data_2CVW # _model_server_result.job_id vBpTWtuSvEVJMcX5Ox48AQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-04 01:47:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2cvw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":1001}' # _entry.id 2CVW # _exptl.entry_id 2CVW _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 482.168 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2CVW _cell.length_a 107.526 _cell.length_b 117.389 _cell.length_c 64.831 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2CVW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_565 -x,-y+1,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 117.389 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id C _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 C O3B TTP . A TTP 1001 1_555 B MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc2 C O3A TTP . A TTP 1001 1_555 B MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc3 C O2B TTP . A TTP 1001 1_555 B MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N2 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 482.168 _chem_comp.id TTP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PA O1A TTP doub 379 n n PA O2A TTP sing 380 n n PA O3A TTP sing 381 n n PA O5' TTP sing 382 n n O2A HOA2 TTP sing 383 n n O3A PB TTP sing 384 n n PB O1B TTP doub 385 n n PB O2B TTP sing 386 n n PB O3B TTP sing 387 n n O2B HOB2 TTP sing 388 n n O3B PG TTP sing 389 n n PG O1G TTP doub 390 n n PG O2G TTP sing 391 n n PG O3G TTP sing 392 n n O2G HOG2 TTP sing 393 n n O3G HOG3 TTP sing 394 n n O5' C5' TTP sing 395 n n C5' C4' TTP sing 396 n n C5' "H5'1" TTP sing 397 n n C5' "H5'2" TTP sing 398 n n C4' O4' TTP sing 399 n n C4' C3' TTP sing 400 n n C4' H4' TTP sing 401 n n O4' C1' TTP sing 402 n n C3' O3' TTP sing 403 n n C3' C2' TTP sing 404 n n C3' H3' TTP sing 405 n n O3' HO3' TTP sing 406 n n C2' C1' TTP sing 407 n n C2' "H2'1" TTP sing 408 n n C2' "H2'2" TTP sing 409 n n C1' N1 TTP sing 410 n n C1' H1' TTP sing 411 n n N1 C2 TTP sing 412 n n N1 C6 TTP sing 413 n n C2 O2 TTP doub 414 n n C2 N3 TTP sing 415 n n N3 C4 TTP sing 416 n n N3 HN3 TTP sing 417 n n C4 O4 TTP doub 418 n n C4 C5 TTP sing 419 n n C5 C5M TTP sing 420 n n C5 C6 TTP doub 421 n n C5M HM51 TTP sing 422 n n C5M HM52 TTP sing 423 n n C5M HM53 TTP sing 424 n n C6 H6 TTP sing 425 n n # _atom_sites.entry_id 2CVW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.0093 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008519 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015425 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MG A 1 2001 2001 MG MG . C 3 TTP A 1 1001 1001 TTP TTP . D 4 GDP A 1 1002 1002 GDP GDP . E 5 HOH A 1 2002 1 HOH HOH . E 5 HOH A 2 2003 2 HOH HOH . E 5 HOH A 3 2004 3 HOH HOH . E 5 HOH A 4 2005 4 HOH HOH . E 5 HOH A 5 2006 5 HOH HOH . E 5 HOH A 6 2007 6 HOH HOH . E 5 HOH A 7 2008 7 HOH HOH . E 5 HOH A 8 2009 8 HOH HOH . E 5 HOH A 9 2010 9 HOH HOH . E 5 HOH A 10 2011 10 HOH HOH . E 5 HOH A 11 2012 11 HOH HOH . E 5 HOH A 12 2013 12 HOH HOH . E 5 HOH A 13 2014 13 HOH HOH . E 5 HOH A 14 2015 14 HOH HOH . E 5 HOH A 15 2016 15 HOH HOH . E 5 HOH A 16 2017 16 HOH HOH . E 5 HOH A 17 2018 17 HOH HOH . E 5 HOH A 18 2019 18 HOH HOH . E 5 HOH A 19 2020 19 HOH HOH . E 5 HOH A 20 2021 20 HOH HOH . E 5 HOH A 21 2022 21 HOH HOH . E 5 HOH A 22 2023 22 HOH HOH . E 5 HOH A 23 2024 23 HOH HOH . E 5 HOH A 24 2025 24 HOH HOH . E 5 HOH A 25 2026 25 HOH HOH . E 5 HOH A 26 2027 26 HOH HOH . E 5 HOH A 27 2028 27 HOH HOH . E 5 HOH A 28 2029 28 HOH HOH . E 5 HOH A 29 2030 29 HOH HOH . E 5 HOH A 30 2031 30 HOH HOH . E 5 HOH A 31 2032 31 HOH HOH . E 5 HOH A 32 2033 32 HOH HOH . E 5 HOH A 33 2034 33 HOH HOH . E 5 HOH A 34 2035 34 HOH HOH . E 5 HOH A 35 2036 35 HOH HOH . E 5 HOH A 36 2037 36 HOH HOH . E 5 HOH A 37 2038 37 HOH HOH . E 5 HOH A 38 2039 38 HOH HOH . E 5 HOH A 39 2040 39 HOH HOH . E 5 HOH A 40 2041 40 HOH HOH . E 5 HOH A 41 2042 41 HOH HOH . E 5 HOH A 42 2043 42 HOH HOH . E 5 HOH A 43 2044 43 HOH HOH . E 5 HOH A 44 2045 44 HOH HOH . E 5 HOH A 45 2046 45 HOH HOH . E 5 HOH A 46 2047 46 HOH HOH . E 5 HOH A 47 2048 47 HOH HOH . E 5 HOH A 48 2049 48 HOH HOH . E 5 HOH A 49 2050 49 HOH HOH . E 5 HOH A 50 2051 50 HOH HOH . E 5 HOH A 51 2052 51 HOH HOH . E 5 HOH A 52 2053 52 HOH HOH . E 5 HOH A 53 2054 53 HOH HOH . E 5 HOH A 54 2055 54 HOH HOH . E 5 HOH A 55 2056 55 HOH HOH . E 5 HOH A 56 2057 56 HOH HOH . E 5 HOH A 57 2058 57 HOH HOH . E 5 HOH A 58 2059 58 HOH HOH . E 5 HOH A 59 2060 59 HOH HOH . E 5 HOH A 60 2061 60 HOH HOH . E 5 HOH A 61 2062 61 HOH HOH . E 5 HOH A 62 2063 62 HOH HOH . E 5 HOH A 63 2064 63 HOH HOH . E 5 HOH A 64 2065 64 HOH HOH . E 5 HOH A 65 2066 65 HOH HOH . E 5 HOH A 66 2067 66 HOH HOH . E 5 HOH A 67 2068 67 HOH HOH . E 5 HOH A 68 2069 68 HOH HOH . E 5 HOH A 69 2070 69 HOH HOH . E 5 HOH A 70 2071 70 HOH HOH . E 5 HOH A 71 2072 71 HOH HOH . E 5 HOH A 72 2073 72 HOH HOH . E 5 HOH A 73 2074 73 HOH HOH . E 5 HOH A 74 2075 74 HOH HOH . E 5 HOH A 75 2076 75 HOH HOH . E 5 HOH A 76 2077 76 HOH HOH . E 5 HOH A 77 2078 77 HOH HOH . E 5 HOH A 78 2079 78 HOH HOH . E 5 HOH A 79 2080 79 HOH HOH . E 5 HOH A 80 2081 80 HOH HOH . E 5 HOH A 81 2082 81 HOH HOH . E 5 HOH A 82 2083 82 HOH HOH . E 5 HOH A 83 2084 83 HOH HOH . E 5 HOH A 84 2085 84 HOH HOH . E 5 HOH A 85 2086 85 HOH HOH . E 5 HOH A 86 2087 86 HOH HOH . E 5 HOH A 87 2088 87 HOH HOH . E 5 HOH A 88 2089 88 HOH HOH . E 5 HOH A 89 2090 89 HOH HOH . E 5 HOH A 90 2091 90 HOH HOH . E 5 HOH A 91 2092 91 HOH HOH . E 5 HOH A 92 2093 92 HOH HOH . E 5 HOH A 93 2094 93 HOH HOH . E 5 HOH A 94 2095 94 HOH HOH . E 5 HOH A 95 2096 95 HOH HOH . E 5 HOH A 96 2097 96 HOH HOH . E 5 HOH A 97 2098 97 HOH HOH . E 5 HOH A 98 2099 98 HOH HOH . E 5 HOH A 99 2100 99 HOH HOH . E 5 HOH A 100 2101 100 HOH HOH . E 5 HOH A 101 2102 101 HOH HOH . E 5 HOH A 102 2103 102 HOH HOH . E 5 HOH A 103 2104 103 HOH HOH . E 5 HOH A 104 2105 104 HOH HOH . E 5 HOH A 105 2106 105 HOH HOH . E 5 HOH A 106 2107 106 HOH HOH . E 5 HOH A 107 2108 107 HOH HOH . E 5 HOH A 108 2109 108 HOH HOH . E 5 HOH A 109 2110 109 HOH HOH . E 5 HOH A 110 2111 110 HOH HOH . E 5 HOH A 111 2112 111 HOH HOH . E 5 HOH A 112 2113 112 HOH HOH . E 5 HOH A 113 2114 113 HOH HOH . E 5 HOH A 114 2115 114 HOH HOH . E 5 HOH A 115 2116 115 HOH HOH . E 5 HOH A 116 2117 116 HOH HOH . E 5 HOH A 117 2118 117 HOH HOH . E 5 HOH A 118 2119 118 HOH HOH . E 5 HOH A 119 2120 119 HOH HOH . E 5 HOH A 120 2121 120 HOH HOH . E 5 HOH A 121 2122 121 HOH HOH . E 5 HOH A 122 2123 122 HOH HOH . E 5 HOH A 123 2124 123 HOH HOH . E 5 HOH A 124 2125 124 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA TTP . . . C 3 -9.883 48.52 24.893 1 40.92 ? PA TTP 1001 A 1 HETATM 2 O O1A TTP . . . C 3 -11.266 48.379 24.336 1 42.83 ? O1A TTP 1001 A 1 HETATM 3 O O2A TTP . . . C 3 -9.544 49.982 25.018 1 40.19 ? O2A TTP 1001 A 1 HETATM 4 O O3A TTP . . . C 3 -9.79 47.919 26.36 1 42.64 ? O3A TTP 1001 A 1 HETATM 5 P PB TTP . . . C 3 -11.194 47.543 27.039 1 51.05 ? PB TTP 1001 A 1 HETATM 6 O O1B TTP . . . C 3 -12.461 48.005 26.328 1 46.32 ? O1B TTP 1001 A 1 HETATM 7 O O2B TTP . . . C 3 -11.294 48.108 28.437 1 52.95 ? O2B TTP 1001 A 1 HETATM 8 O O3B TTP . . . C 3 -11.014 45.909 27.012 1 55.64 ? O3B TTP 1001 A 1 HETATM 9 P PG TTP . . . C 3 -12.283 44.961 26.653 1 58.5 ? PG TTP 1001 A 1 HETATM 10 O O1G TTP . . . C 3 -12.83 44.556 28.032 1 59.7 ? O1G TTP 1001 A 1 HETATM 11 O O2G TTP . . . C 3 -13.258 45.779 25.828 1 56.64 ? O2G TTP 1001 A 1 HETATM 12 O O3G TTP . . . C 3 -11.98 43.737 25.831 1 58.3 ? O3G TTP 1001 A 1 HETATM 13 O O5' TTP . . . C 3 -8.886 47.684 23.976 1 40.53 ? O5' TTP 1001 A 1 HETATM 14 C C5' TTP . . . C 3 -9.3 46.49 23.341 1 37.14 ? C5' TTP 1001 A 1 HETATM 15 C C4' TTP . . . C 3 -8.487 46.346 22.068 1 33.52 ? C4' TTP 1001 A 1 HETATM 16 O O4' TTP . . . C 3 -9.253 46.862 21.004 1 35.87 ? O4' TTP 1001 A 1 HETATM 17 C C3' TTP . . . C 3 -7.169 47.078 22.049 1 32.94 ? C3' TTP 1001 A 1 HETATM 18 O O3' TTP . . . C 3 -6.148 46.181 21.596 1 30.45 ? O3' TTP 1001 A 1 HETATM 19 C C2' TTP . . . C 3 -7.345 48.154 21.007 1 36.06 ? C2' TTP 1001 A 1 HETATM 20 C C1' TTP . . . C 3 -8.48 47.678 20.126 1 38.21 ? C1' TTP 1001 A 1 HETATM 21 N N1 TTP . . . C 3 -9.332 48.772 19.646 1 37.83 ? N1 TTP 1001 A 1 HETATM 22 C C2 TTP . . . C 3 -9.406 49.096 18.267 1 39.71 ? C2 TTP 1001 A 1 HETATM 23 O O2 TTP . . . C 3 -8.715 48.462 17.421 1 41.44 ? O2 TTP 1001 A 1 HETATM 24 N N3 TTP . . . C 3 -10.196 50.112 17.839 1 41.63 ? N3 TTP 1001 A 1 HETATM 25 C C4 TTP . . . C 3 -10.969 50.823 18.697 1 41.57 ? C4 TTP 1001 A 1 HETATM 26 O O4 TTP . . . C 3 -11.724 51.746 18.278 1 41.13 ? O4 TTP 1001 A 1 HETATM 27 C C5 TTP . . . C 3 -10.908 50.477 20.15 1 40.01 ? C5 TTP 1001 A 1 HETATM 28 C C5M TTP . . . C 3 -11.736 51.194 21.17 1 39.83 ? C5M TTP 1001 A 1 HETATM 29 C C6 TTP . . . C 3 -10.075 49.438 20.556 1 38.92 ? C6 TTP 1001 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 326 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 29 #