data_1TKO # _model_server_result.job_id BeOS99sEKaFMIUV9rfUGVw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-30 21:26:42' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1tko # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":319}' # _entry.id 1TKO # _exptl.entry_id 1TKO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 55.845 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 38 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1TKO _cell.length_a 91.11 _cell.length_b 91.11 _cell.length_c 150.04 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1TKO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 150 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 3 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA,PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -y+1,x-y,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 91.11 0 0 3 'crystal symmetry operation' 3_665 -x+y+1,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 45.555 78.903575 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 P N N ? 3 Q N N ? 3 S N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 DA N N ? 3 EA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N ? 3 HA N N ? 3 IA N N ? 3 JA N N ? 3 KA N N ? 3 LA N N ? 3 MA N N ? 3 OA N N ? 3 PA N N ? 3 QA N N ? 3 RA N N ? 3 SA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 52 A HIS 52 1_555 Y FE FE . B FE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 56 A GLU 56 1_555 U FE FE . B FE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 59 A GLU 59 1_555 TA NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.997 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 75 A GLU 75 1_555 I FE FE . A FE 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 79 A ASP 79 1_555 O FE FE . A FE 332 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 79 A ASP 79 1_555 O FE FE . A FE 332 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 80 A GLU 80 1_555 K FE FE . A FE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.579 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 83 A GLU 83 1_555 O FE FE . A FE 332 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 154 A GLU 154 1_555 F FE FE . A FE 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 154 A GLU 154 1_555 G FE FE . A FE 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc11 A NE2 HIS 168 A HIS 168 1_555 EA FE FE . C FE 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc12 F FE FE . A FE 302 1_555 C OE2 GLU 154 C GLU 154 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc13 F FE FE . A FE 302 1_555 D OE2 GLU 154 D GLU 154 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? metalc ? metalc14 G FE FE . A FE 304 1_555 UA O HOH . A HOH 346 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? metalc ? metalc15 I FE FE . A FE 312 1_555 B OE1 GLU 75 B GLU 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc16 I FE FE . A FE 312 1_555 T FE FE . B FE 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc17 J FE FE . A FE 314 1_555 B OE1 GLU 56 B GLU 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc18 N FE FE . A FE 325 1_555 UA O HOH . A HOH 348 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc19 O FE FE . A FE 332 1_555 B NE2 HIS 52 B HIS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc20 UA O HOH . A HOH 346 1_555 HA FE FE . C FE 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc21 UA O HOH . A HOH 348 1_555 T FE FE . B FE 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc22 B NE2 HIS 64 B HIS 64 1_555 AA FE FE . B FE 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? metalc ? metalc23 B OD2 ASP 79 B ASP 79 1_555 Y FE FE . B FE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 79 B ASP 79 1_555 Y FE FE . B FE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.795 ? metalc ? metalc25 B OE1 GLU 80 B GLU 80 1_555 V FE FE . B FE 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc26 B OE1 GLU 83 B GLU 83 1_555 Y FE FE . B FE 330 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc27 B OE1 GLN 86 B GLN 86 1_555 U FE FE . B FE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc28 B OE2 GLU 154 B GLU 154 1_555 S FE FE . B FE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc29 B NE2 HIS 168 B HIS 168 3_665 U FE FE . B FE 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? metalc ? metalc30 CA FE FE . B FE 336 1_555 VA O HOH . B HOH 341 3_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc31 C NE2 HIS 52 C HIS 52 1_555 RA FE FE . D FE 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLU 59 C GLU 59 1_555 NA NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc33 C NE2 HIS 64 C HIS 64 1_555 SA FE FE . D FE 327 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc34 C OE1 GLU 75 C GLU 75 1_555 GA FE FE . C FE 308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc35 C OE2 GLU 75 C GLU 75 1_555 JA FE FE . C FE 324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc36 C OD2 ASP 79 C ASP 79 1_555 KA FE FE . C FE 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc37 C OE2 GLU 83 C GLU 83 1_555 IA FE FE . C FE 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc38 C OE1 GLU 83 C GLU 83 1_555 KA FE FE . C FE 328 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? metalc ? metalc39 C OE1 GLN 86 C GLN 86 1_555 EA FE FE . C FE 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc40 C NE2 HIS 168 C HIS 168 3_665 OA FE FE . D FE 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc41 C OE1 GLU 171 C GLU 171 3_665 PA FE FE . D FE 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc42 C OD1 ASP 172 C ASP 172 3_665 PA FE FE . D FE 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.661 ? metalc ? metalc43 EA FE FE . C FE 305 1_555 D OE1 GLU 56 D GLU 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc44 GA FE FE . C FE 308 1_555 D OE2 GLU 75 D GLU 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc45 HA FE FE . C FE 309 1_555 D OE2 GLU 154 D GLU 154 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc46 HA FE FE . C FE 309 1_555 D OE1 GLU 154 D GLU 154 2_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc47 IA FE FE . C FE 317 1_555 WA O HOH . C HOH 508 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc48 JA FE FE . C FE 324 1_555 D OE1 GLU 75 D GLU 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc49 KA FE FE . C FE 328 1_555 D NE2 HIS 52 D HIS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc50 D OD2 ASP 25 D ASP 25 5_556 PA FE FE . D FE 315 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? metalc ? metalc51 D OE1 GLU 59 D GLU 59 1_555 TA NA NA . D NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.875 ? metalc ? metalc52 D OD2 ASP 79 D ASP 79 1_555 RA FE FE . D FE 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc53 D OE2 GLU 80 D GLU 80 1_555 QA FE FE . D FE 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc54 D OE1 GLU 80 D GLU 80 1_555 QA FE FE . D FE 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc55 D OE1 GLU 83 D GLU 83 1_555 RA FE FE . D FE 326 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? # _chem_comp.formula 'Fe 3' _chem_comp.formula_weight 55.845 _chem_comp.id FE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1TKO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010976 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006337 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012674 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006665 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 SO4 A 1 201 201 SO4 SO4 . F 3 FE A 1 302 302 FE FE . G 3 FE A 1 304 304 FE FE . H 3 FE A 1 306 306 FE FE . I 3 FE A 1 312 312 FE FE . J 3 FE A 1 314 314 FE FE . K 3 FE A 1 316 316 FE FE . L 3 FE A 1 320 320 FE FE . M 3 FE A 1 322 322 FE FE . N 3 FE A 1 325 325 FE FE . O 3 FE A 1 332 332 FE FE . P 3 FE A 1 337 337 FE FE . Q 3 FE A 1 338 338 FE FE . R 2 SO4 B 1 202 202 SO4 SO4 . S 3 FE B 1 301 301 FE FE . T 3 FE B 1 311 311 FE FE . U 3 FE B 1 313 313 FE FE . V 3 FE B 1 318 318 FE FE . W 3 FE B 1 319 319 FE FE . X 3 FE B 1 321 321 FE FE . Y 3 FE B 1 330 330 FE FE . Z 3 FE B 1 331 331 FE FE . AA 3 FE B 1 333 333 FE FE . BA 3 FE B 1 335 335 FE FE . CA 3 FE B 1 336 336 FE FE . DA 3 FE C 1 303 303 FE FE . EA 3 FE C 1 305 305 FE FE . FA 3 FE C 1 307 307 FE FE . GA 3 FE C 1 308 308 FE FE . HA 3 FE C 1 309 309 FE FE . IA 3 FE C 1 317 317 FE FE . JA 3 FE C 1 324 324 FE FE . KA 3 FE C 1 328 328 FE FE . LA 3 FE C 1 329 329 FE FE . MA 3 FE C 1 334 334 FE FE . NA 4 NA C 1 502 502 NA NA . OA 3 FE D 1 310 310 FE FE . PA 3 FE D 1 315 315 FE FE . QA 3 FE D 1 323 323 FE FE . RA 3 FE D 1 326 326 FE FE . SA 3 FE D 1 327 327 FE FE . TA 4 NA D 1 501 501 NA NA . UA 5 HOH A 1 339 2 HOH HOH . UA 5 HOH A 2 340 5 HOH HOH . UA 5 HOH A 3 341 8 HOH HOH . UA 5 HOH A 4 342 9 HOH HOH . UA 5 HOH A 5 343 12 HOH HOH . UA 5 HOH A 6 344 15 HOH HOH . UA 5 HOH A 7 345 20 HOH HOH . UA 5 HOH A 8 346 22 HOH HOH . UA 5 HOH A 9 347 23 HOH HOH . UA 5 HOH A 10 348 27 HOH HOH . UA 5 HOH A 11 349 30 HOH HOH . UA 5 HOH A 12 350 32 HOH HOH . UA 5 HOH A 13 351 40 HOH HOH . VA 5 HOH B 1 337 10 HOH HOH . VA 5 HOH B 2 338 11 HOH HOH . VA 5 HOH B 3 339 16 HOH HOH . VA 5 HOH B 4 340 17 HOH HOH . VA 5 HOH B 5 341 34 HOH HOH . VA 5 HOH B 6 342 39 HOH HOH . WA 5 HOH C 1 503 4 HOH HOH . WA 5 HOH C 2 504 6 HOH HOH . WA 5 HOH C 3 505 19 HOH HOH . WA 5 HOH C 4 506 25 HOH HOH . WA 5 HOH C 5 507 28 HOH HOH . WA 5 HOH C 6 508 33 HOH HOH . WA 5 HOH C 7 509 37 HOH HOH . XA 5 HOH D 1 502 1 HOH HOH . XA 5 HOH D 2 503 3 HOH HOH . XA 5 HOH D 3 504 7 HOH HOH . XA 5 HOH D 4 505 13 HOH HOH . XA 5 HOH D 5 506 14 HOH HOH . XA 5 HOH D 6 507 18 HOH HOH . XA 5 HOH D 7 508 21 HOH HOH . XA 5 HOH D 8 509 24 HOH HOH . XA 5 HOH D 9 510 26 HOH HOH . XA 5 HOH D 10 511 29 HOH HOH . XA 5 HOH D 11 512 31 HOH HOH . XA 5 HOH D 12 513 35 HOH HOH . XA 5 HOH D 13 514 36 HOH HOH . XA 5 HOH D 14 515 38 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol FE _atom_site.label_atom_id FE _atom_site.label_comp_id FE _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id W _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 46.086 _atom_site.Cartn_y 26.612 _atom_site.Cartn_z 17.323 _atom_site.occupancy 0.5 _atom_site.B_iso_or_equiv 34.56 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id FE _atom_site.auth_comp_id FE _atom_site.auth_seq_id 319 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 32 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 36 _model_server_stats.query_time_ms 507 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #