data_1VAM
#
_model_server_result.job_id            Qslb_YUUWRdYjryghlckNA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 23:37:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1vam 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":240}' 
#
_entry.id    1VAM 
#
_exptl.entry_id    1VAM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              301.249 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '4-nitrophenyl alpha-D-mannopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1VAM 
_cell.length_a            135.19 
_cell.length_b            155.38 
_cell.length_c            71.25 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1VAM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 H N N 
? 2 K N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 8 A GLU 8 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 10 A ASP 10 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 10 A ASP 10 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? 
metalc ? metalc5 A O TYR 12 A TYR 12 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? 
metalc ? metalc6 A OD1 ASN 14 A ASN 14 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASP 19 A ASP 19 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 19 A ASP 19 1_555 G CA CA . A CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc9 A NE2 HIS 24 A HIS 24 1_555 F MN MN . A MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc10 F MN MN . A MN 238 1_555 Q O HOH . A HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc11 F MN MN . A MN 238 1_555 Q O HOH . A HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 239 1_555 Q O HOH . A HOH 242 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc13 G CA CA . A CA 239 1_555 Q O HOH . A HOH 249 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? 
metalc ? metalc14 B OE2 GLU 8 B GLU 8 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc15 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.134 ? 
metalc ? metalc16 B OD1 ASP 10 B ASP 10 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc17 B OD2 ASP 10 B ASP 10 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? 
metalc ? metalc18 B O TYR 12 B TYR 12 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? 
metalc ? metalc19 B OD1 ASN 14 B ASN 14 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASP 19 B ASP 19 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc21 B OD2 ASP 19 B ASP 19 1_555 J CA CA . B CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.188 ? 
metalc ? metalc22 B NE2 HIS 24 B HIS 24 1_555 I MN MN . B MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.65 ? 
metalc ? metalc23 I MN MN . B MN 238 1_555 R O HOH . B HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc24 I MN MN . B MN 238 1_555 R O HOH . B HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? 
metalc ? metalc25 J CA CA . B CA 239 1_555 R O HOH . B HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc26 J CA CA . B CA 239 1_555 R O HOH . B HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc27 C OE2 GLU 8 C GLU 8 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc28 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? 
metalc ? metalc29 C OD1 ASP 10 C ASP 10 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 10 C ASP 10 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc31 C O TYR 12 C TYR 12 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc32 C OD1 ASN 14 C ASN 14 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASP 19 C ASP 19 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? 
metalc ? metalc34 C OD2 ASP 19 C ASP 19 1_555 M CA CA . C CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc35 C NE2 HIS 24 C HIS 24 1_555 L MN MN . C MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc36 L MN MN . C MN 238 1_555 S O HOH . C HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc37 L MN MN . C MN 238 1_555 S O HOH . C HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
metalc ? metalc38 M CA CA . C CA 239 1_555 S O HOH . C HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? 
metalc ? metalc39 M CA CA . C CA 239 1_555 S O HOH . C HOH 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc40 D OE2 GLU 8 D GLU 8 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc41 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.117 ? 
metalc ? metalc42 D OD1 ASP 10 D ASP 10 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc43 D OD2 ASP 10 D ASP 10 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc44 D O TYR 12 D TYR 12 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? 
metalc ? metalc45 D OD1 ASN 14 D ASN 14 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? 
metalc ? metalc46 D OD1 ASP 19 D ASP 19 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc47 D OD2 ASP 19 D ASP 19 1_555 P CA CA . D CA 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc48 D NE2 HIS 24 D HIS 24 1_555 O MN MN . D MN 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc49 O MN MN . D MN 238 1_555 T O HOH . D HOH 243 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc50 O MN MN . D MN 238 1_555 T O HOH . D HOH 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc51 P CA CA . D CA 239 1_555 T O HOH . D HOH 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? 
metalc ? metalc52 P CA CA . D CA 239 1_555 T O HOH . D HOH 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H15 N O8' 
_chem_comp.formula_weight    301.249 
_chem_comp.id                PNA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              '4-nitrophenyl alpha-D-mannopyranoside' 
_chem_comp.type              d-saccharide 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "4'-NITROPHENYL-ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE;4-nitrophenyl alpha-D-mannoside;4-nitrophenyl D-mannoside;4-nitrophenyl mannoside" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 PNA sing 247 n n 
C1 O1 PNA sing 248 n n 
C1 O5 PNA sing 249 n n 
C1 H1 PNA sing 250 n n 
C2 C3 PNA sing 251 n n 
C2 O2 PNA sing 252 n n 
C2 H2 PNA sing 253 n n 
C3 C4 PNA sing 254 n n 
C3 O3 PNA sing 255 n n 
C3 H3 PNA sing 256 n n 
C4 C5 PNA sing 257 n n 
C4 O4 PNA sing 258 n n 
C4 H4 PNA sing 259 n n 
C5 C6 PNA sing 260 n n 
C5 O5 PNA sing 261 n n 
C5 H5 PNA sing 262 n n 
C6 O6 PNA sing 263 n n 
C6 H61 PNA sing 264 n n 
C6 H62 PNA sing 265 n n 
C7 C8 PNA doub 266 n y 
C7 C12 PNA sing 267 n y 
C7 O1 PNA sing 268 n n 
C8 C9 PNA sing 269 n y 
C8 H8 PNA sing 270 n n 
C9 C10 PNA doub 271 n y 
C9 H9 PNA sing 272 n n 
C10 C11 PNA sing 273 n y 
C10 N1 PNA sing 274 n n 
C11 C12 PNA doub 275 n y 
C11 H11 PNA sing 276 n n 
C12 H12 PNA sing 277 n n 
N1 O7 PNA doub 278 n n 
N1 O8 PNA sing 279 n n 
O2 HO2 PNA sing 280 n n 
O3 HO3 PNA sing 281 n n 
O4 HO4 PNA sing 282 n n 
O6 HO6 PNA sing 283 n n 
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id            PNA 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier         "4'-nitrophenyl-a-D-mannopyranoside" 
_pdbx_chem_comp_identifier.type               'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' 
_pdbx_chem_comp_identifier.program            PDB-CARE 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version    1 
#
_atom_sites.entry_id                     1VAM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007397 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006436 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014035 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 PNA A 1 240 240 PNA PNA . 
F 3 MN A 1 238 238 MN MN . 
G 4 CA A 1 239 239 CA CA . 
H 2 PNA B 1 240 240 PNA PNA . 
I 3 MN B 1 238 238 MN MN . 
J 4 CA B 1 239 239 CA CA . 
K 2 PNA C 1 240 240 PNA PNA . 
L 3 MN C 1 238 238 MN MN . 
M 4 CA C 1 239 239 CA CA . 
N 2 PNA D 1 240 240 PNA PNA . 
O 3 MN D 1 238 238 MN MN . 
P 4 CA D 1 239 239 CA CA . 
Q 5 HOH A 1 241 1 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 2 242 2 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 3 243 3 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 4 244 4 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 5 245 5 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 6 246 6 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 7 247 7 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 8 248 8 HOH HOH . 
Q 5 HOH A 9 249 9 HOH HOH . 
R 5 HOH B 1 241 10 HOH HOH . 
R 5 HOH B 2 242 11 HOH HOH . 
R 5 HOH B 3 243 12 HOH HOH . 
R 5 HOH B 4 244 13 HOH HOH . 
R 5 HOH B 5 245 14 HOH HOH . 
R 5 HOH B 6 246 15 HOH HOH . 
R 5 HOH B 7 247 16 HOH HOH . 
R 5 HOH B 8 248 17 HOH HOH . 
S 5 HOH C 1 241 18 HOH HOH . 
S 5 HOH C 2 242 19 HOH HOH . 
S 5 HOH C 3 243 20 HOH HOH . 
S 5 HOH C 4 244 21 HOH HOH . 
S 5 HOH C 5 245 22 HOH HOH . 
S 5 HOH C 6 246 23 HOH HOH . 
S 5 HOH C 7 247 24 HOH HOH . 
S 5 HOH C 8 248 25 HOH HOH . 
T 5 HOH D 1 241 26 HOH HOH . 
T 5 HOH D 2 242 27 HOH HOH . 
T 5 HOH D 3 243 28 HOH HOH . 
T 5 HOH D 4 244 29 HOH HOH . 
T 5 HOH D 5 245 30 HOH HOH . 
T 5 HOH D 6 246 31 HOH HOH . 
T 5 HOH D 7 247 32 HOH HOH . 
#
loop_
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HETATM 1 C C1 PNA . . . K 2 -27.86 32.8 39.985 1 23.95 ? C1 PNA 240 C 1 
HETATM 2 C C2 PNA . . . K 2 -27.596 32.397 38.551 1 27.01 ? C2 PNA 240 C 1 
HETATM 3 C C3 PNA . . . K 2 -26.305 31.627 38.488 1 27.06 ? C3 PNA 240 C 1 
HETATM 4 C C4 PNA . . . K 2 -25.174 32.478 39.064 1 27.41 ? C4 PNA 240 C 1 
HETATM 5 C C5 PNA . . . K 2 -25.52 33.08 40.438 1 27.93 ? C5 PNA 240 C 1 
HETATM 6 C C6 PNA . . . K 2 -24.574 34.204 40.818 1 29.59 ? C6 PNA 240 C 1 
HETATM 7 C C7 PNA . . . K 2 -28.026 31.818 42.193 1 18.54 ? C7 PNA 240 C 1 
HETATM 8 C C8 PNA . . . K 2 -27.726 30.753 43.021 1 18.54 ? C8 PNA 240 C 1 
HETATM 9 C C9 PNA . . . K 2 -27.848 30.882 44.399 1 23.77 ? C9 PNA 240 C 1 
HETATM 10 C C10 PNA . . . K 2 -28.282 32.087 44.942 1 26.94 ? C10 PNA 240 C 1 
HETATM 11 C C11 PNA . . . K 2 -28.583 33.156 44.114 1 23.61 ? C11 PNA 240 C 1 
HETATM 12 C C12 PNA . . . K 2 -28.455 33.017 42.748 1 16.12 ? C12 PNA 240 C 1 
HETATM 13 N N1 PNA . . . K 2 -28.408 32.252 46.295 1 35.08 ? N1 PNA 240 C 1 
HETATM 14 O O1 PNA . . . K 2 -27.927 31.65 40.784 1 23.7 ? O1 PNA 240 C 1 
HETATM 15 O O2 PNA . . . K 2 -27.476 33.55 37.734 1 30.61 ? O2 PNA 240 C 1 
HETATM 16 O O3 PNA . . . K 2 -26.033 31.33 37.125 1 28.44 ? O3 PNA 240 C 1 
HETATM 17 O O4 PNA . . . K 2 -24.008 31.682 39.178 1 27.14 ? O4 PNA 240 C 1 
HETATM 18 O O5 PNA . . . K 2 -26.83 33.669 40.416 1 25.26 ? O5 PNA 240 C 1 
HETATM 19 O O6 PNA . . . K 2 -24.707 35.304 39.919 1 27.21 ? O6 PNA 240 C 1 
HETATM 20 O O7 PNA . . . K 2 -27.643 33.037 46.791 1 48.65 ? O7 PNA 240 C 1 
HETATM 21 O O8 PNA . . . K 2 -29.218 31.663 46.961 1 39.98 ? O8 PNA 240 C 1 
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