data_1W5U
#
_model_server_result.job_id            mlfWwoZQP4wBptcwk2RiPw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 22:08:46' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          1w5u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1018}' 
#
_entry.id    1W5U 
#
_exptl.entry_id    1W5U 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              85.468 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'RUBIDIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1W5U 
_cell.length_a            30.06 
_cell.length_b            31.3 
_cell.length_c            51.691 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1W5U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    . 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PQS dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,Z,AA 1 1 
C,D,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,BA,CA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 O N N 
? 2 Q N N 
? 2 R N N 
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 X N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C FVA 1 A FVA 1 1_555 A N GLY 2 A GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale2 A C ALA 3 A ALA 3 1_555 A N DLE 4 A DLE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.279 ? 
covale ? covale3 A C DLE 4 A DLE 4 1_555 A N ALA 5 A ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale4 A C ALA 5 A ALA 5 1_555 A N DVA 6 A DVA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale5 A C DVA 6 A DVA 6 1_555 A N VAL 7 A VAL 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale6 A C VAL 7 A VAL 7 1_555 A N DVA 8 A DVA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale7 A C DVA 8 A DVA 8 1_555 A N TRP 9 A TRP 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale8 A C TRP 9 A TRP 9 1_555 A N DLE 10 A DLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale9 A C DLE 10 A DLE 10 1_555 A N TRP 11 A TRP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale10 A C TRP 11 A TRP 11 1_555 A N DLE 12 A DLE 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? 
covale ? covale11 A C DLE 12 A DLE 12 1_555 A N TRP 13 A TRP 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? 
covale ? covale12 A C TRP 13 A TRP 13 1_555 A N DLE 14 A DLE 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale13 A C DLE 14 A DLE 14 1_555 A N TRP 15 A TRP 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.302 ? 
covale ? covale14 A C TRP 15 A TRP 15 1_555 A N ETA 16 A ETA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? 
covale ? covale15 B C FVA 1 B FVA 1 1_555 B N GLY 2 B GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale16 B C ALA 3 B ALA 3 1_555 B N DLE 4 B DLE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale17 B C DLE 4 B DLE 4 1_555 B N ALA 5 B ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale18 B C ALA 5 B ALA 5 1_555 B N DVA 6 B DVA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale19 B C DVA 6 B DVA 6 1_555 B N VAL 7 B VAL 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale20 B C VAL 7 B VAL 7 1_555 B N DVA 8 B DVA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale21 B C DVA 8 B DVA 8 1_555 B N TRP 9 B TRP 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale22 B C TRP 9 B TRP 9 1_555 B N DLE 10 B DLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? 
covale ? covale23 B C DLE 10 B DLE 10 1_555 B N TRP 11 B TRP 11 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale24 B C DLE 10 B DLE 10 1_555 B N TYR 11 B TYR 11 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.286 ? 
covale ? covale25 B C TRP 11 B TRP 11 1_555 B N DLE 12 B DLE 12 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? 
covale ? covale26 B C DLE 12 B DLE 12 1_555 B N TRP 13 B TRP 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale27 B C TRP 13 B TRP 13 1_555 B N DLE 14 B DLE 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale28 B C DLE 14 B DLE 14 1_555 B N TRP 15 B TRP 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.283 ? 
covale ? covale29 B C TRP 15 B TRP 15 1_555 B N ETA 16 B ETA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale30 C C FVA 1 C FVA 1 1_555 C N GLY 2 C GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? 
covale ? covale31 C C ALA 3 C ALA 3 1_555 C N DLE 4 C DLE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale32 C C DLE 4 C DLE 4 1_555 C N ALA 5 C ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.285 ? 
covale ? covale33 C C ALA 5 C ALA 5 1_555 C N DVA 6 C DVA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale34 C C DVA 6 C DVA 6 1_555 C N VAL 7 C VAL 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale35 C C VAL 7 C VAL 7 1_555 C N DVA 8 C DVA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale36 C C DVA 8 C DVA 8 1_555 C N TRP 9 C TRP 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? 
covale ? covale37 C C TRP 9 C TRP 9 1_555 C N DLE 10 C DLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.301 ? 
covale ? covale38 C C DLE 10 C DLE 10 1_555 C N TRP 11 C TRP 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.304 ? 
covale ? covale39 C C TRP 11 C TRP 11 1_555 C N DLE 12 C DLE 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale40 C C DLE 12 C DLE 12 1_555 C N TRP 13 C TRP 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale41 C C TRP 13 C TRP 13 1_555 C N DLE 14 C DLE 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale42 C C DLE 14 C DLE 14 1_555 C N TRP 15 C TRP 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale43 C C TRP 15 C TRP 15 1_555 C N ETA 16 C ETA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? 
covale ? covale44 D C FVA 1 D FVA 1 1_555 D N GLY 2 D GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale45 D C ALA 3 D ALA 3 1_555 D N DLE 4 D DLE 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? 
covale ? covale46 D C DLE 4 D DLE 4 1_555 D N ALA 5 D ALA 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? 
covale ? covale47 D C ALA 5 D ALA 5 1_555 D N DVA 6 D DVA 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale48 D C DVA 6 D DVA 6 1_555 D N VAL 7 D VAL 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale49 D C VAL 7 D VAL 7 1_555 D N DVA 8 D DVA 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale50 D C DVA 8 D DVA 8 1_555 D N TRP 9 D TRP 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale51 D C TRP 9 D TRP 9 1_555 D N DLE 10 D DLE 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale52 D C DLE 10 D DLE 10 1_555 D N TRP 11 D TRP 11 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale53 D C DLE 10 D DLE 10 1_555 D N TYR 11 D TYR 11 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.283 ? 
covale ? covale54 D C TRP 11 D TRP 11 1_555 D N DLE 12 D DLE 12 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale55 D C DLE 12 D DLE 12 1_555 D N TRP 13 D TRP 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale56 D C TRP 13 D TRP 13 1_555 D N DLE 14 D DLE 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.309 ? 
covale ? covale57 D C DLE 14 D DLE 14 1_555 D N TRP 15 D TRP 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale58 D C TRP 15 D TRP 15 1_555 D N ETA 16 D ETA 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.357 ? 
metalc ? metalc1 E RB RB . A RB 1017 1_555 Z O HOH . A HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? 
metalc ? metalc2 E RB RB . A RB 1017 1_555 B O DLE 12 B DLE 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.053 ? 
metalc ? metalc3 Z O HOH . A HOH 2001 2_664 I RB RB . B RB 1016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.147 ? 
metalc ? metalc4 B O GLY 2 B GLY 2 1_555 O RB RB . C RB 1016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? 
metalc ? metalc5 B O TRP 15 B TRP 15 1_555 T RB RB . C RB 1021 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? 
metalc ? metalc6 J RB RB . B RB 1017 1_555 AA O HOH . B HOH 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? 
metalc ? metalc7 J RB RB . B RB 1017 1_555 AA O HOH . B HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.132 ? 
metalc ? metalc8 K RB RB . B RB 1018 1_555 AA O HOH . B HOH 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? 
metalc ? metalc9 AA O HOH . B HOH 2007 1_555 T RB RB . C RB 1021 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc10 C O GLY 2 C GLY 2 1_555 S RB RB . C RB 1020 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.164 ? 
metalc ? metalc11 C N ETA 16 C ETA 16 1_555 Q RB RB . C RB 1018 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.151 ? 
metalc ? metalc12 Q RB RB . C RB 1018 1_555 BA O HOH . C HOH 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.113 ? 
metalc ? metalc13 R RB RB . C RB 1019 1_555 CA O HOH . D HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc14 S RB RB . C RB 1020 1_555 CA O HOH . D HOH 2011 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? 
metalc ? metalc15 BA O HOH . C HOH 2001 1_555 V RB RB . D RB 1016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? 
metalc ? metalc16 D O GLY 2 D GLY 2 1_555 V RB RB . D RB 1016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.135 ? 
metalc ? metalc17 D N DVA 8 D DVA 8 1_555 W RB RB . D RB 1017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.15 ? 
metalc ? metalc18 V RB RB . D RB 1016 1_555 CA O HOH . D HOH 2006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? 
metalc ? metalc19 W RB RB . D RB 1017 1_555 CA O HOH . D HOH 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? 
metalc ? metalc20 X RB RB . D RB 1018 1_555 CA O HOH . D HOH 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.935 ? 
#
_chem_comp.formula           'Rb 1' 
_chem_comp.formula_weight    85.468 
_chem_comp.id                RB 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'RUBIDIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1W5U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.033267 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.031949 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.019346 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 RB A 1 1017 1017 RB RB . 
F 2 RB A 1 1018 1018 RB RB . 
G 3 CL A 1 1019 1019 CL CL . 
H 3 CL A 1 1020 1020 CL CL . 
I 2 RB B 1 1016 1016 RB RB . 
J 2 RB B 1 1017 1017 RB RB . 
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AA 5 HOH B 6 2006 2006 HOH HOH . 
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