data_1ZM7
#
_model_server_result.job_id            MBdvD5tUxnOVhh014Uht9Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 12:54:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          1zm7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":302}' 
#
_entry.id    1ZM7 
#
_exptl.entry_id    1ZM7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.59 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            1ZM7 
_cell.length_a            67.04 
_cell.length_b            119.27 
_cell.length_c            68.388 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 1ZM7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,J,K 1 1 
C,D,G,H,I,L,M 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 I N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 D OG1 THR 34 D THR 34 1_555 H MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc2 D OE2 GLU 52 D GLU 52 1_555 H MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.18 ? 
metalc ? metalc3 D OE2 GLU 104 D GLU 104 1_555 H MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.904 ? 
metalc ? metalc4 I O1B TTP . D TTP 303 1_555 H MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? 
metalc ? metalc5 I O3G TTP . D TTP 303 1_555 H MG MG . D MG 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? 
metalc ? metalc6 H MG MG . D MG 400 1_555 M O HOH . D HOH 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     1ZM7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014916 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000674 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008384 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.014637 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TTP A 1 300 300 TTP TTP . 
F 2 TTP B 1 301 301 TTP TTP . 
G 2 TTP C 1 302 302 TTP TTP . 
H 3 MG D 1 400 400 MG MG . 
I 2 TTP D 1 303 303 TTP TTP . 
J 4 HOH A 1 301 20 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 302 1 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 303 2 HOH HOH . 
J 4 HOH A 4 304 3 HOH HOH . 
J 4 HOH A 5 305 5 HOH HOH . 
J 4 HOH A 6 306 7 HOH HOH . 
J 4 HOH A 7 307 9 HOH HOH . 
J 4 HOH A 8 308 10 HOH HOH . 
J 4 HOH A 9 309 11 HOH HOH . 
J 4 HOH A 10 310 12 HOH HOH . 
J 4 HOH A 11 311 13 HOH HOH . 
J 4 HOH A 12 312 15 HOH HOH . 
J 4 HOH A 13 313 16 HOH HOH . 
J 4 HOH A 14 314 17 HOH HOH . 
J 4 HOH A 15 315 19 HOH HOH . 
J 4 HOH A 16 316 21 HOH HOH . 
J 4 HOH A 17 317 22 HOH HOH . 
J 4 HOH A 18 318 24 HOH HOH . 
J 4 HOH A 19 319 25 HOH HOH . 
J 4 HOH A 20 320 26 HOH HOH . 
J 4 HOH A 21 321 28 HOH HOH . 
J 4 HOH A 22 322 29 HOH HOH . 
J 4 HOH A 23 323 30 HOH HOH . 
J 4 HOH A 24 324 31 HOH HOH . 
J 4 HOH A 25 325 32 HOH HOH . 
J 4 HOH A 26 326 33 HOH HOH . 
J 4 HOH A 27 327 38 HOH HOH . 
J 4 HOH A 28 328 44 HOH HOH . 
J 4 HOH A 29 329 49 HOH HOH . 
J 4 HOH A 30 330 55 HOH HOH . 
J 4 HOH A 31 331 57 HOH HOH . 
J 4 HOH A 32 332 60 HOH HOH . 
J 4 HOH A 33 333 69 HOH HOH . 
J 4 HOH A 34 334 75 HOH HOH . 
J 4 HOH A 35 335 80 HOH HOH . 
J 4 HOH A 36 336 81 HOH HOH . 
J 4 HOH A 37 337 86 HOH HOH . 
J 4 HOH A 38 338 94 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 302 3 HOH HOH . 
K 4 HOH B 2 303 4 HOH HOH . 
K 4 HOH B 3 304 6 HOH HOH . 
K 4 HOH B 4 305 7 HOH HOH . 
K 4 HOH B 5 306 10 HOH HOH . 
K 4 HOH B 6 307 11 HOH HOH . 
K 4 HOH B 7 308 12 HOH HOH . 
K 4 HOH B 8 309 13 HOH HOH . 
K 4 HOH B 9 310 14 HOH HOH . 
K 4 HOH B 10 311 16 HOH HOH . 
K 4 HOH B 11 312 17 HOH HOH . 
K 4 HOH B 12 313 18 HOH HOH . 
K 4 HOH B 13 314 19 HOH HOH . 
K 4 HOH B 14 315 21 HOH HOH . 
K 4 HOH B 15 316 22 HOH HOH . 
K 4 HOH B 16 317 23 HOH HOH . 
K 4 HOH B 17 318 24 HOH HOH . 
K 4 HOH B 18 319 25 HOH HOH . 
K 4 HOH B 19 320 26 HOH HOH . 
K 4 HOH B 20 321 29 HOH HOH . 
K 4 HOH B 21 322 30 HOH HOH . 
K 4 HOH B 22 323 31 HOH HOH . 
K 4 HOH B 23 324 32 HOH HOH . 
K 4 HOH B 24 325 33 HOH HOH . 
K 4 HOH B 25 326 36 HOH HOH . 
K 4 HOH B 26 327 37 HOH HOH . 
K 4 HOH B 27 328 38 HOH HOH . 
K 4 HOH B 28 329 40 HOH HOH . 
K 4 HOH B 29 330 41 HOH HOH . 
K 4 HOH B 30 331 42 HOH HOH . 
K 4 HOH B 31 332 43 HOH HOH . 
K 4 HOH B 32 333 44 HOH HOH . 
K 4 HOH B 33 334 46 HOH HOH . 
K 4 HOH B 34 335 48 HOH HOH . 
K 4 HOH B 35 336 49 HOH HOH . 
K 4 HOH B 36 337 18 HOH HOH . 
K 4 HOH B 37 338 36 HOH HOH . 
K 4 HOH B 38 339 41 HOH HOH . 
K 4 HOH B 39 340 48 HOH HOH . 
K 4 HOH B 40 341 51 HOH HOH . 
K 4 HOH B 41 342 53 HOH HOH . 
K 4 HOH B 42 343 63 HOH HOH . 
K 4 HOH B 43 344 64 HOH HOH . 
K 4 HOH B 44 345 66 HOH HOH . 
K 4 HOH B 45 346 70 HOH HOH . 
K 4 HOH B 46 347 77 HOH HOH . 
K 4 HOH B 47 348 90 HOH HOH . 
K 4 HOH B 48 349 92 HOH HOH . 
K 4 HOH B 49 350 93 HOH HOH . 
K 4 HOH B 50 351 96 HOH HOH . 
L 4 HOH C 1 303 1 HOH HOH . 
L 4 HOH C 2 304 3 HOH HOH . 
L 4 HOH C 3 305 5 HOH HOH . 
L 4 HOH C 4 306 6 HOH HOH . 
L 4 HOH C 5 307 9 HOH HOH . 
L 4 HOH C 6 308 10 HOH HOH . 
L 4 HOH C 7 309 12 HOH HOH . 
L 4 HOH C 8 310 14 HOH HOH . 
L 4 HOH C 9 311 15 HOH HOH . 
L 4 HOH C 10 312 16 HOH HOH . 
L 4 HOH C 11 313 17 HOH HOH . 
L 4 HOH C 12 314 18 HOH HOH . 
L 4 HOH C 13 315 19 HOH HOH . 
L 4 HOH C 14 316 20 HOH HOH . 
L 4 HOH C 15 317 21 HOH HOH . 
L 4 HOH C 16 318 22 HOH HOH . 
L 4 HOH C 17 319 23 HOH HOH . 
L 4 HOH C 18 320 24 HOH HOH . 
L 4 HOH C 19 321 25 HOH HOH . 
L 4 HOH C 20 322 27 HOH HOH . 
L 4 HOH C 21 323 28 HOH HOH . 
L 4 HOH C 22 324 29 HOH HOH . 
L 4 HOH C 23 325 30 HOH HOH . 
L 4 HOH C 24 326 31 HOH HOH . 
L 4 HOH C 25 327 32 HOH HOH . 
L 4 HOH C 26 328 33 HOH HOH . 
L 4 HOH C 27 329 35 HOH HOH . 
L 4 HOH C 28 330 36 HOH HOH . 
L 4 HOH C 29 331 38 HOH HOH . 
L 4 HOH C 30 332 39 HOH HOH . 
L 4 HOH C 31 333 42 HOH HOH . 
L 4 HOH C 32 334 43 HOH HOH . 
L 4 HOH C 33 335 44 HOH HOH . 
L 4 HOH C 34 336 45 HOH HOH . 
L 4 HOH C 35 337 46 HOH HOH . 
L 4 HOH C 36 338 47 HOH HOH . 
L 4 HOH C 37 339 48 HOH HOH . 
L 4 HOH C 38 340 50 HOH HOH . 
L 4 HOH C 39 341 15 HOH HOH . 
L 4 HOH C 40 342 35 HOH HOH . 
L 4 HOH C 41 343 40 HOH HOH . 
L 4 HOH C 42 344 42 HOH HOH . 
L 4 HOH C 43 345 43 HOH HOH . 
L 4 HOH C 44 346 47 HOH HOH . 
L 4 HOH C 45 347 71 HOH HOH . 
L 4 HOH C 46 348 74 HOH HOH . 
L 4 HOH C 47 349 76 HOH HOH . 
L 4 HOH C 48 350 78 HOH HOH . 
L 4 HOH C 49 351 82 HOH HOH . 
L 4 HOH C 50 352 87 HOH HOH . 
L 4 HOH C 51 353 89 HOH HOH . 
L 4 HOH C 52 354 91 HOH HOH . 
L 4 HOH C 53 355 97 HOH HOH . 
M 4 HOH D 1 401 1 HOH HOH . 
M 4 HOH D 2 402 2 HOH HOH . 
M 4 HOH D 3 403 3 HOH HOH . 
M 4 HOH D 4 404 4 HOH HOH . 
M 4 HOH D 5 405 5 HOH HOH . 
M 4 HOH D 6 406 6 HOH HOH . 
M 4 HOH D 7 407 7 HOH HOH . 
M 4 HOH D 8 408 8 HOH HOH . 
M 4 HOH D 9 409 9 HOH HOH . 
M 4 HOH D 10 410 10 HOH HOH . 
M 4 HOH D 11 411 11 HOH HOH . 
M 4 HOH D 12 412 12 HOH HOH . 
M 4 HOH D 13 413 13 HOH HOH . 
M 4 HOH D 14 414 14 HOH HOH . 
M 4 HOH D 15 415 15 HOH HOH . 
M 4 HOH D 16 416 16 HOH HOH . 
M 4 HOH D 17 417 17 HOH HOH . 
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