data_1UL3 # _model_server_result.job_id QIhifZsVTXu1DzVBWinwIQ _model_server_result.datetime_utc '2025-01-13 08:46:10' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1ul3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":601}' # _entry.id 1UL3 # _exptl.entry_id 1UL3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1UL3 _cell.length_a 129.569 _cell.length_b 129.569 _cell.length_c 74.329 _cell.Z_PDB 36 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1UL3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,E,F,G,H,I,J,K 1 1 D,L 2 1,2,3 C,G,H,K 3 1 B,F,J 3 4 A,E,I 3 5 D,L 3 6 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_665 -y+1,x-y+1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 64.7845 112.210046 0 3 'crystal symmetry operation' 3_565 -x+y,-x+1,z -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -64.7845 112.210046 0 4 'crystal symmetry operation' 2_675 -y+1,x-y+2,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 224.420091 0 5 'crystal symmetry operation' 6_465 -x+y-1/3,-x+4/3,z+1/3 -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -129.569 149.613394 24.776333 6 'crystal symmetry operation' 6_464 -x+y-1/3,-x+4/3,z-2/3 -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 -129.569 149.613394 -49.552667 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O PHE 11 A PHE 11 6_465 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 14 A ASP 14 6_465 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 14 A ASP 14 6_465 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 15 A GLU 15 6_465 G CA CA . C CA 601 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc5 B O PHE 11 B PHE 11 1_555 F CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc6 B OD2 ASP 14 B ASP 14 1_555 F CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc7 B OD1 ASP 14 B ASP 14 1_555 F CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc8 B OE2 GLU 15 B GLU 15 1_555 F CA CA . B CA 602 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc9 F CA CA . B CA 602 1_555 D O PHE 11 D PHE 11 5_564 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc10 F CA CA . B CA 602 1_555 D OD1 ASP 14 D ASP 14 5_564 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc11 F CA CA . B CA 602 1_555 D OD2 ASP 14 D ASP 14 5_564 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc12 F CA CA . B CA 602 1_555 D OE1 GLU 15 D GLU 15 5_564 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc13 C O PHE 11 C PHE 11 1_555 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc14 C OD1 ASP 14 C ASP 14 1_555 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc15 C OD2 ASP 14 C ASP 14 1_555 G CA CA . C CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? metalc ? metalc16 C OE2 GLU 15 C GLU 15 1_555 G CA CA . C CA 601 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1UL3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007718 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004456 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008912 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.013454 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 GOL A 1 500 500 GOL GOL . F 3 CA B 1 602 2 CA CA . G 3 CA C 1 601 1 CA CA . H 2 GOL C 1 501 501 GOL GOL . I 4 HOH A 1 501 2 HOH WAT . I 4 HOH A 2 502 3 HOH WAT . I 4 HOH A 3 503 15 HOH WAT . I 