data_2B8Q
#
_model_server_result.job_id            3CJFcKiPoDRdVn6ICGSkQQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 08:06:06' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2b8q 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":161}' 
#
_entry.id    2B8Q 
#
_exptl.entry_id    2B8Q 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              402.188 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2B8Q 
_cell.length_a            80.39 
_cell.length_b            153.352 
_cell.length_c            185.491 
_cell.Z_PDB               48 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2B8Q 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? hexameric 6 author_defined_assembly 1 
? hexameric 6 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,E,G,H,K,L,M,P,Q,T,V,X 1 1,2 
B,D,F,I,J,N,O,R,S,U,W,Y 2 1,3 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 4_555 x,-y,-z 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 
3 'crystal symmetry operation' 3_755 -x+2,y,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 160.78 0 92.7455 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 J N N 
? 3 M N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 S N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 H O1A TYD . A TYD 160 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? 
metalc ? metalc2 H O2B TYD . A TYD 160 1_555 G MG MG . A MG 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? 
metalc ? metalc3 J O1A TYD . B TYD 161 1_555 I MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? 
metalc ? metalc4 J O2B TYD . B TYD 161 1_555 I MG MG . B MG 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? 
metalc ? metalc5 M O1A TYD . C TYD 162 1_555 K MG MG . C MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc6 M O2B TYD . C TYD 162 1_555 K MG MG . C MG 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc7 O O1A TYD . D TYD 163 1_555 N MG MG . D MG 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc8 O O2B TYD . D TYD 163 1_555 N MG MG . D MG 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.52 ? 
metalc ? metalc9 Q O1A TYD . E TYD 164 1_555 P MG MG . E MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? 
metalc ? metalc10 Q O2B TYD . E TYD 164 1_555 P MG MG . E MG 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc11 F OD2 ASP 120 F ASP 115 1_555 R MG MG . F MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? 
metalc ? metalc12 S O1A TYD . F TYD 165 1_555 R MG MG . F MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc13 S O2B TYD . F TYD 165 1_555 R MG MG . F MG 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N2 O11 P2' 
_chem_comp.formula_weight    402.188 
_chem_comp.id                TYD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TYD doub 338 n n 
PA O2A TYD sing 339 n n 
PA O3A TYD sing 340 n n 
PA O5' TYD sing 341 n n 
O2A HOA2 TYD sing 342 n n 
O3A PB TYD sing 343 n n 
PB O1B TYD doub 344 n n 
PB O2B TYD sing 345 n n 
PB O3B TYD sing 346 n n 
O2B HOB2 TYD sing 347 n n 
O3B HOB3 TYD sing 348 n n 
O5' C5' TYD sing 349 n n 
C5' C4' TYD sing 350 n n 
C5' "H5'1" TYD sing 351 n n 
C5' "H5'2" TYD sing 352 n n 
C4' O4' TYD sing 353 n n 
C4' C3' TYD sing 354 n n 
C4' H4' TYD sing 355 n n 
O4' C1' TYD sing 356 n n 
C3' O3' TYD sing 357 n n 
C3' C2' TYD sing 358 n n 
C3' H3' TYD sing 359 n n 
O3' HO3' TYD sing 360 n n 
C2' C1' TYD sing 361 n n 
C2' "H2'1" TYD sing 362 n n 
C2' "H2'2" TYD sing 363 n n 
C1' N1 TYD sing 364 n n 
C1' H1' TYD sing 365 n n 
N1 C2 TYD sing 366 n y 
N1 C6 TYD sing 367 n y 
C2 O2 TYD doub 368 n n 
C2 N3 TYD sing 369 n y 
N3 C4 TYD sing 370 n y 
N3 HN3 TYD sing 371 n n 
C4 O4 TYD doub 372 n n 
C4 C5 TYD sing 373 n y 
C5 C5M TYD sing 374 n n 
C5 C6 TYD doub 375 n y 
C5M H51 TYD sing 376 n n 
C5M H52 TYD sing 377 n n 
C5M H53 TYD sing 378 n n 
C6 H6 TYD sing 379 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2B8Q 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.012439 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006521 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005391 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 MG A 1 201 201 MG MG . 
H 3 TYD A 1 160 160 TYD TYD . 
I 2 MG B 1 202 202 MG MG . 
J 3 TYD B 1 161 161 TYD TYD . 
K 2 MG C 1 203 203 MG MG . 
L 4 PO4 C 1 1001 1001 PO4 PO4 . 
M 3 TYD C 1 162 162 TYD TYD . 
N 2 MG D 1 204 204 MG MG . 
O 3 TYD D 1 163 163 TYD TYD . 
P 2 MG E 1 206 206 MG MG . 
Q 3 TYD E 1 164 164 TYD TYD . 
R 2 MG F 1 205 205 MG MG . 
S 3 TYD F 1 165 165 TYD TYD . 
T 5 HOH A 1 202 3 HOH WAT . 
T 5 HOH A 2 203 5 HOH WAT . 
T 5 HOH A 3 204 7 HOH WAT . 
T 5 HOH A 4 205 16 HOH WAT . 
T 5 HOH A 5 206 25 HOH WAT . 
T 5 HOH A 6 207 28 HOH WAT . 
T 5 HOH A 7 208 29 HOH WAT . 
T 5 HOH A 8 209 32 HOH WAT . 
T 5 HOH A 9 210 33 HOH WAT . 
T 5 HOH A 10 211 36 HOH WAT . 
T 5 HOH A 11 212 39 HOH WAT . 
T 5 HOH A 12 213 60 HOH WAT . 
T 5 HOH A 13 214 61 HOH WAT . 
T 5 HOH A 14 215 86 HOH WAT . 
T 5 HOH A 15 216 88 HOH WAT . 
T 5 HOH A 16 217 102 HOH WAT . 
T 5 HOH A 17 218 104 HOH WAT . 
T 5 HOH A 18 219 123 HOH WAT . 
T 5 HOH A 19 220 125 HOH WAT . 
T 5 HOH A 20 221 126 HOH WAT . 
T 5 HOH A 21 222 127 HOH WAT . 
T 5 HOH A 22 223 128 HOH WAT . 
T 5 HOH A 23 224 134 HOH WAT . 
T 5 HOH A 24 225 153 HOH WAT . 
U 5 HOH B 1 203 30 HOH WAT . 
U 5 HOH B 2 204 34 HOH WAT . 
U 5 HOH B 3 205 42 HOH WAT . 
U 5 HOH B 4 206 44 HOH WAT . 
U 5 HOH B 5 207 45 HOH WAT . 
U 5 HOH B 6 208 47 HOH WAT . 
U 5 HOH B 7 209 65 HOH WAT . 
U 5 HOH B 8 210 68 HOH WAT . 
U 5 HOH B 9 211 76 HOH WAT . 
U 5 HOH B 10 212 87 HOH WAT . 
U 5 HOH B 11 213 92 HOH WAT . 
U 5 HOH B 12 214 96 HOH WAT . 
U 5 HOH B 13 215 97 HOH WAT . 
U 5 HOH B 14 216 99 HOH WAT . 
U 5 HOH B 15 217 105 HOH WAT . 
U 5 HOH B 16 218 106 HOH WAT . 
U 5 HOH B 17 219 107 HOH WAT . 
U 5 HOH B 18 220 130 HOH WAT . 
U 5 HOH B 19 221 141 HOH WAT . 
V 5 HOH C 1 1002 4 HOH WAT . 
V 5 HOH C 2 1003 6 HOH WAT . 
V 5 HOH C 3 1004 8 HOH WAT . 
V 5 HOH C 4 1005 9 HOH WAT . 
V 5 HOH C 5 1006 10 HOH WAT . 
V 5 HOH C 6 1007 11 HOH WAT . 
V 5 HOH C 7 1008 12 HOH WAT . 
V 5 HOH C 8 1009 13 HOH WAT . 
V 5 HOH C 9 1010 15 HOH WAT . 
V 5 HOH C 10 1011 19 HOH WAT . 
V 5 HOH C 11 1012 22 HOH WAT . 
V 5 HOH C 12 1013 23 HOH WAT . 
V 5 HOH C 13 1014 26 HOH WAT . 
V 5 HOH C 14 1015 27 HOH WAT . 
V 5 HOH C 15 1016 31 HOH WAT . 
V 5 HOH C 16 1017 48 HOH WAT . 
V 5 HOH C 17 1018 49 HOH WAT . 
V 5 HOH C 18 1019 51 HOH WAT . 
V 5 HOH C 19 1020 54 HOH WAT . 
V 5 HOH C 20 1021 58 HOH WAT . 
V 5 HOH C 21 1022 64 HOH WAT . 
V 5 HOH C 22 1023 74 HOH WAT . 
V 5 HOH C 23 1024 78 HOH WAT . 
V 5 HOH C 24 1025 95 HOH WAT . 
V 5 HOH C 25 1026 108 HOH WAT . 
V 5 HOH C 26 1027 109 HOH WAT . 
V 5 HOH C 27 1028 110 HOH WAT . 
V 5 HOH C 28 1029 111 HOH WAT . 
V 5 HOH C 29 1030 112 HOH WAT . 
V 5 HOH C 30 1031 113 HOH WAT . 
V 5 HOH C 31 1032 115 HOH WAT . 
V 5 HOH C 32 1033 116 HOH WAT . 
V 5 HOH C 33 1034 124 HOH WAT . 
V 5 HOH C 34 1035 131 HOH WAT . 
V 5 HOH C 35 1036 132 HOH WAT . 
V 5 HOH C 36 1037 135 HOH WAT . 
V 5 HOH C 37 1038 136 HOH WAT . 
V 5 HOH C 38 1039 137 HOH WAT . 
V 5 HOH C 39 1040 152 HOH WAT . 
W 5 HOH D 1 205 18 HOH WAT . 
W 5 HOH D 2 206 21 HOH WAT . 
W 5 HOH D 3 207 35 HOH WAT . 
W 5 HOH D 4 208 40 HOH WAT . 
W 5 HOH D 5 209 46 HOH WAT . 
W 5 HOH D 6 210 57 HOH WAT . 
W 5 HOH D 7 211 59 HOH WAT . 
W 5 HOH D 8 212 62 HOH WAT . 
W 5 HOH D 9 213 63 HOH WAT . 
W 5 HOH D 10 214 66 HOH WAT . 
W 5 HOH D 11 215 69 HOH WAT . 
W 5 HOH D 12 216 80 HOH WAT . 
W 5 HOH D 13 217 81 HOH WAT . 
W 5 HOH D 14 218 89 HOH WAT . 
W 5 HOH D 15 219 90 HOH WAT . 
W 5 HOH D 16 220 91 HOH WAT . 
W 5 HOH D 17 221 94 HOH WAT . 
W 5 HOH D 18 222 103 HOH WAT . 
W 5 HOH D 19 223 118 HOH WAT . 
W 5 HOH D 20 224 119 HOH WAT . 
W 5 HOH D 21 225 120 HOH WAT . 
W 5 HOH D 22 226 129 HOH WAT . 
W 5 HOH D 23 227 133 HOH WAT . 
W 5 HOH D 24 228 138 HOH WAT . 
W 5 HOH D 25 229 139 HOH WAT . 
W 5 HOH D 26 230 140 HOH WAT . 
W 5 HOH D 27 231 142 HOH WAT . 
W 5 HOH D 28 232 143 HOH WAT . 
W 5 HOH D 29 233 144 HOH WAT . 
W 5 HOH D 30 234 145 HOH WAT . 
W 5 HOH D 31 235 146 HOH WAT . 
X 5 HOH E 1 207 1 HOH WAT . 
X 5 HOH E 2 208 17 HOH WAT . 
X 5 HOH E 3 209 38 HOH WAT . 
X 5 HOH E 4 210 41 HOH WAT . 
X 5 HOH E 5 211 50 HOH WAT . 
X 5 HOH E 6 212 52 HOH WAT . 
X 5 HOH E 7 213 53 HOH WAT . 
X 5 HOH E 8 214 55 HOH WAT . 
X 5 HOH E 9 215 56 HOH WAT . 
X 5 HOH E 10 216 73 HOH WAT . 
X 5 HOH E 11 217 75 HOH WAT . 
X 5 HOH E 12 218 77 HOH WAT . 
X 5 HOH E 13 219 79 HOH WAT . 
X 5 HOH E 14 220 82 HOH WAT . 
X 5 HOH E 15 221 84 HOH WAT . 
X 5 HOH E 16 222 85 HOH WAT . 
X 5 HOH E 17 223 93 HOH WAT . 
X 5 HOH E 18 224 100 HOH WAT . 
X 5 HOH E 19 225 101 HOH WAT . 
X 5 HOH E 20 226 114 HOH WAT . 
X 5 HOH E 21 227 121 HOH WAT . 
X 5 HOH E 22 228 147 HOH WAT . 
X 5 HOH E 23 229 148 HOH WAT . 
X 5 HOH E 24 230 149 HOH WAT . 
X 5 HOH E 25 231 150 HOH WAT . 
Y 5 HOH F 1 206 2 HOH WAT . 
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Y 5 HOH F 3 208 20 HOH WAT . 
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