data_1V8B
#
_model_server_result.job_id            bWiEnFe1FivCCQnANKY_BQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-02 11:21:40' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1v8b 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    1V8B 
#
_exptl.entry_id    1V8B 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              663.425 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1V8B 
_cell.length_a            77.09 
_cell.length_b            86.15 
_cell.length_c            333.8 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1V8B 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A OE2 GLU 287 A GLU 287 1_555 E O3B NAD . A NAD 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? 
covale ? covale2 B OE2 GLU 287 B GLU 287 1_555 G O3B NAD . B NAD 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.646 ? 
covale ? covale3 C OE2 GLU 287 C GLU 287 1_555 I O3B NAD . C NAD 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? 
covale ? covale4 D OE2 GLU 287 D GLU 287 1_555 K O3B NAD . D NAD 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
#
_chem_comp.formula           'C21 H27 N7 O14 P2' 
_chem_comp.formula_weight    663.425 
_chem_comp.id                NAD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A NAD doub 271 n n 
PA O2A NAD sing 272 n n 
PA O5B NAD sing 273 n n 
PA O3 NAD sing 274 n n 
O2A HOA2 NAD sing 275 n n 
O5B C5B NAD sing 276 n n 
C5B C4B NAD sing 277 n n 
C5B H51A NAD sing 278 n n 
C5B H52A NAD sing 279 n n 
C4B O4B NAD sing 280 n n 
C4B C3B NAD sing 281 n n 
C4B H4B NAD sing 282 n n 
O4B C1B NAD sing 283 n n 
C3B O3B NAD sing 284 n n 
C3B C2B NAD sing 285 n n 
C3B H3B NAD sing 286 n n 
O3B HO3A NAD sing 287 n n 
C2B O2B NAD sing 288 n n 
C2B C1B NAD sing 289 n n 
C2B H2B NAD sing 290 n n 
O2B HO2A NAD sing 291 n n 
C1B N9A NAD sing 292 n n 
C1B H1B NAD sing 293 n n 
N9A C8A NAD sing 294 n y 
N9A C4A NAD sing 295 n y 
C8A N7A NAD doub 296 n y 
C8A H8A NAD sing 297 n n 
N7A C5A NAD sing 298 n y 
C5A C6A NAD sing 299 n y 
C5A C4A NAD doub 300 n y 
C6A N6A NAD sing 301 n n 
C6A N1A NAD doub 302 n y 
N6A H61A NAD sing 303 n n 
N6A H62A NAD sing 304 n n 
N1A C2A NAD sing 305 n y 
C2A N3A NAD doub 306 n y 
C2A H2A NAD sing 307 n n 
N3A C4A NAD sing 308 n y 
O3 PN NAD sing 309 n n 
PN O1N NAD doub 310 n n 
PN O2N NAD sing 311 n n 
PN O5D NAD sing 312 n n 
O5D C5D NAD sing 313 n n 
C5D C4D NAD sing 314 n n 
C5D H51N NAD sing 315 n n 
C5D H52N NAD sing 316 n n 
C4D O4D NAD sing 317 n n 
C4D C3D NAD sing 318 n n 
C4D H4D NAD sing 319 n n 
O4D C1D NAD sing 320 n n 
C3D O3D NAD sing 321 n n 
C3D C2D NAD sing 322 n n 
C3D H3D NAD sing 323 n n 
O3D HO3N NAD sing 324 n n 
C2D O2D NAD sing 325 n n 
C2D C1D NAD sing 326 n n 
C2D H2D NAD sing 327 n n 
O2D HO2N NAD sing 328 n n 
C1D N1N NAD sing 329 n n 
C1D H1D NAD sing 330 n n 
N1N C2N NAD sing 331 n y 
N1N C6N NAD doub 332 n y 
C2N C3N NAD doub 333 n y 
C2N H2N NAD sing 334 n n 
C3N C7N NAD sing 335 n n 
C3N C4N NAD sing 336 n y 
C7N O7N NAD doub 337 n n 
C7N N7N NAD sing 338 n n 
N7N H71N NAD sing 339 n n 
N7N H72N NAD sing 340 n n 
C4N C5N NAD doub 341 n y 
C4N H4N NAD sing 342 n n 
C5N C6N NAD sing 343 n y 
C5N H5N NAD sing 344 n n 
C6N H6N NAD sing 345 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1V8B 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012972 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.011608 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.002996 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 NAD A 1 501 501 NAD NAH . 
F 3 ADN A 1 502 502 ADN ADN . 
G 2 NAD B 1 501 501 NAD NAH . 
H 3 ADN B 1 1502 1502 ADN ADN . 
I 2 NAD C 1 501 501 NAD NAH . 
J 3 ADN C 1 2502 2502 ADN ADN . 
K 2 NAD D 1 501 501 NAD NAH . 
L 3 ADN D 1 3502 3502 ADN ADN . 
M 4 HOH A 1 503 8 HOH WAT . 
M 4 HOH A 2 504 16 HOH WAT . 
M 4 HOH A 3 505 23 HOH WAT . 
M 4 HOH A 4 506 26 HOH WAT . 
M 4 HOH A 5 507 28 HOH WAT . 
M 4 HOH A 6 508 32 HOH WAT . 
M 4 HOH A 7 509 35 HOH WAT . 
M 4 HOH A 8 510 37 HOH WAT . 
M 4 HOH A 9 511 41 HOH WAT . 
M 4 HOH A 10 512 46 HOH WAT . 
M 4 HOH A 11 513 49 HOH WAT . 
M 4 HOH A 12 514 58 HOH WAT . 
M 4 HOH A 13 515 59 HOH WAT . 
M 4 HOH A 14 516 61 HOH WAT . 
M 4 HOH A 15 517 62 HOH WAT . 
M 4 HOH A 16 518 63 HOH WAT . 
M 4 HOH A 17 519 64 HOH WAT . 
M 4 HOH A 18 520 82 HOH WAT . 
M 4 HOH A 19 521 89 HOH WAT . 
M 4 HOH A 20 522 96 HOH WAT . 
M 4 HOH A 21 523 108 HOH WAT . 
M 4 HOH A 22 524 110 HOH WAT . 
M 4 HOH A 23 525 114 HOH WAT . 
M 4 HOH A 24 526 120 HOH WAT . 
M 4 HOH A 25 527 123 HOH WAT . 
M 4 HOH A 26 528 131 HOH WAT . 
M 4 HOH A 27 529 134 HOH WAT . 
M 4 HOH A 28 530 144 HOH WAT . 
M 4 HOH A 29 531 148 HOH WAT . 
M 4 HOH A 30 532 151 HOH WAT . 
M 4 HOH A 31 533 153 HOH WAT . 
M 4 HOH A 32 534 165 HOH WAT . 
M 4 HOH A 33 535 166 HOH WAT . 
M 4 HOH A 34 536 170 HOH WAT . 
M 4 HOH A 35 537 175 HOH WAT . 
M 4 HOH A 36 538 182 HOH WAT . 
M 4 HOH A 37 539 196 HOH WAT . 
M 4 HOH A 38 540 200 HOH WAT . 
M 4 HOH A 39 541 201 HOH WAT . 
M 4 HOH A 40 542 205 HOH WAT . 
M 4 HOH A 41 543 208 HOH WAT . 
M 4 HOH A 42 544 210 HOH WAT . 
M 4 HOH A 43 545 218 HOH WAT . 
M 4 HOH A 44 546 223 HOH WAT . 
M 4 HOH A 45 547 226 HOH WAT . 
M 4 HOH A 46 548 227 HOH WAT . 
M 4 HOH A 47 549 231 HOH WAT . 
M 4 HOH A 48 550 234 HOH WAT . 
M 4 HOH A 49 551 235 HOH WAT . 
M 4 HOH A 50 552 236 HOH WAT . 
M 4 HOH A 51 553 238 HOH WAT . 
M 4 HOH A 52 554 240 HOH WAT . 
M 4 HOH A 53 555 242 HOH WAT . 
M 4 HOH A 54 556 245 HOH WAT . 
M 4 HOH A 55 557 246 HOH WAT . 
M 4 HOH A 56 558 248 HOH WAT . 
M 4 HOH A 57 559 252 HOH WAT . 
M 4 HOH A 58 560 257 HOH WAT . 
M 4 HOH A 59 561 259 HOH WAT . 
M 4 HOH A 60 562 262 HOH WAT . 
M 4 HOH A 61 563 270 HOH WAT . 
M 4 HOH A 62 564 275 HOH WAT . 
M 4 HOH A 63 565 276 HOH WAT . 
M 4 HOH A 64 566 277 HOH WAT . 
M 4 HOH A 65 567 280 HOH WAT . 
M 4 HOH A 66 568 281 HOH WAT . 
M 4 HOH A 67 569 301 HOH WAT . 
M 4 HOH A 68 570 307 HOH WAT . 
M 4 HOH A 69 571 308 HOH WAT . 
M 4 HOH A 70 572 312 HOH WAT . 
M 4 HOH A 71 573 317 HOH WAT . 
M 4 HOH A 72 574 320 HOH WAT . 
M 4 HOH A 73 575 321 HOH WAT . 
M 4 HOH A 74 576 324 HOH WAT . 
M 4 HOH A 75 577 334 HOH WAT . 
M 4 HOH A 76 578 341 HOH WAT . 
M 4 HOH A 77 579 350 HOH WAT . 
M 4 HOH A 78 580 352 HOH WAT . 
M 4 HOH A 79 581 354 HOH WAT . 
M 4 HOH A 80 582 358 HOH WAT . 
M 4 HOH A 81 583 362 HOH WAT . 
M 4 HOH A 82 584 364 HOH WAT . 
