data_1ZBH # _model_server_result.job_id cfxZoGCX0UImT8h7tTRo4g _model_server_result.datetime_utc '2025-02-27 02:41:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1zbh # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":3002}' # _entry.id 1ZBH # _exptl.entry_id 1ZBH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 347.221 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 92.13 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1ZBH _cell.length_a 50.386 _cell.length_b 195.148 _cell.length_c 87.966 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1ZBH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 L N N ? 4 O N N ? 4 R N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C OD1 ASP 84 A ASP 134 1_555 G MG MG . A MG 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc2 C OD2 ASP 84 A ASP 134 1_555 G MG MG . A MG 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.144 ? metalc ? metalc3 C OD2 ASP 84 A ASP 134 1_555 H MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc4 C OE2 GLU 86 A GLU 136 1_555 H MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? metalc ? metalc5 C OD1 ASP 248 A ASP 298 1_555 H MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 1000 1_555 I O1P AMP . A AMP 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.792 ? metalc ? metalc7 G MG MG . A MG 1000 1_555 I O3P AMP . A AMP 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 1001 1_555 I O1P AMP . A AMP 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.649 ? metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 1001 1_555 I O2P AMP . A AMP 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc10 D OD1 ASP 84 B ASP 134 1_555 J MG MG . B MG 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc11 D OD2 ASP 84 B ASP 134 1_555 K MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? metalc ? metalc12 D OE2 GLU 86 B GLU 136 1_555 K MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc13 D OD2 ASP 248 B ASP 298 1_555 K MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? metalc ? metalc14 J MG MG . B MG 2000 1_555 L O1P AMP . B AMP 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.67 ? metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 2001 1_555 L O2P AMP . B AMP 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc16 K MG MG . B MG 2001 1_555 L O1P AMP . B AMP 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc17 E OD1 ASP 84 C ASP 134 1_555 M MG MG . C MG 3000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? metalc ? metalc18 E OD2 ASP 84 C ASP 134 1_555 N MG MG . C MG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? metalc ? metalc19 E OE2 GLU 86 C GLU 136 1_555 N MG MG . C MG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? metalc ? metalc20 M MG MG . C MG 3000 1_555 O O1P AMP . C AMP 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc21 M MG MG . C MG 3000 1_555 O O3P AMP . C AMP 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.906 ? metalc ? metalc22 N MG MG . C MG 3001 1_555 O O1P AMP . C AMP 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc23 F OD1 ASP 84 D ASP 134 1_555 P MG MG . D MG 4000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.131 ? metalc ? metalc24 F OD2 ASP 84 D ASP 134 1_555 Q MG MG . D MG 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc25 F OE1 GLU 86 D GLU 136 1_555 Q MG MG . D MG 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc26 F OD1 ASP 248 D ASP 298 1_555 Q MG MG . D MG 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc27 P MG MG . D MG 4000 1_555 R O1P AMP . D AMP 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc28 P MG MG . D MG 4000 1_555 R O3P AMP . D AMP 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? metalc ? metalc29 Q MG MG . D MG 4001 1_555 R O1P AMP . D AMP 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.9 ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog1 A O6 G 3 F G 6 1_555 A N4 C 18 F C 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N1 G 4 F G 7 1_555 A N3 C 17 F C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N2 G 4 F G 7 1_555 A O2 C 17 F C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A O6 G 4 F G 7 1_555 A N4 C 17 F C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N3 C 5 F C 8 1_555 A N1 G 16 F G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N4 C 5 F C 8 1_555 A O6 G 16 F G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A O2 C 5 F C 8 1_555 A N2 G 16 F G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N3 U 6 F U 9 1_555 A N1 A 15 F A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O4 U 6 F U 9 1_555 A N6 A 15 F A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N3 C 7 F C 10 1_555 A N1 G 14 F G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N4 C 7 F C 10 1_555 A O6 G 14 F G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O2 C 7 F C 10 1_555 A N2 G 14 F G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog13 A N3 U 8 F U 11 1_555 A N1 A 13 F A 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog14 B O6 G 3 E G 6 1_555 B N4 C 18 E C 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N1 G 4 E G 7 1_555 B N3 C 17 E C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N2 G 4 E G 7 1_555 B O2 C 17 E C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B O6 G 4 E G 7 1_555 B N4 C 17 E C 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N3 C 5 E C 8 1_555 B N1 G 16 E G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N4 C 5 E C 8 1_555 B O6 G 16 E G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O2 C 5 E C 8 1_555 B N2 G 16 E G 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N3 U 6 E U 9 1_555 B N1 A 15 E A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O4 U 6 E U 9 1_555 B N6 A 15 E A 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N3 C 7 E C 10 1_555 B N1 G 14 E G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N4 C 7 E C 10 1_555 B O6 G 14 E G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O2 C 7 E C 10 1_555 B N2 G 14 E G 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog26 B N3 U 8 E U 11 1_555 B N1 A 13 E A 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H14 N5 O7 P' _chem_comp.formula_weight 347.221 _chem_comp.id AMP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1P AMP doub 52 n n P O2P AMP sing 53 n n P O3P AMP sing 54 n n P O5' AMP sing 55 n n O2P HOP2 AMP sing 56 n n O3P HOP3 AMP sing 57 n n O5' C5' AMP sing 58 n n C5' C4' AMP sing 59 n n C5' "H5'1" AMP sing 60 n n C5' "H5'2" AMP sing 61 n n C4' O4' AMP sing 62 n n C4' C3' AMP sing 63 n n C4' H4' AMP sing 64 n n O4' C1' AMP sing 65 n n C3' O3' AMP sing 66 n n C3' C2' AMP sing 67 n n C3' H3' AMP sing 68 n n O3' HO3' AMP sing 69 n n C2' O2' AMP sing 70 n n C2' C1' AMP sing 71 n n C2' H2' AMP sing 72 n n O2' HO2' AMP sing 73 n n C1' N9 AMP sing 74 n n C1' H1' AMP sing 75 n n N9 C8 AMP sing 76 n y N9 C4 AMP sing 77 n y C8 N7 AMP doub 78 n y C8 H8 AMP sing 79 n n N7 C5 AMP sing 80 n y C5 C6 AMP sing 81 n y C5 C4 AMP doub 82 n y C6 N6 AMP sing 83 n n C6 N1 AMP doub 84 n y N6 HN61 AMP sing 85 n n N6 HN62 AMP sing 86 n n N1 C2 AMP sing 87 n y C2 N3 AMP doub 88 n y C2 H2 AMP sing 89 n n N3 C4 AMP sing 90 n y # _atom_sites.entry_id 1ZBH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019847 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000738 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005124 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011376 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 MG A 1 1000 1000 MG MG . H 3 MG A 1 1001 1001 MG MG . I 4 AMP A 1 1002 1002 AMP AMP . J 3 MG B 1 2000 1000 MG MG . K 3 MG B 1 2001 1001 MG MG . L 4 AMP B 1 2002 1002 AMP AMP . M 3 MG C 1 3000 1000 MG MG . N 3 MG C 1 3001 1001 MG MG . O 4 AMP C 1 3002 1002 AMP AMP . P 3 MG D 1 4000 1000 MG MG . Q 3 MG D 1 4001 1001 MG MG . R 4 AMP D 1 4002 1002 AMP AMP . S 5 HOH F 1 3 3 HOH HOH . T 5 HOH A 1 1 1 HOH HOH . T 5 HOH A 2 2 2 HOH HOH . T 5 HOH A 3 7 7 HOH HOH . T 5 HOH A 4 11 11 HOH HOH . T 5 HOH A 5 13 13 HOH HOH . T 5 HOH A 6 14 14 HOH HOH . T 5 HOH A 7 15 15 HOH HOH . T 5 HOH A 8 18 18 HOH HOH . U 5 HOH B 1 4 4 HOH HOH . U 5 HOH B 2 5 5 HOH HOH . U 5 HOH B 3 6 6 HOH HOH . U 5 HOH B 4 16 16 HOH HOH . U 5 HOH B 5 17 17 HOH HOH . V 5 HOH C 1 8 8 HOH HOH . V 5 HOH C 2 10 10 HOH HOH . W 5 HOH D 1 9 9 HOH HOH . W 5 HOH D 2 12 12 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P AMP . . . O 4 27.642 -4.062 70.725 1 34.58 ? P AMP 3002 C 1 HETATM 2 O O1P AMP . . . O 4 26.925 -5.389 70.637 1 34.82 ? O1P AMP 3002 C 1 HETATM 3 O O2P AMP . . . O 4 28.046 -3.491 69.389 1 34.69 ? O2P AMP 3002 C 1 HETATM 4 O O3P AMP . . . O 4 28.707 -4.006 71.794 1 34.45 ? O3P AMP 3002 C 1 HETATM 5 O O5' AMP . . . O 4 26.539 -3.008 71.233 1 34.71 ? O5' AMP 3002 C 1 HETATM 6 C C5' AMP . . . O 4 25.575 -3.385 72.211 1 35.14 ? C5' AMP 3002 C 1 HETATM 7 C C4' AMP . . . O 4 25.092 -2.176 72.999 1 35.28 ? C4' AMP 3002 C 1 HETATM 8 O O4' AMP . . . O 4 26.19 -1.455 73.56 1 35.61 ? O4' AMP 3002 C 1 HETATM 9 C C3' AMP . . . O 4 24.335 -1.169 72.149 1 35.36 ? C3' AMP 3002 C 1 HETATM 10 O O3' AMP . . . O 4 22.95 -1.501 72.035 1 34.77 ? O3' AMP 3002 C 1 HETATM 11 C C2' AMP . . . O 4 24.563 0.131 72.892 1 35.69 ? C2' AMP 3002 C 1 HETATM 12 O O2' AMP . . . O 4 23.6 0.306 73.932 1 36.23 ? O2' AMP 3002 C 1 HETATM 13 C C1' AMP . . . O 4 25.934 -0.047 73.52 1 36.29 ? C1' AMP 3002 C 1 HETATM 14 N N9 AMP . . . O 4 26.882 0.652 72.62 1 36.57 ? N9 AMP 3002 C 1 HETATM 15 C C8 AMP . . . O 4 27.663 0.078 71.684 1 36.78 ? C8 AMP 3002 C 1 HETATM 16 N N7 AMP . . . O 4 28.395 1.008 71.021 1 36.96 ? N7 AMP 3002 C 1 HETATM 17 C C5 AMP . . . O 4 28.08 2.21 71.535 1 36.66 ? C5 AMP 3002 C 1 HETATM 18 C C6 AMP . . . O 4 28.483 3.615 71.295 1 36.5 ? C6 AMP 3002 C 1 HETATM 19 N N6 AMP . . . O 4 29.397 3.917 70.346 1 36.72 ? N6 AMP 3002 C 1 HETATM 20 N N1 AMP . . . O 4 27.912 4.58 72.054 1 36.76 ? N1 AMP 3002 C 1 HETATM 21 C C2 AMP . . . O 4 26.998 4.289 73.004 1 36.83 ? C2 AMP 3002 C 1 HETATM 22 N N3 AMP . . . O 4 26.584 3.035 73.273 1 36.98 ? N3 AMP 3002 C 1 HETATM 23 C C4 AMP . . . O 4 27.079 1.972 72.586 1 36.73 ? C4 AMP 3002 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 330 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 23 #