data_1T05 # _model_server_result.job_id SHRpRzIhjnJd31D1DckFxw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 12:09:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1t05 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":439}' # _entry.id 1T05 # _exptl.entry_id 1T05 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1T05 _cell.length_a 171.57 _cell.length_b 171.57 _cell.length_c 156.27 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1T05 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 151 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 1 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 H N N ? 7 I N N ? 7 J N N ? 7 K N N ? 7 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DG 15 P DG 816 1_555 B P MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 B O3' MRG 16 P MRG 817 1_555 B P DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? covale ? covale3 B O3' DC 20 P DC 821 1_555 B P DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.602 ? metalc ? metalc1 C OD1 ASP 110 A ASP 110 1_555 E MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc2 C O VAL 111 A VAL 111 1_555 E MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc3 C OD2 ASP 185 A ASP 185 1_555 E MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc4 C OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc5 C OD2 ASP 443 A ASP 443 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.516 ? metalc ? metalc6 C OD2 ASP 498 A ASP 498 1_555 F MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc7 E MG MG . A MG 600 1_555 G O2B TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc8 E MG MG . A MG 600 1_555 G O1G TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc9 E MG MG . A MG 600 1_555 G O1A TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 6 T DC 706 1_555 B N1 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 6 T DC 706 1_555 B O6 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 6 T DC 706 1_555 B N2 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 7 T DG 707 1_555 B N3 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 7 T DG 707 1_555 B O2 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 7 T DG 707 1_555 B N4 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DG 8 T DG 708 1_555 B N3 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 DG 8 T DG 708 1_555 B O2 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 DG 8 T DG 708 1_555 B N4 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N3 DC 9 T DC 709 1_555 B N1 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N4 DC 9 T DC 709 1_555 B O6 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O2 DC 9 T DC 709 1_555 B N2 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 DG 10 T DG 710 1_555 B N3 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N2 DG 10 T DG 710 1_555 B O2 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O6 DG 10 T DG 710 1_555 B N4 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DC 11 T DC 711 1_555 B N1 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 DC 11 T DC 711 1_555 B O6 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 DC 11 T DC 711 1_555 B N2 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 12 T DC 712 1_555 B N1 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 12 T DC 712 1_555 B O6 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 12 T DC 712 1_555 B N2 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 DC 13 T DC 713 1_555 B N1 DG 14 P DG 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 DC 13 T DC 713 1_555 B O6 DG 14 P DG 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 DC 13 T DC 713 1_555 B N2 DG 14 P DG 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 DG 14 T DG 714 1_555 B N3 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N2 DG 14 T DG 714 1_555 B O2 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O6 DG 14 T DG 714 1_555 B N4 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog28 A N6 DA 15 T DA 715 1_555 B O4 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N1 DA 15 T DA 715 1_555 B N3 DT 12 P DT 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N6 DA 15 T DA 715 1_555 B O4 DT 12 P DT 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 DA 16 T DA 716 1_555 B N3 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N6 DA 16 T DA 716 1_555 B O4 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 DC 17 T DC 717 1_555 B N1 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 DC 17 T DC 717 1_555 B O6 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 DC 17 T DC 717 1_555 B N2 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N1 DA 18 T DA 718 1_555 B N3 DT 9 P DT 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N6 DA 18 T DA 718 1_555 B O4 DT 9 P DT 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog38 A O6 DG 19 T DG 719 1_555 B N4 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 DG 19 T DG 719 1_555 B N3 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N2 DG 19 T DG 719 1_555 B O2 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A O6 DG 19 T DG 719 1_555 B N4 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N1 DG 20 T DG 720 1_555 B N3 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N2 DG 20 T DG 720 1_555 B O2 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O6 DG 20 T DG 720 1_555 B N4 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N1 DG 21 T DG 721 1_555 B N3 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N2 DG 21 T DG 721 1_555 B O2 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O6 DG 21 T DG 721 1_555 B N4 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N1 DA 22 T DA 722 1_555 B N3 DT 5 P DT 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N6 DA 22 T DA 722 1_555 B O4 DT 5 P DT 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N3 DC 23 T DC 723 1_555 B N1 DG 4 P DG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N4 DC 23 T DC 723 1_555 B O6 DG 4 P DG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A O2 DC 23 T DC 723 1_555 B N2 DG 4 P DG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N3 DT 24 T DT 724 1_555 B N1 DA 3 P DA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O4 DT 24 T DT 724 1_555 B N6 DA 3 P DA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 A N1 DG 25 T DG 725 1_555 B N3 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 A N2 DG 25 T DG 725 1_555 B O2 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A O6 DG 25 T DG 725 1_555 B N4 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 316 n n C1 C2 GOL sing 317 n n C1 H11 GOL sing 318 n n C1 H12 GOL sing 319 n n O1 HO1 GOL sing 320 n n C2 O2 GOL sing 321 n n C2 C3 GOL sing 322 n n C2 H2 GOL sing 323 n n O2 HO2 GOL sing 324 n n C3 O3 GOL sing 325 n n C3 H31 GOL sing 326 n n C3 H32 GOL sing 327 n n O3 HO3 GOL sing 328 n n # _atom_sites.entry_id 1T05 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005829 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003365 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00673 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006399 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG A 1 600 600 MG MG . F 5 MG A 1 601 601 MG MG . G 6 TNV A 1 823 823 TNV TNV . H 7 GOL A 1 824 51 GOL GOL . I 7 GOL A 1 825 52 GOL GOL . J 7 GOL A 1 826 53 GOL GOL . K 7 GOL B 1 438 54 GOL GOL . L 7 GOL B 1 439 55 GOL GOL . M 8 HOH T 1 5 5 HOH WAT . M 8 HOH T 2 35 35 HOH WAT . N 8 HOH P 1 4 4 HOH WAT . N 8 HOH P 2 12 12 HOH WAT . N 8 HOH P 3 41 41 HOH WAT . O 8 HOH A 1 827 1 HOH WAT . O 8 HOH A 2 828 2 HOH WAT . O 8 HOH A 3 829 3 HOH WAT . O 8 HOH A 4 830 6 HOH WAT . O 8 HOH A 5 831 18 HOH WAT . O 8 HOH A 6 832 22 HOH WAT . O 8 HOH A 7 833 24 HOH WAT . O 8 HOH A 8 834 25 HOH WAT . O 8 HOH A 9 835 33 HOH WAT . O 8 HOH A 10 836 45 HOH WAT . P 8 HOH B 1 440 7 HOH WAT . P 8 HOH B 2 441 9 HOH WAT . P 8 HOH B 3 442 14 HOH WAT . P 8 HOH B 4 443 20 HOH WAT . P 8 HOH B 5 444 21 HOH WAT . P 8 HOH B 6 445 26 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . L 7 37.424 49.886 -56.69 0.75 70.38 ? C1 GOL 439 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . L 7 37.595 48.687 -57.373 0.75 63.71 ? O1 GOL 439 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . L 7 36.849 49.711 -55.288 0.75 75.87 ? C2 GOL 439 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . L 7 37.271 48.678 -54.439 0.75 71.42 ? O2 GOL 439 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . L 7 35.987 50.706 -54.674 0.75 74.77 ? C3 GOL 439 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . L 7 35.74 51.81 -55.454 0.75 70.86 ? O3 GOL 439 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 40 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 6 #