data_1T4P
#
_model_server_result.job_id            lR7jzBLUvNRfwzk2i0Aokw 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 08:42:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1t4p 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":503}' 
#
_entry.id    1T4P 
#
_exptl.entry_id    1T4P 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              54.938 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MANGANESE (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1T4P 
_cell.length_a            88.4 
_cell.length_b            88.4 
_cell.length_c            110.52 
_cell.Z_PDB               9 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1T4P 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        145 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 101 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 119 A ASP 124 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 119 A ASP 124 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc4 A ND1 HIS 121 A HIS 126 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc5 A OD2 ASP 123 A ASP 128 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? 
metalc ? metalc6 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 D MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 229 A ASP 234 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.063 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASP 229 A ASP 234 1_555 E MN MN . A MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc10 D MN MN . A MN 502 1_555 F O11 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc11 D MN MN . A MN 502 1_555 F O12 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc12 E MN MN . A MN 504 1_555 F O12 2BH . A 2BH 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc13 B ND1 HIS 96 B HIS 101 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASP 119 B ASP 124 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 119 B ASP 124 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? 
metalc ? metalc16 B ND1 HIS 121 B HIS 126 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 123 B ASP 128 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc19 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 H MN MN . B MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc21 B OD2 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc22 G MN MN . B MN 500 1_555 I O12 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc23 H MN MN . B MN 501 1_555 I O12 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? 
metalc ? metalc24 H MN MN . B MN 501 1_555 I O11 2BH . B 2BH 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? 
metalc ? metalc25 C ND1 HIS 96 C HIS 101 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc26 C OD2 ASP 119 C ASP 124 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc27 C OD1 ASP 119 C ASP 124 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc28 C ND1 HIS 121 C HIS 126 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc29 C OD2 ASP 123 C ASP 128 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 J MN MN . C MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc31 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc32 C OD1 ASP 229 C ASP 234 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc33 C OD2 ASP 229 C ASP 234 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc34 J MN MN . C MN 503 1_555 L O11 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? 
metalc ? metalc35 J MN MN . C MN 503 1_555 L O12 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc36 K MN MN . C MN 505 1_555 L O12 2BH . C 2BH 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mn 2' 
_chem_comp.formula_weight    54.938 
_chem_comp.id                MN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MANGANESE (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1T4P 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011312 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006531 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013062 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009048 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 MN A 1 502 502 MN MN . 
E 2 MN A 1 504 504 MN MN . 
F 3 2BH A 1 1000 1000 2BH UNK . 
G 2 MN B 1 500 500 MN MN . 
H 2 MN B 1 501 501 MN MN . 
I 3 2BH B 1 1001 1001 2BH UNK . 
J 2 MN C 1 503 503 MN MN . 
K 2 MN C 1 505 505 MN MN . 
L 3 2BH C 1 1002 1002 2BH UNK . 
M 4 HOH A 1 708 708 HOH WAT . 
M 4 HOH A 2 709 709 HOH WAT . 
M 4 HOH A 3 712 712 HOH WAT . 
M 4 HOH A 4 714 714 HOH WAT . 
M 4 HOH A 5 718 718 HOH WAT . 
M 4 HOH A 6 720 720 HOH WAT . 
M 4 HOH A 7 722 722 HOH WAT . 
M 4 HOH A 8 724 724 HOH WAT . 
M 4 HOH A 9 725 725 HOH WAT . 
M 4 HOH A 10 728 728 HOH WAT . 
M 4 HOH A 11 733 733 HOH WAT . 
M 4 HOH A 12 734 734 HOH WAT . 
M 4 HOH A 13 742 742 HOH WAT . 
M 4 HOH A 14 743 743 HOH WAT . 
M 4 HOH A 15 744 744 HOH WAT . 
M 4 HOH A 16 748 748 HOH WAT . 
M 4 HOH A 17 758 758 HOH WAT . 
M 4 HOH A 18 760 760 HOH WAT . 
M 4 HOH A 19 761 761 HOH WAT . 
M 4 HOH A 20 763 763 HOH WAT . 
M 4 HOH A 21 769 769 HOH WAT . 
M 4 HOH A 22 776 776 HOH WAT . 
M 4 HOH A 23 779 779 HOH WAT . 
M 4 HOH A 24 786 786 HOH WAT . 
M 4 HOH A 25 787 787 HOH WAT . 
M 4 HOH A 26 788 788 HOH WAT . 
M 4 HOH A 27 789 789 HOH WAT . 
M 4 HOH A 28 794 794 HOH WAT . 
M 4 HOH A 29 802 802 HOH WAT . 
N 4 HOH B 1 703 703 HOH WAT . 
N 4 HOH B 2 705 705 HOH WAT . 
N 4 HOH B 3 706 706 HOH WAT . 
N 4 HOH B 4 707 707 HOH WAT . 
N 4 HOH B 5 710 710 HOH WAT . 
N 4 HOH B 6 713 713 HOH WAT . 
N 4 HOH B 7 715 715 HOH WAT . 
N 4 HOH B 8 717 717 HOH WAT . 
N 4 HOH B 9 719 719 HOH WAT . 
N 4 HOH B 10 723 723 HOH WAT . 
N 4 HOH B 11 726 726 HOH WAT . 
N 4 HOH B 12 727 727 HOH WAT . 
N 4 HOH B 13 730 730 HOH WAT . 
N 4 HOH B 14 731 731 HOH WAT . 
N 4 HOH B 15 732 732 HOH WAT . 
N 4 HOH B 16 735 735 HOH WAT . 
N 4 HOH B 17 736 736 HOH WAT . 
N 4 HOH B 18 739 739 HOH WAT . 
N 4 HOH B 19 740 740 HOH WAT . 
N 4 HOH B 20 745 745 HOH WAT . 
N 4 HOH B 21 746 746 HOH WAT . 
N 4 HOH B 22 747 747 HOH WAT . 
N 4 HOH B 23 749 749 HOH WAT . 
N 4 HOH B 24 750 750 HOH WAT . 
N 4 HOH B 25 751 751 HOH WAT . 
N 4 HOH B 26 752 752 HOH WAT . 
N 4 HOH B 27 753 753 HOH WAT . 
N 4 HOH B 28 755 755 HOH WAT . 
N 4 HOH B 29 756 756 HOH WAT . 
N 4 HOH B 30 757 757 HOH WAT . 
N 4 HOH B 31 759 759 HOH WAT . 
N 4 HOH B 32 762 762 HOH WAT . 
N 4 HOH B 33 764 764 HOH WAT . 
N 4 HOH B 34 765 765 HOH WAT . 
N 4 HOH B 35 766 766 HOH WAT . 
N 4 HOH B 36 767 767 HOH WAT . 
N 4 HOH B 37 768 768 HOH WAT . 
N 4 HOH B 38 770 770 HOH WAT . 
N 4 HOH B 39 771 771 HOH WAT . 
N 4 HOH B 40 772 772 HOH WAT . 
N 4 HOH B 41 773 773 HOH WAT . 
N 4 HOH B 42 775 775 HOH WAT . 
N 4 HOH B 43 778 778 HOH WAT . 
N 4 HOH B 44 780 780 HOH WAT . 
N 4 HOH B 45 781 781 HOH WAT . 
N 4 HOH B 46 782 782 HOH WAT . 
N 4 HOH B 47 784 784 HOH WAT . 
N 4 HOH B 48 785 785 HOH WAT . 
N 4 HOH B 49 790 790 HOH WAT . 
N 4 HOH B 50 791 791 HOH WAT . 
N 4 HOH B 51 792 792 HOH WAT . 
N 4 HOH B 52 793 793 HOH WAT . 
N 4 HOH B 53 796 796 HOH WAT . 
N 4 HOH B 54 798 798 HOH WAT . 
N 4 HOH B 55 801 801 HOH WAT . 
O 4 HOH C 1 700 700 HOH WAT . 
O 4 HOH C 2 701 701 HOH WAT . 
O 4 HOH C 3 702 702 HOH WAT . 
O 4 HOH C 4 704 704 HOH WAT . 
O 4 HOH C 5 711 711 HOH WAT . 
O 4 HOH C 6 716 716 HOH WAT . 
O 4 HOH C 7 721 721 HOH WAT . 
O 4 HOH C 8 729 729 HOH WAT . 
O 4 HOH C 9 737 737 HOH WAT . 
O 4 HOH C 10 738 738 HOH WAT . 
O 4 HOH C 11 741 741 HOH WAT . 
O 4 HOH C 12 754 754 HOH WAT . 
O 4 HOH C 13 774 774 HOH WAT . 
O 4 HOH C 14 777 777 HOH WAT . 
O 4 HOH C 15 783 783 HOH WAT . 
O 4 HOH C 16 795 795 HOH WAT . 
O 4 HOH C 17 797 797 HOH WAT . 
O 4 HOH C 18 799 799 HOH WAT . 
O 4 HOH C 19 800 800 HOH WAT . 
O 4 HOH C 20 803 803 HOH WAT . 
O 4 HOH C 21 804 804 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MN 
_atom_site.label_atom_id         MN 
_atom_site.label_comp_id         MN 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         J 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               36.701 
_atom_site.Cartn_y               30.521 
_atom_site.Cartn_z               -7.582 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        42.34 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MN 
_atom_site.auth_comp_id          MN 
_atom_site.auth_seq_id           503 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           7 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           273 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#