data_1ZIU
#
_model_server_result.job_id            vqw4x5doGB5ZEqaqf3_kaA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 20:19:04' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1ziu 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":500}' 
#
_entry.id    1ZIU 
#
_exptl.entry_id    1ZIU 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              58.693 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'NICKEL (II) ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         101.15 
_cell.angle_beta          107.72 
_cell.angle_gamma         101.9 
_cell.entry_id            1ZIU 
_cell.length_a            37.4 
_cell.length_b            43.97 
_cell.length_c            57.88 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1ZIU 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 B N N 
? 2 C N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O HIS 39 A HIS 39 1_555 C NI NI . A NI 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? 
metalc ? metalc2 A ND1 HIS 39 A HIS 39 1_555 C NI NI . A NI 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 63 A HIS 63 1_555 B NI NI . A NI 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc4 A NE2 HIS 66 A HIS 66 1_555 B NI NI . A NI 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc5 B NI NI . A NI 500 1_555 D O HOH . A HOH 736 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? 
metalc ? metalc6 B NI NI . A NI 500 1_555 D O HOH . A HOH 737 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ni 2' 
_chem_comp.formula_weight    58.693 
_chem_comp.id                NI 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'NICKEL (II) ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     1ZIU 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.026738 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.005635 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.010496 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.023242 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.006643 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.018864 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 NI A 1 500 500 NI NI . 
C 2 NI A 1 722 722 NI NI . 
D 3 HOH A 1 501 501 HOH WAT . 
D 3 HOH A 2 502 502 HOH WAT . 
D 3 HOH A 3 503 503 HOH WAT . 
D 3 HOH A 4 504 504 HOH WAT . 
D 3 HOH A 5 505 505 HOH WAT . 
D 3 HOH A 6 506 506 HOH WAT . 
D 3 HOH A 7 507 507 HOH WAT . 
D 3 HOH A 8 508 508 HOH WAT . 
D 3 HOH A 9 509 509 HOH WAT . 
D 3 HOH A 10 510 510 HOH WAT . 
D 3 HOH A 11 511 511 HOH WAT . 
D 3 HOH A 12 512 512 HOH WAT . 
D 3 HOH A 13 513 513 HOH WAT . 
D 3 HOH A 14 514 514 HOH WAT . 
D 3 HOH A 15 515 515 HOH WAT . 
D 3 HOH A 16 516 516 HOH WAT . 
D 3 HOH A 17 517 517 HOH WAT . 
D 3 HOH A 18 518 518 HOH WAT . 
D 3 HOH A 19 519 519 HOH WAT . 
D 3 HOH A 20 520 520 HOH WAT . 
D 3 HOH A 21 521 521 HOH WAT . 
D 3 HOH A 22 522 522 HOH WAT . 
D 3 HOH A 23 523 523 HOH WAT . 
D 3 HOH A 24 524 524 HOH WAT . 
D 3 HOH A 25 525 525 HOH WAT . 
D 3 HOH A 26 526 526 HOH WAT . 
D 3 HOH A 27 527 527 HOH WAT . 
D 3 HOH A 28 528 528 HOH WAT . 
D 3 HOH A 29 529 529 HOH WAT . 
D 3 HOH A 30 530 530 HOH WAT . 
D 3 HOH A 31 531 531 HOH WAT . 
D 3 HOH A 32 532 532 HOH WAT . 
D 3 HOH A 33 534 534 HOH WAT . 
D 3 HOH A 34 535 535 HOH WAT . 
D 3 HOH A 35 536 536 HOH WAT . 
D 3 HOH A 36 537 537 HOH WAT . 
D 3 HOH A 37 538 538 HOH WAT . 
D 3 HOH A 38 539 539 HOH WAT . 
D 3 HOH A 39 540 540 HOH WAT . 
D 3 HOH A 40 541 541 HOH WAT . 
D 3 HOH A 41 542 542 HOH WAT . 
D 3 HOH A 42 543 543 HOH WAT . 
D 3 HOH A 43 544 544 HOH WAT . 
D 3 HOH A 44 545 545 HOH WAT . 
D 3 HOH A 45 546 546 HOH WAT . 
D 3 HOH A 46 547 547 HOH WAT . 
D 3 HOH A 47 548 548 HOH WAT . 
D 3 HOH A 48 549 549 HOH WAT . 
D 3 HOH A 49 550 550 HOH WAT . 
D 3 HOH A 50 551 551 HOH WAT . 
D 3 HOH A 51 552 552 HOH WAT . 
D 3 HOH A 52 553 553 HOH WAT . 
D 3 HOH A 53 554 554 HOH WAT . 
D 3 HOH A 54 555 555 HOH WAT . 
D 3 HOH A 55 556 556 HOH WAT . 
D 3 HOH A 56 557 557 HOH WAT . 
D 3 HOH A 57 558 558 HOH WAT . 
D 3 HOH A 58 559 559 HOH WAT . 
D 3 HOH A 59 560 560 HOH WAT . 
D 3 HOH A 60 561 561 HOH WAT . 
D 3 HOH A 61 563 563 HOH WAT . 
D 3 HOH A 62 564 564 HOH WAT . 
D 3 HOH A 63 565 565 HOH WAT . 
D 3 HOH A 64 566 566 HOH WAT . 
D 3 HOH A 65 567 567 HOH WAT . 
D 3 HOH A 66 568 568 HOH WAT . 
D 3 HOH A 67 569 569 HOH WAT . 
D 3 HOH A 68 570 570 HOH WAT . 
D 3 HOH A 69 571 571 HOH WAT . 
D 3 HOH A 70 572 572 HOH WAT . 
D 3 HOH A 71 573 573 HOH WAT . 
D 3 HOH A 72 574 574 HOH WAT . 
D 3 HOH A 73 575 575 HOH WAT . 
D 3 HOH A 74 577 577 HOH WAT . 
D 3 HOH A 75 578 578 HOH WAT . 
D 3 HOH A 76 579 579 HOH WAT . 
D 3 HOH A 77 581 581 HOH WAT . 
D 3 HOH A 78 582 582 HOH WAT . 
D 3 HOH A 79 583 583 HOH WAT . 
D 3 HOH A 80 584 584 HOH WAT . 
D 3 HOH A 81 585 585 HOH WAT . 
D 3 HOH A 82 586 586 HOH WAT . 
D 3 HOH A 83 587 587 HOH WAT . 
D 3 HOH A 84 588 588 HOH WAT . 
D 3 HOH A 85 589 589 HOH WAT . 
D 3 HOH A 86 590 590 HOH WAT . 
D 3 HOH A 87 591 591 HOH WAT . 
D 3 HOH A 88 592 592 HOH WAT . 
D 3 HOH A 89 593 593 HOH WAT . 
D 3 HOH A 90 594 594 HOH WAT . 
D 3 HOH A 91 595 595 HOH WAT . 
D 3 HOH A 92 596 596 HOH WAT . 
D 3 HOH A 93 597 597 HOH WAT . 
D 3 HOH A 94 598 598 HOH WAT . 
D 3 HOH A 95 599 599 HOH WAT . 
D 3 HOH A 96 600 600 HOH WAT . 
D 3 HOH A 97 601 601 HOH WAT . 
D 3 HOH A 98 602 602 HOH WAT . 
D 3 HOH A 99 603 603 HOH WAT . 
D 3 HOH A 100 604 604 HOH WAT . 
D 3 HOH A 101 605 605 HOH WAT . 
D 3 HOH A 102 606 606 HOH WAT . 
D 3 HOH A 103 607 607 HOH WAT . 
D 3 HOH A 104 608 608 HOH WAT . 
D 3 HOH A 105 610 610 HOH WAT . 
D 3 HOH A 106 611 611 HOH WAT . 
D 3 HOH A 107 612 612 HOH WAT . 
D 3 HOH A 108 613 613 HOH WAT . 
D 3 HOH A 109 614 614 HOH WAT . 
D 3 HOH A 110 615 615 HOH WAT . 
D 3 HOH A 111 616 616 HOH WAT . 
D 3 HOH A 112 617 617 HOH WAT . 
D 3 HOH A 113 618 618 HOH WAT . 
