data_1VFP # _model_server_result.job_id y12K6Z9mcalxyLWCiQXV5g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 10:02:55' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1vfp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":996}' # _entry.id 1VFP # _exptl.entry_id 1VFP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 107.21 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1VFP _cell.length_a 90.92 _cell.length_b 123.62 _cell.length_c 151.82 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1VFP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 876 A CYS 876 1_555 A SG CYS 888 A CYS 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 876 B CYS 876 1_555 B SG CYS 888 B CYS 888 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc1 A O VAL 304 A VAL 304 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc2 A O ALA 305 A ALA 305 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.288 ? metalc ? metalc3 A O ILE 307 A ILE 307 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 309 A GLU 309 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 309 A GLU 309 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 351 A ASP 351 1_555 E MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc7 A O THR 353 A THR 353 1_555 E MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.163 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 703 A ASP 703 1_555 E MG MG . A MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASN 768 A ASN 768 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 771 A GLU 771 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 796 A ASN 796 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc12 A OG1 THR 799 A THR 799 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 800 A ASP 800 1_555 C CA CA . A CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 800 A ASP 800 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 908 A GLU 908 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 908 A GLU 908 1_555 D CA CA . A CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc17 D CA CA . A CA 996 1_555 K O HOH . A HOH 1013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc18 D CA CA . A CA 996 1_555 K O HOH . A HOH 1014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.654 ? metalc ? metalc19 E MG MG . A MG 997 1_555 F O2G ACP . A ACP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc20 E MG MG . A MG 997 1_555 K O HOH . A HOH 1011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc21 E MG MG . A MG 997 1_555 K O HOH . A HOH 1012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc22 B O VAL 304 B VAL 304 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc23 B O ALA 305 B ALA 305 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? metalc ? metalc24 B O ILE 307 B ILE 307 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 309 B GLU 309 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? metalc ? metalc26 B OE1 GLU 309 B GLU 309 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.078 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 351 B ASP 351 1_555 I MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc28 B O THR 353 B THR 353 1_555 I MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.171 ? metalc ? metalc29 B OD1 ASP 703 B ASP 703 1_555 I MG MG . B MG 997 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASN 768 B ASN 768 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc31 B OE2 GLU 771 B GLU 771 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc32 B OD1 ASN 796 B ASN 796 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? metalc ? metalc33 B OG1 THR 799 B THR 799 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 800 B ASP 800 1_555 G CA CA . B CA 995 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 800 B ASP 800 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc36 B OE2 GLU 908 B GLU 908 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc37 B OE1 GLU 908 B GLU 908 1_555 H CA CA . B CA 996 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.203 ? metalc ? metalc38 H CA CA . B CA 996 1_555 L O HOH . B HOH 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc39 H CA CA . B CA 996 1_555 L O HOH . B HOH 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc40 I MG MG . B MG 997 1_555 J O2G ACP . B ACP 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc41 I MG MG . B MG 997 1_555 L O HOH . B HOH 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc42 I MG MG . B MG 997 1_555 L O HOH . B HOH 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1VFP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010999 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.003407 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008089 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006895 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 995 995 CA CA . D 2 CA A 1 996 996 CA CA . E 3 MG A 1 997 997 MG MG . F 4 ACP A 1 1001 1001 ACP ACP . G 2 CA B 1 995 995 CA CA . H 2 CA B 1 996 996 CA CA . I 3 MG B 1 997 997 MG MG . J 4 ACP B 1 2001 2001 ACP ACP . K 5 HOH A 1 1011 1011 HOH HOH . K 5 HOH A 2 1012 1012 HOH HOH . K 5 HOH A 3 1013 1013 HOH HOH . K 5 HOH A 4 1014 1014 HOH HOH . L 5 HOH B 1 2011 2011 HOH HOH . L 5 HOH B 2 2012 2012 HOH HOH . L 5 HOH B 3 2013 2013 HOH HOH . L 5 HOH B 4 2014 2014 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 8.598 _atom_site.Cartn_y 11.2 _atom_site.Cartn_z 3.17 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 56.3 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 996 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 59 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #