data_1ZV8 # _model_server_result.job_id J619Ens5Hou587echSpPBg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 08:42:52' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 1zv8 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":207}' # _entry.id 1ZV8 # _exptl.entry_id 1ZV8 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 81.26 _cell.angle_beta 87.08 _cell.angle_gamma 84.1 _cell.entry_id 1ZV8 _cell.length_a 31.054 _cell.length_b 55.565 _cell.length_c 71.678 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 1ZV8 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,M,N,W,X,Y,Z,AA,BA 1 1 G,H,I,J,K,L,O,P,Q,R,S,T,U,V,CA,DA,EA,FA,GA,HA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 M N N ? 3 N N N ? 3 Q N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLU 18 A GLU 18 1_555 M NA NA . A NA 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 18 A GLU 18 1_555 M NA NA . A NA 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.854 ? metalc ? metalc3 M NA NA . A NA 209 1_555 W O HOH . A HOH 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc4 M NA NA . A NA 209 1_555 J OD2 ASP 32 J ASP 32 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc5 B OE1 GLU 21 B GLU 21 1_555 N NA NA . B NA 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc6 B OE2 GLU 21 B GLU 21 1_555 N NA NA . B NA 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc7 N NA NA . B NA 206 1_555 F OE1 GLU 28 F GLU 28 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc8 N NA NA . B NA 206 1_555 EA O HOH . I HOH 64 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? metalc ? metalc9 D OE1 GLU 21 D GLU 21 1_564 P ZN ZN . G ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc10 AA O HOH . E HOH 59 1_555 U NA NA . J NA 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc11 F OE1 GLU 21 F GLU 21 1_555 U NA NA . J NA 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc12 G OD1 ASP 32 G ASP 32 1_555 Q NA NA . G NA 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc13 G O SER 50 G SER 50 1_555 P ZN ZN . G ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc14 O O1 CAC . G CAC 201 1_555 P ZN ZN . G ZN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.738 ? metalc ? metalc15 O O2 CAC . G CAC 201 1_555 S ZN ZN . H ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.787 ? metalc ? metalc16 P ZN ZN . G ZN 204 1_555 L OE1 GLU 35 L GLU 35 1_654 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc17 Q NA NA . G NA 208 1_555 CA O HOH . G HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc18 Q NA NA . G NA 208 1_555 CA O HOH . G HOH 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc19 H OD2 ASP 32 H ASP 32 1_555 T NA NA . H NA 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc20 R O ACT . H ACT 202 1_555 S ZN ZN . H ZN 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc21 S ZN ZN . H ZN 203 1_555 DA O HOH . H HOH 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.833 ? metalc ? metalc22 S ZN ZN . H ZN 203 1_555 DA O HOH . H HOH 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc23 T NA NA . H NA 210 1_555 DA O HOH . H HOH 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.53 ? metalc ? metalc24 T NA NA . H NA 210 1_555 DA O HOH . H HOH 226 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc25 T NA NA . H NA 210 1_555 DA O HOH . H HOH 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? metalc ? metalc26 J OE2 GLU 28 J GLU 28 1_555 U NA NA . J NA 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.779 ? metalc ? metalc27 U NA NA . J NA 207 1_555 FA O HOH . J HOH 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc28 K OD1 ASP 32 K ASP 32 1_555 V NA NA . K NA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? metalc ? metalc29 V NA NA . K NA 205 1_555 GA O HOH . K HOH 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc30 V NA NA . K NA 205 1_555 GA O HOH . K HOH 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.745 ? metalc ? metalc31 V NA NA . K NA 205 1_555 GA O HOH . K HOH 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 1ZV8 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.032202 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.003328 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.001164 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018093 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] -0.002702 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014124 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 3 NA A 1 209 209 NA NA . N 3 NA B 1 206 206 NA NA . O 4 CAC G 1 201 201 CAC CAC . P 5 ZN G 1 204 204 ZN ZN . Q 3 NA G 1 208 208 NA NA . R 6 ACT H 1 202 202 ACT ACT . S 5 ZN H 1 203 203 ZN ZN . T 3 NA H 1 210 210 NA NA . U 3 NA J 1 207 207 NA NA . V 3 NA K 1 205 205 NA NA . W 7 HOH A 1 210 11 HOH WAT . W 7 HOH A 2 211 30 HOH WAT . W 7 HOH A 3 212 39 HOH WAT . W 7 HOH A 4 213 56 HOH WAT . W 7 HOH A 5 214 62 HOH WAT . W 7 HOH A 6 215 73 HOH WAT . W 7 HOH A 7 216 82 HOH WAT . W 7 HOH A 8 217 114 HOH WAT . W 7 HOH A 9 218 122 HOH WAT . W 7 HOH A 10 219 131 HOH WAT . W 7 HOH A 11 220 169 HOH WAT . X 7 HOH B 1 207 20 HOH WAT . X 7 HOH B 2 208 24 HOH WAT . X 7 HOH B 3 209 78 HOH WAT . X 7 HOH B 4 210 85 HOH WAT . X 7 HOH B 5 211 89 HOH WAT . X 7 HOH B 6 212 95 HOH WAT . X 7 HOH B 7 213 97 HOH WAT . X 7 HOH B 8 214 110 HOH WAT . X 7 HOH B 9 215 113 HOH WAT . X 7 HOH B 10 216 133 HOH WAT . X 7 HOH B 11 217 138 HOH WAT . X 7 HOH B 12 218 145 HOH WAT . X 7 HOH B 13 219 167 HOH WAT . X 7 HOH B 14 220 170 HOH WAT . Y 7 HOH C 1 51 6 HOH WAT . Y 7 HOH C 2 52 8 HOH WAT . Y 7 HOH C 3 53 10 HOH WAT . Y 7 HOH C 4 54 25 HOH WAT . Y 7 HOH C 5 55 31 HOH WAT . Y 7 HOH C 6 56 74 HOH WAT . Y 7 HOH C 7 57 80 HOH WAT . Y 7 HOH C 8 58 88 HOH WAT . Y 7 HOH C 9 59 101 HOH WAT . Y 7 HOH C 10 60 129 HOH WAT . Y 7 HOH C 11 61 132 HOH WAT . Y 7 HOH C 12 62 135 HOH WAT . Y 7 HOH C 13 63 139 HOH WAT . Y 7 HOH C 14 64 142 HOH WAT . Z 7 HOH D 1 37 33 HOH WAT . Z 7 HOH D 2 38 38 HOH WAT . Z 7 HOH D 3 39 43 HOH WAT . Z 7 HOH D 4 40 48 HOH WAT . Z 7 HOH D 5 41 58 HOH WAT . Z 7 HOH D 6 42 99 HOH WAT . Z 7 HOH D 7 43 115 HOH WAT . AA 7 HOH E 1 51 45 HOH WAT . AA 7 HOH E 2 52 55 HOH WAT . AA 7 HOH E 3 53 59 HOH WAT . AA 7 HOH E 4 54 68 HOH WAT . AA 7 HOH E 5 55 81 HOH WAT . AA 7 HOH E 6 56 86 HOH WAT . AA 7 HOH E 7 57 109 HOH WAT . AA 7 HOH E 8 58 117 HOH WAT . AA 7 HOH E 9 59 121 HOH WAT . AA 7 HOH E 10 60 124 HOH WAT . AA 7 HOH E 11 61 134 HOH WAT . AA 7 HOH E 12 62 143 HOH WAT . AA 7 HOH E 13 63 154 HOH WAT . BA 7 HOH F 1 37 15 HOH WAT . BA 7 HOH F 2 38 16 HOH WAT . BA 7 HOH F 3 39 22 HOH WAT . BA 7 HOH F 4 40 26 HOH WAT . BA 7 HOH F 5 41 37 HOH WAT . BA 7 HOH F 6 42 40 HOH WAT . BA 7 HOH F 7 43 64 HOH WAT . BA 7 HOH F 8 44 79 HOH WAT . BA 7 HOH F 9 45 119 HOH WAT . BA 7 HOH F 10 46 123 HOH WAT . BA 7 HOH F 11 47 128 HOH WAT . BA 7 HOH F 12 48 165 HOH WAT . CA 7 HOH G 1 209 5 HOH WAT . CA 7 HOH G 2 210 13 HOH WAT . CA 7 HOH G 3 211 44 HOH WAT . CA 7 HOH G 4 212 49 HOH WAT . CA 7 HOH G 5 213 60 HOH WAT . CA 7 HOH G 6 214 61 HOH WAT . CA 7 HOH G 7 215 63 HOH WAT . CA 7 HOH G 8 216 66 HOH WAT . CA 7 HOH G 9 217 83 HOH WAT . CA 7 HOH G 10 218 93 HOH WAT . CA 7 HOH G 11 219 100 HOH WAT . CA 7 HOH G 12 220 102 HOH WAT . CA 7 HOH G 13 221 105 HOH WAT . CA 7 HOH G 14 222 108 HOH WAT . CA 7 HOH G 15 223 111 HOH WAT . CA 7 HOH G 16 224 140 HOH WAT . CA 7 HOH G 17 225 155 HOH WAT . CA 7 HOH G 18 226 158 HOH WAT . CA 7 HOH G 19 227 161 HOH WAT . CA 7 HOH G 20 228 162 HOH WAT . CA 7 HOH G 21 229 171 HOH WAT . CA 7 HOH G 22 230 176 HOH WAT . DA 7 HOH H 1 211 1 HOH WAT . DA 7 HOH H 2 212 2 HOH WAT . DA 7 HOH H 3 213 23 HOH WAT . DA 7 HOH H 4 214 27 HOH WAT . DA 7 HOH H 5 215 36 HOH WAT . DA 7 HOH H 6 216 42 HOH WAT . DA 7 HOH H 7 217 52 HOH WAT . DA 7 HOH H 8 218 69 HOH WAT . DA 7 HOH H 9 219 71 HOH WAT . DA 7 HOH H 10 220 72 HOH WAT . DA 7 HOH H 11 221 76 HOH WAT . DA 7 HOH H 12 222 130 HOH WAT . DA 7 HOH H 13 223 136 HOH WAT . DA 7 HOH H 14 224 147 HOH WAT . DA 7 HOH H 15 225 152 HOH WAT . DA 7 HOH H 16 226 153 HOH WAT . DA 7 HOH H 17 227 156 HOH WAT . DA 7 HOH H 18 228 172 HOH WAT . DA 7 HOH H 19 229 173 HOH WAT . EA 7 HOH I 1 51 4 HOH WAT . EA 7 HOH I 2 52 18 HOH WAT . EA 7 HOH I 3 53 19 HOH WAT . EA 7 HOH I 4 54 28 HOH WAT . EA 7 HOH I 5 55 32 HOH WAT . EA 7 HOH I 6 56 53 HOH WAT . EA 7 HOH I 7 57 54 HOH WAT . EA 7 HOH I 8 58 75 HOH WAT . EA 7 HOH I 9 59 77 HOH WAT . EA 7 HOH I 10 60 84 HOH WAT . EA 7 HOH I 11 61 104 HOH WAT . EA 7 HOH I 12 62 106 HOH WAT . EA 7 HOH I 13 63 125 HOH WAT . EA 7 HOH I 14 64 150 HOH WAT . EA 7 HOH I 15 65 166 HOH WAT . FA 7 HOH J 1 208 9 HOH WAT . FA 7 HOH J 2 209 17 HOH WAT . FA 7 HOH J 3 210 29 HOH WAT . FA 7 HOH J 4 211 34 HOH WAT . FA 7 HOH J 5 212 35 HOH WAT . FA 7 HOH J 6 213 46 HOH WAT . FA 7 HOH J 7 214 57 HOH WAT . FA 7 HOH J 8 215 103 HOH WAT . FA 7 HOH J 9 216 107 HOH WAT . FA 7 HOH J 10 217 112 HOH WAT . FA 7 HOH J 11 218 116 HOH WAT . FA 7 HOH J 12 219 120 HOH WAT . FA 7 HOH J 13 220 137 HOH WAT . FA 7 HOH J 14 221 151 HOH WAT . FA 7 HOH J 15 222 159 HOH WAT . FA 7 HOH J 16 223 164 HOH WAT . FA 7 HOH J 17 224 168 HOH WAT . FA 7 HOH J 18 225 175 HOH WAT . GA 7 HOH K 1 206 3 HOH WAT . GA 7 HOH K 2 207 21 HOH WAT . GA 7 HOH K 3 208 41 HOH WAT . GA 7 HOH K 4 209 50 HOH WAT . GA 7 HOH K 5 210 51 HOH WAT . GA 7 HOH K 6 211 70 HOH WAT . GA 7 HOH K 7 212 87 HOH WAT . GA 7 HOH K 8 213 96 HOH WAT . GA 7 HOH K 9 214 98 HOH WAT . GA 7 HOH K 10 215 127 HOH WAT . GA 7 HOH K 11 216 141 HOH WAT . GA 7 HOH K 12 217 144 HOH WAT . GA 7 HOH K 13 218 148 HOH WAT . GA 7 HOH K 14 219 149 HOH WAT . GA 7 HOH K 15 220 157 HOH WAT . GA 7 HOH K 16 221 160 HOH WAT . GA 7 HOH K 17 222 163 HOH WAT . GA 7 HOH K 18 223 174 HOH WAT . HA 7 HOH L 1 37 7 HOH WAT . HA 7 HOH L 2 38 12 HOH WAT . HA 7 HOH L 3 39 14 HOH WAT . HA 7 HOH L 4 40 47 HOH WAT . HA 7 HOH L 5 41 65 HOH WAT . HA 7 HOH L 6 42 67 HOH WAT . HA 7 HOH L 7 43 90 HOH WAT . HA 7 HOH L 8 44 91 HOH WAT . HA 7 HOH L 9 45 92 HOH WAT . HA 7 HOH L 10 46 94 HOH WAT . HA 7 HOH L 11 47 118 HOH WAT . HA 7 HOH L 12 48 126 HOH WAT . HA 7 HOH L 13 49 146 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id U _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -9.133 _atom_site.Cartn_y -16.737 _atom_site.Cartn_z 22.906 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.51 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 207 _atom_site.auth_asym_id J _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 903 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #