data_1ZNE # _model_server_result.job_id AfjIOYeDM3Eaqb4UEp4Qag _model_server_result.datetime_utc '2025-01-10 12:25:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1zne # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":199}' # _entry.id 1ZNE # _exptl.entry_id 1ZNE _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 112.411 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CADMIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 1ZNE _cell.length_a 53.228 _cell.length_b 53.228 _cell.length_c 137.06 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1ZNE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 B N N ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 76 A CYS 64 1_555 A SG CYS 169 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 25 A GLU 13 1_555 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 30 A GLU 18 5_645 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 110 A ASP 98 1_555 F CD CD . A CD 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? metalc ? metalc6 A ND1 HIS 116 A HIS 104 1_555 D CD CD . A CD 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 122 A ASP 110 8_675 C CD CD . A CD 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 151 A GLU 139 1_555 B CD CD . A CD 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc10 A NE2 HIS 153 A HIS 141 1_555 E CD CD . A CD 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc11 E CD CD . A CD 198 1_555 H O HOH . A HOH 212 8_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? metalc ? metalc12 E CD CD . A CD 198 1_555 H O HOH . A HOH 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc13 E CD CD . A CD 198 1_555 H O HOH . A HOH 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc14 D CD CD . A CD 199 1_555 H O HOH . A HOH 212 8_665 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc15 D CD CD . A CD 199 1_555 H O HOH . A HOH 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc16 D CD CD . A CD 199 1_555 H O HOH . A HOH 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc17 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc18 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc19 B CD CD . A CD 200 1_555 H O HOH . A HOH 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? metalc ? metalc20 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 208 5_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc21 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 322 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc22 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 323 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.858 ? metalc ? metalc23 C CD CD . A CD 201 1_555 H O HOH . A HOH 324 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc24 F CD CD . A CD 202 1_555 H O HOH . A HOH 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc25 F CD CD . A CD 202 1_555 H O HOH . A HOH 448 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? # _chem_comp.formula 'Cd 2' _chem_comp.formula_weight 112.411 _chem_comp.id CD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CADMIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1ZNE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018787 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018787 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007296 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 CD A 1 200 200 CD CD . C 2 CD A 1 201 201 CD CD . D 2 CD A 1 199 199 CD CD . E 2 CD A 1 198 198 CD CD . F 2 CD A 1 202 202 CD CD . G 3 HE2 A 1 500 500 HE2 HEX . H 4 HOH A 1 204 204 HOH WAT . H 4 HOH A 2 205 205 HOH WAT . H 4 HOH A 3 208 208 HOH WAT . H 4 HOH A 4 209 209 HOH WAT . H 4 HOH A 5 210 210 HOH WAT . H 4 HOH A 6 211 211 HOH WAT . H 4 HOH A 7 212 212 HOH WAT . H 4 HOH A 8 213 213 HOH WAT . H 4 HOH A 9 214 214 HOH WAT . H 4 HOH A 10 216 216 HOH WAT . H 4 HOH A 11 217 217 HOH WAT . H 4 HOH A 12 218 218 HOH WAT . H 4 HOH A 13 219 219 HOH WAT . H 4 HOH A 14 220 220 HOH WAT . H 4 HOH A 15 221 221 HOH WAT . H 4 HOH A 16 222 222 HOH WAT . H 4 HOH A 17 223 223 HOH WAT . H 4 HOH A 18 224 224 HOH WAT . H 4 HOH A 19 225 225 HOH WAT . H 4 HOH A 20 226 226 HOH WAT . H 4 HOH A 21 228 228 HOH WAT . H 4 HOH A 22 229 229 HOH WAT . H 4 HOH A 23 230 230 HOH WAT . H 4 HOH A 24 231 231 HOH WAT . H 4 HOH A 25 232 232 HOH WAT . H 4 HOH A 26 233 233 HOH WAT . H 4 HOH A 27 235 235 HOH WAT . H 4 HOH A 28 236 236 HOH WAT . H 4 HOH A 29 237 237 HOH WAT . H 4 HOH A 30 238 238 HOH WAT . H 4 HOH A 31 239 239 HOH WAT . H 4 HOH A 32 240 240 HOH WAT . H 4 HOH A 33 241 241 HOH WAT . H 4 HOH A 34 242 242 HOH WAT . H 4 HOH A 35 243 243 HOH WAT . H 4 HOH A 36 244 244 HOH WAT . H 4 HOH A 37 245 245 HOH WAT . H 4 HOH A 38 246 246 HOH WAT . H 4 HOH A 39 247 247 HOH WAT . H 4 HOH A 40 248 248 HOH WAT . H 4 HOH A 41 249 249 HOH WAT . H 4 HOH A 42 250 250 HOH WAT . H 4 HOH A 43 251 251 HOH WAT . H 4 HOH A 44 252 252 HOH WAT . H 4 HOH A 45 254 254 HOH WAT . H 4 HOH A 46 255 255 HOH WAT . H 4 HOH A 47 256 256 HOH WAT . H 4 HOH A 48 257 257 HOH WAT . H 4 HOH A 49 258 258 HOH WAT . H 4 HOH A 50 259 259 HOH WAT . H 4 HOH A 51 260 260 HOH WAT . H 4 HOH A 52 261 261 HOH WAT . H 4 HOH A 53 262 262 HOH WAT . H 4 HOH A 54 263 263 HOH WAT . H 4 HOH A 55 264 264 HOH WAT . H 4 HOH A 56 265 265 HOH WAT . H 4 HOH A 57 266 266 HOH WAT . H 4 HOH A 58 267 267 HOH WAT . H 4 HOH A 59 268 268 HOH WAT . H 4 HOH A 60 269 269 HOH WAT . H 4 HOH A 61 270 270 HOH WAT . H 4 HOH A 62 271 271 HOH WAT . H 4 HOH A 63 272 272 HOH WAT . H 4 HOH A 64 273 273 HOH WAT . H 4 HOH A 65 274 274 HOH WAT . H 4 HOH A 66 275 275 HOH WAT . H 4 HOH A 67 276 276 HOH WAT . H 4 HOH A 68 277 277 HOH WAT . H 4 HOH A 69 278 278 HOH WAT . H 4 HOH A 70 280 280 HOH WAT . H 4 HOH A 71 281 281 HOH WAT . H 4 HOH A 72 283 283 HOH WAT . H 4 HOH A 73 284 284 HOH WAT . H 4 HOH A 74 285 285 HOH WAT . H 4 HOH A 75 286 286 HOH WAT . H 4 HOH A 76 287 287 HOH WAT . H 4 HOH A 77 288 288 HOH WAT . H 4 HOH A 78 289 289 HOH WAT . H 4 HOH A 79 290 290 HOH WAT . H 4 HOH A 80 291 291 HOH WAT . H 4 HOH A 81 292 292 HOH WAT . H 4 HOH A 82 293 293 HOH WAT . H 4 HOH A 83 294 294 HOH WAT . H 4 HOH A 84 295 295 HOH WAT . H 4 HOH A 85 296 296 HOH WAT . H 4 HOH A 86 297 297 HOH WAT . H 4 HOH A 87 299 299 HOH WAT . H 4 HOH A 88 300 300 HOH WAT . H 4 HOH A 89 301 301 HOH WAT . H 4 HOH A 90 302 302 HOH WAT . H 4 HOH A 91 303 303 HOH WAT . H 4 HOH A 92 304 304 HOH WAT . H 4 HOH A 93 305 305 HOH WAT . H 4 HOH A 94 306 306 HOH WAT . H 4 HOH A 95 307 307 HOH WAT . H 4 HOH A 96 308 308 HOH WAT . H 4 HOH A 97 309 309 HOH WAT . H 4 HOH A 98 310 310 HOH WAT . H 4 HOH A 99 311 311 HOH WAT . H 4 HOH A 100 312 312 HOH WAT . H 4 HOH A 101 313 313 HOH WAT . H 4 HOH A 102 314 314 HOH WAT . H 4 HOH A 103 315 315 HOH WAT . H 4 HOH A 104 316 316 HOH WAT . H 4 HOH A 105 317 317 HOH WAT . H 4 HOH A 106 318 318 HOH WAT . H 4 HOH A 107 319 319 HOH WAT . H 4 HOH A 108 320 320 HOH WAT . H 4 HOH A 109 321 321 HOH WAT . H 4 HOH A 110 322 322 HOH WAT . H 4 HOH A 111 323 323 HOH WAT . H 4 HOH A 112 324 324 HOH WAT . H 4 HOH A 113 325 325 HOH WAT . H 4 HOH A 114 326 326 HOH WAT . H 4 HOH A 115 412 412 HOH WAT . H 4 HOH A 116 413 413 HOH WAT . H 4 HOH A 117 414 414 HOH WAT . H 4 HOH A 118 415 415 HOH WAT . H 4 HOH A 119 416 416 HOH WAT . H 4 HOH A 120 417 417 HOH WAT . H 4 HOH A 121 418 418 HOH WAT . H 4 HOH A 122 419 419 HOH WAT . H 4 HOH A 123 420 420 HOH WAT . H 4 HOH A 124 421 421 HOH WAT . H 4 HOH A 125 422 422 HOH WAT . H 4 HOH A 126 423 423 HOH WAT . H 4 HOH A 127 424 424 HOH WAT . H 4 HOH A 128 425 425 HOH WAT . H 4 HOH A 129 426 426 HOH WAT . H 4 HOH A 130 427 427 HOH WAT . H 4 HOH A 131 428 428 HOH WAT . H 4 HOH A 132 429 429 HOH WAT . H 4 HOH A 133 430 430 HOH WAT . H 4 HOH A 134 431 431 HOH WAT . H 4 HOH A 135 432 432 HOH WAT . H 4 HOH A 136 433 433 HOH WAT . H 4 HOH A 137 434 434 HOH WAT . H 4 HOH A 138 435 435 HOH WAT . H 4 HOH A 139 436 436 HOH WAT . H 4 HOH A 140 437 437 HOH WAT . H 4 HOH A 141 438 438 HOH WAT . H 4 HOH A 142 439 439 HOH WAT . H 4 HOH A 143 440 440 HOH WAT . H 4 HOH A 144 441 441 HOH WAT . H 4 HOH A 145 442 442 HOH WAT . H 4 HOH A 146 443 443 HOH WAT . H 4 HOH A 147 444 444 HOH WAT . H 4 HOH A 148 445 445 HOH WAT . H 4 HOH A 149 446 446 HOH WAT . H 4 HOH A 150 447 447 HOH WAT . H 4 HOH A 151 448 448 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CD _atom_site.label_atom_id CD _atom_site.label_comp_id CD _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 39.845 _atom_site.Cartn_y 19.712 _atom_site.Cartn_z 33.979 _atom_site.occupancy 0.5 _atom_site.B_iso_or_equiv 31.25 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CD _atom_site.auth_comp_id CD _atom_site.auth_seq_id 199 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 326 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #