data_1T5G # _model_server_result.job_id wfHcwse0Bwh-YWWb4rmPWg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-14 02:43:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1t5g # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":503}' # _entry.id 1T5G # _exptl.entry_id 1T5G _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1T5G _cell.length_a 87.72 _cell.length_b 87.72 _cell.length_c 104.52 _cell.Z_PDB 9 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1T5G _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 145 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 P N N ? 3 Q N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 96 A HIS 101 1_555 G MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 119 A ASP 124 1_555 F MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 119 A ASP 124 1_555 G MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 121 A HIS 126 1_555 F MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 123 A ASP 128 1_555 G MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 F MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 227 A ASP 232 1_555 G MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 229 A ASP 234 1_555 F MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 229 A ASP 234 1_555 F MN MN . A MN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc10 F MN MN . A MN 500 1_555 D F F . A F 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc11 G MN MN . A MN 501 1_555 D F F . A F 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc12 G MN MN . A MN 501 1_555 E F F . A F 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc13 B ND1 HIS 96 B HIS 101 1_555 L MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 119 B ASP 124 1_555 K MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 119 B ASP 124 1_555 L MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc16 B ND1 HIS 121 B HIS 126 1_555 K MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc17 B OD2 ASP 123 B ASP 128 1_555 L MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc18 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 K MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 227 B ASP 232 1_555 L MN MN . B MN 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 229 B ASP 234 1_555 K MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 229 B ASP 234 1_555 K MN MN . B MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc22 K MN MN . B MN 502 1_555 I F F . B F 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc23 L MN MN . B MN 503 1_555 I F F . B F 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc24 L MN MN . B MN 503 1_555 J F F . B F 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc25 C ND1 HIS 96 C HIS 101 1_555 Q MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc26 C OD1 ASP 119 C ASP 124 1_555 P MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 119 C ASP 124 1_555 Q MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc28 C ND1 HIS 121 C HIS 126 1_555 P MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc29 C OD2 ASP 123 C ASP 128 1_555 Q MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 P MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc31 C OD2 ASP 227 C ASP 232 1_555 Q MN MN . C MN 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASP 229 C ASP 234 1_555 P MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc33 C OD2 ASP 229 C ASP 234 1_555 P MN MN . C MN 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc34 P MN MN . C MN 504 1_555 N F F . C F 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc35 Q MN MN . C MN 505 1_555 N F F . C F 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc36 Q MN MN . C MN 505 1_555 O F F . C F 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1T5G _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.0114 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006582 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013163 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009568 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 F A 1 602 602 F F1 . E 2 F A 1 603 603 F F1 . F 3 MN A 1 500 500 MN MN . G 3 MN A 1 501 501 MN MN . H 4 ARG A 1 1000 1000 ARG SUB . I 2 F B 1 604 604 F F1 . J 2 F B 1 605 605 F F1 . K 3 MN B 1 502 502 MN MN . L 3 MN B 1 503 503 MN MN . M 4 ARG B 1 1001 1001 ARG SUB . N 2 F C 1 600 600 F F1 . O 2 F C 1 601 601 F F1 . P 3 MN C 1 504 504 MN MN . Q 3 MN C 1 505 505 MN MN . R 4 ARG C 1 1002 1002 ARG SUB . S 5 HOH A 1 701 701 HOH WAT . S 5 HOH A 2 702 702 HOH WAT . S 5 HOH A 3 704 704 HOH WAT . S 5 HOH A 4 713 713 HOH WAT . S 5 HOH A 5 714 714 HOH WAT . S 5 HOH A 6 716 716 HOH WAT . S 5 HOH A 7 722 722 HOH WAT . S 5 HOH A 8 726 726 HOH WAT . S 5 HOH A 9 728 728 HOH WAT . S 5 HOH A 10 731 731 HOH WAT . S 5 HOH A 11 732 732 HOH WAT . S 5 HOH A 12 735 735 HOH WAT . S 5 HOH A 13 744 744 HOH WAT . S 5 HOH A 14 747 747 HOH WAT . S 5 HOH A 15 756 756 HOH WAT . S 5 HOH A 16 759 759 HOH WAT . S 5 HOH A 17 761 761 HOH WAT . S 5 HOH A 18 762 762 HOH WAT . S 5 HOH A 19 765 765 HOH WAT . S 5 HOH A 20 766 766 HOH WAT . S 5 HOH A 21 767 767 HOH WAT . S 5 HOH A 22 768 768 HOH WAT . S 5 HOH A 23 769 769 HOH WAT . S 5 HOH A 24 771 771 HOH WAT . S 5 HOH A 25 779 779 HOH WAT . S 5 HOH A 26 780 780 HOH WAT . S 5 HOH A 27 791 791 HOH WAT . S 5 HOH A 28 792 792 HOH WAT . S 5 HOH A 29 796 796 HOH WAT . S 5 HOH A 30 798 798 HOH WAT . T 5 HOH B 1 706 706 HOH WAT . T 5 HOH B 2 707 707 HOH WAT . T 5 HOH B 3 710 710 HOH WAT . T 5 HOH B 4 711 711 HOH WAT . T 5 HOH B 5 715 715 HOH WAT . T 5 HOH B 6 717 717 HOH WAT . T 5 HOH B 7 718 718 HOH WAT . T 5 HOH B 8 719 719 HOH WAT . T 5 HOH B 9 720 720 HOH WAT . T 5 HOH B 10 723 723 HOH WAT . T 5 HOH B 11 725 725 HOH WAT . T 5 HOH B 12 727 727 HOH WAT . T 5 HOH B 13 734 734 HOH WAT . T 5 HOH B 14 740 740 HOH WAT . T 5 HOH B 15 741 741 HOH WAT . T 5 HOH B 16 748 748 HOH WAT . T 5 HOH B 17 750 750 HOH WAT . T 5 HOH B 18 751 751 HOH WAT . T 5 HOH B 19 752 752 HOH WAT . T 5 HOH B 20 754 754 HOH WAT . T 5 HOH B 21 755 755 HOH WAT . T 5 HOH B 22 757 757 HOH WAT . T 5 HOH B 23 758 758 HOH WAT . T 5 HOH B 24 760 760 HOH WAT . T 5 HOH B 25 763 763 HOH WAT . T 5 HOH B 26 772 772 HOH WAT . T 5 HOH B 27 773 773 HOH WAT . T 5 HOH B 28 774 774 HOH WAT . T 5 HOH B 29 781 781 HOH WAT . T 5 HOH B 30 786 786 HOH WAT . T 5 HOH B 31 797 797 HOH WAT . T 5 HOH B 32 799 799 HOH WAT . U 5 HOH C 1 700 700 HOH WAT . U 5 HOH C 2 703 703 HOH WAT . U 5 HOH C 3 705 705 HOH WAT . U 5 HOH C 4 708 708 HOH WAT . U 5 HOH C 5 709 709 HOH WAT . U 5 HOH C 6 712 712 HOH WAT . U 5 HOH C 7 721 721 HOH WAT . U 5 HOH C 8 724 724 HOH WAT . U 5 HOH C 9 729 729 HOH WAT . U 5 HOH C 10 730 730 HOH WAT . U 5 HOH C 11 733 733 HOH WAT . U 5 HOH C 12 736 736 HOH WAT . U 5 HOH C 13 737 737 HOH WAT . U 5 HOH C 14 738 738 HOH WAT . U 5 HOH C 15 739 739 HOH WAT . U 5 HOH C 16 742 742 HOH WAT . U 5 HOH C 17 743 743 HOH WAT . U 5 HOH C 18 745 745 HOH WAT . U 5 HOH C 19 746 746 HOH WAT . U 5 HOH C 20 749 749 HOH WAT . U 5 HOH C 21 753 753 HOH WAT . U 5 HOH C 22 764 764 HOH WAT . U 5 HOH C 23 770 770 HOH WAT . U 5 HOH C 24 775 775 HOH WAT . U 5 HOH C 25 776 776 HOH WAT . U 5 HOH C 26 777 777 HOH WAT . U 5 HOH C 27 778 778 HOH WAT . U 5 HOH C 28 782 782 HOH WAT . U 5 HOH C 29 783 783 HOH WAT . U 5 HOH C 30 784 784 HOH WAT . U 5 HOH C 31 785 785 HOH WAT . U 5 HOH C 32 787 787 HOH WAT . U 5 HOH C 33 788 788 HOH WAT . U 5 HOH C 34 789 789 HOH WAT . U 5 HOH C 35 790 790 HOH WAT . U 5 HOH C 36 793 793 HOH WAT . U 5 HOH C 37 794 794 HOH WAT . U 5 HOH C 38 795 795 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 50.903 _atom_site.Cartn_y 19.524 _atom_site.Cartn_z -1.876 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 29.52 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 503 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #