data_2AM1 # _model_server_result.job_id tCXNRZrDtS2T3OCtublEqA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 14:08:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2am1 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":501}' # _entry.id 2AM1 # _exptl.entry_id 2AM1 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 2AM1 _cell.length_a 116.271 _cell.length_b 116.271 _cell.length_c 161.389 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2AM1 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MSE 1 A MSE 1 1_555 A N LYS 2 A LYS 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale2 A C ASP 116 A ASP 116 1_555 A N MSE 117 A MSE 117 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale3 A C MSE 117 A MSE 117 1_555 A N LEU 118 A LEU 118 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale4 A C HIS 147 A HIS 147 1_555 A N MSE 148 A MSE 148 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale5 A C MSE 148 A MSE 148 1_555 A N PRO 149 A PRO 149 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale6 A C GLU 158 A GLU 158 1_555 A N MSE 159 A MSE 159 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale7 A C MSE 159 A MSE 159 1_555 A N GLY 160 A GLY 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale8 A C LYS 202 A LYS 202 1_555 A N MSE 203 A MSE 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale9 A C MSE 203 A MSE 203 1_555 A N GLN 204 A GLN 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale10 A C GLY 208 A GLY 208 1_555 A N MSE 209 A MSE 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale11 A C MSE 209 A MSE 209 1_555 A N ALA 210 A ALA 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 A C ALA 278 A ALA 278 1_555 A N MSE 279 A MSE 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale13 A C MSE 279 A MSE 279 1_555 A N ILE 280 A ILE 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale14 A C ALA 331 A ALA 331 1_555 A N MSE 332 A MSE 332 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale15 A C MSE 332 A MSE 332 1_555 A N LYS 333 A LYS 333 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale16 A C ASP 356 A ASP 356 1_555 A N MSE 357 A MSE 357 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale17 A C MSE 357 A MSE 357 1_555 A N LYS 358 A LYS 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale18 A C GLN 370 A GLN 370 1_555 A N MSE 371 A MSE 371 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 A C MSE 371 A MSE 371 1_555 A N ILE 372 A ILE 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale20 A C GLN 399 A GLN 399 1_555 A N MSE 400 A MSE 400 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale21 A C MSE 400 A MSE 400 1_555 A N PHE 401 A PHE 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale22 A C SER 442 A SER 442 1_555 A N MSE 443 A MSE 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale23 A C MSE 443 A MSE 443 1_555 A N ASN 444 A ASN 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 169 n n C1 C2 GOL sing 170 n n C1 H11 GOL sing 171 n n C1 H12 GOL sing 172 n n O1 HO1 GOL sing 173 n n C2 O2 GOL sing 174 n n C2 C3 GOL sing 175 n n C2 H2 GOL sing 176 n n O2 HO2 GOL sing 177 n n C3 O3 GOL sing 178 n n C3 H31 GOL sing 179 n n C3 H32 GOL sing 180 n n O3 HO3 GOL sing 181 n n # _atom_sites.entry_id 2AM1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008601 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004966 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009931 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006196 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 1LG A 1 1000 1000 1LG 1LG . C 3 GOL A 1 501 501 GOL GOL . D 4 HOH A 1 1001 7 HOH WAT . D 4 HOH A 2 1002 8 HOH WAT . D 4 HOH A 3 1003 10 HOH WAT . D 4 HOH A 4 1004 11 HOH WAT . D 4 HOH A 5 1005 18 HOH WAT . D 4 HOH A 6 1006 20 HOH WAT . D 4 HOH A 7 1007 21 HOH WAT . D 4 HOH A 8 1008 23 HOH WAT . D 4 HOH A 9 1009 24 HOH WAT . D 4 HOH A 10 1010 26 HOH WAT . D 4 HOH A 11 1011 31 HOH WAT . D 4 HOH A 12 1012 34 HOH WAT . D 4 HOH A 13 1013 36 HOH WAT . D 4 HOH A 14 1014 41 HOH WAT . D 4 HOH A 15 1015 43 HOH WAT . D 4 HOH A 16 1016 44 HOH WAT . D 4 HOH A 17 1017 45 HOH WAT . D 4 HOH A 18 1018 47 HOH WAT . D 4 HOH A 19 1019 49 HOH WAT . D 4 HOH A 20 1020 50 HOH WAT . D 4 HOH A 21 1021 51 HOH WAT . D 4 HOH A 22 1022 55 HOH WAT . D 4 HOH A 23 1023 56 HOH WAT . D 4 HOH A 24 1024 60 HOH WAT . D 4 HOH A 25 1025 64 HOH WAT . D 4 HOH A 26 1026 67 HOH WAT . D 4 HOH A 27 1027 68 HOH WAT . D 4 HOH A 28 1028 72 HOH WAT . D 4 HOH A 29 1029 73 HOH WAT . D 4 HOH A 30 1030 74 HOH WAT . D 4 HOH A 31 1031 75 HOH WAT . D 4 HOH A 32 1032 76 HOH WAT . D 4 HOH A 33 1033 79 HOH WAT . D 4 HOH A 34 1034 81 HOH WAT . D 4 HOH A 35 1035 82 HOH WAT . D 4 HOH A 36 1036 83 HOH WAT . D 4 HOH A 37 1037 90 HOH WAT . D 4 HOH A 38 1038 91 HOH WAT . D 4 HOH A 39 1039 97 HOH WAT . D 4 HOH A 40 1040 99 HOH WAT . D 4 HOH A 41 1041 100 HOH WAT . D 4 HOH A 42 1042 103 HOH WAT . D 4 HOH A 43 1043 106 HOH WAT . D 4 HOH A 44 1044 107 HOH WAT . D 4 HOH A 45 1045 109 HOH WAT . D 4 HOH A 46 1046 113 HOH WAT . D 4 HOH A 47 1047 114 HOH WAT . D 4 HOH A 48 1048 118 HOH WAT . D 4 HOH A 49 1049 119 HOH WAT . D 4 HOH A 50 1050 120 HOH WAT . D 4 HOH A 51 1051 122 HOH WAT . D 4 HOH A 52 1052 124 HOH WAT . D 4 HOH A 53 1053 125 HOH WAT . D 4 HOH A 54 1054 128 HOH WAT . D 4 HOH A 55 1055 130 HOH WAT . D 4 HOH A 56 1056 135 HOH WAT . D 4 HOH A 57 1057 138 HOH WAT . D 4 HOH A 58 1058 140 HOH WAT . D 4 HOH A 59 1059 143 HOH WAT . D 4 HOH A 60 1060 144 HOH WAT . D 4 HOH A 61 1061 145 HOH WAT . D 4 HOH A 62 1062 146 HOH WAT . D 4 HOH A 63 1063 147 HOH WAT . D 4 HOH A 64 1064 148 HOH WAT . D 4 HOH A 65 1065 149 HOH WAT . D 4 HOH A 66 1066 152 HOH WAT . D 4 HOH A 67 1067 160 HOH WAT . D 4 HOH A 68 1068 164 HOH WAT . D 4 HOH A 69 1069 165 HOH WAT . D 4 HOH A 70 1070 168 HOH WAT . D 4 HOH A 71 1071 170 HOH WAT . D 4 HOH A 72 1072 174 HOH WAT . D 4 HOH A 73 1073 175 HOH WAT . D 4 HOH A 74 1074 176 HOH WAT . D 4 HOH A 75 1075 179 HOH WAT . D 4 HOH A 76 1076 190 HOH WAT . D 4 HOH A 77 1077 192 HOH WAT . D 4 HOH A 78 1078 195 HOH WAT . D 4 HOH A 79 1079 198 HOH WAT . D 4 HOH A 80 1080 200 HOH WAT . D 4 HOH A 81 1081 208 HOH WAT . D 4 HOH A 82 1082 210 HOH WAT . D 4 HOH A 83 1083 213 HOH WAT . D 4 HOH A 84 1084 214 HOH WAT . D 4 HOH A 85 1085 222 HOH WAT . D 4 HOH A 86 1086 224 HOH WAT . D 4 HOH A 87 1087 225 HOH WAT . D 4 HOH A 88 1088 231 HOH WAT . D 4 HOH A 89 1089 233 HOH WAT . D 4 HOH A 90 1090 234 HOH WAT . D 4 HOH A 91 1091 235 HOH WAT . D 4 HOH A 92 1092 236 HOH WAT . D 4 HOH A 93 1093 237 HOH WAT . D 4 HOH A 94 1094 238 HOH WAT . D 4 HOH A 95 1095 239 HOH WAT . D 4 HOH A 96 1096 240 HOH WAT . D 4 HOH A 97 1097 241 HOH WAT . D 4 HOH A 98 1098 242 HOH WAT . D 4 HOH A 99 1099 243 HOH WAT . D 4 HOH A 100 1100 244 HOH WAT . D 4 HOH A 101 1101 245 HOH WAT . D 4 HOH A 102 1102 246 HOH WAT . D 4 HOH A 103 1103 247 HOH WAT . D 4 HOH A 104 1104 248 HOH WAT . D 4 HOH A 105 1105 249 HOH WAT . D 4 HOH A 106 1106 250 HOH WAT . D 4 HOH A 107 1107 251 HOH WAT . D 4 HOH A 108 1108 252 HOH WAT . D 4 HOH A 109 1109 253 HOH WAT . D 4 HOH A 110 1110 254 HOH WAT . D 4 HOH A 111 1111 255 HOH WAT . D 4 HOH A 112 1112 256 HOH WAT . D 4 HOH A 113 1113 257 HOH WAT . D 4 HOH A 114 1114 258 HOH WAT . D 4 HOH A 115 1115 259 HOH WAT . D 4 HOH A 116 1116 260 HOH WAT . D 4 HOH A 117 1117 261 HOH WAT . D 4 HOH A 118 1118 262 HOH WAT . D 4 HOH A 119 1119 263 HOH WAT . D 4 HOH A 120 1120 264 HOH WAT . D 4 HOH A 121 1121 265 HOH WAT . D 4 HOH A 122 1122 266 HOH WAT . D 4 HOH A 123 1123 267 HOH WAT . D 4 HOH A 124 1124 268 HOH WAT . D 4 HOH A 125 1125 269 HOH WAT . D 4 HOH A 126 1126 270 HOH WAT . D 4 HOH A 127 1127 271 HOH WAT . D 4 HOH A 128 1128 272 HOH WAT . D 4 HOH A 129 1129 273 HOH WAT . D 4 HOH A 130 1130 274 HOH WAT . D 4 HOH A 131 1131 275 HOH WAT . D 4 HOH A 132 1132 276 HOH WAT . D 4 HOH A 133 1133 277 HOH WAT . D 4 HOH A 134 1134 278 HOH WAT . D 4 HOH A 135 1135 279 HOH WAT . D 4 HOH A 136 1136 280 HOH WAT . D 4 HOH A 137 1137 281 HOH WAT . D 4 HOH A 138 1138 282 HOH WAT . D 4 HOH A 139 1139 283 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . C 3 11.611 42.478 55.201 1 56.37 ? C1 GOL 501 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . C 3 10.796 42.699 53.833 1 53.98 ? O1 GOL 501 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . C 3 12.164 41.287 55.599 1 57.15 ? C2 GOL 501 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . C 3 11.485 40.253 55.065 1 60.96 ? O2 GOL 501 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . C 3 13.122 41.471 56.32 1 57.03 ? C3 GOL 501 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . C 3 14.232 42.189 57.158 1 55.85 ? O3 GOL 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 291 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 6 #