data_1SK6 # _model_server_result.job_id enphyB1nalShSk40yvtxUw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 23:40:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1sk6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":804}' # _entry.id 1SK6 # _exptl.entry_id 1SK6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1SK6 _cell.length_a 116.87 _cell.length_b 166.453 _cell.length_c 342.393 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1SK6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 23 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'I 2 2 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,G,H,I,J,K,L,M 1 1 C,D,N,O,P,Q,R,S,T 2 1 E,F,U,V,W,X,Y,Z,AA 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 L N N ? 6 M N N ? 6 S N N ? 6 T N N ? 6 Z N N ? 6 AA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 J O1P CMP . A CMP 289 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc2 J O1P CMP . A CMP 289 1_555 H YB YB . A YB 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.306 ? metalc ? metalc3 J O1P CMP . A CMP 289 1_555 I YB YB . A YB 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 201 A ASP 491 1_555 H YB YB . A YB 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 201 A ASP 491 1_555 H YB YB . A YB 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 201 A ASP 491 1_555 I YB YB . A YB 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 201 A ASP 491 1_555 I YB YB . A YB 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 203 A ASP 493 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 203 A ASP 493 1_555 I YB YB . A YB 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.218 ? metalc ? metalc10 A OD2 ASP 203 A ASP 493 1_555 I YB YB . A YB 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc11 A ND1 HIS 287 A HIS 577 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.255 ? metalc ? metalc12 A NE2 HIS 287 A HIS 577 1_555 G YB YB . A YB 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc13 K O3 POP . A POP 893 1_555 H YB YB . A YB 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 93 D ASP 93 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 95 D ASP 95 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.892 ? metalc ? metalc16 B O TYR 99 D TYR 99 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 104 D GLU 104 1_555 M CA CA . D CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASP 129 D ASP 129 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 131 D ASP 131 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 133 D ASP 133 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc21 B O GLN 135 D GLN 135 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc22 B OE1 GLU 140 D GLU 140 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc23 B OE2 GLU 140 D GLU 140 1_555 L CA CA . D CA 800 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc24 Q O1P CMP . B CMP 290 1_555 N YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.014 ? metalc ? metalc25 Q O1P CMP . B CMP 290 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.096 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 201 B ASP 491 1_555 N YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.045 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 201 B ASP 491 1_555 N YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.135 ? metalc ? metalc28 C OD1 ASP 201 B ASP 491 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc29 C OD2 ASP 201 B ASP 491 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASP 203 B ASP 493 1_555 N YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.477 ? metalc ? metalc31 C OD1 ASP 203 B ASP 493 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc32 C OD2 ASP 203 B ASP 493 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc33 C NE2 HIS 287 B HIS 577 1_555 O YB YB . B YB 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc34 C NE2 HIS 287 B HIS 577 1_555 P YB YB . B YB 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? metalc ? metalc35 R O1 POP . B POP 894 1_555 N YB YB . B YB 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 93 E ASP 93 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 95 E ASP 95 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.876 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 95 E ASP 95 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASN 97 E ASN 97 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? metalc ? metalc40 D OE1 GLU 104 E GLU 104 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc41 D OE2 GLU 104 E GLU 104 1_555 T CA CA . E CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc42 D OD1 ASP 131 E ASP 131 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.13 ? metalc ? metalc43 D OD1 ASP 133 E ASP 133 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc44 D OD2 ASP 133 E ASP 133 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? metalc ? metalc45 D O GLN 135 E GLN 135 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc46 D OE1 GLU 140 E GLU 140 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc47 D OE2 GLU 140 E GLU 140 1_555 S CA CA . E CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc48 E OD2 ASP 201 C ASP 491 1_555 U YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc49 E OD1 ASP 201 C ASP 491 1_555 W YB YB . C YB 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc50 E OD2 ASP 201 C ASP 491 1_555 W YB YB . C YB 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? metalc ? metalc51 E OD1 ASP 203 C ASP 493 1_555 U YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? metalc ? metalc52 E OD2 ASP 203 C ASP 493 1_555 V YB YB . C YB 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.278 ? metalc ? metalc53 E OD1 ASP 203 C ASP 493 1_555 W YB YB . C YB 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? metalc ? metalc54 E OD2 ASP 203 C ASP 493 1_555 W YB YB . C YB 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc55 E NE2 HIS 287 C HIS 577 1_555 V YB YB . C YB 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc56 E NE2 HIS 287 C HIS 577 1_555 W YB YB . C YB 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.104 ? metalc ? metalc57 Y O5 POP . C POP 895 1_555 U YB YB . C YB 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.479 ? metalc ? metalc58 U YB YB . C YB 903 1_555 X O1P CMP . C CMP 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.397 ? metalc ? metalc59 V YB YB . C YB 906 1_555 X O1P CMP . C CMP 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc60 W YB YB . C YB 909 1_555 X O1P CMP . C CMP 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? metalc ? metalc61 F OE2 GLU 104 F GLU 104 1_555 AA CA CA . F CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc62 F OD1 ASP 131 F ASP 131 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc63 F OD1 ASP 133 F ASP 133 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc64 F OD2 ASP 133 F ASP 133 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc65 F O GLN 135 F GLN 135 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc66 F OE1 GLU 140 F GLU 140 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc67 F OE2 GLU 140 F GLU 140 1_555 Z CA CA . F CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.593 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1SK6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008557 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006008 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002921 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 YB A 1 901 901 YB YB3 . H 3 YB A 1 904 904 YB YB3 . I 3 YB A 1 907 907 YB YB3 . J 4 CMP A 1 289 289 CMP CMP . K 5 POP A 1 893 893 POP POP . L 6 CA D 1 800 800 CA CA2 . M 6 CA D 1 801 801 CA CA2 . N 3 YB B 1 902 902 YB YB3 . O 3 YB B 1 905 905 YB YB3 . P 3 YB B 1 908 908 YB YB3 . Q 4 CMP B 1 290 290 CMP CMP . R 5 POP B 1 894 894 POP POP . S 6 CA E 1 802 802 CA CA2 . T 6 CA E 1 803 803 CA CA2 . U 3 YB C 1 903 903 YB YB3 . V 3 YB C 1 906 906 YB YB3 . W 3 YB C 1 909 909 YB YB3 . X 4 CMP C 1 910 291 CMP CMP . Y 5 POP C 1 895 895 POP POP . Z 6 CA F 1 804 804 CA CA2 . AA 6 CA F 1 805 805 CA CA2 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Z _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 42.164 _atom_site.Cartn_y 53.578 _atom_site.Cartn_z 85.261 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 26.5 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 804 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 247 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #