data_1T4R # _model_server_result.job_id cR5yiWJ5meOqerMZAleA0Q _model_server_result.datetime_utc '2025-08-15 14:09:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1t4r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":502}' # _entry.id 1T4R # _exptl.entry_id 1T4R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1T4R _cell.length_a 88.3 _cell.length_b 88.3 _cell.length_c 113.2 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1T4R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 145 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 101 1_555 E MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 119 A ASP 124 1_555 D MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 119 A ASP 124 1_555 E MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 121 A HIS 126 1_555 D MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 123 A ASP 128 1_555 E MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 D MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 E MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 229 A ASP 234 1_555 D MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 229 A ASP 234 1_555 D MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc10 D MN MN . A MN 500 1_555 F O16 AHI . A AHI 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc11 E MN MN . A MN 501 1_555 F O16 AHI . A AHI 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc12 B ND1 HIS 96 B HIS 101 1_555 H MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 119 B ASP 124 1_555 G MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 119 B ASP 124 1_555 H MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc15 B ND1 HIS 121 B HIS 126 1_555 G MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 123 B ASP 128 1_555 H MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 G MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 H MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 229 B ASP 234 1_555 G MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc21 G MN MN . B MN 502 1_555 I O16 AHI . B AHI 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc22 H MN MN . B MN 503 1_555 I O16 AHI . B AHI 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc23 C ND1 HIS 96 C HIS 101 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 119 C ASP 124 1_555 J MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 119 C ASP 124 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc26 C ND1 HIS 121 C HIS 126 1_555 J MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 123 C ASP 128 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 J MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc29 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 K MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASP 229 C ASP 234 1_555 J MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc31 C OD2 ASP 229 C ASP 234 1_555 J MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc32 J MN MN . C MN 504 1_555 L O16 AHI . C AHI 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc33 K MN MN . C MN 505 1_555 O O HOH . C HOH 768 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? metalc ? metalc34 K MN MN . C MN 505 1_555 L O16 AHI . C AHI 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1T4R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011325 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006539 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013077 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008834 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 MN A 1 500 500 MN MN . E 2 MN A 1 501 501 MN MN . F 3 AHI A 1 1000 1000 AHI AHI . G 2 MN B 1 502 502 MN MN . H 2 MN B 1 503 503 MN MN . I 3 AHI B 1 1001 1001 AHI AHI . J 2 MN C 1 504 504 MN MN . K 2 MN C 1 505 505 MN MN . L 3 AHI C 1 1002 1002 AHI AHI . M 4 HOH A 1 600 600 HOH HOH . M 4 HOH A 2 601 601 HOH HOH . M 4 HOH A 3 602 602 HOH HOH . M 4 HOH A 4 603 603 HOH HOH . M 4 HOH A 5 604 604 HOH HOH . M 4 HOH A 6 605 605 HOH HOH . M 4 HOH A 7 607 607 HOH HOH . M 4 HOH A 8 608 608 HOH HOH . M 4 HOH A 9 609 609 HOH HOH . M 4 HOH A 10 610 610 HOH HOH . M 4 HOH A 11 611 611 HOH HOH . M 4 HOH A 12 634 634 HOH HOH . M 4 HOH A 13 640 640 HOH HOH . M 4 HOH A 14 652 652 HOH HOH . M 4 HOH A 15 658 658 HOH WAT . M 4 HOH A 16 669 669 HOH WAT . M 4 HOH A 17 670 670 HOH WAT . M 4 HOH A 18 681 681 HOH WAT . M 4 HOH A 19 684 684 HOH WAT . M 4 HOH A 20 686 686 HOH WAT . M 4 HOH A 21 688 688 HOH WAT . M 4 HOH A 22 691 691 HOH WAT . M 4 HOH A 23 692 692 HOH WAT . M 4 HOH A 24 695 695 HOH WAT . M 4 HOH A 25 697 697 HOH WAT . M 4 HOH A 26 700 700 HOH WAT . M 4 HOH A 27 706 706 HOH WAT . M 4 HOH A 28 712 712 HOH HOH . M 4 HOH A 29 719 719 HOH WAT . M 4 HOH A 30 723 723 HOH WAT . M 4 HOH A 31 726 726 HOH WAT . M 4 HOH A 32 732 732 HOH WAT . M 4 HOH A 33 733 733 HOH WAT . M 4 HOH A 34 734 734 HOH WAT . M 4 HOH A 35 741 741 HOH WAT . M 4 HOH A 36 745 745 HOH WAT . M 4 HOH A 37 750 750 HOH WAT . M 4 HOH A 38 754 754 HOH WAT . M 4 HOH A 39 758 758 HOH WAT . M 4 HOH A 40 760 760 HOH HOH . M 4 HOH A 41 761 761 HOH HOH . M 4 HOH A 42 762 762 HOH WAT . M 4 HOH A 43 763 763 HOH HOH . M 4 HOH A 44 764 764 HOH HOH . M 4 HOH A 45 765 765 HOH WAT . M 4 HOH A 46 766 766 HOH WAT . N 4 HOH B 1 606 606 HOH HOH . N 4 HOH B 2 612 612 HOH HOH . N 4 HOH B 3 613 613 HOH HOH . N 4 HOH B 4 614 614 HOH HOH . N 4 HOH B 5 615 615 HOH HOH . N 4 HOH B 6 616 616 HOH HOH . N 4 HOH B 7 617 617 HOH HOH . N 4 HOH B 8 618 618 HOH HOH . N 4 HOH B 9 619 619 HOH HOH . N 4 HOH B 10 621 621 HOH HOH . N 4 HOH B 11 622 622 HOH HOH . N 4 HOH B 12 623 623 HOH HOH . N 4 HOH B 13 624 624 HOH HOH . N 4 HOH B 14 625 625 HOH HOH . N 4 HOH B 15 643 643 HOH HOH . N 4 HOH B 16 644 644 HOH HOH . N 4 HOH B 17 645 645 HOH HOH . N 4 HOH B 18 650 650 HOH HOH . N 4 HOH B 19 653 653 HOH HOH . N 4 HOH B 20 654 654 HOH WAT . N 4 HOH B 21 662 662 HOH WAT . N 4 HOH B 22 664 664 HOH WAT . N 4 HOH B 23 666 666 HOH WAT . N 4 HOH B 24 668 668 HOH WAT . N 4 HOH B 25 671 671 HOH WAT . N 4 HOH B 26 672 672 HOH WAT . N 4 HOH B 27 673 673 HOH WAT . N 4 HOH B 28 675 675 HOH WAT . N 4 HOH B 29 677 677 HOH WAT . N 4 HOH B 30 678 678 HOH WAT . N 4 HOH B 31 685 685 HOH WAT . N 4 HOH B 32 693 693 HOH WAT . N 4 HOH B 33 696 696 HOH WAT . N 4 HOH B 34 698 698 HOH WAT . N 4 HOH B 35 701 701 HOH WAT . N 4 HOH B 36 703 703 HOH WAT . N 4 HOH B 37 705 705 HOH WAT . N 4 HOH B 38 708 708 HOH HOH . N 4 HOH B 39 709 709 HOH HOH . N 4 HOH B 40 713 713 HOH HOH . N 4 HOH B 41 714 714 HOH HOH . N 4 HOH B 42 715 715 HOH WAT . N 4 HOH B 43 716 716 HOH WAT . N 4 HOH B 44 717 717 HOH HOH . N 4 HOH B 45 720 720 HOH WAT . N 4 HOH B 46 727 727 HOH WAT . N 4 HOH B 47 729 729 HOH WAT . N 4 HOH B 48 730 730 HOH WAT . N 4 HOH B 49 731 731 HOH WAT . N 4 HOH B 50 742 742 HOH WAT . N 4 HOH B 51 743 743 HOH WAT . N 4 HOH B 52 747 747 HOH WAT . N 4 HOH B 53 749 749 HOH WAT . N 4 HOH B 54 752 752 HOH WAT . N 4 HOH B 55 753 753 HOH WAT . N 4 HOH B 56 757 757 HOH WAT . O 4 HOH C 1 620 620 HOH HOH . O 4 HOH C 2 626 626 HOH HOH . O 4 HOH C 3 627 627 HOH HOH . O 4 HOH C 4 628 628 HOH HOH . O 4 HOH C 5 629 629 HOH HOH . O 4 HOH C 6 630 630 HOH HOH . O 4 HOH C 7 631 631 HOH HOH . O 4 HOH C 8 632 632 HOH HOH . O 4 HOH C 9 633 633 HOH HOH . O 4 HOH C 10 635 635 HOH HOH . O 4 HOH C 11 636 636 HOH HOH . O 4 HOH C 12 637 637 HOH HOH . O 4 HOH C 13 638 638 HOH HOH . O 4 HOH C 14 639 639 HOH HOH . O 4 HOH C 15 641 641 HOH HOH . O 4 HOH C 16 642 642 HOH HOH . O 4 HOH C 17 646 646 HOH HOH . O 4 HOH C 18 647 647 HOH HOH . O 4 HOH C 19 648 648 HOH HOH . O 4 HOH C 20 649 649 HOH HOH . O 4 HOH C 21 651 651 HOH HOH . O 4 HOH C 22 655 655 HOH WAT . O 4 HOH C 23 656 656 HOH WAT . O 4 HOH C 24 657 657 HOH WAT . O 4 HOH C 25 659 659 HOH WAT . O 4 HOH C 26 660 660 HOH WAT . O 4 HOH C 27 661 661 HOH WAT . O 4 HOH C 28 663 663 HOH WAT . O 4 HOH C 29 665 665 HOH WAT . O 4 HOH C 30 667 667 HOH WAT . O 4 HOH C 31 674 674 HOH WAT . O 4 HOH C 32 676 676 HOH WAT . O 4 HOH C 33 679 679 HOH WAT . O 4 HOH C 34 680 680 HOH WAT . O 4 HOH C 35 682 682 HOH WAT . O 4 HOH C 36 683 683 HOH WAT . O 4 HOH C 37 687 687 HOH WAT . O 4 HOH C 38 689 689 HOH WAT . O 4 HOH C 39 690 690 HOH WAT . O 4 HOH C 40 694 694 HOH WAT . O 4 HOH C 41 699 699 HOH WAT . O 4 HOH C 42 702 702 HOH WAT . O 4 HOH C 43 704 704 HOH WAT . O 4 HOH C 44 707 707 HOH WAT . O 4 HOH C 45 710 710 HOH WAT . O 4 HOH C 46 711 711 HOH WAT . O 4 HOH C 47 718 718 HOH WAT . O 4 HOH C 48 721 721 HOH WAT . O 4 HOH C 49 722 722 HOH WAT . O 4 HOH C 50 724 724 HOH WAT . O 4 HOH C 51 725 725 HOH WAT . O 4 HOH C 52 728 728 HOH WAT . O 4 HOH C 53 735 735 HOH WAT . O 4 HOH C 54 736 736 HOH WAT . O 4 HOH C 55 737 737 HOH WAT . O 4 HOH C 56 738 738 HOH WAT . O 4 HOH C 57 739 739 HOH WAT . O 4 HOH C 58 740 740 HOH WAT . O 4 HOH C 59 744 744 HOH WAT . O 4 HOH C 60 746 746 HOH WAT . O 4 HOH C 61 748 748 HOH WAT . O 4 HOH C 62 751 751 HOH WAT . O 4 HOH C 63 755 755 HOH WAT . O 4 HOH C 64 756 756 HOH WAT . O 4 HOH C 65 759 759 HOH WAT . O 4 HOH C 66 767 767 HOH HOH . O 4 HOH C 67 768 768 HOH WAT . O 4 HOH C 68 769 769 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -6.639 _atom_site.Cartn_y 7.096 _atom_site.Cartn_z 1.062 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 33.06 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 27 _model_server_stats.query_time_ms 357 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #