data_2BDJ # _model_server_result.job_id 6lUKdkqCae1gaVHS9oRp9w _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 17:16:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2bdj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":800}' # _entry.id 2BDJ # _exptl.entry_id 2BDJ _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 475.522 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 3-[2-(2-CYCLOPENTYL-6-{[4-(DIMETHYLPHOSPHORYL)PHENYL]AMINO}-9H-PURIN-9-YL)ETHYL]PHENOL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 99.97 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2BDJ _cell.length_a 42.1 _cell.length_b 54.6 _cell.length_c 69 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2BDJ _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C26 H30 N5 O2 P' _chem_comp.formula_weight 475.522 _chem_comp.id HET _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 3-[2-(2-CYCLOPENTYL-6-{[4-(DIMETHYLPHOSPHORYL)PHENYL]AMINO}-9H-PURIN-9-YL)ETHYL]PHENOL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N9A C8A HET sing 129 n y N9A C4A HET sing 130 n y N9A C1A HET sing 131 n n C8A N7A HET doub 132 n y C8A H8A HET sing 133 n n N7A C5A HET sing 134 n y C5A C6A HET sing 135 n y C5A C4A HET doub 136 n y C6A N6A HET sing 137 n n C6A N1A HET doub 138 n y N6A CR1 HET sing 139 n n N6A H6A HET sing 140 n n N1A C2A HET sing 141 n y C2A N3A HET doub 142 n y C2A CS1 HET sing 143 n n N3A C4A HET sing 144 n y C1A CT0 HET sing 145 n n C1A H1A1 HET sing 146 n n C1A H1A2 HET sing 147 n n CT0 CT1 HET sing 148 n n CT0 HT01 HET sing 149 n n CT0 HT02 HET sing 150 n n CT1 CT2 HET sing 151 n y CT1 CT6 HET doub 152 n y CT2 CT3 HET doub 153 n y CT2 HT2 HET sing 154 n n CT3 CT4 HET sing 155 n y CT3 HT3 HET sing 156 n n CT4 CT5 HET doub 157 n y CT4 HT4 HET sing 158 n n CT5 CT6 HET sing 159 n y CT5 OH HET sing 160 n n CT6 HT6 HET sing 161 n n OH HOH HET sing 162 n n CR1 CR2 HET sing 163 n y CR1 CR6 HET doub 164 n y CR2 CR3 HET doub 165 n y CR2 HR2 HET sing 166 n n CR3 CR4 HET sing 167 n y CR3 HR3 HET sing 168 n n CR4 CR5 HET doub 169 n y CR4 PA HET sing 170 n n CR5 CR6 HET sing 171 n y CR5 HR5 HET sing 172 n n CR6 HR6 HET sing 173 n n PA OA1 HET doub 174 n n PA CA2 HET sing 175 n n PA CA3 HET sing 176 n n CA2 HA21 HET sing 177 n n CA2 HA22 HET sing 178 n n CA2 HA23 HET sing 179 n n CA3 HA31 HET sing 180 n n CA3 HA32 HET sing 181 n n CA3 HA33 HET sing 182 n n CS1 CS2 HET sing 183 n n CS1 CS5 HET sing 184 n n CS1 HS1 HET sing 185 n n CS2 CS3 HET sing 186 n n CS2 HS21 HET sing 187 n n CS2 HS22 HET sing 188 n n CS3 CS4 HET sing 189 n n CS3 HS31 HET sing 190 n n CS3 HS32 HET sing 191 n n CS4 CS5 HET sing 192 n n CS4 HS41 HET sing 193 n n CS4 HS42 HET sing 194 n n CS5 HS51 HET sing 195 n n CS5 HS52 HET sing 196 n n # _atom_sites.entry_id 2BDJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.023753 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004175 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.018315 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014715 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 HET A 1 800 800 HET HET . C 3 HOH A 1 1 1 HOH WAT . C 3 HOH A 2 2 2 HOH WAT . C 3 HOH A 3 3 3 HOH WAT . C 3 HOH A 4 4 4 HOH WAT . C 3 HOH A 5 5 5 HOH WAT . C 3 HOH A 6 6 6 HOH WAT . C 3 HOH A 7 7 7 HOH WAT . C 3 HOH A 8 8 8 HOH WAT . C 3 HOH A 9 9 9 HOH WAT . C 3 HOH A 10 10 10 HOH WAT . C 3 HOH A 11 11 11 HOH WAT . C 3 HOH A 12 12 12 HOH WAT . C 3 HOH A 13 13 13 HOH WAT . C 3 HOH A 14 14 14 HOH WAT . C 3 HOH A 15 15 15 HOH WAT . C 3 HOH A 16 16 16 HOH WAT . C 3 HOH A 17 17 17 HOH WAT . C 3 HOH A 18 18 18 HOH WAT . C 3 HOH A 19 19 19 HOH WAT . C 3 HOH A 20 20 20 HOH WAT . C 3 HOH A 21 21 21 HOH WAT . C 3 HOH A 22 22 22 HOH WAT . C 3 HOH A 23 23 23 HOH WAT . C 3 HOH A 24 24 24 HOH WAT . C 3 HOH A 25 25 25 HOH WAT . C 3 HOH A 26 26 26 HOH WAT . C 3 HOH A 27 27 27 HOH WAT . C 3 HOH A 28 28 28 HOH WAT . C 3 HOH A 29 29 29 HOH WAT . C 3 HOH A 30 30 30 HOH WAT . C 3 HOH A 31 31 31 HOH WAT . C 3 HOH A 32 32 32 HOH WAT . C 3 HOH A 33 33 33 HOH WAT . C 3 HOH A 34 34 34 HOH WAT . C 3 HOH A 35 35 35 HOH WAT . C 3 HOH A 36 36 36 HOH WAT . C 3 HOH A 37 37 37 HOH WAT . C 3 HOH A 38 38 38 HOH WAT . C 3 HOH A 39 39 39 HOH WAT . C 3 HOH A 40 40 40 HOH WAT . C 3 HOH A 41 41 41 HOH WAT . C 3 HOH A 42 42 42 HOH WAT . C 3 HOH A 43 43 43 HOH WAT . C 3 HOH A 44 44 44 HOH WAT . C 3 HOH A 45 45 45 HOH WAT . C 3 HOH A 46 46 46 HOH WAT . C 3 HOH A 47 47 47 HOH WAT . C 3 HOH A 48 48 48 HOH WAT . C 3 HOH A 49 49 49 HOH WAT . C 3 HOH A 50 50 50 HOH WAT . C 3 HOH A 51 51 51 HOH WAT . C 3 HOH A 52 52 52 HOH WAT . C 3 HOH A 53 53 53 HOH WAT . C 3 HOH A 54 54 54 HOH WAT . C 3 HOH A 55 55 55 HOH WAT . C 3 HOH A 56 56 56 HOH WAT . C 3 HOH A 57 57 57 HOH WAT . C 3 HOH A 58 58 58 HOH WAT . C 3 HOH A 59 59 59 HOH WAT . C 3 HOH A 60 60 60 HOH WAT . C 3 HOH A 61 61 61 HOH WAT . C 3 HOH A 62 62 62 HOH WAT . C 3 HOH A 63 63 63 HOH WAT . C 3 HOH A 64 64 64 HOH WAT . C 3 HOH A 65 65 65 HOH WAT . C 3 HOH A 66 66 66 HOH WAT . C 3 HOH A 67 67 67 HOH WAT . C 3 HOH A 68 68 68 HOH WAT . C 3 HOH A 69 69 69 HOH WAT . C 3 HOH A 70 70 70 HOH WAT . C 3 HOH A 71 71 71 HOH WAT . C 3 HOH A 72 72 72 HOH WAT . C 3 HOH A 73 73 73 HOH WAT . C 3 HOH A 74 74 74 HOH WAT . C 3 HOH A 75 75 75 HOH WAT . C 3 HOH A 76 76 76 HOH WAT . C 3 HOH A 77 77 77 HOH WAT . C 3 HOH A 78 78 78 HOH WAT . C 3 HOH A 79 79 79 HOH WAT . C 3 HOH A 80 80 80 HOH WAT . C 3 HOH A 81 81 81 HOH WAT . C 3 HOH A 82 82 82 HOH WAT . C 3 HOH A 83 83 83 HOH WAT . C 3 HOH A 84 84 84 HOH WAT . C 3 HOH A 85 85 85 HOH WAT . C 3 HOH A 86 86 86 HOH WAT . C 3 HOH A 87 87 87 HOH WAT . C 3 HOH A 88 88 88 HOH WAT . C 3 HOH A 89 89 89 HOH WAT . C 3 HOH A 90 90 90 HOH WAT . C 3 HOH A 91 91 91 HOH WAT . C 3 HOH A 92 92 92 HOH WAT . C 3 HOH A 93 93 93 HOH WAT . C 3 HOH A 94 94 94 HOH WAT . C 3 HOH A 95 95 95 HOH WAT . C 3 HOH A 96 96 96 HOH WAT . C 3 HOH A 97 97 97 HOH WAT . C 3 HOH A 98 98 98 HOH WAT . C 3 HOH A 99 99 99 HOH WAT . C 3 HOH A 100 100 100 HOH WAT . C 3 HOH A 101 101 101 HOH WAT . C 3 HOH A 102 102 102 HOH WAT . C 3 HOH A 103 103 103 HOH WAT . C 3 HOH A 104 104 104 HOH WAT . C 3 HOH A 105 105 105 HOH WAT . C 3 HOH A 106 106 106 HOH WAT . C 3 HOH A 107 107 107 HOH WAT . C 3 HOH A 108 108 108 HOH WAT . C 3 HOH A 109 109 109 HOH WAT . C 3 HOH A 110 110 110 HOH WAT . C 3 HOH A 111 111 111 HOH WAT . C 3 HOH A 112 112 112 HOH WAT . C 3 HOH A 113 113 113 HOH WAT . C 3 HOH A 114 114 114 HOH WAT . C 3 HOH A 115 115 115 HOH WAT . C 3 HOH A 116 116 116 HOH WAT . C 3 HOH A 117 117 117 HOH WAT . C 3 HOH A 118 118 118 HOH WAT . C 3 HOH A 119 119 119 HOH WAT . C 3 HOH A 120 120 120 HOH WAT . C 3 HOH A 121 121 121 HOH WAT . C 3 HOH A 122 122 122 HOH WAT . C 3 HOH A 123 123 123 HOH WAT . C 3 HOH A 124 124 124 HOH WAT . C 3 HOH A 125 125 125 HOH WAT . C 3 HOH A 126 126 126 HOH WAT . C 3 HOH A 127 127 127 HOH WAT . C 3 HOH A 128 128 128 HOH WAT . C 3 HOH A 129 129 129 HOH WAT . C 3 HOH A 130 130 130 HOH WAT . C 3 HOH A 131 131 131 HOH WAT . C 3 HOH A 132 132 132 HOH WAT . C 3 HOH A 133 133 133 HOH WAT . C 3 HOH A 134 134 134 HOH WAT . C 3 HOH A 135 135 135 HOH WAT . C 3 HOH A 136 136 136 HOH WAT . C 3 HOH A 137 137 137 HOH WAT . C 3 HOH A 138 138 138 HOH WAT . C 3 HOH A 139 139 139 HOH WAT . C 3 HOH A 140 140 140 HOH WAT . C 3 HOH A 141 141 141 HOH WAT . C 3 HOH A 142 142 142 HOH WAT . C 3 HOH A 143 143 143 HOH WAT . C 3 HOH A 144 144 144 HOH WAT . C 3 HOH A 145 145 145 HOH WAT . C 3 HOH A 146 146 146 HOH WAT . C 3 HOH A 147 147 147 HOH WAT . C 3 HOH A 148 148 148 HOH WAT . C 3 HOH A 149 149 149 HOH WAT . C 3 HOH A 150 150 150 HOH WAT . C 3 HOH A 151 151 151 HOH WAT . C 3 HOH A 152 152 152 HOH WAT . C 3 HOH A 153 153 153 HOH WAT . C 3 HOH A 154 154 154 HOH WAT . C 3 HOH A 155 155 155 HOH WAT . C 3 HOH A 156 156 156 HOH WAT . C 3 HOH A 157 157 157 HOH WAT . C 3 HOH A 158 158 158 HOH WAT . C 3 HOH A 159 159 159 HOH WAT . C 3 HOH A 160 160 160 HOH WAT . C 3 HOH A 161 161 161 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N9A