data_1XF9
#
_model_server_result.job_id            1gW8k_T8vD9qfRqp41qW9Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 03:02:14' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1xf9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":6}' 
#
_entry.id    1XF9 
#
_exptl.entry_id    1XF9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              60.052 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ACETIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1XF9 
_cell.length_a            170.449 
_cell.length_b            170.449 
_cell.length_c            109.065 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1XF9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        90 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 4 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
PISA hexameric 6 software_defined_assembly 5 
PQS octameric 8 software_defined_assembly 6 
PQS octameric 8 software_defined_assembly 7 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,V 1 1 
B,I,J,K,L,W 2 1 
C,M,N,O,P,X 3 1 
D,Q,R,S,T,U,Y 4 1 
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,V,W 5 1,2,3 
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,V,W 6 1,4,2,3 
C,M,N,O,P,X 7 1,5,6,7 
D,Q,R,S,T,U,Y 7 8,9,10,11 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 7_646 y+1,x-1,-z+1 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 170.449 -170.449 109.065 
3 'crystal symmetry operation' 8_666 -y+1,-x+1,-z+1 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 170.449 170.449 109.065 
4 'crystal symmetry operation' 2_755 -x+2,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 340.898 0 0 
5 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 170.449 0 0 
6 'crystal symmetry operation' 3_545 -y+1/2,x-1/2,z 0 -1 0 1 0 0 0 0 1 85.2245 -85.2245 0 
7 'crystal symmetry operation' 4_555 y+1/2,-x+1/2,z 0 1 0 -1 0 0 0 0 1 85.2245 85.2245 0 
8 'crystal symmetry operation' 1_556 x,y,z+1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 109.065 
9 'crystal symmetry operation' 2_656 -x+1,-y,z+1 -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 170.449 0 109.065 
10 'crystal symmetry operation' 3_546 -y+1/2,x-1/2,z+1 0 -1 0 1 0 0 0 0 1 85.2245 -85.2245 109.065 
11 'crystal symmetry operation' 4_556 y+1/2,-x+1/2,z+1 0 1 0 -1 0 0 0 0 1 85.2245 85.2245 109.065 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 G N N 
? 4 H N N 
? 4 L N N 
? 4 P N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 F O2G ATP . A ATP 1 1_555 E MG MG . A MG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc2 F O2B ATP . A ATP 1 1_555 E MG MG . A MG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? 
metalc ? metalc3 E MG MG . A MG 13 1_555 V O HOH . A HOH 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc4 E MG MG . A MG 13 1_555 V O HOH . A HOH 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? 
metalc ? metalc5 E MG MG . A MG 13 1_555 A OG1 THR 78 A THR 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? 
metalc ? metalc6 E MG MG . A MG 13 1_555 A OE1 GLN 106 A GLN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? 
metalc ? metalc7 K O2B ATP . B ATP 2 1_555 I MG MG . B MG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? 
metalc ? metalc8 K O2G ATP . B ATP 2 1_555 I MG MG . B MG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc9 I MG MG . B MG 11 1_555 W O HOH . B HOH 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc10 I MG MG . B MG 11 1_555 W O HOH . B HOH 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? 
metalc ? metalc11 I MG MG . B MG 11 1_555 B OG1 THR 78 B THR 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? 
metalc ? metalc12 I MG MG . B MG 11 1_555 B OE1 GLN 106 B GLN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? 
metalc ? metalc13 J MG MG . B MG 15 1_555 B O GLY 64 B GLY 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? 
metalc ? metalc14 J MG MG . B MG 15 1_555 B O ALA 209 B ALA 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? 
metalc ? metalc15 W O HOH . B HOH 102 1_555 N MG MG . C MG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc16 O O2B ATP . C ATP 3 1_555 M MG MG . C MG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc17 O O2G ATP . C ATP 3 1_555 M MG MG . C MG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc18 M MG MG . C MG 12 1_555 X O HOH . C HOH 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc19 M MG MG . C MG 12 1_555 X O HOH . C HOH 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.664 ? 
metalc ? metalc20 M MG MG . C MG 12 1_555 C OG1 THR 78 C THR 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.986 ? 
metalc ? metalc21 M MG MG . C MG 12 1_555 C OE1 GLN 106 C GLN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.067 ? 
metalc ? metalc22 N MG MG . C MG 16 1_555 X O HOH . C HOH 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc23 N MG MG . C MG 16 1_555 X O HOH . C HOH 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? 
metalc ? metalc24 N MG MG . C MG 16 1_555 X O HOH . C HOH 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc25 N MG MG . C MG 16 1_555 C O GLY 64 C GLY 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc26 N MG MG . C MG 16 1_555 C O ALA 209 C ALA 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? 
metalc ? metalc27 S O2B ATP . D ATP 4 1_555 Q MG MG . D MG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc28 S O2G ATP . D ATP 4 1_555 Q MG MG . D MG 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc29 Q MG MG . D MG 14 1_555 Y O HOH . D HOH 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc30 Q MG MG . D MG 14 1_555 Y O HOH . D HOH 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? 
metalc ? metalc31 Q MG MG . D MG 14 1_555 D OG1 THR 78 D THR 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.119 ? 
metalc ? metalc32 Q MG MG . D MG 14 1_555 D OE1 GLN 106 D GLN 493 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc33 R MG MG . D MG 17 1_555 Y O HOH . D HOH 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc34 R MG MG . D MG 17 1_555 Y O HOH . D HOH 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc35 R MG MG . D MG 17 1_555 Y O HOH . D HOH 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.064 ? 
metalc ? metalc36 R MG MG . D MG 17 1_555 D O GLY 64 D GLY 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.871 ? 
metalc ? metalc37 R MG MG . D MG 17 1_555 D O ALA 209 D ALA 596 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H4 O2' 
_chem_comp.formula_weight    60.052 
_chem_comp.id                ACY 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ACETIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C O ACY doub 1 n n 
C OXT ACY sing 2 n n 
C CH3 ACY sing 3 n n 
OXT HXT ACY sing 4 n n 
CH3 H1 ACY sing 5 n n 
CH3 H2 ACY sing 6 n n 
CH3 H3 ACY sing 7 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1XF9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005867 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005867 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009169 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 13 712 MG MG2 . 
F 3 ATP A 1 1 711 ATP ATP . 
G 4 ACY A 1 5 1 ACY ACY . 
H 4 ACY A 1 9 6 ACY ACY . 
I 2 MG B 1 11 712 MG MG2 . 
J 2 MG B 1 15 713 MG MG2 . 
K 3 ATP B 1 2 711 ATP ATP . 
L 4 ACY B 1 6 2 ACY ACY . 
M 2 MG C 1 12 712 MG MG2 . 
N 2 MG C 1 16 713 MG MG2 . 
O 3 ATP C 1 3 711 ATP ATP . 
P 4 ACY C 1 7 3 ACY ACY . 
Q 2 MG D 1 14 712 MG MG2 . 
R 2 MG D 1 17 713 MG MG2 . 
S 3 ATP D 1 4 711 ATP ATP . 
T 4 ACY D 1 8 4 ACY ACY . 
U 4 ACY D 1 10 7 ACY ACY . 
V 5 HOH A 1 23 3 HOH WAT . 
V 5 HOH A 2 24 4 HOH WAT . 
V 5 HOH A 3 32 12 HOH WAT . 
V 5 HOH A 4 36 16 HOH WAT . 
V 5 HOH A 5 38 18 HOH WAT . 
V 5 HOH A 6 39 19 HOH WAT . 
V 5 HOH A 7 47 27 HOH WAT . 
V 5 HOH A 8 53 33 HOH WAT . 
V 5 HOH A 9 56 36 HOH WAT . 
V 5 HOH A 10 57 37 HOH WAT . 
V 5 HOH A 11 60 40 HOH WAT . 
V 5 HOH A 12 62 42 HOH WAT . 
V 5 HOH A 13 63 43 HOH WAT . 
V 5 HOH A 14 69 49 HOH WAT . 
V 5 HOH A 15 72 52 HOH WAT . 
V 5 HOH A 16 73 53 HOH WAT . 
V 5 HOH A 17 74 54 HOH WAT . 
V 5 HOH A 18 76 56 HOH WAT . 
V 5 HOH A 19 82 62 HOH WAT . 
V 5 HOH A 20 84 64 HOH WAT . 
V 5 HOH A 21 85 65 HOH WAT . 
V 5 HOH A 22 89 70 HOH WAT . 
V 5 HOH A 23 95 76 HOH WAT . 
V 5 HOH A 24 99 80 HOH WAT . 
V 5 HOH A 25 103 84 HOH WAT . 
V 5 HOH A 26 111 92 HOH WAT . 
V 5 HOH A 27 113 94 HOH WAT . 
V 5 HOH A 28 114 95 HOH WAT . 
V 5 HOH A 29 116 97 HOH WAT . 
V 5 HOH A 30 118 99 HOH WAT . 
V 5 HOH A 31 121 102 HOH WAT . 
V 5 HOH A 32 126 107 HOH WAT . 
V 5 HOH A 33 129 110 HOH WAT . 
V 5 HOH A 34 132 113 HOH WAT . 
V 5 HOH A 35 135 116 HOH WAT . 
V 5 HOH A 36 136 117 HOH WAT . 
V 5 HOH A 37 138 119 HOH WAT . 
V 5 HOH A 38 140 121 HOH WAT . 
V 5 HOH A 39 141 122 HOH WAT . 
V 5 HOH A 40 144 125 HOH WAT . 
V 5 HOH A 41 146 127 HOH WAT . 
V 5 HOH A 42 148 129 HOH WAT . 
V 5 HOH A 43 149 130 HOH WAT . 
V 5 HOH A 44 175 156 HOH WAT . 
W 5 HOH B 1 26 6 HOH WAT . 
W 5 HOH B 2 29 9 HOH WAT . 
W 5 HOH B 3 31 11 HOH WAT . 
W 5 HOH B 4 35 15 HOH WAT . 
W 5 HOH B 5 40 20 HOH WAT . 
W 5 HOH B 6 41 21 HOH WAT . 
W 5 HOH B 7 44 24 HOH WAT . 
W 5 HOH B 8 48 28 HOH WAT . 
W 5 HOH B 9 51 31 HOH WAT . 
W 5 HOH B 10 52 32 HOH WAT . 
W 5 HOH B 11 59 39 HOH WAT . 
W 5 HOH B 12 61 41 HOH WAT . 
W 5 HOH B 13 77 57 HOH WAT . 
W 5 HOH B 14 87 68 HOH WAT . 
W 5 HOH B 15 91 72 HOH WAT . 
W 5 HOH B 16 93 74 HOH WAT . 
W 5 HOH B 17 94 75 HOH WAT . 
W 5 HOH B 18 100 81 HOH WAT . 
W 5 HOH B 19 102 83 HOH WAT . 
W 5 HOH B 20 104 85 HOH WAT . 
W 5 HOH B 21 105 86 HOH WAT . 
W 5 HOH B 22 106 87 HOH WAT . 
W 5 HOH B 23 110 91 HOH WAT . 
W 5 HOH B 24 112 93 HOH WAT . 
W 5 HOH B 25 115 96 HOH WAT . 
W 5 HOH B 26 119 100 HOH WAT . 
W 5 HOH B 27 120 101 HOH WAT . 
W 5 HOH B 28 122 103 HOH WAT . 
W 5 HOH B 29 123 104 HOH WAT . 
W 5 HOH B 30 124 105 HOH WAT . 
W 5 HOH B 31 125 106 HOH WAT . 
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