 40.16 5.276 90.145 1 21.14 ? O3A UD2 343 A 1 HETATM 37 P PB UD2 . . . C 3 39.427 5.445 88.724 1 18.74 ? PB UD2 343 A 1 HETATM 38 O O1B UD2 . . . C 3 37.838 5.672 88.825 1 22.94 ? O1B UD2 343 A 1 HETATM 39 O O2B UD2 . . . C 3 40.238 6.635 88.005 1 18.27 ? O2B UD2 343 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 57 _model_server_stats.parse_time_ms 5 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 244 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 39 #