data_1WQ5
#
_model_server_result.job_id            TuvFUDiiUfEUmBe8Yb9Juw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 08:06:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1wq5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":601}' 
#
_entry.id    1WQ5 
#
_exptl.entry_id    1WQ5 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          96.46 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1WQ5 
_cell.length_a            156.774 
_cell.length_b            44.626 
_cell.length_c            71.716 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1WQ5 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PQS monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PQS monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,X 1 1 
B,P,Q,R,S,T,U,V,W,Y 2 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 3 1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_654 -x+1,y,-z-1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 164.842734 0 -71.26065 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 129 n n 
C1 C2 GOL sing 130 n n 
C1 H11 GOL sing 131 n n 
C1 H12 GOL sing 132 n n 
O1 HO1 GOL sing 133 n n 
C2 O2 GOL sing 134 n n 
C2 C3 GOL sing 135 n n 
C2 H2 GOL sing 136 n n 
O2 HO2 GOL sing 137 n n 
C3 O3 GOL sing 138 n n 
C3 H31 GOL sing 139 n n 
C3 H32 GOL sing 140 n n 
O3 HO3 GOL sing 141 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1WQ5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006379 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000723 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.022408 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014033 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 SO4 A 1 502 502 SO4 SO4 . 
D 2 SO4 A 1 504 504 SO4 SO4 . 
E 2 SO4 A 1 508 508 SO4 SO4 . 
F 2 SO4 A 1 510 510 SO4 SO4 . 
G 2 SO4 A 1 511 511 SO4 SO4 . 
H 2 SO4 A 1 512 512 SO4 SO4 . 
I 2 SO4 A 1 513 513 SO4 SO4 . 
J 3 GOL A 1 601 601 GOL GOL . 
K 3 GOL A 1 602 602 GOL GOL . 
L 3 GOL A 1 603 603 GOL GOL . 
M 3 GOL A 1 605 605 GOL GOL . 
N 3 GOL A 1 607 607 GOL GOL . 
O 3 GOL A 1 608 608 GOL GOL . 
P 2 SO4 B 1 501 501 SO4 SO4 . 
Q 2 SO4 B 1 503 503 SO4 SO4 . 
R 2 SO4 B 1 505 505 SO4 SO4 . 
S 2 SO4 B 1 506 506 SO4 SO4 . 
T 2 SO4 B 1 507 507 SO4 SO4 . 
U 2 SO4 B 1 509 509 SO4 SO4 . 
V 3 GOL B 1 604 604 GOL GOL . 
W 3 GOL B 1 606 606 GOL GOL . 
X 4 HOH A 1 2001 2001 HOH WAT . 
X 4 HOH A 2 2002 2002 HOH WAT . 
X 4 HOH A 3 2004 2004 HOH WAT . 
X 4 HOH A 4 2006 2006 HOH WAT . 
X 4 HOH A 5 2007 2007 HOH WAT . 
X 4 HOH A 6 2012 2012 HOH WAT . 
X 4 HOH A 7 2013 2013 HOH WAT . 
X 4 HOH A 8 2014 2014 HOH WAT . 
X 4 HOH A 9 2015 2015 HOH WAT . 
X 4 HOH A 10 2016 2016 HOH WAT . 
X 4 HOH A 11 2018 2018 HOH WAT . 
X 4 HOH A 12 2020 2020 HOH WAT . 
X 4 HOH A 13 2023 2023 HOH WAT . 
X 4 HOH A 14 2026 2026 HOH WAT . 
X 4 HOH A 15 2029 2029 HOH WAT . 
X 4 HOH A 16 2032 2032 HOH WAT . 
X 4 HOH A 17 2035 2035 HOH WAT . 
X 4 HOH A 18 2038 2038 HOH WAT . 
X 4 HOH A 19 2041 2041 HOH WAT . 
X 4 HOH A 20 2042 2042 HOH WAT . 
X 4 HOH A 21 2044 2044 HOH WAT . 
X 4 HOH A 22 2045 2045 HOH WAT . 
X 4 HOH A 23 2046 2046 HOH WAT . 
X 4 HOH A 24 2048 2048 HOH WAT . 
X 4 HOH A 25 2049 2049 HOH WAT . 
X 4 HOH A 26 2050 2050 HOH WAT . 
X 4 HOH A 27 2051 2051 HOH WAT . 
X 4 HOH A 28 2055 2055 HOH WAT . 
X 4 HOH A 29 2057 2057 HOH WAT . 
X 4 HOH A 30 2062 2062 HOH WAT . 
X 4 HOH A 31 2064 2064 HOH WAT . 
X 4 HOH A 32 2065 2065 HOH WAT . 
X 4 HOH A 33 2066 2066 HOH WAT . 
X 4 HOH A 34 2068 2068 HOH WAT . 
X 4 HOH A 35 2070 2070 HOH WAT . 
X 4 HOH A 36 2072 2072 HOH WAT . 
X 4 HOH A 37 2076 2076 HOH WAT . 
X 4 HOH A 38 2078 2078 HOH WAT . 
X 4 HOH A 39 2081 2081 HOH WAT . 
X 4 HOH A 40 2086 2086 HOH WAT . 
X 4 HOH A 41 2090 2090 HOH WAT . 
X 4 HOH A 42 2094 2094 HOH WAT . 
X 4 HOH A 43 2095 2095 HOH WAT . 
X 4 HOH A 44 2097 2097 HOH WAT . 
X 4 HOH A 45 2098 2098 HOH WAT . 
X 4 HOH A 46 2103 2103 HOH WAT . 
X 4 HOH A 47 2104 2104 HOH WAT . 
X 4 HOH A 48 2108 2108 HOH WAT . 
X 4 HOH A 49 2109 2109 HOH WAT . 
X 4 HOH A 50 2110 2110 HOH WAT . 
X 4 HOH A 51 2112 2112 HOH WAT . 
X 4 HOH A 52 2115 2115 HOH WAT . 
X 4 HOH A 53 2116 2116 HOH WAT . 
X 4 HOH A 54 2117 2117 HOH WAT . 
X 4 HOH A 55 2119 2119 HOH WAT . 
X 4 HOH A 56 2120 2120 HOH WAT . 
X 4 HOH A 57 2121 2121 HOH WAT . 
X 4 HOH A 58 2124 2124 HOH WAT . 
X 4 HOH A 59 2125 2125 HOH WAT . 
X 4 HOH A 60 2128 2128 HOH WAT . 
X 4 HOH A 61 2129 2129 HOH WAT . 
X 4 HOH A 62 2130 2130 HOH WAT . 
X 4 HOH A 63 2131 2131 HOH WAT . 
X 4 HOH A 64 2133 2133 HOH WAT . 
X 4 HOH A 65 2134 2134 HOH WAT . 
X 4 HOH A 66 2135 2135 HOH WAT . 
X 4 HOH A 67 2138 2138 HOH WAT . 
X 4 HOH A 68 2139 2139 HOH WAT . 
X 4 HOH A 69 2142 2142 HOH WAT . 
X 4 HOH A 70 2143 2143 HOH WAT . 
X 4 HOH A 71 2145 2145 HOH WAT . 
X 4 HOH A 72 2146 2146 HOH WAT . 
X 4 HOH A 73 2148 2148 HOH WAT . 
X 4 HOH A 74 2150 2150 HOH WAT . 
X 4 HOH A 75 2152 2152 HOH WAT . 
X 4 HOH A 76 2153 2153 HOH WAT . 
X 4 HOH A 77 2154 2154 HOH WAT . 
X 4 HOH A 78 2155 2155 HOH WAT . 
X 4 HOH A 79 2157 2157 HOH WAT . 
X 4 HOH A 80 2160 2160 HOH WAT . 
X 4 HOH A 81 2163 2163 HOH WAT . 
X 4 HOH A 82 2164 2164 HOH WAT . 
X 4 HOH A 83 2165 2165 HOH WAT . 
X 4 HOH A 84 2167 2167 HOH WAT . 
X 4 HOH A 85 2168 2168 HOH WAT . 
X 4 HOH A 86 2170 2170 HOH WAT . 
X 4 HOH A 87 2173 2173 HOH WAT . 
X 4 HOH A 88 2175 2175 HOH WAT . 
X 4 HOH A 89 2176 2176 HOH WAT . 
X 4 HOH A 90 2177 2177 HOH WAT . 
X 4 HOH A 91 2178 2178 HOH WAT . 
X 4 HOH A 92 2183 2183 HOH WAT . 
X 4 HOH A 93 2184 2184 HOH WAT . 
X 4 HOH A 94 2187 2187 HOH WAT . 
X 4 HOH A 95 2189 2189 HOH WAT . 
X 4 HOH A 96 2190 2190 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 1 2003 2003 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 2 2005 2005 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 3 2008 2008 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 4 2009 2009 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 5 2010 2010 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 6 2011 2011 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 7 2017 2017 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 8 2019 2019 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 9 2021 2021 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 10 2022 2022 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 11 2024 2024 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 12 2025 2025 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 13 2027 2027 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 14 2028 2028 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 15 2030 2030 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 16 2031 2031 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 17 2033 2033 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 18 2034 2034 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 19 2036 2036 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 20 2037 2037 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 21 2039 2039 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 22 2040 2040 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 23 2043 2043 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 24 2047 2047 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 25 2052 2052 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 26 2053 2053 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 27 2054 2054 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 28 2056 2056 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 29 2058 2058 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 30 2059 2059 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 31 2060 2060 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 32 2061 2061 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 33 2063 2063 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 34 2067 2067 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 35 2069 2069 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 36 2071 2071 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 37 2073 2073 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 38 2074 2074 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 39 2075 2075 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 40 2077 2077 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 41 2079 2079 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 42 2080 2080 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 43 2082 2082 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 44 2083 2083 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 45 2084 2084 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 46 2085 2085 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 47 2087 2087 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 48 2088 2088 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 49 2089 2089 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 50 2091 2091 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 51 2092 2092 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 52 2093 2093 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 53 2096 2096 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 54 2099 2099 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 55 2100 2100 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 56 2101 2101 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 57 2102 2102 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 58 2105 2105 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 59 2106 2106 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 60 2107 2107 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 61 2111 2111 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 62 2113 2113 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 63 2114 2114 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 64 2118 2118 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 65 2122 2122 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 66 2123 2123 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 67 2126 2126 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 68 2127 2127 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 69 2132 2132 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 70 2136 2136 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 71 2137 2137 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 72 2140 2140 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 73 2141 2141 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 74 2144 2144 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 75 2147 2147 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 76 2149 2149 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 77 2151 2151 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 78 2156 2156 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 79 2158 2158 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 80 2159 2159 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 81 2161 2161 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 82 2162 2162 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 83 2166 2166 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 84 2169 2169 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 85 2171 2171 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 86 2172 2172 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 87 2174 2174 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 88 2179 2179 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 89 2180 2180 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 90 2181 2181 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 91 2182 2182 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 92 2185 2185 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 93 2186 2186 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 94 2188 2188 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 95 2191 2191 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 96 2192 2192 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 97 2193 2193 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 98 2194 2194 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 99 2195 2195 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 100 2196 2196 HOH WAT . 
Y 4 HOH B 101 2197 2197 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . J 3 75.405 82.533 -56.396 1 51.9 ? C1 GOL 601 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . J 3 73.979 82.526 -56.461 1 51.4 ? O1 GOL 601 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . J 3 75.887 82.424 -54.897 1 56 ? C2 GOL 601 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . J 3 76.691 81.232 -54.761 1 53.39 ? O2 GOL 601 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . J 3 74.685 82.341 -53.897 1 54.42 ? C3 GOL 601 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . J 3 75.088 82.294 -52.518 1 56.11 ? O3 GOL 601 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           292 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           6 
#