M 4 HOH A 83 585 367 HOH WAT . 
N 4 HOH B 1 1503 3 HOH WAT . 
N 4 HOH B 2 1504 4 HOH WAT . 
N 4 HOH B 3 1505 11 HOH WAT . 
N 4 HOH B 4 1506 12 HOH WAT . 
N 4 HOH B 5 1507 15 HOH WAT . 
N 4 HOH B 6 1508 17 HOH WAT . 
N 4 HOH B 7 1509 24 HOH WAT . 
N 4 HOH B 8 1510 27 HOH WAT . 
N 4 HOH B 9 1511 34 HOH WAT . 
N 4 HOH B 10 1512 39 HOH WAT . 
N 4 HOH B 11 1513 48 HOH WAT . 
N 4 HOH B 12 1514 50 HOH WAT . 
N 4 HOH B 13 1515 51 HOH WAT . 
N 4 HOH B 14 1516 52 HOH WAT . 
N 4 HOH B 15 1517 54 HOH WAT . 
N 4 HOH B 16 1518 66 HOH WAT . 
N 4 HOH B 17 1519 69 HOH WAT . 
N 4 HOH B 18 1520 72 HOH WAT . 
N 4 HOH B 19 1521 74 HOH WAT . 
N 4 HOH B 20 1522 75 HOH WAT . 
N 4 HOH B 21 1523 77 HOH WAT . 
N 4 HOH B 22 1524 86 HOH WAT . 
N 4 HOH B 23 1525 95 HOH WAT . 
N 4 HOH B 24 1526 100 HOH WAT . 
N 4 HOH B 25 1527 101 HOH WAT . 
N 4 HOH B 26 1528 102 HOH WAT . 
N 4 HOH B 27 1529 103 HOH WAT . 
N 4 HOH B 28 1530 105 HOH WAT . 
N 4 HOH B 29 1531 106 HOH WAT . 
N 4 HOH B 30 1532 118 HOH WAT . 
N 4 HOH B 31 1533 122 HOH WAT . 
N 4 HOH B 32 1534 126 HOH WAT . 
N 4 HOH B 33 1535 128 HOH WAT . 
N 4 HOH B 34 1536 143 HOH WAT . 
N 4 HOH B 35 1537 149 HOH WAT . 
N 4 HOH B 36 1538 152 HOH WAT . 
N 4 HOH B 37 1539 159 HOH WAT . 
N 4 HOH B 38 1540 161 HOH WAT . 
N 4 HOH B 39 1541 168 HOH WAT . 
N 4 HOH B 40 1542 171 HOH WAT . 
N 4 HOH B 41 1543 180 HOH WAT . 
N 4 HOH B 42 1544 185 HOH WAT . 
N 4 HOH B 43 1545 186 HOH WAT . 
N 4 HOH B 44 1546 188 HOH WAT . 
N 4 HOH B 45 1547 189 HOH WAT . 
N 4 HOH B 46 1548 191 HOH WAT . 
N 4 HOH B 47 1549 192 HOH WAT . 
N 4 HOH B 48 1550 194 HOH WAT . 
N 4 HOH B 49 1551 197 HOH WAT . 
N 4 HOH B 50 1552 198 HOH WAT . 
N 4 HOH B 51 1553 199 HOH WAT . 
N 4 HOH B 52 1554 203 HOH WAT . 
N 4 HOH B 53 1555 206 HOH WAT . 
N 4 HOH B 54 1556 211 HOH WAT . 
N 4 HOH B 55 1557 213 HOH WAT . 
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HETATM 35 C C1D NAD . . . E 2 36.388 34.006 56.321 1 16.92 ? C1D NAD 501 A 1 
HETATM 36 N N1N NAD . . . E 2 34.907 33.662 56.437 1 15.76 ? N1N NAD 501 A 1 
HETATM 37 C C2N NAD . . . E 2 34.105 34.414 57.377 1 15.91 ? C2N NAD 501 A 1 
HETATM 38 C C3N NAD . . . E 2 32.765 34.027 57.413 1 16.42 ? C3N NAD 501 A 1 
HETATM 39 C C7N NAD . . . E 2 31.904 34.842 58.528 1 19.64 ? C7N NAD 501 A 1 
HETATM 40 O O7N NAD . . . E 2 30.721 34.475 58.716 1 22.71 ? O7N NAD 501 A 1 
HETATM 41 N N7N NAD . . . E 2 32.5 35.897 59.243 1 20.96 ? N7N NAD 501 A 1 
HETATM 42 C C4N NAD . . . E 2 32.204 32.993 56.581 1 16.5 ? C4N NAD 501 A 1 
HETATM 43 C C5N NAD . . . E 2 33.111 32.313 55.652 1 11.53 ? C5N NAD 501 A 1 
HETATM 44 C C6N NAD . . . E 2 34.467 32.633 55.582 1 14.31 ? C6N NAD 501 A 1 
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