data_1T4P # _model_server_result.job_id E4SZmQKjrbCg1UyuGuCGEg _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 08:44:20' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1t4p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 1T4P # _exptl.entry_id 1T4P _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 189.982 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '[(1E,5S)-5-AMINO-5-CARBOXYPENT-1-ENYL](TRIHYDROXY)BORATE(1-)' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1T4P _cell.length_a 88.4 _cell.length_b 88.4 _cell.length_c 110.52 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1T4P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 145 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 I N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 101 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 A ASP 124 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 119 A ASP 124 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 121 A HIS 126 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 123 A ASP 128 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 229 A ASP 234 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 229 A ASP 234 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc10 D MN MN . A MN 502 1_555 F O11 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc11 D MN MN . A MN 502 1_555 F O12 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc12 E MN MN . A MN 504 1_555 F O12 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc13 B ND1 HIS 96 B HIS 101 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 119 B ASP 124 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 119 B ASP 124 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc16 B ND1 HIS 121 B HIS 126 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 123 B ASP 128 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc22 G MN MN . B MN 500 1_555 I O12 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc23 H MN MN . B MN 501 1_555 I O12 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc24 H MN MN . B MN 501 1_555 I O11 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc25 C ND1 HIS 96 C HIS 101 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 119 C ASP 124 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 119 C ASP 124 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc28 C ND1 HIS 121 C HIS 126 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc29 C OD2 ASP 123 C ASP 128 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc31 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASP 229 C ASP 234 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc33 C OD2 ASP 229 C ASP 234 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? metalc ? metalc34 J MN MN . C MN 503 1_555 L O11 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc35 J MN MN . C MN 503 1_555 L O12 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc36 K MN MN . C MN 505 1_555 L O12 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? # _chem_comp.formula 'C6 H13 B N O5 -1' _chem_comp.formula_weight 189.982 _chem_comp.id 2BH _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '[(1E,5S)-5-AMINO-5-CARBOXYPENT-1-ENYL](TRIHYDROXY)BORATE(1-)' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'DEHYDRO-2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag NP1 C02 2BH sing 1 n n NP1 HP12 2BH sing 2 n n NP1 HP11 2BH sing 3 n n C02 C03 2BH sing 4 n n C02 C06 2BH sing 5 n n C02 H02 2BH sing 6 n n C03 O04 2BH sing 7 n n C03 O05 2BH doub 8 n n O04 H04 2BH sing 9 n n C06 C07 2BH sing 10 n n C06 H061 2BH sing 11 n n C06 H062 2BH sing 12 n n C07 C08 2BH sing 13 n n C07 H071 2BH sing 14 n n C07 H072 2BH sing 15 n n C08 C09 2BH doub 16 e n C08 H08 2BH sing 17 n n C09 B 2BH sing 18 n n C09 H09 2BH sing 19 n n B O11 2BH sing 20 n n B O12 2BH sing 21 n n B O13 2BH sing 22 n n O11 H11 2BH sing 23 n n O12 H12 2BH sing 24 n n O13 H13 2BH sing 25 n n # _atom_sites.entry_id 1T4P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011312 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006531 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013062 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009048 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 MN A 1 502 502 MN MN . E 2 MN A 1 504 504 MN MN . F 3 2BH A 1 1000 1000 2BH UNK . G 2 MN B 1 500 500 MN MN . H 2 MN B 1 501 501 MN MN . I 3 2BH B 1 1001 1001 2BH UNK . J 2 MN C 1 503 503 MN MN . K 2 MN C 1 505 505 MN MN . L 3 2BH C 1 1002 1002 2BH UNK . M 4 HOH A 1 708 708 HOH WAT . M 4 HOH A 2 709 709 HOH WAT . M 4 HOH A 3 712 712 HOH WAT . M 4 HOH A 4 714 714 HOH WAT . M 4 HOH A 5 718 718 HOH WAT . M 4 HOH A 6 720 720 HOH WAT . M 4 HOH A 7 722 722 HOH WAT . M 4 HOH A 8 724 724 HOH WAT . M 4 HOH A 9 725 725 HOH WAT . M 4 HOH A 10 728 728 HOH WAT . M 4 HOH A 11 733 733 HOH WAT . M 4 HOH A 12 734 734 HOH WAT . M 4 HOH A 13 742 742 HOH WAT . M 4 HOH A 14 743 743 HOH WAT . M 4 HOH A 15 744 744 HOH WAT . M 4 HOH A 16 748 748 HOH WAT . M 4 HOH A 17 758 758 HOH WAT . M 4 HOH A 18 760 760 HOH WAT . M 4 HOH A 19 761 761 HOH WAT . M 4 HOH A 20 763 763 HOH WAT . M 4 HOH A 21 769 769 HOH WAT . M 4 HOH A 22 776 776 HOH WAT . M 4 HOH A 23 779 779 HOH WAT . M 4 HOH A 24 786 786 HOH WAT . M 4 HOH A 25 787 787 HOH WAT . M 4 HOH A 26 788 788 HOH WAT . M 4 HOH A 27 789 789 HOH WAT . M 4 HOH A 28 794 794 HOH WAT . M 4 HOH A 29 802 802 HOH WAT . N 4 HOH B 1 703 703 HOH WAT . N 4 HOH B 2 705 705 HOH WAT . N 4 HOH B 3 706 706 HOH WAT . N 4 HOH B 4 707 707 HOH WAT . N 4 HOH B 5 710 710 HOH WAT . N 4 HOH B 6 713 713 HOH WAT . N 4 HOH B 7 715 715 HOH WAT . N 4 HOH B 8 717 717 HOH WAT . N 4 HOH B 9 719 719 HOH WAT . N 4 HOH B 10 723 723 HOH WAT . N 4 HOH B 11 726 726 HOH WAT . N 4 HOH B 12 727 727 HOH WAT . N 4 HOH B 13 730 730 HOH WAT . N 4 HOH B 14 731 731 HOH WAT . N 4 HOH B 15 732 732 HOH WAT . N 4 HOH B 16 735 735 HOH WAT . N 4 HOH B 17 736 736 HOH WAT . N 4 HOH B 18 739 739 HOH WAT . N 4 HOH B 19 740 740 HOH WAT . N 4 HOH B 20 745 745 HOH WAT . N 4 HOH B 21 746 746 HOH WAT . N 4 HOH B 22 747 747 HOH WAT . N 4 HOH B 23 749 749 HOH WAT . N 4 HOH B 24 750 750 HOH WAT . N 4 HOH B 25 751 751 HOH WAT . N 4 HOH B 26 752 752 HOH WAT . N 4 HOH B 27 753 753 HOH WAT . N 4 HOH B 28 755 755 HOH WAT . N 4 HOH B 29 756 756 HOH WAT . N 4 HOH B 30 757 757 HOH WAT . N 4 HOH B 31 759 759 HOH WAT . N 4 HOH B 32 762 762 HOH WAT . N 4 HOH B 33 764 764 HOH WAT . N 4 HOH B 34 765 765 HOH WAT . N 4 HOH B 35 766 766 HOH WAT . N 4 HOH B 36 767 767 HOH WAT . N 4 HOH B 37 768 768 HOH WAT . N 4 HOH B 38 770 770 HOH WAT . N 4 HOH B 39 771 771 HOH WAT . N 4 HOH B 40 772 772 HOH WAT . N 4 HOH B 41 773 773 HOH WAT . N 4 HOH B 42 775 775 HOH WAT . N 4 HOH B 43 778 778 HOH WAT . N 4 HOH B 44 780 780 HOH WAT . N 4 HOH B 45 781 781 HOH WAT . N 4 HOH B 46 782 782 HOH WAT . N 4 HOH B 47 784 784 HOH WAT . N 4 HOH B 48 785 785 HOH WAT . N 4 HOH B 49 790 790 HOH WAT . N 4 HOH B 50 791 791 HOH WAT . N 4 HOH B 51 792 792 HOH WAT . N 4 HOH B 52 793 793 HOH WAT . N 4 HOH B 53 796 796 HOH WAT . N 4 HOH B 54 798 798 HOH WAT . N 4 HOH B 55 801 801 HOH WAT . O 4 HOH C 1 700 700 HOH WAT . O 4 HOH C 2 701 701 HOH WAT . O 4 HOH C 3 702 702 HOH WAT . O 4 HOH C 4 704 704 HOH WAT . O 4 HOH C 5 711 711 HOH WAT . O 4 HOH C 6 716 716 HOH WAT . O 4 HOH C 7 721 721 HOH WAT . O 4 HOH C 8 729 729 HOH WAT . O 4 HOH C 9 737 737 HOH WAT . O 4 HOH C 10 738 738 HOH WAT . O 4 HOH C 11 741 741 HOH WAT . O 4 HOH C 12 754 754 HOH WAT . O 4 HOH C 13 774 774 HOH WAT . O 4 HOH C 14 777 777 HOH WAT . O 4 HOH C 15 783 783 HOH WAT . O 4 HOH C 16 795 795 HOH WAT . O 4 HOH C 17 797 797 HOH WAT . O 4 HOH C 18 799 799 HOH WAT . O 4 HOH C 19 800 800 HOH WAT . O 4 HOH C 20 803 803 HOH WAT . O 4 HOH C 21 804 804 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N NP1 2BH . . . L 3 39.187 22.234 -9.455 1 27.73 ? NP1 2BH 1002 C 1 HETATM 2 C C02 2BH . . . L 3 39.186 22.754 -10.875 1 29.61 ? C02 2BH 1002 C 1 HETATM 3 C C03 2BH . . . L 3 40.595 23.139 -11.259 1 32.59 ? C03 2BH 1002 C 1 HETATM 4 O O04 2BH . . . L 3 40.96 23.602 -12.341 1 38.01 ? O04 2BH 1002 C 1 HETATM 5 O O05 2BH . . . L 3 41.414 22.896 -10.184 1 38.76 ? O05 2BH 1002 C 1 HETATM 6 C C06 2BH . . . L 3 38.201 23.968 -10.893 1 27.15 ? C06 2BH 1002 C 1 HETATM 7 C C07 2BH . . . L 3 38.586 25.102 -9.883 1 28.68 ? C07 2BH 1002 C 1 HETATM 8 C C08 2BH . . . L 3 37.608 26.268 -9.88 1 28.75 ? C08 2BH 1002 C 1 HETATM 9 C C09 2BH . . . L 3 37.993 27.577 -9.908 1 28.44 ? C09 2BH 1002 C 1 HETATM 10 B B 2BH . . . L 3 36.99 28.712 -9.817 1 29.65 ? B 2BH 1002 C 1 HETATM 11 O O11 2BH . . . L 3 37.541 30.016 -9.898 1 28.14 ? O11 2BH 1002 C 1 HETATM 12 O O12 2BH . . . L 3 36.257 28.639 -8.588 1 27.54 ? O12 2BH 1002 C 1 HETATM 13 O O13 2BH . . . L 3 35.974 28.747 -10.772 1 32.77 ? O13 2BH 1002 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 20 _model_server_stats.query_time_ms 266 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 13 #