data_1W36 # _model_server_result.job_id lPaOjJzgQFG0fwEz0-dwjA _model_server_result.datetime_utc '2025-07-03 02:47:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1w36 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":4000}' # _entry.id 1W36 # _exptl.entry_id 1W36 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1W36 _cell.length_a 132.602 _cell.length_b 187.234 _cell.length_c 335.369 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1W36 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PQS tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PQS tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,G,I 1 1 D,E,F,H,J 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 956 B HIS 956 1_555 I CA CA . B CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 1067 B ASP 1067 1_555 I CA CA . B CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 1080 B ASP 1080 1_555 I CA CA . B CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc4 A O TYR 1081 B TYR 1081 1_555 I CA CA . B CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc5 D NE2 HIS 956 E HIS 956 1_555 J CA CA . E CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc6 D OD2 ASP 1067 E ASP 1067 1_555 J CA CA . E CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc7 D OD1 ASP 1067 E ASP 1067 1_555 J CA CA . E CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.36 ? metalc ? metalc8 D OD1 ASP 1080 E ASP 1080 1_555 J CA CA . E CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc9 D O TYR 1081 E TYR 1081 1_555 J CA CA . E CA 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog1 G N1 DA 5 Y DA 5 1_555 G N3 DT 39 Y DT 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 G N3 DT 6 Y DT 6 1_555 G N1 DA 38 Y DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 G O4 DT 6 Y DT 6 1_555 G N6 DA 38 Y DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 G N1 DG 7 Y DG 7 1_555 G N3 DC 37 Y DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G N2 DG 7 Y DG 7 1_555 G O2 DC 37 Y DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G O6 DG 7 Y DG 7 1_555 G N4 DC 37 Y DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G N3 DC 8 Y DC 8 1_555 G N1 DG 36 Y DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N4 DC 8 Y DC 8 1_555 G O6 DG 36 Y DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G O2 DC 8 Y DC 8 1_555 G N2 DG 36 Y DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G N1 DG 9 Y DG 9 1_555 G N3 DC 35 Y DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N2 DG 9 Y DG 9 1_555 G O2 DC 35 Y DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G O6 DG 9 Y DG 9 1_555 G N4 DC 35 Y DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N1 DA 10 Y DA 10 1_555 G N3 DT 34 Y DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G N6 DA 10 Y DA 10 1_555 G O4 DT 34 Y DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G N1 DG 11 Y DG 11 1_555 G N3 DC 33 Y DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N2 DG 11 Y DG 11 1_555 G O2 DC 33 Y DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G O6 DG 11 Y DG 11 1_555 G N4 DC 33 Y DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G N3 DC 12 Y DC 12 1_555 G N1 DG 32 Y DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N4 DC 12 Y DC 12 1_555 G O6 DG 32 Y DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O2 DC 12 Y DC 12 1_555 G N2 DG 32 Y DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N1 DA 13 Y DA 13 1_555 G N3 DT 31 Y DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N6 DA 13 Y DA 13 1_555 G O4 DT 31 Y DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G N3 DC 14 Y DC 14 1_555 G N1 DG 30 Y DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N4 DC 14 Y DC 14 1_555 G O6 DG 30 Y DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G O2 DC 14 Y DC 14 1_555 G N2 DG 30 Y DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G N3 DT 15 Y DT 15 1_555 G N1 DA 29 Y DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G O4 DT 15 Y DT 15 1_555 G N6 DA 29 Y DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G N1 DG 16 Y DG 16 1_555 G N3 DC 28 Y DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 G N2 DG 16 Y DG 16 1_555 G O2 DC 28 Y DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G O6 DG 16 Y DG 16 1_555 G N4 DC 28 Y DC 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N3 DC 17 Y DC 17 1_555 G N1 DG 27 Y DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G N4 DC 17 Y DC 17 1_555 G O6 DG 27 Y DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G O2 DC 17 Y DC 17 1_555 G N2 DG 27 Y DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G N3 DT 18 Y DT 18 1_555 G N1 DA 26 Y DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G O4 DT 18 Y DT 18 1_555 G N6 DA 26 Y DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N1 DA 19 Y DA 19 1_555 G N3 DT 25 Y DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G N6 DA 19 Y DA 19 1_555 G O4 DT 25 Y DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 H N1 DA 5 Z DA 5 1_555 H N3 DT 39 Z DT 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 H N6 DA 5 Z DA 5 1_555 H O4 DT 39 Z DT 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 H N3 DT 6 Z DT 6 1_555 H N1 DA 38 Z DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 H O4 DT 6 Z DT 6 1_555 H N6 DA 38 Z DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 H N1 DG 7 Z DG 7 1_555 H N3 DC 37 Z DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 H N2 DG 7 Z DG 7 1_555 H O2 DC 37 Z DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 H O6 DG 7 Z DG 7 1_555 H N4 DC 37 Z DC 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 H N3 DC 8 Z DC 8 1_555 H N1 DG 36 Z DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 H N4 DC 8 Z DC 8 1_555 H O6 DG 36 Z DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 H O2 DC 8 Z DC 8 1_555 H N2 DG 36 Z DG 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 H N1 DG 9 Z DG 9 1_555 H N3 DC 35 Z DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 H N2 DG 9 Z DG 9 1_555 H O2 DC 35 Z DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 H O6 DG 9 Z DG 9 1_555 H N4 DC 35 Z DC 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 H N1 DA 10 Z DA 10 1_555 H N3 DT 34 Z DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 H N6 DA 10 Z DA 10 1_555 H O4 DT 34 Z DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 H N1 DG 11 Z DG 11 1_555 H N3 DC 33 Z DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 H N2 DG 11 Z DG 11 1_555 H O2 DC 33 Z DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 H O6 DG 11 Z DG 11 1_555 H N4 DC 33 Z DC 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 H N3 DC 12 Z DC 12 1_555 H N1 DG 32 Z DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 H N4 DC 12 Z DC 12 1_555 H O6 DG 32 Z DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 H O2 DC 12 Z DC 12 1_555 H N2 DG 32 Z DG 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 H N1 DA 13 Z DA 13 1_555 H N3 DT 31 Z DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 H N6 DA 13 Z DA 13 1_555 H O4 DT 31 Z DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 H N3 DC 14 Z DC 14 1_555 H N1 DG 30 Z DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 H N4 DC 14 Z DC 14 1_555 H O6 DG 30 Z DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 H O2 DC 14 Z DC 14 1_555 H N2 DG 30 Z DG 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 H N3 DT 15 Z DT 15 1_555 H N1 DA 29 Z DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 H O4 DT 15 Z DT 15 1_555 H N6 DA 29 Z DA 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog66 H N4 DC 17 Z DC 17 1_555 H O6 DG 27 Z DG 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog67 H O4 DT 18 Z DT 18 1_555 H N6 DA 26 Z DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 H N1 DA 19 Z DA 19 1_555 H N3 DT 25 Z DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 H N6 DA 19 Z DA 19 1_555 H O4 DT 25 Z DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1W36 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007541 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005341 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002982 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 CA B 1 4000 4000 CA CA . J 5 CA E 1 4000 4000 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 117.683 _atom_site.Cartn_y 72.796 _atom_site.Cartn_z 95.209 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 52.01 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 4000 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 103 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 74 _model_server_stats.query_time_ms 373 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 1 #