data_1XDJ
#
_model_server_result.job_id            HXkSiemx4vMMU6t_Bbfhfw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 05:47:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1xdj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":1054}' 
#
_entry.id    1XDJ 
#
_exptl.entry_id    1XDJ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              122.12 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            MESO-ERYTHRITOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1XDJ 
_cell.length_a            167.053 
_cell.length_b            159.366 
_cell.length_c            65.639 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1XDJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,G,K 1 1 
B,H,I,J,L 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C GLU 69 A GLU 37 1_555 A N MSE 70 A MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale2 A C MSE 70 A MSE 38 1_555 A N ASN 71 A ASN 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale3 A C ARG 74 A ARG 42 1_555 A N MSE 75 A MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 A C MSE 75 A MSE 43 1_555 A N TYR 76 A TYR 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale5 A C TYR 76 A TYR 44 1_555 A N MSE 77 A MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale6 A C MSE 77 A MSE 45 1_555 A N VAL 78 A VAL 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale7 A C VAL 104 A VAL 72 1_555 A N MSE 105 A MSE 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale8 A C MSE 105 A MSE 73 1_555 A N VAL 106 A VAL 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale9 A C ASP 124 A ASP 92 1_555 A N MSE 125 A MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale10 A C MSE 125 A MSE 93 1_555 A N ALA 126 A ALA 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale11 A C GLU 133 A GLU 101 1_555 A N MSE 134 A MSE 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale12 A C MSE 134 A MSE 102 1_555 A N THR 135 A THR 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale13 A C GLN 201 A GLN 169 1_555 A N MSE 202 A MSE 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale14 A C MSE 202 A MSE 170 1_555 A N GLU 203 A GLU 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale15 A C LYS 375 A LYS 343 1_555 A N MSE 376 A MSE 344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale16 A C MSE 376 A MSE 344 1_555 A N LEU 377 A LEU 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale17 A C LYS 452 A LYS 420 1_555 A N MSE 453 A MSE 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale18 A C MSE 453 A MSE 421 1_555 A N ARG 454 A ARG 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale19 A C ASP 499 A ASP 467 1_555 A N MSE 500 A MSE 468 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale20 A C MSE 500 A MSE 468 1_555 A N VAL 501 A VAL 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale21 A C PRO 541 A PRO 509 1_555 A N MSE 542 A MSE 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale22 A C MSE 542 A MSE 510 1_555 A N THR 543 A THR 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale23 A C GLY 560 A GLY 528 1_555 A N MSE 561 A MSE 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale24 A C MSE 561 A MSE 529 1_555 A N LEU 562 A LEU 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale25 A C ILE 568 A ILE 536 1_555 A N MSE 569 A MSE 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale26 A C MSE 569 A MSE 537 1_555 A N SER 570 A SER 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale27 A C HIS 650 A HIS 618 1_555 A N MSE 651 A MSE 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale28 A C MSE 651 A MSE 619 1_555 A N CYS 652 A CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale29 A C GLU 713 A GLU 681 1_555 A N MSE 714 A MSE 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale30 A C MSE 714 A MSE 682 1_555 A N ARG 715 A ARG 683 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale31 A C ASN 752 A ASN 720 1_555 A N MSE 753 A MSE 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale32 A C MSE 753 A MSE 721 1_555 A N VAL 754 A VAL 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale33 A C GLU 759 A GLU 727 1_555 A N MSE 760 A MSE 728 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale34 A C MSE 760 A MSE 728 1_555 A N ARG 761 A ARG 729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale35 B C GLU 69 B GLU 37 1_555 B N MSE 70 B MSE 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale36 B C MSE 70 B MSE 38 1_555 B N ASN 71 B ASN 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale37 B C ARG 74 B ARG 42 1_555 B N MSE 75 B MSE 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale38 B C MSE 75 B MSE 43 1_555 B N TYR 76 B TYR 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale39 B C TYR 76 B TYR 44 1_555 B N MSE 77 B MSE 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale40 B C MSE 77 B MSE 45 1_555 B N VAL 78 B VAL 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale41 B C VAL 104 B VAL 72 1_555 B N MSE 105 B MSE 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale42 B C MSE 105 B MSE 73 1_555 B N VAL 106 B VAL 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale43 B C ASP 124 B ASP 92 1_555 B N MSE 125 B MSE 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale44 B C MSE 125 B MSE 93 1_555 B N ALA 126 B ALA 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale45 B C GLU 133 B GLU 101 1_555 B N MSE 134 B MSE 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale46 B C MSE 134 B MSE 102 1_555 B N THR 135 B THR 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale47 B C GLN 201 B GLN 169 1_555 B N MSE 202 B MSE 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale48 B C MSE 202 B MSE 170 1_555 B N GLU 203 B GLU 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale49 B C LYS 375 B LYS 343 1_555 B N MSE 376 B MSE 344 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale50 B C MSE 376 B MSE 344 1_555 B N LEU 377 B LEU 345 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale51 B C LYS 452 B LYS 420 1_555 B N MSE 453 B MSE 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale52 B C ASP 499 B ASP 467 1_555 B N MSE 500 B MSE 468 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale53 B C MSE 500 B MSE 468 1_555 B N VAL 501 B VAL 469 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale54 B C PRO 541 B PRO 509 1_555 B N MSE 542 B MSE 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale55 B C MSE 542 B MSE 510 1_555 B N THR 543 B THR 511 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale56 B C GLY 560 B GLY 528 1_555 B N MSE 561 B MSE 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale57 B C MSE 561 B MSE 529 1_555 B N LEU 562 B LEU 530 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale58 B C ILE 568 B ILE 536 1_555 B N MSE 569 B MSE 537 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale59 B C MSE 569 B MSE 537 1_555 B N SER 570 B SER 538 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale60 B C HIS 650 B HIS 618 1_555 B N MSE 651 B MSE 619 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale61 B C MSE 651 B MSE 619 1_555 B N CYS 652 B CYS 620 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale62 B C GLU 713 B GLU 681 1_555 B N MSE 714 B MSE 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale63 B C MSE 714 B MSE 682 1_555 B N ARG 715 B ARG 683 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale64 B C ASN 752 B ASN 720 1_555 B N MSE 753 B MSE 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale65 B C MSE 753 B MSE 721 1_555 B N VAL 754 B VAL 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale66 B C GLU 759 B GLU 727 1_555 B N MSE 760 B MSE 728 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale67 B C MSE 760 B MSE 728 1_555 B N ARG 761 B ARG 729 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 650 A HIS 618 1_555 D ZN ZN . A ZN 1051 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 652 A CYS 620 1_555 D ZN ZN . A ZN 1051 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 736 A CYS 704 1_555 D ZN ZN . A ZN 1051 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? 
metalc ? metalc4 B NE2 HIS 650 B HIS 618 1_555 I ZN ZN . B ZN 1052 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 652 B CYS 620 1_555 I ZN ZN . B ZN 1052 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 736 B CYS 704 1_555 I ZN ZN . B ZN 1052 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
#
_chem_comp.formula           'C4 H10 O4' 
_chem_comp.formula_weight    122.12 
_chem_comp.id                MRY 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              MESO-ERYTHRITOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
OAB CAA MRY sing 253 n n 
OAB HAB MRY sing 254 n n 
CAA CAC MRY sing 255 n n 
CAA HAA1 MRY sing 256 n n 
CAA HAA2 MRY sing 257 n n 
CAC OAD MRY sing 258 n n 
CAC CAE MRY sing 259 n n 
CAC HAC MRY sing 260 n n 
OAD HAD MRY sing 261 n n 
CAE OAF MRY sing 262 n n 
CAE CAG MRY sing 263 n n 
CAE HAE MRY sing 264 n n 
OAF HAF MRY sing 265 n n 
CAG OAH MRY sing 266 n n 
CAG HAG1 MRY sing 267 n n 
CAG HAG2 MRY sing 268 n n 
OAH HAH MRY sing 269 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1XDJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005986 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006275 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015235 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
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HETATM 1 O OAB MRY . . . J 5 142.054 96.9 56.144 1 39.67 ? OAB MRY 1054 B 1 
HETATM 2 C CAA MRY . . . J 5 140.856 96.537 56.836 1 36.58 ? CAA MRY 1054 B 1 
HETATM 3 C CAC MRY . . . J 5 140.287 97.771 57.539 1 35.9 ? CAC MRY 1054 B 1 
HETATM 4 O OAD MRY . . . J 5 140.026 98.785 56.564 1 35.15 ? OAD MRY 1054 B 1 
HETATM 5 C CAE MRY . . . J 5 139.001 97.466 58.313 1 33.59 ? CAE MRY 1054 B 1 
HETATM 6 O OAF MRY . . . J 5 138.006 96.962 57.42 1 31.95 ? OAF MRY 1054 B 1 
HETATM 7 C CAG MRY . . . J 5 139.237 96.454 59.438 1 32.31 ? CAG MRY 1054 B 1 
HETATM 8 O OAH MRY . . . J 5 138.012 96.219 60.137 1 27.96 ? OAH MRY 1054 B 1 
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