data_1Y0Y # _model_server_result.job_id B3mlT7Vmmp4TwhJGYSkbDQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 03:00:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1y0y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 1Y0Y # _exptl.entry_id 1Y0Y _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1Y0Y _cell.length_a 111.56 _cell.length_b 111.56 _cell.length_c 111.56 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1Y0Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 195 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 2 3' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 24-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 24 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 3_555 -x,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 0 4 'crystal symmetry operation' 4_555 x,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 5 'crystal symmetry operation' 5_555 z,x,y 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 6 'crystal symmetry operation' 6_555 z,-x,-y 0 0 1 -1 0 0 0 -1 0 0 0 0 7 'crystal symmetry operation' 7_555 -z,-x,y 0 0 -1 -1 0 0 0 1 0 0 0 0 8 'crystal symmetry operation' 8_555 -z,x,-y 0 0 -1 1 0 0 0 -1 0 0 0 0 9 'crystal symmetry operation' 9_555 y,z,x 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 10 'crystal symmetry operation' 10_555 -y,z,-x 0 -1 0 0 0 1 -1 0 0 0 0 0 11 'crystal symmetry operation' 11_555 y,-z,-x 0 1 0 0 0 -1 -1 0 0 0 0 0 12 'crystal symmetry operation' 12_555 -y,-z,x 0 -1 0 0 0 -1 1 0 0 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B C L2O 1 B L2O 1 1_555 B N VAL 2 B VAL 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 sing metalc ? metalc1 A NE2 HIS 68 A HIS 68 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 182 A ASP 182 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 182 A ASP 182 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 213 A GLU 213 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 213 A GLU 213 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 235 A ASP 235 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 235 A ASP 235 1_555 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 323 A HIS 323 1_555 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? metalc ? metalc9 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 B O1 L2O 1 B L2O 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? metalc ? metalc10 C ZN ZN . A ZN 1001 1_555 B N L2O 1 B L2O 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc11 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 B O1 L2O 1 B L2O 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc12 D ZN ZN . A ZN 1002 1_555 B O L2O 1 B L2O 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1Y0Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008964 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008964 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008964 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 ZN A 1 1001 1 ZN ZN2 . D 3 ZN A 1 1002 2 ZN ZN2 . E 4 HOH A 1 1101 1 HOH WAT . E 4 HOH A 2 1102 2 HOH WAT . E 4 HOH A 3 1103 3 HOH WAT . E 4 HOH A 4 1104 4 HOH WAT . E 4 HOH A 5 1105 5 HOH WAT . E 4 HOH A 6 1106 6 HOH WAT . E 4 HOH A 7 1107 7 HOH WAT . E 4 HOH A 8 1108 8 HOH WAT . E 4 HOH A 9 1109 9 HOH WAT . E 4 HOH A 10 1110 10 HOH WAT . E 4 HOH A 11 1111 11 HOH WAT . E 4 HOH A 12 1112 12 HOH WAT . E 4 HOH A 13 1113 13 HOH WAT . E 4 HOH A 14 1114 14 HOH WAT . E 4 HOH A 15 1115 15 HOH WAT . E 4 HOH A 16 1116 16 HOH WAT . E 4 HOH A 17 1117 17 HOH WAT . E 4 HOH A 18 1118 18 HOH WAT . E 4 HOH A 19 1119 19 HOH WAT . E 4 HOH A 20 1120 20 HOH WAT . E 4 HOH A 21 1121 21 HOH WAT . E 4 HOH A 22 1122 22 HOH WAT . E 4 HOH A 23 1123 23 HOH WAT . E 4 HOH A 24 1124 24 HOH WAT . E 4 HOH A 25 1125 25 HOH WAT . E 4 HOH A 26 1126 26 HOH WAT . E 4 HOH A 27 1127 27 HOH WAT . E 4 HOH A 28 1128 28 HOH WAT . E 4 HOH A 29 1129 29 HOH WAT . E 4 HOH A 30 1130 30 HOH WAT . E 4 HOH A 31 1131 31 HOH WAT . E 4 HOH A 32 1132 32 HOH WAT . E 4 HOH A 33 1133 33 HOH WAT . E 4 HOH A 34 1134 34 HOH WAT . E 4 HOH A 35 1135 35 HOH WAT . E 4 HOH A 36 1136 36 HOH WAT . E 4 HOH A 37 1137 38 HOH WAT . E 4 HOH A 38 1138 39 HOH WAT . E 4 HOH A 39 1139 40 HOH WAT . E 4 HOH A 40 1140 41 HOH WAT . E 4 HOH A 41 1141 42 HOH WAT . E 4 HOH A 42 1142 43 HOH WAT . E 4 HOH A 43 1143 44 HOH WAT . E 4 HOH A 44 1144 45 HOH WAT . E 4 HOH A 45 1145 46 HOH WAT . E 4 HOH A 46 1146 47 HOH WAT . E 4 HOH A 47 1147 48 HOH WAT . E 4 HOH A 48 1148 49 HOH WAT . E 4 HOH A 49 1149 50 HOH WAT . E 4 HOH A 50 1150 51 HOH WAT . E 4 HOH A 51 1151 52 HOH WAT . E 4 HOH A 52 1152 53 HOH WAT . E 4 HOH A 53 1153 54 HOH WAT . E 4 HOH A 54 1154 55 HOH WAT . E 4 HOH A 55 1155 56 HOH WAT . E 4 HOH A 56 1156 57 HOH WAT . E 4 HOH A 57 1157 58 HOH WAT . E 4 HOH A 58 1158 59 HOH WAT . E 4 HOH A 59 1159 60 HOH WAT . E 4 HOH A 60 1160 61 HOH WAT . E 4 HOH A 61 1161 62 HOH WAT . E 4 HOH A 62 1162 63 HOH WAT . E 4 HOH A 63 1163 64 HOH WAT . E 4 HOH A 64 1164 65 HOH WAT . E 4 HOH A 65 1165 66 HOH WAT . E 4 HOH A 66 1166 67 HOH WAT . E 4 HOH A 67 1167 68 HOH WAT . E 4 HOH A 68 1168 69 HOH WAT . E 4 HOH A 69 1169 70 HOH WAT . E 4 HOH A 70 1170 71 HOH WAT . E 4 HOH A 71 1171 72 HOH WAT . E 4 HOH A 72 1172 73 HOH WAT . E 4 HOH A 73 1173 74 HOH WAT . E 4 HOH A 74 1174 75 HOH WAT . E 4 HOH A 75 1175 76 HOH WAT . E 4 HOH A 76 1176 77 HOH WAT . E 4 HOH A 77 1177 78 HOH WAT . E 4 HOH A 78 1178 79 HOH WAT . E 4 HOH A 79 1179 80 HOH WAT . E 4 HOH A 80 1180 81 HOH WAT . E 4 HOH A 81 1181 82 HOH WAT . E 4 HOH A 82 1182 83 HOH WAT . E 4 HOH A 83 1183 84 HOH WAT . E 4 HOH A 84 1184 85 HOH WAT . E 4 HOH A 85 1185 86 HOH WAT . E 4 HOH A 86 1186 87 HOH WAT . E 4 HOH A 87 1187 88 HOH WAT . E 4 HOH A 88 1188 89 HOH WAT . E 4 HOH A 89 1189 90 HOH WAT . E 4 HOH A 90 1190 91 HOH WAT . E 4 HOH A 91 1191 92 HOH WAT . E 4 HOH A 92 1192 93 HOH WAT . E 4 HOH A 93 1193 94 HOH WAT . E 4 HOH A 94 1194 95 HOH WAT . E 4 HOH A 95 1195 96 HOH WAT . E 4 HOH A 96 1196 97 HOH WAT . E 4 HOH A 97 1197 98 HOH WAT . E 4 HOH A 98 1198 99 HOH WAT . E 4 HOH A 99 1199 100 HOH WAT . E 4 HOH A 100 1200 101 HOH WAT . E 4 HOH A 101 1201 102 HOH WAT . E 4 HOH A 102 1202 103 HOH WAT . E 4 HOH A 103 1203 104 HOH WAT . E 4 HOH A 104 1204 105 HOH WAT . E 4 HOH A 105 1205 106 HOH WAT . E 4 HOH A 106 1206 107 HOH WAT . E 4 HOH A 107 1207 108 HOH WAT . E 4 HOH A 108 1208 109 HOH WAT . E 4 HOH A 109 1209 110 HOH WAT . E 4 HOH A 110 1210 111 HOH WAT . E 4 HOH A 111 1211 112 HOH WAT . E 4 HOH A 112 1212 113 HOH WAT . E 4 HOH A 113 1213 114 HOH WAT . E 4 HOH A 114 1214 115 HOH WAT . E 4 HOH A 115 1215 117 HOH WAT . E 4 HOH A 116 1216 118 HOH WAT . E 4 HOH A 117 1217 119 HOH WAT . E 4 HOH A 118 1218 120 HOH WAT . E 4 HOH A 119 1219 121 HOH WAT . E 4 HOH A 120 1220 122 HOH WAT . E 4 HOH A 121 1221 123 HOH WAT . E 4 HOH A 122 1222 124 HOH WAT . E 4 HOH A 123 1223 125 HOH WAT . E 4 HOH A 124 1224 126 HOH WAT . E 4 HOH A 125 1225 127 HOH WAT . E 4 HOH A 126 1226 128 HOH WAT . E 4 HOH A 127 1227 129 HOH WAT . E 4 HOH A 128 1228 130 HOH WAT . E 4 HOH A 129 1229 131 HOH WAT . E 4 HOH A 130 1230 132 HOH WAT . E 4 HOH A 131 1231 133 HOH WAT . E 4 HOH A 132 1232 134 HOH WAT . E 4 HOH A 133 1233 135 HOH WAT . E 4 HOH A 134 1234 136 HOH WAT . E 4 HOH A 135 1235 137 HOH WAT . E 4 HOH A 136 1236 138 HOH WAT . E 4 HOH A 137 1237 139 HOH WAT . E 4 HOH A 138 1238 140 HOH WAT . E 4 HOH A 139 1239 141 HOH WAT . E 4 HOH A 140 1240 142 HOH WAT . E 4 HOH A 141 1241 143 HOH WAT . E 4 HOH A 142 1242 144 HOH WAT . E 4 HOH A 143 1243 145 HOH WAT . E 4 HOH A 144 1244 146 HOH WAT . E 4 HOH A 145 1245 147 HOH WAT . E 4 HOH A 146 1246 148 HOH WAT . E 4 HOH A 147 1247 149 HOH WAT . E 4 HOH A 148 1248 150 HOH WAT . E 4 HOH A 149 1249 151 HOH WAT . E 4 HOH A 150 1250 152 HOH WAT . E 4 HOH A 151 1251 153 HOH WAT . E 4 HOH A 152 1252 154 HOH WAT . E 4 HOH A 153 1253 155 HOH WAT . E 4 HOH A 154 1254 156 HOH WAT . E 4 HOH A 155 1255 157 HOH WAT . E 4 HOH A 156 1256 158 HOH WAT . E 4 HOH A 157 1257 159 HOH WAT . E 4 HOH A 158 1258 160 HOH WAT . E 4 HOH A 159 1259 161 HOH WAT . E 4 HOH A 160 1260 162 HOH WAT . E 4 HOH A 161 1261 163 HOH WAT . E 4 HOH A 162 1262 164 HOH WAT . E 4 HOH A 163 1263 165 HOH WAT . E 4 HOH A 164 1264 166 HOH WAT . E 4 HOH A 165 1265 167 HOH WAT . E 4 HOH A 166 1266 168 HOH WAT . E 4 HOH A 167 1267 169 HOH WAT . E 4 HOH A 168 1268 170 HOH WAT . E 4 HOH A 169 1269 171 HOH WAT . E 4 HOH A 170 1270 172 HOH WAT . E 4 HOH A 171 1271 173 HOH WAT . E 4 HOH A 172 1272 174 HOH WAT . E 4 HOH A 173 1273 175 HOH WAT . E 4 HOH A 174 1274 176 HOH WAT . E 4 HOH A 175 1275 177 HOH WAT . E 4 HOH A 176 1276 178 HOH WAT . E 4 HOH A 177 1277 179 HOH WAT . E 4 HOH A 178 1278 180 HOH WAT . E 4 HOH A 179 1279 181 HOH WAT . E 4 HOH A 180 1280 182 HOH WAT . E 4 HOH A 181 1281 183 HOH WAT . E 4 HOH A 182 1282 184 HOH WAT . E 4 HOH A 183 1283 185 HOH WAT . E 4 HOH A 184 1284 186 HOH WAT . E 4 HOH A 185 1285 187 HOH WAT . E 4 HOH A 186 1286 188 HOH WAT . E 4 HOH A 187 1287 189 HOH WAT . E 4 HOH A 188 1288 190 HOH WAT . E 4 HOH A 189 1289 191 HOH WAT . E 4 HOH A 190 1290 192 HOH WAT . E 4 HOH A 191 1291 193 HOH WAT . E 4 HOH A 192 1292 194 HOH WAT . E 4 HOH A 193 1293 195 HOH WAT . E 4 HOH A 194 1294 196 HOH WAT . E 4 HOH A 195 1295 197 HOH WAT . E 4 HOH A 196 1296 198 HOH WAT . E 4 HOH A 197 1297 199 HOH WAT . E 4 HOH A 198 1298 200 HOH WAT . E 4 HOH A 199 1299 201 HOH WAT . E 4 HOH A 200 1300 202 HOH WAT . E 4 HOH A 201 1301 203 HOH WAT . E 4 HOH A 202 1302 204 HOH WAT . E 4 HOH A 203 1303 205 HOH WAT . E 4 HOH A 204 1304 206 HOH WAT . E 4 HOH A 205 1305 207 HOH WAT . E 4 HOH A 206 1306 208 HOH WAT . E 4 HOH A 207 1307 209 HOH WAT . E 4 HOH A 208 1308 210 HOH WAT . E 4 HOH A 209 1309 211 HOH WAT . F 4 HOH B 1 101 116 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -9.445 _atom_site.Cartn_y 15.641 _atom_site.Cartn_z 32.321 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 29.21 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 872 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #