data_1XFV # _model_server_result.job_id DiyPM43cZNA4V3wn8KEOJw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 16:18:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1xfv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":908}' # _entry.id 1XFV # _exptl.entry_id 1XFV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 491.182 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.22 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1XFV _cell.length_a 184.599 _cell.length_b 319.285 _cell.length_c 142.054 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1XFV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,G,M,N,O,EA,FA,GA,WA 1 1 B,H,P,Q,R,HA,IA,JA,XA 2 1 C,I,S,T,U,KA,LA,MA,YA 3 1 D,J,V,W,X,NA,OA,PA,ZA 4 1 E,K,Y,Z,AA,QA,RA,SA,AB 5 1 F,L,BA,CA,DA,TA,UA,VA,BB 6 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 O N N ? 4 R N N ? 4 U N N ? 4 X N N ? 4 AA N N ? 4 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 468 A ASP 491 1_555 M MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 468 A ASP 491 1_555 M MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 470 A ASP 493 1_555 M MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 470 A ASP 493 1_555 M MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 554 A HIS 577 1_555 M MG MG . A MG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc6 N MG MG . A MG 902 1_555 O O1G 3AT . A 3AT 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc7 N MG MG . A MG 902 1_555 O O3B 3AT . A 3AT 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc8 N MG MG . A MG 902 1_555 O O1A 3AT . A 3AT 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 468 B ASP 491 1_555 P MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 468 B ASP 491 1_555 P MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc11 B OD1 ASP 470 B ASP 493 1_555 P MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.965 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 470 B ASP 493 1_555 P MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc13 B NE2 HIS 554 B HIS 577 1_555 P MG MG . B MG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc14 Q MG MG . B MG 903 1_555 R O1G 3AT . B 3AT 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.44 ? metalc ? metalc15 Q MG MG . B MG 903 1_555 R O3B 3AT . B 3AT 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc16 Q MG MG . B MG 903 1_555 R O1A 3AT . B 3AT 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc17 C OD1 ASP 468 C ASP 491 1_555 S MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 468 C ASP 491 1_555 S MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc19 C OD1 ASP 470 C ASP 493 1_555 S MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.073 ? metalc ? metalc20 C OD2 ASP 470 C ASP 493 1_555 S MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc21 C NE2 HIS 554 C HIS 577 1_555 S MG MG . C MG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc22 T MG MG . C MG 904 1_555 U O3B 3AT . C 3AT 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.826 ? metalc ? metalc23 T MG MG . C MG 904 1_555 U O1G 3AT . C 3AT 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc24 T MG MG . C MG 904 1_555 U O1A 3AT . C 3AT 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 468 D ASP 491 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc26 D OD1 ASP 468 D ASP 491 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc27 D OD2 ASP 470 D ASP 493 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc28 D OD1 ASP 470 D ASP 493 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.126 ? metalc ? metalc29 D NE2 HIS 554 D HIS 577 1_555 V MG MG . D MG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc30 W MG MG . D MG 905 1_555 X O1G 3AT . D 3AT 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc31 W MG MG . D MG 905 1_555 X O3B 3AT . D 3AT 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc32 W MG MG . D MG 905 1_555 X O1A 3AT . D 3AT 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc33 E OD1 ASP 468 E ASP 491 1_555 Y MG MG . E MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc34 E OD2 ASP 468 E ASP 491 1_555 Y MG MG . E MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc35 E OD1 ASP 470 E ASP 493 1_555 Y MG MG . E MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.06 ? metalc ? metalc36 E OD2 ASP 470 E ASP 493 1_555 Y MG MG . E MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc37 E NE2 HIS 554 E HIS 577 1_555 Y MG MG . E MG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc38 Z MG MG . E MG 906 1_555 AA O1A 3AT . E 3AT 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc39 Z MG MG . E MG 906 1_555 AA O1G 3AT . E 3AT 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc40 Z MG MG . E MG 906 1_555 AA O3B 3AT . E 3AT 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? metalc ? metalc41 F OD2 ASP 468 F ASP 491 1_555 BA MG MG . F MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc42 F OD1 ASP 468 F ASP 491 1_555 BA MG MG . F MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc43 F OD1 ASP 470 F ASP 493 1_555 BA MG MG . F MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.11 ? metalc ? metalc44 F OD2 ASP 470 F ASP 493 1_555 BA MG MG . F MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc45 F NE2 HIS 554 F HIS 577 1_555 BA MG MG . F MG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc46 CA MG MG . F MG 907 1_555 DA O1G 3AT . F 3AT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc47 CA MG MG . F MG 907 1_555 DA O1A 3AT . F 3AT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc48 CA MG MG . F MG 907 1_555 DA O3B 3AT . F 3AT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc49 G OD2 ASP 21 O ASP 20 1_555 EA CA CA . O CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc50 G OD1 ASP 23 O ASP 22 1_555 EA CA CA . O CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc51 G OD1 ASP 25 O ASP 24 1_555 EA CA CA . O CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc52 G OD2 ASP 25 O ASP 24 1_555 EA CA CA . O CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.297 ? metalc ? metalc53 G O THR 27 O THR 26 1_555 EA CA CA . O CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc54 G OD1 ASP 94 O ASP 93 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc55 G OD2 ASP 96 O ASP 95 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.223 ? metalc ? metalc56 G OD1 ASP 96 O ASP 95 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc57 G OD1 ASN 98 O ASN 97 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc58 G ND2 ASN 98 O ASN 97 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.09 ? metalc ? metalc59 G O TYR 100 O TYR 99 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? metalc ? metalc60 G OE2 GLU 105 O GLU 104 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc61 G OE1 GLU 105 O GLU 104 1_555 GA CA CA . O CA 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? metalc ? metalc62 G OD2 ASP 130 O ASP 129 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc63 G OD1 ASP 130 O ASP 129 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.358 ? metalc ? metalc64 G OD1 ASP 132 O ASP 131 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc65 G OD1 ASP 134 O ASP 133 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc66 G OD2 ASP 134 O ASP 133 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc67 G O GLN 136 O GLN 135 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc68 G OE1 GLU 141 O GLU 140 1_555 FA CA CA . O CA 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc69 H OD2 ASP 21 P ASP 20 1_555 HA CA CA . P CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? metalc ? metalc70 H OD1 ASP 23 P ASP 22 1_555 HA CA CA . P CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc71 H OD1 ASP 25 P ASP 24 1_555 HA CA CA . P CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc72 H OD2 ASP 25 P ASP 24 1_555 HA CA CA . P CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.228 ? metalc ? metalc73 H O THR 27 P THR 26 1_555 HA CA CA . P CA 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc74 H OD1 ASP 94 P ASP 93 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? metalc ? metalc75 H OD2 ASP 96 P ASP 95 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.13 ? metalc ? metalc76 H OD1 ASP 96 P ASP 95 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.902 ? metalc ? metalc77 H OD1 ASN 98 P ASN 97 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc78 H ND2 ASN 98 P ASN 97 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc79 H O TYR 100 P TYR 99 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc80 H OE2 GLU 105 P GLU 104 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.997 ? metalc ? metalc81 H OE1 GLU 105 P GLU 104 1_555 JA CA CA . P CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? metalc ? metalc82 H OD2 ASP 130 P ASP 129 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc83 H OD1 ASP 132 P ASP 131 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc84 H OD2 ASP 134 P ASP 133 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc85 H OD1 ASP 134 P ASP 133 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc86 H O GLN 136 P GLN 135 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc87 H OE1 GLU 141 P GLU 140 1_555 IA CA CA . P CA 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc88 I OD2 ASP 21 Q ASP 20 1_555 KA CA CA . Q CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.677 ? metalc ? metalc89 I OD1 ASP 23 Q ASP 22 1_555 KA CA CA . Q CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc90 I OD2 ASP 25 Q ASP 24 1_555 KA CA CA . Q CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? metalc ? metalc91 I OD1 ASP 25 Q ASP 24 1_555 KA CA CA . Q CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.419 ? metalc ? metalc92 I O THR 27 Q THR 26 1_555 KA CA CA . Q CA 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc93 I OD1 ASP 94 Q ASP 93 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.917 ? metalc ? metalc94 I OD2 ASP 96 Q ASP 95 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.176 ? metalc ? metalc95 I OD1 ASP 96 Q ASP 95 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? metalc ? metalc96 I OD1 ASN 98 Q ASN 97 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc97 I ND2 ASN 98 Q ASN 97 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc98 I O TYR 100 Q TYR 99 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc99 I OE2 GLU 105 Q GLU 104 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? metalc ? metalc100 I OE1 GLU 105 Q GLU 104 1_555 MA CA CA . Q CA 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc101 I OD2 ASP 130 Q ASP 129 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc102 I OD1 ASP 130 Q ASP 129 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.381 ? metalc ? metalc103 I OD1 ASP 132 Q ASP 131 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc104 I OD1 ASP 134 Q ASP 133 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc105 I OD2 ASP 134 Q ASP 133 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc106 I O GLN 136 Q GLN 135 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc107 I OE1 GLU 141 Q GLU 140 1_555 LA CA CA . Q CA 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc108 J OD2 ASP 21 R ASP 20 1_555 NA CA CA . R CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc109 J OD1 ASP 23 R ASP 22 1_555 NA CA CA . R CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc110 J OD2 ASP 25 R ASP 24 1_555 NA CA CA . R CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.256 ? metalc ? metalc111 J OD1 ASP 25 R ASP 24 1_555 NA CA CA . R CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc112 J O THR 27 R THR 26 1_555 NA CA CA . R CA 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc113 J OD1 ASP 94 R ASP 93 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc114 J OD2 ASP 96 R ASP 95 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.102 ? metalc ? metalc115 J OD1 ASP 96 R ASP 95 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? metalc ? metalc116 J ND2 ASN 98 R ASN 97 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc117 J OD1 ASN 98 R ASN 97 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc118 J O TYR 100 R TYR 99 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc119 J OE2 GLU 105 R GLU 104 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? metalc ? metalc120 J OE1 GLU 105 R GLU 104 1_555 PA CA CA . R CA 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc121 J OD2 ASP 130 R ASP 129 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc122 J OD1 ASP 132 R ASP 131 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? metalc ? metalc123 J OD2 ASP 134 R ASP 133 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc124 J OD1 ASP 134 R ASP 133 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc125 J O GLN 136 R GLN 135 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc126 J OE1 GLU 141 R GLU 140 1_555 OA CA CA . R CA 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.947 ? metalc ? metalc127 K OD2 ASP 21 S ASP 20 1_555 QA CA CA . S CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc128 K OD1 ASP 23 S ASP 22 1_555 QA CA CA . S CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc129 K OD1 ASP 25 S ASP 24 1_555 QA CA CA . S CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? metalc ? metalc130 K OD2 ASP 25 S ASP 24 1_555 QA CA CA . S CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.351 ? metalc ? metalc131 K O THR 27 S THR 26 1_555 QA CA CA . S CA 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc132 K OD1 ASP 94 S ASP 93 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? metalc ? metalc133 K OD2 ASP 96 S ASP 95 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.232 ? metalc ? metalc134 K OD1 ASP 96 S ASP 95 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc135 K ND2 ASN 98 S ASN 97 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? metalc ? metalc136 K OD1 ASN 98 S ASN 97 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc137 K O TYR 100 S TYR 99 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc138 K OE2 GLU 105 S GLU 104 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? metalc ? metalc139 K OE1 GLU 105 S GLU 104 1_555 SA CA CA . S CA 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? metalc ? metalc140 K OD2 ASP 130 S ASP 129 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc141 K OD1 ASP 132 S ASP 131 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc142 K OD2 ASP 134 S ASP 133 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc143 K OD1 ASP 134 S ASP 133 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.828 ? metalc ? metalc144 K O GLN 136 S GLN 135 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc145 K OE1 GLU 141 S GLU 140 1_555 RA CA CA . S CA 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc146 L OD2 ASP 21 T ASP 20 1_555 TA CA CA . T CA 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc147 L OD1 ASP 23 T ASP 22 1_555 TA CA CA . T CA 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc148 L OD2 ASP 25 T ASP 24 1_555 TA CA CA . T CA 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.35 ? metalc ? metalc149 L OD1 ASP 25 T ASP 24 1_555 TA CA CA . T CA 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? metalc ? metalc150 L O THR 27 T THR 26 1_555 TA CA CA . T CA 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc151 L OD1 ASP 94 T ASP 93 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc152 L OD2 ASP 96 T ASP 95 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.145 ? metalc ? metalc153 L OD1 ASP 96 T ASP 95 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.871 ? metalc ? metalc154 L ND2 ASN 98 T ASN 97 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? metalc ? metalc155 L OD1 ASN 98 T ASN 97 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc156 L O TYR 100 T TYR 99 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc157 L OE2 GLU 105 T GLU 104 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc158 L OE1 GLU 105 T GLU 104 1_555 VA CA CA . T CA 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc159 L OD2 ASP 130 T ASP 129 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc160 L OD1 ASP 132 T ASP 131 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc ? metalc161 L OD2 ASP 134 T ASP 133 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc162 L OD1 ASP 134 T ASP 133 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.726 ? metalc ? metalc163 L O GLN 136 T GLN 135 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc164 L OE1 GLU 141 T GLU 140 1_555 UA CA CA . T CA 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 491.182 _chem_comp.id 3AT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G 3AT doub 1 n n PG O2G 3AT sing 2 n n PG O3G 3AT sing 3 n n PG O3B 3AT sing 4 n n O2G HOG2 3AT sing 5 n n O3G HOG3 3AT sing 6 n n PB O1B 3AT doub 7 n n PB O2B 3AT sing 8 n n PB O3B 3AT sing 9 n n PB O3A 3AT sing 10 n n O2B HOB2 3AT sing 11 n n PA O1A 3AT doub 12 n n PA O2A 3AT sing 13 n n PA O3A 3AT sing 14 n n PA O5' 3AT sing 15 n n O2A HOA2 3AT sing 16 n n O5' C5' 3AT sing 17 n n C5' C4' 3AT sing 18 n n C5' "H5'1" 3AT sing 19 n n C5' "H5'2" 3AT sing 20 n n C4' O4' 3AT sing 21 n n C4' C3' 3AT sing 22 n n C4' H4' 3AT sing 23 n n O4' C1' 3AT sing 24 n n C3' C2' 3AT sing 25 n n C3' "H3'1" 3AT sing 26 n n C3' "H3'2" 3AT sing 27 n n C2' O2' 3AT sing 28 n n C2' C1' 3AT sing 29 n n C2' "H2'1" 3AT sing 30 n n O2' HO2' 3AT sing 31 n n C1' N9 3AT sing 32 n n C1' H1' 3AT sing 33 n n N9 C8 3AT sing 34 n y N9 C4 3AT sing 35 n y C8 N7 3AT doub 36 n y C8 H8 3AT sing 37 n n N7 C5 3AT sing 38 n y C5 C6 3AT sing 39 n y C5 C4 3AT doub 40 n y C6 N6 3AT sing 41 n n C6 N1 3AT doub 42 n y N6 HN61 3AT sing 43 n n N6 HN62 3AT sing 44 n n N1 C2 3AT sing 45 n y C2 N3 3AT doub 46 n y C2 H2 3AT sing 47 n n N3 C4 3AT sing 48 n y # _atom_sites.entry_id 1XFV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005417 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000021 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003132 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00704 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 MG A 1 901 901 MG MG2 . N 3 MG A 1 902 101 MG MG2 . O 4 3AT A 1 903 656 3AT 3AT . P 3 MG B 1 902 902 MG MG2 . Q 3 MG B 1 903 102 MG MG2 . R 4 3AT B 1 904 657 3AT 3AT . S 3 MG C 1 903 903 MG MG2 . T 3 MG C 1 904 103 MG MG2 . U 4 3AT C 1 905 658 3AT 3AT . V 3 MG D 1 904 904 MG MG2 . W 3 MG D 1 905 104 MG MG2 . X 4 3AT D 1 906 659 3AT 3AT . Y 3 MG E 1 905 905 MG MG2 . Z 3 MG E 1 906 105 MG MG2 . AA 4 3AT E 1 907 660 3AT 3AT . BA 3 MG F 1 906 906 MG MG2 . CA 3 MG F 1 907 106 MG MG2 . DA 4 3AT F 1 908 661 3AT 3AT . EA 5 CA O 1 701 701 CA CA2 . FA 5 CA O 1 801 801 CA CA2 . GA 5 CA O 1 802 802 CA CA2 . HA 5 CA P 1 703 703 CA CA2 . IA 5 CA P 1 803 803 CA CA2 . JA 5 CA P 1 804 804 CA CA2 . KA 5 CA Q 1 705 705 CA CA2 . LA 5 CA Q 1 805 805 CA CA2 . MA 5 CA Q 1 806 806 CA CA2 . NA 5 CA R 1 707 707 CA CA2 . OA 5 CA R 1 807 807 CA CA2 . PA 5 CA R 1 808 808 CA CA2 . QA 5 CA S 1 709 709 CA CA2 . RA 5 CA S 1 809 809 CA CA2 . SA 5 CA S 1 810 810 CA CA2 . TA 5 CA T 1 711 711 CA CA2 . UA 5 CA T 1 811 811 CA CA2 . VA 5 CA T 1 812 812 CA CA2 . WA 6 HOH A 1 1 1 HOH WAT . XA 6 HOH B 1 2 2 HOH WAT . YA 6 HOH C 1 3 3 HOH WAT . ZA 6 HOH D 1 4 4 HOH WAT . AB 6 HOH E 1 5 5 HOH WAT . BB 6 HOH F 1 6 6 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG 3AT . . . DA 4 42.468 248.666 155.42 1 91.68 ? PG 3AT 908 F 1 HETATM 2 O O1G 3AT . . . DA 4 42.261 247.654 156.476 1 90.99 ? O1G 3AT 908 F 1 HETATM 3 O O2G 3AT . . . DA 4 42.355 249.959 156.043 1 90.25 ? O2G 3AT 908 F 1 HETATM 4 O O3G 3AT . . . DA 4 43.824 248.48 154.735 1 90.44 ? O3G 3AT 908 F 1 HETATM 5 P PB 3AT . . . DA 4 39.977 249.523 153.632 1 95.05 ? PB 3AT 908 F 1 HETATM 6 O O1B 3AT . . . DA 4 38.98 248.56 152.901 1 95.04 ? O1B 3AT 908 F 1 HETATM 7 O O2B 3AT . . . DA 4 40.553 250.615 152.798 1 94.62 ? O2B 3AT 908 F 1 HETATM 8 O O3B 3AT . . . DA 4 41.244 248.629 154.3 1 93.87 ? O3B 3AT 908 F 1 HETATM 9 P PA 3AT . . . DA 4 39.29 250.688 156.279 1 85.49 ? PA 3AT 908 F 1 HETATM 10 O O1A 3AT . . . DA 4 39.615 249.444 156.997 1 84.42 ? O1A 3AT 908 F 1 HETATM 11 O O2A 3AT . . . DA 4 40.23 251.851 156.474 1 85.8 ? O2A 3AT 908 F 1 HETATM 12 O O3A 3AT . . . DA 4 39.035 250.159 154.747 1 89.62 ? O3A 3AT 908 F 1 HETATM 13 O O5' 3AT . . . DA 4 37.877 251.203 156.718 1 81.89 ? O5' 3AT 908 F 1 HETATM 14 C C5' 3AT . . . DA 4 36.677 250.399 156.727 1 76.67 ? C5' 3AT 908 F 1 HETATM 15 C C4' 3AT . . . DA 4 36.15 250.134 158.12 1 76.16 ? C4' 3AT 908 F 1 HETATM 16 O O4' 3AT . . . DA 4 34.798 250.58 158.225 1 72.91 ? O4' 3AT 908 F 1 HETATM 17 C C3' 3AT . . . DA 4 36.145 248.685 158.537 1 73.55 ? C3' 3AT 908 F 1 HETATM 18 C C2' 3AT . . . DA 4 34.882 248.612 159.329 1 71.66 ? C2' 3AT 908 F 1 HETATM 19 O O2' 3AT . . . DA 4 35.096 248.15 160.634 1 75.36 ? O2' 3AT 908 F 1 HETATM 20 C C1' 3AT . . . DA 4 34.247 250.007 159.369 1 69.46 ? C1' 3AT 908 F 1 HETATM 21 N N9 3AT . . . DA 4 32.773 249.99 159.219 1 65.13 ? N9 3AT 908 F 1 HETATM 22 C C8 3AT . . . DA 4 31.999 250.4 158.15 1 66.46 ? C8 3AT 908 F 1 HETATM 23 N N7 3AT . . . DA 4 30.723 250.269 158.303 1 64.59 ? N7 3AT 908 F 1 HETATM 24 C C5 3AT . . . DA 4 30.638 249.736 159.55 1 62.87 ? C5 3AT 908 F 1 HETATM 25 C C6 3AT . . . DA 4 29.535 249.351 160.348 1 63.02 ? C6 3AT 908 F 1 HETATM 26 N N6 3AT . . . DA 4 28.309 249.48 159.889 1 61.6 ? N6 3AT 908 F 1 HETATM 27 N N1 3AT . . . DA 4 29.759 248.83 161.603 1 63.88 ? N1 3AT 908 F 1 HETATM 28 C C2 3AT . . . DA 4 31.034 248.707 162.06 1 63.75 ? C2 3AT 908 F 1 HETATM 29 N N3 3AT . . . DA 4 32.17 249.044 161.394 1 63.37 ? N3 3AT 908 F 1 HETATM 30 C C4 3AT . . . DA 4 31.889 249.564 160.134 1 62.99 ? C4 3AT 908 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 75 _model_server_stats.query_time_ms 333 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 30 #