data_2AFI # _model_server_result.job_id Jb9D8p_6fFFd0ABc9pfvOw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 14:20:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2afi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"ZA","auth_seq_id":8292}' # _entry.id 2AFI # _exptl.entry_id 2AFI _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 9 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 73.69 _cell.angle_beta 79.37 _cell.angle_gamma 76.58 _cell.entry_id 2AFI _cell.length_a 72.915 _cell.length_b 141.432 _cell.length_c 165.549 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2AFI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? octameric 8 author_defined_assembly 1 ? octameric 8 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,AB,BB 1 1 I,J,K,L,M,N,O,P,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,CB,DB 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 9 Z N N ? 9 CA N N ? 9 FA N N ? 9 HA N N ? 9 RA N N ? 9 UA N N ? 9 WA N N ? 9 ZA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 61 A CYS 62 1_555 U FE3 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 87 A CYS 88 1_555 U FE4 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 87 A CYS 88 1_555 U FE5 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 153 A CYS 154 1_555 U FE2 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 274 A CYS 275 1_555 R FE1 CFN . A CFN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc6 B SG CYS 69 B CYS 70 1_555 U FE7 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc7 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 U FE1 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc8 B SG CYS 94 B CYS 95 1_555 U FE8 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc9 B O ARG 107 B ARG 108 1_555 S CA CA . B CA 2492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc10 B OE2 GLU 108 B GLU 109 1_555 S CA CA . B CA 2492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 152 B CYS 153 1_555 U FE6 CLF . B CLF 1498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 352 B ASP 353 1_555 T CA CA . B CA 4492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.146 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 352 B ASP 353 1_555 T CA CA . B CA 4492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 356 B ASP 357 1_555 T CA CA . B CA 4492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.149 ? metalc ? metalc15 S CA CA . B CA 2492 1_555 AB O HOH . B HOH 9000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc16 S CA CA . B CA 2492 1_555 D OD2 ASP 352 D ASP 353 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc17 S CA CA . B CA 2492 1_555 D OD1 ASP 356 D ASP 357 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc18 S CA CA . B CA 2492 1_555 BB O HOH . D HOH 9001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc19 T CA CA . B CA 4492 1_555 AB O HOH . B HOH 9003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc20 T CA CA . B CA 4492 1_555 D O ARG 107 D ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc21 T CA CA . B CA 4492 1_555 D OE2 GLU 108 D GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc22 T CA CA . B CA 4492 1_555 BB O HOH . D HOH 9002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc23 C SG CYS 61 C CYS 62 1_555 X FE3 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc24 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 X FE4 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc25 C SG CYS 87 C CYS 88 1_555 X FE5 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc26 C SG CYS 153 C CYS 154 1_555 X FE2 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc27 C SG CYS 274 C CYS 275 1_555 W FE1 CFN . C CFN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? metalc ? metalc28 D SG CYS 69 D CYS 70 1_555 X FE7 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc29 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 X FE1 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc30 D SG CYS 94 D CYS 95 1_555 X FE8 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? metalc ? metalc31 D SG CYS 152 D CYS 153 1_555 X FE6 CLF . D CLF 3498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc32 E OG SER 16 E SER 16 1_555 Y MG MG . E MG 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.815 ? metalc ? metalc33 E OD2 ASP 39 E ASP 39 1_555 Y MG MG . E MG 1291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc34 E SG CYS 97 E CYS 97 1_555 BA FE1 SF4 . F SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc35 E SG CYS 132 E CYS 132 1_555 BA FE2 SF4 . F SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc36 F OG SER 16 F SER 16 1_555 AA MG MG . F MG 2291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc37 F SG CYS 97 F CYS 97 1_555 BA FE3 SF4 . F SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc38 F SG CYS 132 F CYS 132 1_555 BA FE4 SF4 . F SF4 1290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc39 AA MG MG . F MG 2291 1_555 CA O2B ADP . F ADP 2292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc40 AA MG MG . F MG 2291 1_555 CA O3B ADP . F ADP 2292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc41 G OD2 ASP 39 G ASP 39 1_555 DA MG MG . G MG 3291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc42 G SG CYS 97 G CYS 97 1_555 EA FE1 SF4 . G SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? metalc ? metalc43 G SG CYS 132 G CYS 132 1_555 EA FE2 SF4 . G SF4 3290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc44 EA FE3 SF4 . G SF4 3290 1_555 H SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc45 EA FE4 SF4 . G SF4 3290 1_555 H SG CYS 132 H CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc46 DA MG MG . G MG 3291 1_555 FA O2B ADP . G ADP 3292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc47 H OG SER 16 H SER 16 1_555 GA MG MG . H MG 4291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc48 H OD1 ASP 43 H ASP 43 1_555 GA MG MG . H MG 4291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc49 H OD2 ASP 43 H ASP 43 1_555 GA MG MG . H MG 4291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc50 I SG CYS 61 I CYS 62 1_555 LA FE3 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc51 I SG CYS 87 I CYS 88 1_555 LA FE4 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc52 I SG CYS 87 I CYS 88 1_555 LA FE5 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc53 I SG CYS 153 I CYS 154 1_555 LA FE2 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc54 I SG CYS 274 I CYS 275 1_555 JA FE1 CFN . I CFN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc55 J SG CYS 69 J CYS 70 1_555 LA FE7 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc56 J SG CYS 94 J CYS 95 1_555 LA FE1 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc57 J SG CYS 94 J CYS 95 1_555 LA FE8 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc58 J O ARG 107 J ARG 108 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc59 J OE2 GLU 108 J GLU 109 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc60 J SG CYS 152 J CYS 153 1_555 LA FE6 CLF . J CLF 5498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc61 J OD1 ASP 352 J ASP 353 1_555 KA CA CA . J CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.162 ? metalc ? metalc62 J OD2 ASP 352 J ASP 353 1_555 KA CA CA . J CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? metalc ? metalc63 J OD1 ASP 356 J ASP 357 1_555 KA CA CA . J CA 8492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc64 KA CA CA . J CA 8492 1_555 CB O HOH . J HOH 9007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc65 KA CA CA . J CA 8492 1_555 L O ARG 107 L ARG 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc66 KA CA CA . J CA 8492 1_555 L OE2 GLU 108 L GLU 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc67 KA CA CA . J CA 8492 1_555 DB O HOH . L HOH 9006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc68 CB O HOH . J HOH 9004 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc69 K SG CYS 61 K CYS 62 1_555 PA FE3 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc70 K SG CYS 87 K CYS 88 1_555 PA FE4 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc71 K SG CYS 87 K CYS 88 1_555 PA FE5 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc72 K SG CYS 153 K CYS 154 1_555 PA FE2 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc73 K SG CYS 274 K CYS 275 1_555 NA FE1 CFN . K CFN 496 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc74 L SG CYS 69 L CYS 70 1_555 PA FE7 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc75 L SG CYS 94 L CYS 95 1_555 PA FE1 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc76 L SG CYS 94 L CYS 95 1_555 PA FE8 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc77 L SG CYS 152 L CYS 153 1_555 PA FE6 CLF . L CLF 7498 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc78 L OD1 ASP 352 L ASP 353 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.196 ? metalc ? metalc79 L OD2 ASP 352 L ASP 353 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc80 L OD1 ASP 356 L ASP 357 1_555 OA CA CA . L CA 6492 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.092 ? metalc ? metalc81 OA CA CA . L CA 6492 1_555 DB O HOH . L HOH 9005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc82 M OG SER 16 M SER 16 1_555 QA MG MG . M MG 5291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc83 M OD2 ASP 43 M ASP 43 1_555 QA MG MG . M MG 5291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc84 M SG CYS 97 M CYS 97 1_555 TA FE1 SF4 . N SF4 5290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.247 ? metalc ? metalc85 M SG CYS 132 M CYS 132 1_555 TA FE2 SF4 . N SF4 5290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc86 QA MG MG . M MG 5291 1_555 RA O2B ADP . M ADP 5292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? metalc ? metalc87 N OD1 ASP 43 N ASP 43 1_555 SA MG MG . N MG 6291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc88 N OD2 ASP 43 N ASP 43 1_555 SA MG MG . N MG 6291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc89 N SG CYS 97 N CYS 97 1_555 TA FE3 SF4 . N SF4 5290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc90 N SG CYS 132 N CYS 132 1_555 TA FE4 SF4 . N SF4 5290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc91 SA MG MG . N MG 6291 1_555 UA O2B ADP . N ADP 6292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc92 O OG SER 16 O SER 16 1_555 VA MG MG . O MG 7291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc93 O SG CYS 97 O CYS 97 1_555 YA FE1 SF4 . P SF4 7290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? metalc ? metalc94 O SG CYS 132 O CYS 132 1_555 YA FE2 SF4 . P SF4 7290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc95 VA MG MG . O MG 7291 1_555 WA O1B ADP . O ADP 7292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? metalc ? metalc96 P OG SER 16 P SER 16 1_555 XA MG MG . P MG 8291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.939 ? metalc ? metalc97 P OD1 ASP 43 P ASP 43 1_555 XA MG MG . P MG 8291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc98 P OD2 ASP 43 P ASP 43 1_555 XA MG MG . P MG 8291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.691 ? metalc ? metalc99 P SG CYS 97 P CYS 97 1_555 YA FE3 SF4 . P SF4 7290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc100 P SG CYS 132 P CYS 132 1_555 YA FE4 SF4 . P SF4 7290 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc101 XA MG MG . P MG 8291 1_555 ZA O3B ADP . P ADP 8292 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B ADP doub 1 n n PB O2B ADP sing 2 n n PB O3B ADP sing 3 n n PB O3A ADP sing 4 n n O2B HOB2 ADP sing 5 n n O3B HOB3 ADP sing 6 n n PA O1A ADP doub 7 n n PA O2A ADP sing 8 n n PA O3A ADP sing 9 n n PA O5' ADP sing 10 n n O2A HOA2 ADP sing 11 n n O5' C5' ADP sing 12 n n C5' C4' ADP sing 13 n n C5' "H5'1" ADP sing 14 n n C5' "H5'2" ADP sing 15 n n C4' O4' ADP sing 16 n n C4' C3' ADP sing 17 n n C4' H4' ADP sing 18 n n O4' C1' ADP sing 19 n n C3' O3' ADP sing 20 n n C3' C2' ADP sing 21 n n C3' H3' ADP sing 22 n n O3' HO3' ADP sing 23 n n C2' O2' ADP sing 24 n n C2' C1' ADP sing 25 n n C2' H2' ADP sing 26 n n O2' HO2' ADP sing 27 n n C1' N9 ADP sing 28 n n C1' H1' ADP sing 29 n n N9 C8 ADP sing 30 n y N9 C4 ADP sing 31 n y C8 N7 ADP doub 32 n y C8 H8 ADP sing 33 n n N7 C5 ADP sing 34 n y C5 C6 ADP sing 35 n y C5 C4 ADP doub 36 n y C6 N6 ADP sing 37 n n C6 N1 ADP doub 38 n y N6 HN61 ADP sing 39 n n N6 HN62 ADP sing 40 n n N1 C2 ADP sing 41 n y C2 N3 ADP doub 42 n y C2 H2 ADP sing 43 n n N3 C4 ADP sing 44 n y # _atom_sites.entry_id 2AFI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013715 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.003272 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.001817 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007269 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] -0.001869 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006346 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 4 HCA A 1 494 494 HCA HCA . R 5 CFN A 1 496 496 CFN CFN . S 6 CA B 1 2492 2492 CA CA . T 6 CA B 1 4492 4492 CA CA . U 7 CLF B 1 1498 1498 CLF CLF . V 4 HCA C 1 494 494 HCA HCA . W 5 CFN C 1 496 496 CFN CFN . X 7 CLF D 1 3498 3498 CLF CLF . Y 8 MG E 1 1291 1291 MG MG . Z 9 ADP E 1 1292 1292 ADP ADP . AA 8 MG F 1 2291 2291 MG MG . BA 10 SF4 F 1 1290 1290 SF4 FS4 . CA 9 ADP F 1 2292 2292 ADP ADP . DA 8 MG G 1 3291 3291 MG MG . EA 10 SF4 G 1 3290 3290 SF4 FS4 . FA 9 ADP G 1 3292 3292 ADP ADP . GA 8 MG H 1 4291 4291 MG MG . HA 9 ADP H 1 4292 4292 ADP ADP . IA 4 HCA I 1 494 494 HCA HCA . JA 5 CFN I 1 496 496 CFN CFN . KA 6 CA J 1 8492 8492 CA CA . LA 7 CLF J 1 5498 5498 CLF CLF . MA 4 HCA K 1 494 494 HCA HCA . NA 5 CFN K 1 496 496 CFN CFN . OA 6 CA L 1 6492 6492 CA CA . PA 7 CLF L 1 7498 7498 CLF CLF . QA 8 MG M 1 5291 5291 MG MG . RA 9 ADP M 1 5292 5292 ADP ADP . SA 8 MG N 1 6291 6291 MG MG . TA 10 SF4 N 1 5290 5290 SF4 FS4 . UA 9 ADP N 1 6292 6292 ADP ADP . VA 8 MG O 1 7291 7291 MG MG . WA 9 ADP O 1 7292 7292 ADP ADP . XA 8 MG P 1 8291 8291 MG MG . YA 10 SF4 P 1 7290 7290 SF4 FS4 . ZA 9 ADP P 1 8292 8292 ADP ADP . AB 11 HOH B 1 9000 9000 HOH HOH . AB 11 HOH B 2 9003 9003 HOH HOH . BB 11 HOH D 1 9001 9001 HOH HOH . BB 11 HOH D 2 9002 9002 HOH HOH . CB 11 HOH J 1 9004 9004 HOH HOH . CB 11 HOH J 2 9007 9007 HOH HOH . DB 11 HOH L 1 9005 9005 HOH HOH . DB 11 HOH L 2 9006 9006 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . ZA 9 -28.438 100.517 -107.251 1 114.85 ? PB ADP 8292 P 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . ZA 9 -29.181 101.635 -106.674 1 114.09 ? O1B ADP 8292 P 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . ZA 9 -29.165 99.811 -108.36 1 114.31 ? O2B ADP 8292 P 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . ZA 9 -27.814 99.575 -106.154 1 114.29 ? O3B ADP 8292 P 1 HETATM 5 P PA ADP . . . ZA 9 -27.086 102.238 -109.232 1 115.77 ? PA ADP 8292 P 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . ZA 9 -26.945 101.418 -110.504 1 116.63 ? O1A ADP 8292 P 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . ZA 9 -25.951 103.199 -108.992 1 115.97 ? O2A ADP 8292 P 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . ZA 9 -27.221 101.267 -107.968 1 115.62 ? O3A ADP 8292 P 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . ZA 9 -28.502 102.941 -109.447 1 117.39 ? O5' ADP 8292 P 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . ZA 9 -28.562 104.364 -109.88 1 120.22 ? C5' ADP 8292 P 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . ZA 9 -28.687 104.633 -111.409 1 122.04 ? C4' ADP 8292 P 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . ZA 9 -28.621 106.078 -111.696 1 123.22 ? O4' ADP 8292 P 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . ZA 9 -27.607 104.063 -112.347 1 122.5 ? C3' ADP 8292 P 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . ZA 9 -28.233 103.743 -113.609 1 122.66 ? O3' ADP 8292 P 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . ZA 9 -26.563 105.188 -112.376 1 123.85 ? C2' ADP 8292 P 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . ZA 9 -25.722 105.194 -113.537 1 124.04 ? O2' ADP 8292 P 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . ZA 9 -27.38 106.48 -112.309 1 124.87 ? C1' ADP 8292 P 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . ZA 9 -26.645 107.556 -111.497 1 126.25 ? N9 ADP 8292 P 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . ZA 9 -26.325 107.529 -110.17 1 126.05 ? C8 ADP 8292 P 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . ZA 9 -25.67 108.621 -109.753 1 126.61 ? N7 ADP 8292 P 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . ZA 9 -25.562 109.38 -110.851 1 126.7 ? C5 ADP 8292 P 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . ZA 9 -24.954 110.673 -111.053 1 126.1 ? C6 ADP 8292 P 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . ZA 9 -24.364 111.387 -110.175 1 124.16 ? N6 ADP 8292 P 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . ZA 9 -25.053 111.13 -112.353 1 126.9 ? N1 ADP 8292 P 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . ZA 9 -25.676 110.424 -113.382 1 128.12 ? C2 ADP 8292 P 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . ZA 9 -26.235 109.239 -113.218 1 127.88 ? N3 ADP 8292 P 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . ZA 9 -26.16 108.754 -111.959 1 127.21 ? C4 ADP 8292 P 1 # _model_server_stats.io_time_ms 23 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 123 _model_server_stats.query_time_ms 231 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 27 #