4 HOH A 4 504 18 HOH WAT . I 4 HOH A 5 505 26 HOH WAT . I 4 HOH A 6 506 28 HOH WAT . I 4 HOH A 7 507 32 HOH WAT . I 4 HOH A 8 508 33 HOH WAT . I 4 HOH A 9 509 43 HOH WAT . I 4 HOH A 10 510 46 HOH WAT . I 4 HOH A 11 511 55 HOH WAT . I 4 HOH A 12 512 58 HOH WAT . I 4 HOH A 13 513 62 HOH WAT . I 4 HOH A 14 514 63 HOH WAT . I 4 HOH A 15 515 66 HOH WAT . I 4 HOH A 16 516 72 HOH WAT . I 4 HOH A 17 517 79 HOH WAT . I 4 HOH A 18 518 85 HOH WAT . I 4 HOH A 19 519 86 HOH WAT . I 4 HOH A 20 520 87 HOH WAT . I 4 HOH A 21 521 88 HOH WAT . I 4 HOH A 22 522 89 HOH WAT . I 4 HOH A 23 523 95 HOH WAT . I 4 HOH A 24 524 116 HOH WAT . I 4 HOH A 25 525 117 HOH WAT . I 4 HOH A 26 526 118 HOH WAT . I 4 HOH A 27 527 119 HOH WAT . I 4 HOH A 28 528 120 HOH WAT . I 4 HOH A 29 529 124 HOH WAT . I 4 HOH A 30 530 126 HOH WAT . I 4 HOH A 31 531 127 HOH WAT . I 4 HOH A 32 532 128 HOH WAT . I 4 HOH A 33 533 129 HOH WAT . I 4 HOH A 34 534 132 HOH WAT . I 4 HOH A 35 535 133 HOH WAT . I 4 HOH A 36 536 142 HOH WAT . I 4 HOH A 37 537 144 HOH WAT . I 4 HOH A 38 538 156 HOH WAT . I 4 HOH A 39 539 163 HOH WAT . I 4 HOH A 40 540 164 HOH WAT . I 4 HOH A 41 541 205 HOH WAT . I 4 HOH A 42 542 207 HOH WAT . I 4 HOH A 43 543 208 HOH WAT . I 4 HOH A 44 544 211 HOH WAT . I 4 HOH A 45 545 212 HOH WAT . I 4 HOH A 46 546 213 HOH WAT . J 4 HOH B 1 603 6 HOH WAT . J 4 HOH B 2 604 10 HOH WAT . J 4 HOH B 3 605 14 HOH WAT . J 4 HOH B 4 606 19 HOH WAT . J 4 HOH B 5 607 23 HOH WAT . J 4 HOH B 6 608 27 HOH WAT . J 4 HOH B 7 609 29 HOH WAT . J 4 HOH B 8 610 41 HOH WAT . J 4 HOH B 9 611 49 HOH WAT . J 4 HOH B 10 612 50 HOH WAT . J 4 HOH B 11 613 52 HOH WAT . J 4 HOH B 12 614 53 HOH WAT . J 4 HOH B 13 615 57 HOH WAT . J 4 HOH B 14 616 60 HOH WAT . J 4 HOH B 15 617 70 HOH WAT . J 4 HOH B 16 618 73 HOH WAT . J 4 HOH B 17 619 76 HOH WAT . J 4 HOH B 18 620 80 HOH WAT . J 4 HOH B 19 621 84 HOH WAT . J 4 HOH B 20 622 125 HOH WAT . J 4 HOH B 21 623 135 HOH WAT . J 4 HOH B 22 624 136 HOH WAT . J 4 HOH B 23 625 139 HOH WAT . J 4 HOH B 24 626 140 HOH WAT . J 4 HOH B 25 627 141 HOH WAT . J 4 HOH B 26 628 143 HOH WAT . J 4 HOH B 27 629 145 HOH WAT . J 4 HOH B 28 630 146 HOH WAT . J 4 HOH B 29 631 147 HOH WAT . J 4 HOH B 30 632 148 HOH WAT . J 4 HOH B 31 633 149 HOH WAT . J 4 HOH B 32 634 150 HOH WAT . J 4 HOH B 33 635 167 HOH WAT . J 4 HOH B 34 636 168 HOH WAT . J 4 HOH B 35 637 188 HOH WAT . J 4 HOH B 36 638 189 HOH WAT . J 4 HOH B 37 639 191 HOH WAT . J 4 HOH B 38 640 192 HOH WAT . J 4 HOH B 39 641 195 HOH WAT . J 4 HOH B 40 642 200 HOH WAT . J 4 HOH B 41 643 201 HOH WAT . J 4 HOH B 42 644 206 HOH WAT . J 4 HOH B 43 645 209 HOH WAT . J 4 HOH B 44 646 210 HOH WAT . J 4 HOH B 45 647 216 HOH WAT . K 4 HOH C 1 602 7 HOH WAT . K 4 HOH C 2 603 8 HOH WAT . K 4 HOH C 3 604 12 HOH WAT . K 4 HOH C 4 605 17 HOH WAT . K 4 HOH C 5 606 20 HOH WAT . K 4 HOH C 6 607 22 HOH WAT . K 4 HOH C 7 608 25 HOH WAT . K 4 HOH C 8 609 31 HOH WAT . K 4 HOH C 9 610 35 HOH WAT . K 4 HOH C 10 611 36 HOH WAT . K 4 HOH C 11 612 38 HOH WAT . K 4 HOH C 12 613 40 HOH WAT . K 4 HOH C 13 614 44 HOH WAT . K 4 HOH C 14 615 51 HOH WAT . K 4 HOH C 15 616 65 HOH WAT . K 4 HOH C 16 617 67 HOH WAT . K 4 HOH C 17 618 77 HOH WAT . K 4 HOH C 18 619 83 HOH WAT . K 4 HOH C 19 620 90 HOH WAT . K 4 HOH C 20 621 91 HOH WAT . K 4 HOH C 21 622 92 HOH WAT . K 4 HOH C 22 623 93 HOH WAT . K 4 HOH C 23 624 96 HOH WAT . K 4 HOH C 24 625 121 HOH WAT . K 4 HOH C 25 626 122 HOH WAT . K 4 HOH C 26 627 123 HOH WAT . K 4 HOH C 27 628 130 HOH WAT . K 4 HOH C 28 629 134 HOH WAT . K 4 HOH C 29 630 137 HOH WAT . K 4 HOH C 30 631 138 HOH WAT . K 4 HOH C 31 632 151 HOH WAT . K 4 HOH C 32 633 152 HOH WAT . K 4 HOH C 33 634 153 HOH WAT . K 4 HOH C 34 635 154 HOH WAT . K 4 HOH C 35 636 155 HOH WAT . K 4 HOH C 36 637 157 HOH WAT . K 4 HOH C 37 638 158 HOH WAT . K 4 HOH C 38 639 159 HOH WAT . K 4 HOH C 39 640 160 HOH WAT . K 4 HOH C 40 641 161 HOH WAT . K 4 HOH C 41 642 162 HOH WAT . K 4 HOH C 42 643 165 HOH WAT . K 4 HOH C 43 644 166 HOH WAT . K 4 HOH C 44 645 171 HOH WAT . K 4 HOH C 45 646 181 HOH WAT . K 4 HOH C 46 647 185 HOH WAT . K 4 HOH C 47 648 190 HOH WAT . K 4 HOH C 48 649 193 HOH WAT . K 4 HOH C 49 650 194 HOH WAT . K 4 HOH C 50 651 196 HOH WAT . K 4 HOH C 51 652 203 HOH WAT . K 4 HOH C 52 653 204 HOH WAT . K 4 HOH C 53 654 214 HOH WAT . K 4 HOH C 54 655 215 HOH WAT . L 4 HOH D 1 113 1 HOH WAT . L 4 HOH D 2 114 4 HOH WAT . L 4 HOH D 3 115 5 HOH WAT . L 4 HOH D 4 116 9 HOH WAT . L 4 HOH D 5 117 11 HOH WAT . L 4 HOH D 6 118 13 HOH WAT . L 4 HOH D 7 119 16 HOH WAT . L 4 HOH D 8 120 21 HOH WAT . L 4 HOH D 9 121 24 HOH WAT . L 4 HOH D 10 122 30 HOH WAT . L 4 HOH D 11 123 34 HOH WAT . L 4 HOH D 12 124 37 HOH WAT . L 4 HOH D 13 125 39 HOH WAT . L 4 HOH D 14 126 42 HOH WAT . L 4 HOH D 15 127 45 HOH WAT . L 4 HOH D 16 128 47 HOH WAT . L 4 HOH D 17 129 48 HOH WAT . L 4 HOH D 18 130 54 HOH WAT . L 4 HOH D 19 131 56 HOH WAT . L 4 HOH D 20 132 59 HOH WAT . L 4 HOH D 21 133 61 HOH WAT . L 4 HOH D 22 134 64 HOH WAT . L 4 HOH D 23 135 68 HOH WAT . L 4 HOH D 24 136 69 HOH WAT . L 4 HOH D 25 137 71 HOH WAT . L 4 HOH D 26 138 75 HOH WAT . L 4 HOH D 27 139 78 HOH WAT . L 4 HOH D 28 140 81 HOH WAT . L 4 HOH D 29 141 82 HOH WAT . L 4 HOH D 30 142 97 HOH WAT . L 4 HOH D 31 143 98 HOH WAT . L 4 HOH D 32 144 99 HOH WAT . L 4 HOH D 33 145 101 HOH WAT . L 4 HOH D 34 146 102 HOH WAT . L 4 HOH D 35 147 103 HOH WAT . L 4 HOH D 36 148 104 HOH WAT . L 4 HOH D 37 149 105 HOH WAT . L 4 HOH D 38 150 106 HOH WAT . L 4 HOH D 39 151 107 HOH WAT . L 4 HOH D 40 152 108 HOH WAT . L 4 HOH D 41 153 109 HOH WAT . L 4 HOH D 42 154 110 HOH WAT . L 4 HOH D 43 155 111 HOH WAT . L 4 HOH D 44 156 112 HOH WAT . L 4 HOH D 45 157 114 HOH WAT . L 4 HOH D 46 158 115 HOH WAT . L 4 HOH D 47 159 169 HOH WAT . L 4 HOH D 48 160 170 HOH WAT . L 4 HOH D 49 161 172 HOH WAT . L 4 HOH D 50 162 173 HOH WAT . L 4 HOH D 51 163 174 HOH WAT . L 4 HOH D 52 164 175 HOH WAT . L 4 HOH D 53 165 176 HOH WAT . L 4 HOH D 54 166 177 HOH WAT . L 4 HOH D 55 167 178 HOH WAT . L 4 HOH D 56 168 179 HOH WAT . L 4 HOH D 57 169 180 HOH WAT . L 4 HOH D 58 170 182 HOH WAT . L 4 HOH D 59 171 184 HOH WAT . L 4 HOH D 60 172 186 HOH WAT . L 4 HOH D 61 173 187 HOH WAT . L 4 HOH D 62 174 197 HOH WAT . L 4 HOH D 63 175 198 HOH WAT . L 4 HOH D 64 176 199 HOH WAT . L 4 HOH D 65 177 202 HOH WAT . L 4 HOH D 66 178 217 HOH WAT . L 4 HOH D 67 179 218 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -35.745 _atom_site.Cartn_y 111.21 _atom_site.Cartn_z 14.569 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 32.27 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 601 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #