data_1XMV # _model_server_result.job_id '_ljeFlVntwxkP08GcWL0EQ' _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 16:20:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1xmv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":704}' # _entry.id 1XMV # _exptl.entry_id 1XMV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 1XMV _cell.length_a 100.509 _cell.length_b 100.509 _cell.length_c 82.227 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1XMV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3,4,5,6 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -y,x-y,z+1/3 -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 0 27.409 3 'crystal symmetry operation' 3_555 -x+y,-x,z+2/3 -0.5 0.866025 0 -0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 0 54.818 4 'crystal symmetry operation' 4_555 -x,-y,z+1/2 -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 41.1135 5 'crystal symmetry operation' 5_555 y,-x+y,z+5/6 0.5 0.866025 0 -0.866025 0.5 0 0 0 1 0 0 68.5225 6 'crystal symmetry operation' 6_555 x-y,x,z+1/6 0.5 -0.866025 0 0.866025 0.5 0 0 0 1 0 0 13.7045 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 22 A GLU 18 1_555 C MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc2 A O LYS 27 A LYS 23 1_555 C MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.093 ? metalc ? metalc3 A O ILE 30 A ILE 26 1_555 C MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 77 A THR 73 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? metalc ? metalc5 F O3B ADP . A ADP 400 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc6 G O HOH . A HOH 484 1_555 C MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.46 ? metalc ? metalc7 G O HOH . A HOH 511 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc8 G O HOH . A HOH 513 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc9 G O HOH . A HOH 542 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc10 G O HOH . A HOH 561 1_555 C MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc11 G O HOH . A HOH 568 1_555 B MG MG . A MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1XMV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009949 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005744 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011489 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012161 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MG A 1 701 701 MG MG . C 2 MG A 1 702 702 MG MG . D 2 MG A 1 703 703 MG MG . E 2 MG A 1 704 704 MG MG . F 3 ADP A 1 400 400 ADP ADP . G 4 HOH A 1 401 401 HOH WAT . G 4 HOH A 2 402 402 HOH WAT . G 4 HOH A 3 403 403 HOH WAT . G 4 HOH A 4 404 404 HOH WAT . G 4 HOH A 5 405 405 HOH WAT . G 4 HOH A 6 406 406 HOH WAT . G 4 HOH A 7 407 407 HOH WAT . G 4 HOH A 8 408 408 HOH WAT . G 4 HOH A 9 409 409 HOH WAT . G 4 HOH A 10 410 410 HOH WAT . G 4 HOH A 11 411 411 HOH WAT . G 4 HOH A 12 412 412 HOH WAT . G 4 HOH A 13 413 413 HOH WAT . G 4 HOH A 14 414 414 HOH WAT . G 4 HOH A 15 415 415 HOH WAT . G 4 HOH A 16 416 416 HOH WAT . G 4 HOH A 17 417 417 HOH WAT . G 4 HOH A 18 418 418 HOH WAT . G 4 HOH A 19 419 419 HOH WAT . G 4 HOH A 20 420 420 HOH WAT . G 4 HOH A 21 421 421 HOH WAT . G 4 HOH A 22 422 422 HOH WAT . G 4 HOH A 23 423 423 HOH WAT . G 4 HOH A 24 424 424 HOH WAT . G 4 HOH A 25 425 425 HOH WAT . G 4 HOH A 26 426 426 HOH WAT . G 4 HOH A 27 427 427 HOH WAT . G 4 HOH A 28 428 428 HOH WAT . G 4 HOH A 29 429 429 HOH WAT . G 4 HOH A 30 430 430 HOH WAT . G 4 HOH A 31 431 431 HOH WAT . G 4 HOH A 32 432 432 HOH WAT . G 4 HOH A 33 433 433 HOH WAT . G 4 HOH A 34 434 434 HOH WAT . G 4 HOH A 35 435 435 HOH WAT . G 4 HOH A 36 436 436 HOH WAT . G 4 HOH A 37 437 437 HOH WAT . G 4 HOH A 38 438 438 HOH WAT . G 4 HOH A 39 439 439 HOH WAT . G 4 HOH A 40 440 440 HOH WAT . G 4 HOH A 41 441 441 HOH WAT . G 4 HOH A 42 442 442 HOH WAT . G 4 HOH A 43 443 443 HOH WAT . G 4 HOH A 44 444 444 HOH WAT . G 4 HOH A 45 445 445 HOH WAT . G 4 HOH A 46 446 446 HOH WAT . G 4 HOH A 47 447 447 HOH WAT . G 4 HOH A 48 448 448 HOH WAT . G 4 HOH A 49 449 449 HOH WAT . G 4 HOH A 50 450 450 HOH WAT . G 4 HOH A 51 451 451 HOH WAT . G 4 HOH A 52 452 452 HOH WAT . G 4 HOH A 53 453 453 HOH WAT . G 4 HOH A 54 454 454 HOH WAT . G 4 HOH A 55 455 455 HOH WAT . G 4 HOH A 56 456 456 HOH WAT . G 4 HOH A 57 457 457 HOH WAT . G 4 HOH A 58 458 458 HOH WAT . G 4 HOH A 59 459 459 HOH WAT . G 4 HOH A 60 460 460 HOH WAT . G 4 HOH A 61 461 461 HOH WAT . G 4 HOH A 62 462 462 HOH WAT . G 4 HOH A 63 463 463 HOH WAT . G 4 HOH A 64 464 464 HOH WAT . G 4 HOH A 65 465 465 HOH WAT . G 4 HOH A 66 466 466 HOH WAT . G 4 HOH A 67 467 467 HOH WAT . G 4 HOH A 68 468 468 HOH WAT . G 4 HOH A 69 469 469 HOH WAT . G 4 HOH A 70 470 470 HOH WAT . G 4 HOH A 71 471 471 HOH WAT . G 4 HOH A 72 472 472 HOH WAT . G 4 HOH A 73 473 473 HOH WAT . G 4 HOH A 74 474 474 HOH WAT . G 4 HOH A 75 475 475 HOH WAT . G 4 HOH A 76 476 476 HOH WAT . G 4 HOH A 77 477 477 HOH WAT . G 4 HOH A 78 478 478 HOH WAT . G 4 HOH A 79 479 479 HOH WAT . G 4 HOH A 80 480 480 HOH WAT . G 4 HOH A 81 481 481 HOH WAT . G 4 HOH A 82 482 482 HOH WAT . G 4 HOH A 83 483 483 HOH WAT . G 4 HOH A 84 484 484 HOH WAT . G 4 HOH A 85 485 485 HOH WAT . G 4 HOH A 86 486 486 HOH WAT . G 4 HOH A 87 487 487 HOH WAT . G 4 HOH A 88 488 488 HOH WAT . G 4 HOH A 89 489 489 HOH WAT . G 4 HOH A 90 490 490 HOH WAT . G 4 HOH A 91 491 491 HOH WAT . G 4 HOH A 92 492 492 HOH WAT . G 4 HOH A 93 493 493 HOH WAT . G 4 HOH A 94 494 494 HOH WAT . G 4 HOH A 95 495 495 HOH WAT . G 4 HOH A 96 496 496 HOH WAT . G 4 HOH A 97 497 497 HOH WAT . G 4 HOH A 98 498 498 HOH WAT . G 4 HOH A 99 499 499 HOH WAT . G 4 HOH A 100 500 500 HOH WAT . G 4 HOH A 101 501 501 HOH WAT . G 4 HOH A 102 502 502 HOH WAT . G 4 HOH A 103 503 503 HOH WAT . G 4 HOH A 104 504 504 HOH WAT . G 4 HOH A 105 505 505 HOH WAT . G 4 HOH A 106 506 506 HOH WAT . G 4 HOH A 107 507 507 HOH WAT . G 4 HOH A 108 508 508 HOH WAT . G 4 HOH A 109 509 509 HOH WAT . G 4 HOH A 110 510 510 HOH WAT . G 4 HOH A 111 511 511 HOH WAT . G 4 HOH A 112 512 512 HOH WAT . G 4 HOH A 113 513 513 HOH WAT . G 4 HOH A 114 514 514 HOH WAT . G 4 HOH A 115 515 515 HOH WAT . G 4 HOH A 116 516 516 HOH WAT . G 4 HOH A 117 517 517 HOH WAT . G 4 HOH A 118 518 518 HOH WAT . G 4 HOH A 119 519 519 HOH WAT . G 4 HOH A 120 520 520 HOH WAT . G 4 HOH A 121 521 521 HOH WAT . G 4 HOH A 122 522 522 HOH WAT . G 4 HOH A 123 523 523 HOH WAT . G 4 HOH A 124 524 524 HOH WAT . G 4 HOH A 125 525 525 HOH WAT . G 4 HOH A 126 526 526 HOH WAT . G 4 HOH A 127 527 527 HOH WAT . G 4 HOH A 128 528 528 HOH WAT . G 4 HOH A 129 529 529 HOH WAT . G 4 HOH A 130 530 530 HOH WAT . G 4 HOH A 131 531 531 HOH WAT . G 4 HOH A 132 532 532 HOH WAT . G 4 HOH A 133 533 533 HOH WAT . G 4 HOH A 134 534 534 HOH WAT . G 4 HOH A 135 535 535 HOH WAT . G 4 HOH A 136 536 536 HOH WAT . G 4 HOH A 137 537 537 HOH WAT . G 4 HOH A 138 538 538 HOH WAT . G 4 HOH A 139 539 539 HOH WAT . G 4 HOH A 140 540 540 HOH WAT . G 4 HOH A 141 541 541 HOH WAT . G 4 HOH A 142 542 542 HOH WAT . G 4 HOH A 143 543 543 HOH WAT . G 4 HOH A 144 544 544 HOH WAT . G 4 HOH A 145 545 545 HOH WAT . G 4 HOH A 146 546 546 HOH WAT . G 4 HOH A 147 547 547 HOH WAT . G 4 HOH A 148 548 548 HOH WAT . G 4 HOH A 149 549 549 HOH WAT . G 4 HOH A 150 550 550 HOH WAT . G 4 HOH A 151 551 551 HOH WAT . G 4 HOH A 152 552 552 HOH WAT . G 4 HOH A 153 553 553 HOH WAT . G 4 HOH A 154 554 554 HOH WAT . G 4 HOH A 155 555 555 HOH WAT . G 4 HOH A 156 556 556 HOH WAT . G 4 HOH A 157 557 557 HOH WAT . G 4 HOH A 158 558 558 HOH WAT . G 4 HOH A 159 559 559 HOH WAT . G 4 HOH A 160 560 560 HOH WAT . G 4 HOH A 161 561 561 HOH WAT . G 4 HOH A 162 562 562 HOH WAT . G 4 HOH A 163 563 563 HOH WAT . G 4 HOH A 164 564 564 HOH WAT . G 4 HOH A 165 565 565 HOH WAT . G 4 HOH A 166 566 566 HOH WAT . G 4 HOH A 167 567 567 HOH WAT . G 4 HOH A 168 568 568 HOH WAT . G 4 HOH A 169 569 569 HOH WAT . G 4 HOH A 170 570 570 HOH WAT . G 4 HOH A 171 571 571 HOH WAT . G 4 HOH A 172 572 572 HOH WAT . G 4 HOH A 173 573 573 HOH WAT . G 4 HOH A 174 574 574 HOH WAT . G 4 HOH A 175 575 575 HOH WAT . G 4 HOH A 176 576 576 HOH WAT . G 4 HOH A 177 577 577 HOH WAT . G 4 HOH A 178 578 578 HOH WAT . G 4 HOH A 179 579 579 HOH WAT . G 4 HOH A 180 580 580 HOH WAT . G 4 HOH A 181 581 581 HOH WAT . G 4 HOH A 182 582 582 HOH WAT . G 4 HOH A 183 583 583 HOH WAT . G 4 HOH A 184 584 584 HOH WAT . G 4 HOH A 185 585 585 HOH WAT . G 4 HOH A 186 586 586 HOH WAT . G 4 HOH A 187 587 587 HOH WAT . G 4 HOH A 188 588 588 HOH WAT . G 4 HOH A 189 589 589 HOH WAT . G 4 HOH A 190 590 590 HOH WAT . G 4 HOH A 191 591 591 HOH WAT . G 4 HOH A 192 592 592 HOH WAT . G 4 HOH A 193 593 593 HOH WAT . G 4 HOH A 194 594 594 HOH WAT . G 4 HOH A 195 595 595 HOH WAT . G 4 HOH A 196 596 596 HOH WAT . G 4 HOH A 197 597 597 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 37.085 _atom_site.Cartn_y 1.413 _atom_site.Cartn_z -23.473 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 68.59 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 704 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 5 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 238 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #