data_1VAM
#
_model_server_result.job_id            ZlPTqsUtGmZ3jemiENrVpw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 23:39:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1vam 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":239}' 
#
_entry.id    1VAM 
#
_exptl.entry_id    1VAM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1VAM 
_cell.length_a            135.19 
_cell.length_b            155.38 
_cell.length_c            71.25 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1VAM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 J N N 
? 4 M N N 
? 4 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 10 A ASP 10 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc5 A O TYR 12 A TYR 12 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASN 14 A ASN 14 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 19 A ASP 19 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 19 A ASP 19 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 24 A HIS 24 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc10 F MN MN . A MN 238 1_555 Q O HOH . A HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc11 F MN MN . A MN 238 1_555 Q O HOH . A HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 239 1_555 Q O HOH . A HOH 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 239 1_555 Q O HOH . A HOH 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 8 B GLU 8 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 10 B ASP 10 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc18 B O TYR 12 B TYR 12 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASN 14 B ASN 14 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 19 B ASP 19 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc21 B OD2 ASP 19 B ASP 19 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc22 B NE2 HIS 24 B HIS 24 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc23 I MN MN . B MN 238 1_555 R O HOH . B HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc24 I MN MN . B MN 238 1_555 R O HOH . B HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc25 J CA CA . B CA 239 1_555 R O HOH . B HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc26 J CA CA . B CA 239 1_555 R O HOH . B HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 8 C GLU 8 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 10 C ASP 10 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc31 C O TYR 12 C TYR 12 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc32 C OD1 ASN 14 C ASN 14 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASP 19 C ASP 19 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc34 C OD2 ASP 19 C ASP 19 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc35 C NE2 HIS 24 C HIS 24 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc36 L MN MN . C MN 238 1_555 S O HOH . C HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc37 L MN MN . C MN 238 1_555 S O HOH . C HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc38 M CA CA . C CA 239 1_555 S O HOH . C HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc39 M CA CA . C CA 239 1_555 S O HOH . C HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 8 D GLU 8 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc41 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc42 D OD1 ASP 10 D ASP 10 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc43 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc44 D O TYR 12 D TYR 12 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc45 D OD1 ASN 14 D ASN 14 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc46 D OD1 ASP 19 D ASP 19 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc47 D OD2 ASP 19 D ASP 19 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc48 D NE2 HIS 24 D HIS 24 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc49 O MN MN . D MN 238 1_555 T O HOH . D HOH 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc50 O MN MN . D MN 238 1_555 T O HOH . D HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc51 P CA CA . D CA 239 1_555 T O HOH . D HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc52 P CA CA . D CA 239 1_555 T O HOH . D HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1VAM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007397 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006436 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014035 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 PNA A 1 240 240 PNA PNA . 
F 3 MN A 1 238 238 MN MN . 
G 4 CA A 1 239 239 CA CA . 
H 2 PNA B 1 240 240 PNA PNA . 
I 3 MN B 1 238 238 MN MN . 
J 4 CA B 1 239 239 CA CA . 
K 2 PNA C 1 240 240 PNA PNA . 
L 3 MN C 1 238 238 MN MN . 
M 4 CA C 1 239 239 CA CA . 
N 2 PNA D 1 240 240 PNA PNA . 
O 3 MN D 1 238 238 MN MN . 
P 4 CA D 1 239 239 CA CA . 
Q 5 HOH A 1 241 1 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 2 242 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 3 243 3 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 4 244 4 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 5 245 5 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 6 246 6 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 7 247 7 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 8 248 8 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 9 249 9 HOH HOH . 
R 5 HOH B 1 241 10 HOH HOH . 
R 5 HOH B 2 242 11 HOH HOH . 
R 5 HOH B 3 243 12 HOH HOH . 
R 5 HOH B 4 244 13 HOH HOH . 
R 5 HOH B 5 245 14 HOH HOH . 
R 5 HOH B 6 246 15 HOH HOH . 
R 5 HOH B 7 247 16 HOH HOH . 
R 5 HOH B 8 248 17 HOH HOH . 
S 5 HOH C 1 241 18 HOH HOH . 
S 5 HOH C 2 242 19 HOH HOH . 
S 5 HOH C 3 243 20 HOH HOH . 
S 5 HOH C 4 244 21 HOH HOH . 
S 5 HOH C 5 245 22 HOH HOH . 
S 5 HOH C 6 246 23 HOH HOH . 
S 5 HOH C 7 247 24 HOH HOH . 
S 5 HOH C 8 248 25 HOH HOH . 
T 5 HOH D 1 241 26 HOH HOH . 
T 5 HOH D 2 242 27 HOH HOH . 
T 5 HOH D 3 243 28 HOH HOH . 
T 5 HOH D 4 244 29 HOH HOH . 
T 5 HOH D 5 245 30 HOH HOH . 
T 5 HOH D 6 246 31 HOH HOH . 
T 5 HOH D 7 247 32 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         P 
_atom_site.label_entity_id       4 
_atom_site.Cartn_x               10.513 
_atom_site.Cartn_y               48.229 
_atom_site.Cartn_z               -12.75 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        36.37 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           239 
_atom_site.auth_asym_id          D 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              60 
_model_server_stats.parse_time_ms           6 
_model_server_stats.create_model_time_ms    10 
_model_server_stats.query_time_ms           228 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#