data_1Z9D # _model_server_result.job_id hmZsLbZ9yMy4MXrZItnwig _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 04:49:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1z9d # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 1Z9D # _exptl.entry_id 1Z9D _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1Z9D _cell.length_a 161.288 _cell.length_b 57.309 _cell.length_c 94.2 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1Z9D _symmetry.cell_setting orthorhombic _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 PISA,PQS hexameric 6 software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,G,M 1 1 B,H,I,J,N 2 1 C,K,L,O 3 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 4 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_655 -x+1,-y,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 161.288 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C GLY 68 A GLY 68 1_555 A N MSE 69 A MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale2 A C MSE 69 A MSE 69 1_555 A N ASP 70 A ASP 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 A C GLY 78 A GLY 78 1_555 A N MSE 79 A MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale4 A C MSE 79 A MSE 79 1_555 A N LEU 80 A LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 A C VAL 83 A VAL 83 1_555 A N MSE 84 A MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 A C MSE 84 A MSE 84 1_555 A N ASN 85 A ASN 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C VAL 88 A VAL 88 1_555 A N MSE 89 A MSE 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 A C MSE 89 A MSE 89 1_555 A N ALA 90 A ALA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale9 A C PRO 107 A PRO 107 1_555 A N MSE 108 A MSE 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale10 A C MSE 108 A MSE 108 1_555 A N GLN 109 A GLN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale11 A C LEU 160 A LEU 160 1_555 A N MSE 161 A MSE 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale12 A C MSE 161 A MSE 161 1_555 A N ALA 162 A ALA 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale13 A C ILE 198 A ILE 198 1_555 A N MSE 199 A MSE 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale14 A C MSE 199 A MSE 199 1_555 A N ASP 200 A ASP 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale15 A C SER 207 A SER 207 1_555 A N MSE 208 A MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 A C MSE 208 A MSE 208 1_555 A N ASP 209 A ASP 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale17 A C ASN 218 A ASN 218 1_555 A N MSE 219 A MSE 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale18 A C MSE 219 A MSE 219 1_555 A N ASN 220 A ASN 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 B C GLY 68 B GLY 68 1_555 B N MSE 69 B MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale20 B C MSE 69 B MSE 69 1_555 B N ASP 70 B ASP 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale21 B C GLY 78 B GLY 78 1_555 B N MSE 79 B MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale22 B C MSE 79 B MSE 79 1_555 B N LEU 80 B LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale23 B C VAL 83 B VAL 83 1_555 B N MSE 84 B MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale24 B C MSE 84 B MSE 84 1_555 B N ASN 85 B ASN 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale25 B C VAL 88 B VAL 88 1_555 B N MSE 89 B MSE 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale26 B C MSE 89 B MSE 89 1_555 B N ALA 90 B ALA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale27 B C PRO 107 B PRO 107 1_555 B N MSE 108 B MSE 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale28 B C MSE 108 B MSE 108 1_555 B N GLN 109 B GLN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale29 B C LEU 160 B LEU 160 1_555 B N MSE 161 B MSE 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale30 B C MSE 161 B MSE 161 1_555 B N ALA 162 B ALA 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale31 B C ILE 198 B ILE 198 1_555 B N MSE 199 B MSE 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale32 B C MSE 199 B MSE 199 1_555 B N ASP 200 B ASP 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? covale ? covale33 B C SER 207 B SER 207 1_555 B N MSE 208 B MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale34 B C MSE 208 B MSE 208 1_555 B N ASP 209 B ASP 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale35 B C ASN 218 B ASN 218 1_555 B N MSE 219 B MSE 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale36 B C MSE 219 B MSE 219 1_555 B N ASN 220 B ASN 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale37 C C GLY 68 C GLY 68 1_555 C N MSE 69 C MSE 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale38 C C MSE 69 C MSE 69 1_555 C N ASP 70 C ASP 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale39 C C GLY 78 C GLY 78 1_555 C N MSE 79 C MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale40 C C MSE 79 C MSE 79 1_555 C N LEU 80 C LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale41 C C VAL 83 C VAL 83 1_555 C N MSE 84 C MSE 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale42 C C MSE 84 C MSE 84 1_555 C N ASN 85 C ASN 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale43 C C VAL 88 C VAL 88 1_555 C N MSE 89 C MSE 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale44 C C MSE 89 C MSE 89 1_555 C N ALA 90 C ALA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale45 C C PRO 107 C PRO 107 1_555 C N MSE 108 C MSE 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale46 C C MSE 108 C MSE 108 1_555 C N GLN 109 C GLN 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale47 C C LEU 160 C LEU 160 1_555 C N MSE 161 C MSE 161 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale48 C C MSE 161 C MSE 161 1_555 C N ALA 162 C ALA 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale49 C C ILE 198 C ILE 198 1_555 C N MSE 199 C MSE 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale50 C C MSE 199 C MSE 199 1_555 C N ASP 200 C ASP 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? covale ? covale51 C C SER 207 C SER 207 1_555 C N MSE 208 C MSE 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale52 C C MSE 208 C MSE 208 1_555 C N ASP 209 C ASP 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale53 C C ASN 218 C ASN 218 1_555 C N MSE 219 C MSE 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale54 C C MSE 219 C MSE 219 1_555 C N ASN 220 C ASN 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 309 n n S O2 SO4 doub 310 n n S O3 SO4 sing 311 n n S O4 SO4 sing 312 n n # _atom_sites.entry_id 1Z9D _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.0062 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.017449 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.010616 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 SO4 A 1 1001 1001 SO4 SO4 . E 2 SO4 A 1 1003 1003 SO4 SO4 . F 2 SO4 A 1 1004 1004 SO4 SO4 . G 2 SO4 A 1 1007 1007 SO4 SO4 . H 2 SO4 B 1 1002 1002 SO4 SO4 . I 2 SO4 B 1 1005 1005 SO4 SO4 . J 2 SO4 B 1 1008 1008 SO4 SO4 . K 2 SO4 C 1 1006 1006 SO4 SO4 . L 2 SO4 C 1 1009 1009 SO4 SO4 . M 3 HOH A 1 1008 1 HOH HOH . M 3 HOH A 2 1009 3 HOH HOH . M 3 HOH A 3 1010 10 HOH HOH . M 3 HOH A 4 1011 12 HOH HOH . M 3 HOH A 5 1012 13 HOH HOH . M 3 HOH A 6 1013 14 HOH HOH . M 3 HOH A 7 1014 15 HOH HOH . M 3 HOH A 8 1015 24 HOH HOH . M 3 HOH A 9 1016 27 HOH HOH . M 3 HOH A 10 1017 31 HOH HOH . M 3 HOH A 11 1018 32 HOH HOH . M 3 HOH A 12 1019 41 HOH HOH . M 3 HOH A 13 1020 44 HOH HOH . M 3 HOH A 14 1021 45 HOH HOH . M 3 HOH A 15 1022 47 HOH HOH . M 3 HOH A 16 1023 49 HOH HOH . M 3 HOH A 17 1024 51 HOH HOH . M 3 HOH A 18 1025 52 HOH HOH . M 3 HOH A 19 1026 60 HOH HOH . M 3 HOH A 20 1027 73 HOH HOH . M 3 HOH A 21 1028 80 HOH HOH . M 3 HOH A 22 1029 81 HOH HOH . M 3 HOH A 23 1030 82 HOH HOH . M 3 HOH A 24 1031 85 HOH HOH . M 3 HOH A 25 1032 86 HOH HOH . M 3 HOH A 26 1033 87 HOH HOH . N 3 HOH B 1 1009 2 HOH HOH . N 3 HOH B 2 1010 4 HOH HOH . N 3 HOH B 3 1011 6 HOH HOH . N 3 HOH B 4 1012 7 HOH HOH . N 3 HOH B 5 1013 16 HOH HOH . N 3 HOH B 6 1014 17 HOH HOH . N 3 HOH B 7 1015 18 HOH HOH . N 3 HOH B 8 1016 25 HOH HOH . N 3 HOH B 9 1017 26 HOH HOH . N 3 HOH B 10 1018 29 HOH HOH . N 3 HOH B 11 1019 33 HOH HOH . N 3 HOH B 12 1020 34 HOH HOH . N 3 HOH B 13 1021 35 HOH HOH . N 3 HOH B 14 1022 36 HOH HOH . N 3 HOH B 15 1023 37 HOH HOH . N 3 HOH B 16 1024 43 HOH HOH . N 3 HOH B 17 1025 48 HOH HOH . N 3 HOH B 18 1026 50 HOH HOH . N 3 HOH B 19 1027 54 HOH HOH . N 3 HOH B 20 1028 55 HOH HOH . N 3 HOH B 21 1029 58 HOH HOH . N 3 HOH B 22 1030 59 HOH HOH . N 3 HOH B 23 1031 61 HOH HOH . N 3 HOH B 24 1032 63 HOH HOH . N 3 HOH B 25 1033 64 HOH HOH . N 3 HOH B 26 1034 66 HOH HOH . N 3 HOH B 27 1035 70 HOH HOH . N 3 HOH B 28 1036 72 HOH HOH . N 3 HOH B 29 1037 74 HOH HOH . N 3 HOH B 30 1038 77 HOH HOH . N 3 HOH B 31 1039 78 HOH HOH . N 3 HOH B 32 1040 79 HOH HOH . N 3 HOH B 33 1041 84 HOH HOH . O 3 HOH C 1 1010 5 HOH HOH . O 3 HOH C 2 1011 8 HOH HOH . O 3 HOH C 3 1012 9 HOH HOH . O 3 HOH C 4 1013 11 HOH HOH . O 3 HOH C 5 1014 19 HOH HOH . O 3 HOH C 6 1015 20 HOH HOH . O 3 HOH C 7 1016 21 HOH HOH . O 3 HOH C 8 1017 22 HOH HOH . O 3 HOH C 9 1018 23 HOH HOH . O 3 HOH C 10 1019 28 HOH HOH . O 3 HOH C 11 1020 30 HOH HOH . O 3 HOH C 12 1021 38 HOH HOH . O 3 HOH C 13 1022 39 HOH HOH . O 3 HOH C 14 1023 40 HOH HOH . O 3 HOH C 15 1024 42 HOH HOH . O 3 HOH C 16 1025 46 HOH HOH . O 3 HOH C 17 1026 53 HOH HOH . O 3 HOH C 18 1027 56 HOH HOH . O 3 HOH C 19 1028 57 HOH HOH . O 3 HOH C 20 1029 62 HOH HOH . O 3 HOH C 21 1030 65 HOH HOH . O 3 HOH C 22 1031 67 HOH HOH . O 3 HOH C 23 1032 68 HOH HOH . O 3 HOH C 24 1033 69 HOH HOH . O 3 HOH C 25 1034 71 HOH HOH . O 3 HOH C 26 1035 75 HOH HOH . O 3 HOH C 27 1036 76 HOH HOH . O 3 HOH C 28 1037 83 HOH HOH . O 3 HOH C 29 1038 88 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . H 2 83.818 18.232 31.986 1 79.46 ? S SO4 1002 B 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . H 2 84.084 17 32.765 1 76.55 ? O1 SO4 1002 B 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . H 2 83.526 19.369 32.9 1 75.01 ? O2 SO4 1002 B 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . H 2 85 18.549 31.142 1 76.16 ? O3 SO4 1002 B 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . H 2 82.649 18.007 31.101 1 77.02 ? O4 SO4 1002 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 67 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 325 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 5 #