data_1VB3 # _model_server_result.job_id ItCYlTHL_T7cJ2DzeCxvlA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 14:21:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1vb3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":500}' # _entry.id 1VB3 # _exptl.entry_id 1VB3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 196.095 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '2-OXO-5-PHOSPHONOPENTANOIC ACID' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1VB3 _cell.length_a 86.931 _cell.length_b 86.931 _cell.length_c 141.331 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1VB3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C5 H9 O6 P' _chem_comp.formula_weight 196.095 _chem_comp.id KPA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '2-OXO-5-PHOSPHONOPENTANOIC ACID' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag OA CA KPA doub 173 n n CA C KPA sing 174 n n CA CB KPA sing 175 n n C O KPA sing 176 n n C OXT KPA doub 177 n n O HO KPA sing 178 n n CB CG KPA sing 179 n n CB HB1 KPA sing 180 n n CB HB2 KPA sing 181 n n CG CP KPA sing 182 n n CG HG1 KPA sing 183 n n CG HG2 KPA sing 184 n n CP P KPA sing 185 n n CP HP1 KPA sing 186 n n CP HP2 KPA sing 187 n n P O1 KPA doub 188 n n P O2 KPA sing 189 n n P O3 KPA sing 190 n n O2 HO2 KPA sing 191 n n O3 HO3 KPA sing 192 n n # _atom_sites.entry_id 1VB3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011503 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006641 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013283 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007076 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 SO4 A 1 501 501 SO4 SO4 . C 3 KPA A 1 500 500 KPA KPA . D 4 HOH A 1 502 1 HOH WAT . D 4 HOH A 2 503 2 HOH WAT . D 4 HOH A 3 504 3 HOH WAT . D 4 HOH A 4 505 4 HOH WAT . D 4 HOH A 5 506 5 HOH WAT . D 4 HOH A 6 507 6 HOH WAT . D 4 HOH A 7 508 7 HOH WAT . D 4 HOH A 8 509 8 HOH WAT . D 4 HOH A 9 510 9 HOH WAT . D 4 HOH A 10 511 10 HOH WAT . D 4 HOH A 11 512 11 HOH WAT . D 4 HOH A 12 513 12 HOH WAT . D 4 HOH A 13 514 13 HOH WAT . D 4 HOH A 14 515 14 HOH WAT . D 4 HOH A 15 516 15 HOH WAT . D 4 HOH A 16 517 16 HOH WAT . D 4 HOH A 17 518 17 HOH WAT . D 4 HOH A 18 519 18 HOH WAT . D 4 HOH A 19 520 19 HOH WAT . D 4 HOH A 20 521 20 HOH WAT . D 4 HOH A 21 522 21 HOH WAT . D 4 HOH A 22 523 22 HOH WAT . D 4 HOH A 23 524 23 HOH WAT . D 4 HOH A 24 525 24 HOH WAT . D 4 HOH A 25 526 25 HOH WAT . D 4 HOH A 26 527 26 HOH WAT . D 4 HOH A 27 528 27 HOH WAT . D 4 HOH A 28 529 28 HOH WAT . D 4 HOH A 29 530 29 HOH WAT . D 4 HOH A 30 531 30 HOH WAT . D 4 HOH A 31 532 31 HOH WAT . D 4 HOH A 32 533 32 HOH WAT . D 4 HOH A 33 534 33 HOH WAT . D 4 HOH A 34 535 34 HOH WAT . D 4 HOH A 35 536 35 HOH WAT . D 4 HOH A 36 537 36 HOH WAT . D 4 HOH A 37 538 37 HOH WAT . D 4 HOH A 38 539 38 HOH WAT . D 4 HOH A 39 540 39 HOH WAT . D 4 HOH A 40 541 40 HOH WAT . D 4 HOH A 41 542 41 HOH WAT . D 4 HOH A 42 543 42 HOH WAT . D 4 HOH A 43 544 43 HOH WAT . D 4 HOH A 44 545 44 HOH WAT . D 4 HOH A 45 546 45 HOH WAT . D 4 HOH A 46 547 46 HOH WAT . D 4 HOH A 47 548 47 HOH WAT . D 4 HOH A 48 549 48 HOH WAT . D 4 HOH A 49 550 49 HOH WAT . D 4 HOH A 50 551 50 HOH WAT . D 4 HOH A 51 552 51 HOH WAT . D 4 HOH A 52 553 52 HOH WAT . D 4 HOH A 53 554 53 HOH WAT . D 4 HOH A 54 555 54 HOH WAT . D 4 HOH A 55 556 55 HOH WAT . D 4 HOH A 56 557 56 HOH WAT . D 4 HOH A 57 558 57 HOH WAT . D 4 HOH A 58 559 58 HOH WAT . D 4 HOH A 59 560 59 HOH WAT . D 4 HOH A 60 561 60 HOH WAT . D 4 HOH A 61 562 61 HOH WAT . D 4 HOH A 62 563 62 HOH WAT . D 4 HOH A 63 564 63 HOH WAT . D 4 HOH A 64 565 64 HOH WAT . D 4 HOH A 65 566 65 HOH WAT . D 4 HOH A 66 567 66 HOH WAT . D 4 HOH A 67 568 67 HOH WAT . D 4 HOH A 68 569 68 HOH WAT . D 4 HOH A 69 570 69 HOH WAT . D 4 HOH A 70 571 70 HOH WAT . D 4 HOH A 71 572 71 HOH WAT . D 4 HOH A 72 573 72 HOH WAT . D 4 HOH A 73 574 73 HOH WAT . D 4 HOH A 74 575 74 HOH WAT . D 4 HOH A 75 576 75 HOH WAT . D 4 HOH A 76 577 76 HOH WAT . D 4 HOH A 77 578 77 HOH WAT . D 4 HOH A 78 579 78 HOH WAT . D 4 HOH A 79 580 79 HOH WAT . D 4 HOH A 80 581 80 HOH WAT . D 4 HOH A 81 582 81 HOH WAT . D 4 HOH A 82 583 82 HOH WAT . D 4 HOH A 83 584 83 HOH WAT . D 4 HOH A 84 585 84 HOH WAT . D 4 HOH A 85 586 85 HOH WAT . D 4 HOH A 86 587 86 HOH WAT . D 4 HOH A 87 588 87 HOH WAT . D 4 HOH A 88 589 88 HOH WAT . D 4 HOH A 89 590 89 HOH WAT . D 4 HOH A 90 591 90 HOH WAT . D 4 HOH A 91 592 91 HOH WAT . D 4 HOH A 92 593 92 HOH WAT . D 4 HOH A 93 594 93 HOH WAT . D 4 HOH A 94 595 94 HOH WAT . D 4 HOH A 95 596 95 HOH WAT . D 4 HOH A 96 597 96 HOH WAT . D 4 HOH A 97 598 97 HOH WAT . D 4 HOH A 98 599 98 HOH WAT . D 4 HOH A 99 600 99 HOH WAT . D 4 HOH A 100 601 100 HOH WAT . D 4 HOH A 101 602 101 HOH WAT . D 4 HOH A 102 603 102 HOH WAT . D 4 HOH A 103 604 103 HOH WAT . D 4 HOH A 104 605 104 HOH WAT . D 4 HOH A 105 606 105 HOH WAT . D 4 HOH A 106 607 106 HOH WAT . D 4 HOH A 107 608 107 HOH WAT . D 4 HOH A 108 609 108 HOH WAT . D 4 HOH A 109 610 109 HOH WAT . D 4 HOH A 110 611 110 HOH WAT . D 4 HOH A 111 612 111 HOH WAT . D 4 HOH A 112 613 112 HOH WAT . D 4 HOH A 113 614 113 HOH WAT . D 4 HOH A 114 615 114 HOH WAT . D 4 HOH A 115 616 115 HOH WAT . D 4 HOH A 116 617 116 HOH WAT . D 4 HOH A 117 618 117 HOH WAT . D 4 HOH A 118 619 118 HOH WAT . D 4 HOH A 119 620 119 HOH WAT . D 4 HOH A 120 621 120 HOH WAT . D 4 HOH A 121 622 121 HOH WAT . D 4 HOH A 122 623 122 HOH WAT . D 4 HOH A 123 624 123 HOH WAT . D 4 HOH A 124 625 124 HOH WAT . D 4 HOH A 125 626 125 HOH WAT . D 4 HOH A 126 627 126 HOH WAT . D 4 HOH A 127 628 127 HOH WAT . D 4 HOH A 128 629 128 HOH WAT . D 4 HOH A 129 630 129 HOH WAT . D 4 HOH A 130 631 130 HOH WAT . D 4 HOH A 131 632 131 HOH WAT . D 4 HOH A 132 633 132 HOH WAT . D 4 HOH A 133 634 133 HOH WAT . D 4 HOH A 134 635 134 HOH WAT . D 4 HOH A 135 636 135 HOH WAT . D 4 HOH A 136 637 136 HOH WAT . D 4 HOH A 137 638 137 HOH WAT . D 4 HOH A 138 639 138 HOH WAT . D 4 HOH A 139 640 139 HOH WAT . D 4 HOH A 140 641 140 HOH WAT . D 4 HOH A 141 642 141 HOH WAT . D 4 HOH A 142 643 142 HOH WAT . D 4 HOH A 143 644 143 HOH WAT . D 4 HOH A 144 645 144 HOH WAT . D 4 HOH A 145 646 145 HOH WAT . D 4 HOH A 146 647 146 HOH WAT . D 4 HOH A 147 648 147 HOH WAT . D 4 HOH A 148 649 148 HOH WAT . D 4 HOH A 149 650 149 HOH WAT . D 4 HOH A 150 651 150 HOH WAT . D 4 HOH A 151 652 151 HOH WAT . D 4 HOH A 152 653 152 HOH WAT . D 4 HOH A 153 654 153 HOH WAT . D 4 HOH A 154 655 154 HOH WAT . D 4 HOH A 155 656 155 HOH WAT . D 4 HOH A 156 657 156 HOH WAT . D 4 HOH A 157 658 157 HOH WAT . D 4 HOH A 158 659 158 HOH WAT . D 4 HOH A 159 660 159 HOH WAT . D 4 HOH A 160 661 160 HOH WAT . D 4 HOH A 161 662 161 HOH WAT . D 4 HOH A 162 663 162 HOH WAT . D 4 HOH A 163 664 163 HOH WAT . D 4 HOH A 164 665 164 HOH WAT . D 4 HOH A 165 666 165 HOH WAT . D 4 HOH A 166 667 166 HOH WAT . D 4 HOH A 167 668 167 HOH WAT . D 4 HOH A 168 669 168 HOH WAT . D 4 HOH A 169 670 169 HOH WAT . D 4 HOH A 170 671 170 HOH WAT . D 4 HOH A 171 672 171 HOH WAT . D 4 HOH A 172 673 172 HOH WAT . D 4 HOH A 173 674 173 HOH WAT . D 4 HOH A 174 675 174 HOH WAT . D 4 HOH A 175 676 175 HOH WAT . D 4 HOH A 176 677 176 HOH WAT . D 4 HOH A 177 678 177 HOH WAT . D 4 HOH A 178 679 178 HOH WAT . D 4 HOH A 179 680 179 HOH WAT . D 4 HOH A 180 681 180 HOH WAT . D 4 HOH A 181 682 181 HOH WAT . D 4 HOH A 182 683 182 HOH WAT . D 4 HOH A 183 684 183 HOH WAT . D 4 HOH A 184 685 184 HOH WAT . D 4 HOH A 185 686 185 HOH WAT . D 4 HOH A 186 687 186 HOH WAT . D 4 HOH A 187 688 187 HOH WAT . D 4 HOH A 188 689 188 HOH WAT . D 4 HOH A 189 690 189 HOH WAT . D 4 HOH A 190 691 190 HOH WAT . D 4 HOH A 191 692 191 HOH WAT . D 4 HOH A 192 693 192 HOH WAT . D 4 HOH A 193 694 193 HOH WAT . D 4 HOH A 194 695 194 HOH WAT . D 4 HOH A 195 696 195 HOH WAT . D 4 HOH A 196 697 196 HOH WAT . D 4 HOH A 197 698 197 HOH WAT . D 4 HOH A 198 699 198 HOH WAT . D 4 HOH A 199 700 199 HOH WAT . D 4 HOH A 200 701 200 HOH WAT . D 4 HOH A 201 702 201 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O OA KPA . . . C 3 -1.315 50.668 18.149 1 39.48 ? OA KPA 500 A 1 HETATM 2 C CA KPA . . . C 3 -1.407 49.397 18.143 1 34.48 ? CA KPA 500 A 1 HETATM 3 C C KPA . . . C 3 -2.453 48.818 19.14 1 35.12 ? C KPA 500 A 1 HETATM 4 O O KPA . . . C 3 -2.59 47.591 19.17 1 32.46 ? O KPA 500 A 1 HETATM 5 O OXT KPA . . . C 3 -3.1 49.562 19.87 1 30.09 ? OXT KPA 500 A 1 HETATM 6 C CB KPA . . . C 3 -0.558 48.71 17.239 1 38.28 ? CB KPA 500 A 1 HETATM 7 C CG KPA . . . C 3 -0.652 47.442 16.342 1 39.61 ? CG KPA 500 A 1 HETATM 8 C CP KPA . . . C 3 -2.098 47.086 15.978 1 42.72 ? CP KPA 500 A 1 HETATM 9 P P KPA . . . C 3 -2.64 47.586 14.32 1 28.49 ? P KPA 500 A 1 HETATM 10 O O1 KPA . . . C 3 -2.271 49.032 14.062 1 43.82 ? O1 KPA 500 A 1 HETATM 11 O O2 KPA . . . C 3 -1.933 46.659 13.36 1 33.97 ? O2 KPA 500 A 1 HETATM 12 O O3 KPA . . . C 3 -4.115 47.501 14.272 1 46.07 ? O3 KPA 500 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 323 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 12 #