HET . . . B 2 17.069 2.14 26.105 1 15.74 ? N9A HET 800 A 1 HETATM 2 C C8A HET . . . B 2 18.197 1.435 26.248 1 35.41 ? C8A HET 800 A 1 HETATM 3 N N7A HET . . . B 2 19.117 2.255 25.763 1 27.4 ? N7A HET 800 A 1 HETATM 4 C C5A HET . . . B 2 18.65 3.53 25.277 1 26.55 ? C5A HET 800 A 1 HETATM 5 C C6A HET . . . B 2 19.121 4.711 24.717 1 17.9 ? C6A HET 800 A 1 HETATM 6 N N6A HET . . . B 2 20.428 4.838 24.516 1 33.31 ? N6A HET 800 A 1 HETATM 7 N N1A HET . . . B 2 18.223 5.664 24.423 1 21.54 ? N1A HET 800 A 1 HETATM 8 C C2A HET . . . B 2 16.894 5.603 24.616 1 28.42 ? C2A HET 800 A 1 HETATM 9 N N3A HET . . . B 2 16.371 4.483 25.172 1 33.74 ? N3A HET 800 A 1 HETATM 10 C C4A HET . . . B 2 17.16 3.438 25.518 1 29.02 ? C4A HET 800 A 1 HETATM 11 C C1A HET . . . B 2 15.722 1.718 26.503 1 25.16 ? C1A HET 800 A 1 HETATM 12 C CT0 HET . . . B 2 15.072 2.608 27.462 1 17.67 ? CT0 HET 800 A 1 HETATM 13 C CT1 HET . . . B 2 13.677 2.052 27.816 1 37.85 ? CT1 HET 800 A 1 HETATM 14 C CT2 HET . . . B 2 13.4 1.713 29.192 1 23.29 ? CT2 HET 800 A 1 HETATM 15 C CT3 HET . . . B 2 12.103 1.183 29.546 1 32.81 ? CT3 HET 800 A 1 HETATM 16 C CT4 HET . . . B 2 11.1 0.998 28.523 1 29.59 ? CT4 HET 800 A 1 HETATM 17 C CT5 HET . . . B 2 11.366 1.333 27.151 1 38.85 ? CT5 HET 800 A 1 HETATM 18 C CT6 HET . . . B 2 12.651 1.859 26.793 1 29.56 ? CT6 HET 800 A 1 HETATM 19 O OH HET . . . B 2 10.409 1.15 26.208 1 40.91 ? OH HET 800 A 1 HETATM 20 C CR1 HET . . . B 2 21.146 5.759 24.073 1 34.93 ? CR1 HET 800 A 1 HETATM 21 C CR2 HET . . . B 2 22.551 5.741 23.912 1 26.92 ? CR2 HET 800 A 1 HETATM 22 C CR3 HET . . . B 2 23.215 6.862 23.424 1 18.18 ? CR3 HET 800 A 1 HETATM 23 C CR4 HET . . . B 2 22.478 8.023 23.091 1 29.31 ? CR4 HET 800 A 1 HETATM 24 C CR5 HET . . . B 2 21.078 8.072 23.236 1 20.89 ? CR5 HET 800 A 1 HETATM 25 C CR6 HET . . . B 2 20.409 6.945 23.727 1 22.12 ? CR6 HET 800 A 1 HETATM 26 P PA HET . . . B 2 23.333 9.487 22.477 1 52.3 ? PA HET 800 A 1 HETATM 27 O OA1 HET . . . B 2 24.363 9.791 23.595 1 50.47 ? OA1 HET 800 A 1 HETATM 28 C CA2 HET . . . B 2 23.943 8.939 21.158 1 33.08 ? CA2 HET 800 A 1 HETATM 29 C CA3 HET . . . B 2 22.383 10.61 22.184 1 48.71 ? CA3 HET 800 A 1 HETATM 30 C CS1 HET . . . B 2 15.951 6.686 24.255 1 28.32 ? CS1 HET 800 A 1 HETATM 31 C CS2 HET . . . B 2 16.252 7.162 22.793 1 29.73 ? CS2 HET 800 A 1 HETATM 32 C CS3 HET . . . B 2 16.299 8.698 22.783 1 19.91 ? CS3 HET 800 A 1 HETATM 33 C CS4 HET . . . B 2 16.022 9.162 24.213 1 48.69 ? CS4 HET 800 A 1 HETATM 34 C CS5 HET . . . B 2 16.069 7.931 25.154 1 30.62 ? CS5 HET 800 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 83 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 34 #