data_1VZM
#
_model_server_result.job_id            FhZb428d2S3MLuvSILZNkg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-09-07 21:30:48' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1vzm 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1049}' 
#
_entry.id    1VZM 
#
_exptl.entry_id    1VZM 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            1VZM 
_cell.length_a            48.7 
_cell.length_b            48.7 
_cell.length_c            119.1 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1VZM 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        154 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 32 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,D,L 1 1 
B,E,F,G,M 2 1 
C,H,I,J,K,N 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 17 A CYS 17 1_555 A SG CYS 23 A CYS 23 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 17 B CYS 17 1_555 B SG CYS 23 B CYS 23 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 17 C CYS 17 1_555 C SG CYS 23 C CYS 23 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? 
covale ? covale1 A C THR 10 A THR 10 1_555 A N CGU 11 A CGU 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale2 A C CGU 11 A CGU 11 1_555 A N SER 12 A SER 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale3 A C ARG 14 A ARG 14 1_555 A N CGU 15 A CGU 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? 
covale ? covale4 A C CGU 15 A CGU 15 1_555 A N VAL 16 A VAL 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale5 A C CYS 17 A CYS 17 1_555 A N CGU 18 A CGU 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale6 A C CGU 18 A CGU 18 1_555 A N THR 19 A THR 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale7 A C ASP 24 A ASP 24 1_555 A N CGU 25 A CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale8 A C CGU 25 A CGU 25 1_555 A N MET 26 A MET 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale9 B C THR 10 B THR 10 1_555 B N CGU 11 B CGU 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale10 B C CGU 11 B CGU 11 1_555 B N SER 12 B SER 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale11 B C ARG 14 B ARG 14 1_555 B N CGU 15 B CGU 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale12 B C CGU 15 B CGU 15 1_555 B N VAL 16 B VAL 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale13 B C CYS 17 B CYS 17 1_555 B N CGU 18 B CGU 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale14 B C CGU 18 B CGU 18 1_555 B N THR 19 B THR 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale15 B C ASP 24 B ASP 24 1_555 B N CGU 25 B CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale16 B C CGU 25 B CGU 25 1_555 B N MET 26 B MET 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.353 ? 
covale ? covale17 C C THR 10 C THR 10 1_555 C N CGU 11 C CGU 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale18 C C CGU 11 C CGU 11 1_555 C N SER 12 C SER 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale19 C C ARG 14 C ARG 14 1_555 C N CGU 15 C CGU 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale20 C C CGU 15 C CGU 15 1_555 C N VAL 16 C VAL 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale21 C C CYS 17 C CYS 17 1_555 C N CGU 18 C CGU 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale22 C C CGU 18 C CGU 18 1_555 C N THR 19 C THR 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.347 ? 
covale ? covale23 C C ASP 24 C ASP 24 1_555 C N CGU 25 C CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale24 C C CGU 25 C CGU 25 1_555 C N MET 26 C MET 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
metalc ? metalc1 A OE22 CGU 11 A CGU 11 1_555 D MG MG . A MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc2 A OE12 CGU 11 A CGU 11 1_555 D MG MG . A MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc3 A OE12 CGU 15 A CGU 15 1_555 D MG MG . A MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc4 A OE22 CGU 15 A CGU 15 1_555 D MG MG . A MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? 
metalc ? metalc5 D MG MG . A MG 1046 1_555 L O HOH . A HOH 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc6 D MG MG . A MG 1046 1_555 N O HOH . C HOH 2013 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc7 L O HOH . A HOH 2021 4_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc8 L O HOH . A HOH 2031 4_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc9 B OE22 CGU 11 B CGU 11 1_555 E MG MG . B MG 1045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc10 B OE12 CGU 11 B CGU 11 1_555 E MG MG . B MG 1045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? 
metalc ? metalc11 B OE22 CGU 15 B CGU 15 1_555 E MG MG . B MG 1045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc12 B OE12 CGU 15 B CGU 15 1_555 E MG MG . B MG 1045 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
metalc ? metalc13 B OE21 CGU 18 B CGU 18 1_555 F MG MG . B MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc14 B OE22 CGU 18 B CGU 18 1_555 G MG MG . B MG 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc15 B OD1 ASP 24 B ASP 24 1_555 F MG MG . B MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 24 B ASP 24 1_555 G MG MG . B MG 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc17 B OE12 CGU 25 B CGU 25 1_555 H MG MG . C MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? 
metalc ? metalc18 B OE22 CGU 25 B CGU 25 1_555 H MG MG . C MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc19 B OE22 CGU 25 B CGU 25 1_555 I MG MG . C MG 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc20 E MG MG . B MG 1045 1_555 N O HOH . C HOH 2003 3_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc21 E MG MG . B MG 1045 1_555 N O HOH . C HOH 2019 3_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc22 F MG MG . B MG 1046 1_555 M O HOH . B HOH 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc23 F MG MG . B MG 1046 1_555 M O HOH . B HOH 2035 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? 
metalc ? metalc24 F MG MG . B MG 1046 1_555 M O HOH . B HOH 2037 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc25 F MG MG . B MG 1046 1_555 C OE22 CGU 25 C CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? 
metalc ? metalc26 G MG MG . B MG 1047 1_555 M O HOH . B HOH 2022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc27 G MG MG . B MG 1047 1_555 C OE22 CGU 25 C CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc28 G MG MG . B MG 1047 1_555 C OE12 CGU 25 C CGU 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc29 G MG MG . B MG 1047 1_555 N O HOH . C HOH 2064 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc30 C OE12 CGU 11 C CGU 11 1_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc31 C OE22 CGU 11 C CGU 11 1_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? 
metalc ? metalc32 C OE22 CGU 15 C CGU 15 1_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc33 C OE12 CGU 15 C CGU 15 1_555 J MG MG . C MG 1048 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? 
metalc ? metalc34 C OE22 CGU 18 C CGU 18 1_555 H MG MG . C MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? 
metalc ? metalc35 C OE21 CGU 18 C CGU 18 1_555 I MG MG . C MG 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? 
metalc ? metalc36 C OE11 CGU 18 C CGU 18 1_555 K MG MG . C MG 1049 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.746 ? 
metalc ? metalc37 C OD2 ASP 24 C ASP 24 1_555 H MG MG . C MG 1046 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc38 C OD1 ASP 24 C ASP 24 1_555 I MG MG . C MG 1047 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
metalc ? metalc39 H MG MG . C MG 1046 1_555 N O HOH . C HOH 2067 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc40 H MG MG . C MG 1046 1_555 N O HOH . C HOH 2068 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
metalc ? metalc41 I MG MG . C MG 1047 1_555 N O HOH . C HOH 2044 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.011 ? 
metalc ? metalc42 I MG MG . C MG 1047 1_555 N O HOH . C HOH 2066 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc43 I MG MG . C MG 1047 1_555 N O HOH . C HOH 2074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc44 K MG MG . C MG 1049 1_555 N O HOH . C HOH 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? 
metalc ? metalc45 K MG MG . C MG 1049 1_555 N O HOH . C HOH 2020 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? 
metalc ? metalc46 K MG MG . C MG 1049 1_555 N O HOH . C HOH 2021 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? 
metalc ? metalc47 K MG MG . C MG 1049 1_555 N O HOH . C HOH 2022 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc48 K MG MG . C MG 1049 1_555 N O HOH . C HOH 2036 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1VZM 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.020534 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.011855 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.02371 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008396 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 MG A 1 1046 1046 MG MG . 
E 2 MG B 1 1045 1045 MG MG . 
F 2 MG B 1 1046 1046 MG MG . 
G 2 MG B 1 1047 1047 MG MG . 
H 2 MG C 1 1046 1046 MG MG . 
I 2 MG C 1 1047 1047 MG MG . 
J 2 MG C 1 1048 1048 MG MG . 
K 2 MG C 1 1049 1049 MG MG . 
L 3 HOH A 1 2001 2001 HOH HOH . 
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