D 3 HOH A 114 619 619 HOH WAT . 
D 3 HOH A 115 620 620 HOH WAT . 
D 3 HOH A 116 621 621 HOH WAT . 
D 3 HOH A 117 622 622 HOH WAT . 
D 3 HOH A 118 623 623 HOH WAT . 
D 3 HOH A 119 624 624 HOH WAT . 
D 3 HOH A 120 625 625 HOH WAT . 
D 3 HOH A 121 626 626 HOH WAT . 
D 3 HOH A 122 627 627 HOH WAT . 
D 3 HOH A 123 628 628 HOH WAT . 
D 3 HOH A 124 629 629 HOH WAT . 
D 3 HOH A 125 630 630 HOH WAT . 
D 3 HOH A 126 631 631 HOH WAT . 
D 3 HOH A 127 632 632 HOH WAT . 
D 3 HOH A 128 633 633 HOH WAT . 
D 3 HOH A 129 634 634 HOH WAT . 
D 3 HOH A 130 635 635 HOH WAT . 
D 3 HOH A 131 636 636 HOH WAT . 
D 3 HOH A 132 637 637 HOH WAT . 
D 3 HOH A 133 638 638 HOH WAT . 
D 3 HOH A 134 639 639 HOH WAT . 
D 3 HOH A 135 640 640 HOH WAT . 
D 3 HOH A 136 641 641 HOH WAT . 
D 3 HOH A 137 642 642 HOH WAT . 
D 3 HOH A 138 644 644 HOH WAT . 
D 3 HOH A 139 645 645 HOH WAT . 
D 3 HOH A 140 646 646 HOH WAT . 
D 3 HOH A 141 647 647 HOH WAT . 
D 3 HOH A 142 648 648 HOH WAT . 
D 3 HOH A 143 649 649 HOH WAT . 
D 3 HOH A 144 650 650 HOH WAT . 
D 3 HOH A 145 651 651 HOH WAT . 
D 3 HOH A 146 652 652 HOH WAT . 
D 3 HOH A 147 653 653 HOH WAT . 
D 3 HOH A 148 654 654 HOH WAT . 
D 3 HOH A 149 655 655 HOH WAT . 
D 3 HOH A 150 656 656 HOH WAT . 
D 3 HOH A 151 657 657 HOH WAT . 
D 3 HOH A 152 658 658 HOH WAT . 
D 3 HOH A 153 659 659 HOH WAT . 
D 3 HOH A 154 660 660 HOH WAT . 
D 3 HOH A 155 661 661 HOH WAT . 
D 3 HOH A 156 662 662 HOH WAT . 
D 3 HOH A 157 663 663 HOH WAT . 
D 3 HOH A 158 664 664 HOH WAT . 
D 3 HOH A 159 665 665 HOH WAT . 
D 3 HOH A 160 666 666 HOH WAT . 
D 3 HOH A 161 667 667 HOH WAT . 
D 3 HOH A 162 668 668 HOH WAT . 
D 3 HOH A 163 669 669 HOH WAT . 
D 3 HOH A 164 670 670 HOH WAT . 
D 3 HOH A 165 671 671 HOH WAT . 
D 3 HOH A 166 672 672 HOH WAT . 
D 3 HOH A 167 673 673 HOH WAT . 
D 3 HOH A 168 674 674 HOH WAT . 
D 3 HOH A 169 675 675 HOH WAT . 
D 3 HOH A 170 676 676 HOH WAT . 
D 3 HOH A 171 677 677 HOH WAT . 
D 3 HOH A 172 678 678 HOH WAT . 
D 3 HOH A 173 679 679 HOH WAT . 
D 3 HOH A 174 680 680 HOH WAT . 
D 3 HOH A 175 681 681 HOH WAT . 
D 3 HOH A 176 682 682 HOH WAT . 
D 3 HOH A 177 683 683 HOH WAT . 
D 3 HOH A 178 684 684 HOH WAT . 
D 3 HOH A 179 687 687 HOH WAT . 
D 3 HOH A 180 688 688 HOH WAT . 
D 3 HOH A 181 689 689 HOH WAT . 
D 3 HOH A 182 692 692 HOH WAT . 
D 3 HOH A 183 695 695 HOH WAT . 
D 3 HOH A 184 696 696 HOH WAT . 
D 3 HOH A 185 697 697 HOH WAT . 
D 3 HOH A 186 700 700 HOH WAT . 
D 3 HOH A 187 701 701 HOH WAT . 
D 3 HOH A 188 702 702 HOH WAT . 
D 3 HOH A 189 703 703 HOH WAT . 
D 3 HOH A 190 704 704 HOH WAT . 
D 3 HOH A 191 705 705 HOH WAT . 
D 3 HOH A 192 706 706 HOH WAT . 
D 3 HOH A 193 707 707 HOH WAT . 
D 3 HOH A 194 708 708 HOH WAT . 
D 3 HOH A 195 709 709 HOH WAT . 
D 3 HOH A 196 710 710 HOH WAT . 
D 3 HOH A 197 711 711 HOH WAT . 
D 3 HOH A 198 712 712 HOH WAT . 
D 3 HOH A 199 713 713 HOH WAT . 
D 3 HOH A 200 714 714 HOH WAT . 
D 3 HOH A 201 715 715 HOH WAT . 
D 3 HOH A 202 716 716 HOH WAT . 
D 3 HOH A 203 717 717 HOH WAT . 
D 3 HOH A 204 718 718 HOH WAT . 
D 3 HOH A 205 719 719 HOH WAT . 
D 3 HOH A 206 720 720 HOH WAT . 
D 3 HOH A 207 721 721 HOH WAT . 
D 3 HOH A 208 723 723 HOH WAT . 
D 3 HOH A 209 724 724 HOH WAT . 
D 3 HOH A 210 725 725 HOH WAT . 
D 3 HOH A 211 726 726 HOH WAT . 
D 3 HOH A 212 727 727 HOH WAT . 
D 3 HOH A 213 728 728 HOH WAT . 
D 3 HOH A 214 730 730 HOH WAT . 
D 3 HOH A 215 731 731 HOH WAT . 
D 3 HOH A 216 732 732 HOH WAT . 
D 3 HOH A 217 733 733 HOH WAT . 
D 3 HOH A 218 734 734 HOH WAT . 
D 3 HOH A 219 735 735 HOH WAT . 
D 3 HOH A 220 736 736 HOH WAT . 
D 3 HOH A 221 737 737 HOH WAT . 
D 3 HOH A 222 738 738 HOH WAT . 
D 3 HOH A 223 739 739 HOH WAT . 
D 3 HOH A 224 740 740 HOH WAT . 
D 3 HOH A 225 741 741 HOH WAT . 
D 3 HOH A 226 742 742 HOH WAT . 
D 3 HOH A 227 744 744 HOH WAT . 
D 3 HOH A 228 747 747 HOH WAT . 
D 3 HOH A 229 748 748 HOH WAT . 
D 3 HOH A 230 749 749 HOH WAT . 
D 3 HOH A 231 752 752 HOH WAT . 
D 3 HOH A 232 753 753 HOH WAT . 
D 3 HOH A 233 754 754 HOH WAT . 
D 3 HOH A 234 755 755 HOH WAT . 
D 3 HOH A 235 756 756 HOH WAT . 
D 3 HOH A 236 758 758 HOH WAT . 
D 3 HOH A 237 759 759 HOH WAT . 
D 3 HOH A 238 760 760 HOH WAT . 
D 3 HOH A 239 761 761 HOH WAT . 
D 3 HOH A 240 762 762 HOH WAT . 
D 3 HOH A 241 763 763 HOH WAT . 
D 3 HOH A 242 764 764 HOH WAT . 
D 3 HOH A 243 765 765 HOH WAT . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NI 
_atom_site.label_atom_id         NI 
_atom_site.label_comp_id         NI 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         B 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               -11.714 
_atom_site.Cartn_y               0.145 
_atom_site.Cartn_z               25.168 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        31.45 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NI 
_atom_site.auth_comp_id          NI 
_atom_site.auth_seq_id           500 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              53 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    5 
_model_server_stats.query_time_ms           261 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           1 
#