data_1Y55 # _model_server_result.job_id PMIIbVEzTFRWwtmSEiRwVw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-01 07:28:08' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1y55 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":801}' # _entry.id 1Y55 # _exptl.entry_id 1Y55 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 244.311 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description BIOTIN _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1Y55 _cell.length_a 78.173 _cell.length_b 78.173 _cell.length_c 110.26 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1Y55 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 92 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 41 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA,PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 8_665 -y+1,-x+1,-z+1/2 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 78.173 78.173 55.13 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 F N N # _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.details ? _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.ptnr1_label_asym_id B _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 4 _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id Y _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 204 _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id B _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 81 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id Y _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 281 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.pdbx_dist_value 1.978 _struct_conn.pdbx_value_order ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N2 O3 S' _chem_comp.formula_weight 244.311 _chem_comp.id BTN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name BIOTIN _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C11 O11 BTN doub 70 n n C11 O12 BTN sing 71 n n C11 C10 BTN sing 72 n n O12 HO2 BTN sing 73 n n C10 C9 BTN sing 74 n n C10 H101 BTN sing 75 n n C10 H102 BTN sing 76 n n C9 C8 BTN sing 77 n n C9 H91 BTN sing 78 n n C9 H92 BTN sing 79 n n C8 C7 BTN sing 80 n n C8 H81 BTN sing 81 n n C8 H82 BTN sing 82 n n C7 C2 BTN sing 83 n n C7 H71 BTN sing 84 n n C7 H72 BTN sing 85 n n C2 S1 BTN sing 86 n n C2 C4 BTN sing 87 n n C2 H2 BTN sing 88 n n S1 C6 BTN sing 89 n n C6 C5 BTN sing 90 n n C6 H61 BTN sing 91 n n C6 H62 BTN sing 92 n n C5 N1 BTN sing 93 n n C5 C4 BTN sing 94 n n C5 H5 BTN sing 95 n n N1 C3 BTN sing 96 n n N1 HN1 BTN sing 97 n n C3 O3 BTN doub 98 n n C3 N2 BTN sing 99 n n N2 C4 BTN sing 100 n n N2 HN2 BTN sing 101 n n C4 H4 BTN sing 102 n n # _atom_sites.entry_id 1Y55 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.012792 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012792 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009069 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 BTN X 1 801 801 BTN BTN . D 3 FMT X 1 901 901 FMT FMT . E 3 FMT X 1 903 903 FMT FMT . F 2 BTN Y 1 802 802 BTN BTN . G 3 FMT Y 1 902 902 FMT FMT . H 3 FMT Y 1 904 904 FMT FMT . I 4 HOH X 1 904 3 HOH WAT . I 4 HOH X 2 905 4 HOH WAT . I 4 HOH X 3 906 6 HOH WAT . I 4 HOH X 4 907 10 HOH WAT . I 4 HOH X 5 908 12 HOH WAT . I 4 HOH X 6 909 13 HOH WAT . I 4 HOH X 7 910 14 HOH WAT . I 4 HOH X 8 911 16 HOH WAT . I 4 HOH X 9 912 18 HOH WAT . I 4 HOH X 10 913 19 HOH WAT . I 4 HOH X 11 914 22 HOH WAT . I 4 HOH X 12 915 23 HOH WAT . I 4 HOH X 13 916 25 HOH WAT . I 4 HOH X 14 917 28 HOH WAT . I 4 HOH X 15 918 29 HOH WAT . I 4 HOH X 16 919 31 HOH WAT . I 4 HOH X 17 920 32 HOH WAT . I 4 HOH X 18 921 33 HOH WAT . I 4 HOH X 19 922 35 HOH WAT . I 4 HOH X 20 923 39 HOH WAT . I 4 HOH X 21 924 40 HOH WAT . I 4 HOH X 22 925 41 HOH WAT . I 4 HOH X 23 926 42 HOH WAT . I 4 HOH X 24 927 43 HOH WAT . I 4 HOH X 25 928 46 HOH WAT . I 4 HOH X 26 929 53 HOH WAT . I 4 HOH X 27 930 54 HOH WAT . I 4 HOH X 28 931 57 HOH WAT . I 4 HOH X 29 932 58 HOH WAT . I 4 HOH X 30 933 59 HOH WAT . I 4 HOH X 31 934 62 HOH WAT . I 4 HOH X 32 935 63 HOH WAT . I 4 HOH X 33 936 64 HOH WAT . I 4 HOH X 34 937 69 HOH WAT . I 4 HOH X 35 938 70 HOH WAT . I 4 HOH X 36 939 71 HOH WAT . I 4 HOH X 37 940 72 HOH WAT . I 4 HOH X 38 941 73 HOH WAT . I 4 HOH X 39 942 74 HOH WAT . I 4 HOH X 40 943 75 HOH WAT . I 4 HOH X 41 944 77 HOH WAT . I 4 HOH X 42 945 79 HOH WAT . I 4 HOH X 43 946 80 HOH WAT . I 4 HOH X 44 947 81 HOH WAT . I 4 HOH X 45 948 82 HOH WAT . I 4 HOH X 46 949 84 HOH WAT . I 4 HOH X 47 950 85 HOH WAT . I 4 HOH X 48 951 86 HOH WAT . I 4 HOH X 49 952 88 HOH WAT . I 4 HOH X 50 953 90 HOH WAT . I 4 HOH X 51 954 99 HOH WAT . I 4 HOH X 52 955 102 HOH WAT . I 4 HOH X 53 956 103 HOH WAT . I 4 HOH X 54 957 104 HOH WAT . I 4 HOH X 55 958 105 HOH WAT . I 4 HOH X 56 959 106 HOH WAT . I 4 HOH X 57 960 107 HOH WAT . I 4 HOH X 58 961 111 HOH WAT . I 4 HOH X 59 962 113 HOH WAT . I 4 HOH X 60 963 119 HOH WAT . I 4 HOH X 61 964 125 HOH WAT . I 4 HOH X 62 965 128 HOH WAT . I 4 HOH X 63 966 129 HOH WAT . I 4 HOH X 64 967 130 HOH WAT . I 4 HOH X 65 968 132 HOH WAT . I 4 HOH X 66 969 134 HOH WAT . I 4 HOH X 67 970 136 HOH WAT . I 4 HOH X 68 971 140 HOH WAT . I 4 HOH X 69 972 141 HOH WAT . I 4 HOH X 70 973 142 HOH WAT . I 4 HOH X 71 974 143 HOH WAT . I 4 HOH X 72 975 146 HOH WAT . I 4 HOH X 73 976 147 HOH WAT . I 4 HOH X 74 977 149 HOH WAT . I 4 HOH X 75 978 150 HOH WAT . I 4 HOH X 76 979 151 HOH WAT . I 4 HOH X 77 980 152 HOH WAT . I 4 HOH X 78 981 153 HOH WAT . I 4 HOH X 79 982 154 HOH WAT . I 4 HOH X 80 983 158 HOH WAT . I 4 HOH X 81 984 161 HOH WAT . I 4 HOH X 82 985 162 HOH WAT . I 4 HOH X 83 986 163 HOH WAT . I 4 HOH X 84 987 166 HOH WAT . I 4 HOH X 85 988 167 HOH WAT . I 4 HOH X 86 989 169 HOH WAT . I 4 HOH X 87 990 172 HOH WAT . I 4 HOH X 88 991 177 HOH WAT . I 4 HOH X 89 992 178 HOH WAT . I 4 HOH X 90 993 182 HOH WAT . I 4 HOH X 91 994 186 HOH WAT . I 4 HOH X 92 995 187 HOH WAT . I 4 HOH X 93 996 188 HOH WAT . I 4 HOH X 94 997 190 HOH WAT . I 4 HOH X 95 998 192 HOH WAT . I 4 HOH X 96 999 193 HOH WAT . I 4 HOH X 97 1000 194 HOH WAT . I 4 HOH X 98 1001 196 HOH WAT . I 4 HOH X 99 1002 200 HOH WAT . I 4 HOH X 100 1003 203 HOH WAT . I 4 HOH X 101 1004 205 HOH WAT . I 4 HOH X 102 1005 207 HOH WAT . I 4 HOH X 103 1006 208 HOH WAT . I 4 HOH X 104 1007 210 HOH WAT . I 4 HOH X 105 1008 213 HOH WAT . I 4 HOH X 106 1009 215 HOH WAT . I 4 HOH X 107 1010 217 HOH WAT . I 4 HOH X 108 1011 220 HOH WAT . I 4 HOH X 109 1012 227 HOH WAT . I 4 HOH X 110 1013 230 HOH WAT . I 4 HOH X 111 1014 233 HOH WAT . I 4 HOH X 112 1015 234 HOH WAT . I 4 HOH X 113 1016 246 HOH WAT . I 4 HOH X 114 1017 248 HOH WAT . I 4 HOH X 115 1018 251 HOH WAT . I 4 HOH X 116 1019 256 HOH WAT . I 4 HOH X 117 1020 260 HOH WAT . I 4 HOH X 118 1021 273 HOH WAT . I 4 HOH X 119 1022 278 HOH WAT . I 4 HOH X 120 1023 279 HOH WAT . I 4 HOH X 121 1024 282 HOH WAT . I 4 HOH X 122 1025 283 HOH WAT . I 4 HOH X 123 1026 292 HOH WAT . I 4 HOH X 124 1027 293 HOH WAT . I 4 HOH X 125 1028 295 HOH WAT . I 4 HOH X 126 1029 300 HOH WAT . I 4 HOH X 127 1030 310 HOH WAT . I 4 HOH X 128 1031 311 HOH WAT . I 4 HOH X 129 1032 331 HOH WAT . I 4 HOH X 130 1033 341 HOH WAT . I 4 HOH X 131 1034 351 HOH WAT . I 4 HOH X 132 1035 354 HOH WAT . I 4 HOH X 133 1036 367 HOH WAT . J 4 HOH Y 1 905 1 HOH WAT . J 4 HOH Y 2 906 2 HOH WAT . J 4 HOH Y 3 907 5 HOH WAT . J 4 HOH Y 4 908 7 HOH WAT . J 4 HOH Y 5 909 8 HOH WAT . J 4 HOH Y 6 910 9 HOH WAT . J 4 HOH Y 7 911 11 HOH WAT . J 4 HOH Y 8 912 15 HOH WAT . J 4 HOH Y 9 913 17 HOH WAT . J 4 HOH Y 10 914 20 HOH WAT . J 4 HOH Y 11 915 21 HOH WAT . J 4 HOH Y 12 916 24 HOH WAT . J 4 HOH Y 13 917 26 HOH WAT . J 4 HOH Y 14 918 27 HOH WAT . J 4 HOH Y 15 919 30 HOH WAT . J 4 HOH Y 16 920 34 HOH WAT . J 4 HOH Y 17 921 36 HOH WAT . J 4 HOH Y 18 922 37 HOH WAT . J 4 HOH Y 19 923 38 HOH WAT . J 4 HOH Y 20 924 44 HOH WAT . J 4 HOH Y 21 925 45 HOH WAT . J 4 HOH Y 22 926 47 HOH WAT . J 4 HOH Y 23 927 48 HOH WAT . J 4 HOH Y 24 928 49 HOH WAT . J 4 HOH Y 25 929 50 HOH WAT . J 4 HOH Y 26 930 51 HOH WAT . J 4 HOH Y 27 931 52 HOH WAT . J 4 HOH Y 28 932 55 HOH WAT . J 4 HOH Y 29 933 56 HOH WAT . J 4 HOH Y 30 934 60 HOH WAT . J 4 HOH Y 31 935 61 HOH WAT . J 4 HOH Y 32 936 66 HOH WAT . J 4 HOH Y 33 937 67 HOH WAT . J 4 HOH Y 34 938 68 HOH WAT . J 4 HOH Y 35 939 76 HOH WAT . J 4 HOH Y 36 940 78 HOH WAT . J 4 HOH Y 37 941 83 HOH WAT . J 4 HOH Y 38 942 87 HOH WAT . J 4 HOH Y 39 943 89 HOH WAT . J 4 HOH Y 40 944 93 HOH WAT . J 4 HOH Y 41 945 94 HOH WAT . J 4 HOH Y 42 946 95 HOH WAT . J 4 HOH Y 43 947 96 HOH WAT . J 4 HOH Y 44 948 97 HOH WAT . J 4 HOH Y 45 949 98 HOH WAT . J 4 HOH Y 46 950 100 HOH WAT . J 4 HOH Y 47 951 101 HOH WAT . J 4 HOH Y 48 952 108 HOH WAT . J 4 HOH Y 49 953 109 HOH WAT . J 4 HOH Y 50 954 110 HOH WAT . J 4 HOH Y 51 955 112 HOH WAT . J 4 HOH Y 52 956 114 HOH WAT . J 4 HOH Y 53 957 115 HOH WAT . J 4 HOH Y 54 958 116 HOH WAT . J 4 HOH Y 55 959 117 HOH WAT . J 4 HOH Y 56 960 120 HOH WAT . J 4 HOH Y 57 961 121 HOH WAT . J 4 HOH Y 58 962 122 HOH WAT . J 4 HOH Y 59 963 123 HOH WAT . J 4 HOH Y 60 964 124 HOH WAT . J 4 HOH Y 61 965 127 HOH WAT . J 4 HOH Y 62 966 131 HOH WAT . J 4 HOH Y 63 967 133 HOH WAT . J 4 HOH Y 64 968 137 HOH WAT . J 4 HOH Y 65 969 138 HOH WAT . J 4 HOH Y 66 970 144 HOH WAT . J 4 HOH Y 67 971 145 HOH WAT . J 4 HOH Y 68 972 148 HOH WAT . J 4 HOH Y 69 973 156 HOH WAT . J 4 HOH Y 70 974 157 HOH WAT . J 4 HOH Y 71 975 159 HOH WAT . J 4 HOH Y 72 976 160 HOH WAT . J 4 HOH Y 73 977 168 HOH WAT . J 4 HOH Y 74 978 170 HOH WAT . J 4 HOH Y 75 979 173 HOH WAT . J 4 HOH Y 76 980 175 HOH WAT . J 4 HOH Y 77 981 181 HOH WAT . J 4 HOH Y 78 982 183 HOH WAT . J 4 HOH Y 79 983 185 HOH WAT . J 4 HOH Y 80 984 189 HOH WAT . J 4 HOH Y 81 985 191 HOH WAT . J 4 HOH Y 82 986 199 HOH WAT . J 4 HOH Y 83 987 204 HOH WAT . J 4 HOH Y 84 988 221 HOH WAT . J 4 HOH Y 85 989 222 HOH WAT . J 4 HOH Y 86 990 223 HOH WAT . J 4 HOH Y 87 991 224 HOH WAT . J 4 HOH Y 88 992 229 HOH WAT . J 4 HOH Y 89 993 232 HOH WAT . J 4 HOH Y 90 994 241 HOH WAT . J 4 HOH Y 91 995 242 HOH WAT . J 4 HOH Y 92 996 244 HOH WAT . J 4 HOH Y 93 997 249 HOH WAT . J 4 HOH Y 94 998 258 HOH WAT . J 4 HOH Y 95 999 261 HOH WAT . J 4 HOH Y 96 1000 263 HOH WAT . J 4 HOH Y 97 1001 265 HOH WAT . J 4 HOH Y 98 1002 268 HOH WAT . J 4 HOH Y 99 1003 270 HOH WAT . J 4 HOH Y 100 1004 274 HOH WAT . J 4 HOH Y 101 1005 277 HOH WAT . J 4 HOH Y 102 1006 280 HOH WAT . J 4 HOH Y 103 1007 290 HOH WAT . J 4 HOH Y 104 1008 294 HOH WAT . J 4 HOH Y 105 1009 297 HOH WAT . J 4 HOH Y 106 1010 319 HOH WAT . J 4 HOH Y 107 1011 323 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C11 BTN . . . C 2 29.865 57.016 11.498 1 11.83 ? C11 BTN 801 X 1 HETATM 2 O O11 BTN . . . C 2 30.021 58.114 12.296 1 11.81 ? O11 BTN 801 X 1 HETATM 3 O O12 BTN . . . C 2 30.844 56.553 10.788 1 15.93 ? O12 BTN 801 X 1 HETATM 4 C C10 BTN . . . C 2 28.583 56.314 11.403 1 9.87 ? C10 BTN 801 X 1 HETATM 5 C C9 BTN . . . C 2 27.402 57.045 11.995 1 8.45 ? C9 BTN 801 X 1 HETATM 6 C C8 BTN . . . C 2 27.226 56.751 13.482 1 7.82 ? C8 BTN 801 X 1 HETATM 7 C C7 BTN . . . C 2 26.01 57.489 14.054 1 7.17 ? C7 BTN 801 X 1 HETATM 8 C C2 BTN . . . C 2 25.674 57.08 15.515 1 7.07 ? C2 BTN 801 X 1 HETATM 9 S S1 BTN . . . C 2 25.021 55.447 15.71 1 6.92 ? S1 BTN 801 X 1 HETATM 10 C C6 BTN . . . C 2 24.673 55.84 17.435 1 7.08 ? C6 BTN 801 X 1 HETATM 11 C C5 BTN . . . C 2 24.114 57.261 17.421 1 6.73 ? C5 BTN 801 X 1 HETATM 12 N N1 BTN . . . C 2 22.682 57.311 17.192 1 7.09 ? N1 BTN 801 X 1 HETATM 13 C C3 BTN . . . C 2 22.409 57.914 16.047 1 6.56 ? C3 BTN 801 X 1 HETATM 14 O O3 BTN . . . C 2 21.178 58.086 15.596 1 6.97 ? O3 BTN 801 X 1 HETATM 15 N N2 BTN . . . C 2 23.499 58.317 15.426 1 6.6 ? N2 BTN 801 X 1 HETATM 16 C C4 BTN . . . C 2 24.686 58.022 16.213 1 6.73 ? C4 BTN 801 X 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 276 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 16 #