data_2CVY
#
_model_server_result.job_id            zHRIbQ-r1PuPeBu0cWg8tg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-04 01:13:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2cvy 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    2CVY 
#
_exptl.entry_id    2CVY 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2CVY 
_cell.length_a            108.062 
_cell.length_b            117.59 
_cell.length_c            64.216 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2CVY 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1,2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 2_565 -x,-y+1,z -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 117.59 0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 218 A CYS 218 1_555 A SG CYS 443 A CYS 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc1 D O3B TTP . A TTP 1001 1_555 C MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? 
metalc ? metalc2 D O2A TTP . A TTP 1001 1_555 C MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 D O2B TTP . A TTP 1001 1_555 C MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2CVY 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009254 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008504 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.015572 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 3 MG A 1 2001 1 MG MG . 
D 4 TTP A 1 1001 1 TTP TTP . 
E 5 HOH A 1 2002 1 HOH HOH . 
E 5 HOH A 2 2003 2 HOH HOH . 
E 5 HOH A 3 2004 3 HOH HOH . 
E 5 HOH A 4 2005 4 HOH HOH . 
E 5 HOH A 5 2006 5 HOH HOH . 
E 5 HOH A 6 2007 6 HOH HOH . 
E 5 HOH A 7 2008 7 HOH HOH . 
E 5 HOH A 8 2009 8 HOH HOH . 
E 5 HOH A 9 2010 9 HOH HOH . 
E 5 HOH A 10 2011 10 HOH HOH . 
E 5 HOH A 11 2012 11 HOH HOH . 
E 5 HOH A 12 2013 12 HOH HOH . 
E 5 HOH A 13 2014 13 HOH HOH . 
E 5 HOH A 14 2015 14 HOH HOH . 
E 5 HOH A 15 2016 15 HOH HOH . 
E 5 HOH A 16 2017 16 HOH HOH . 
E 5 HOH A 17 2018 17 HOH HOH . 
E 5 HOH A 18 2019 18 HOH HOH . 
E 5 HOH A 19 2020 19 HOH HOH . 
E 5 HOH A 20 2021 20 HOH HOH . 
E 5 HOH A 21 2022 21 HOH HOH . 
E 5 HOH A 22 2023 22 HOH HOH . 
E 5 HOH A 23 2024 23 HOH HOH . 
E 5 HOH A 24 2025 24 HOH HOH . 
E 5 HOH A 25 2026 25 HOH HOH . 
E 5 HOH A 26 2027 26 HOH HOH . 
E 5 HOH A 27 2028 27 HOH HOH . 
E 5 HOH A 28 2029 28 HOH HOH . 
E 5 HOH A 29 2030 29 HOH HOH . 
E 5 HOH A 30 2031 30 HOH HOH . 
E 5 HOH A 31 2032 31 HOH HOH . 
E 5 HOH A 32 2033 32 HOH HOH . 
E 5 HOH A 33 2034 33 HOH HOH . 
E 5 HOH A 34 2035 34 HOH HOH . 
E 5 HOH A 35 2036 35 HOH HOH . 
E 5 HOH A 36 2037 36 HOH HOH . 
E 5 HOH A 37 2038 37 HOH HOH . 
E 5 HOH A 38 2039 38 HOH HOH . 
E 5 HOH A 39 2040 39 HOH HOH . 
E 5 HOH A 40 2041 40 HOH HOH . 
E 5 HOH A 41 2042 41 HOH HOH . 
E 5 HOH A 42 2043 42 HOH HOH . 
E 5 HOH A 43 2044 43 HOH HOH . 
E 5 HOH A 44 2045 44 HOH HOH . 
E 5 HOH A 45 2046 45 HOH HOH . 
E 5 HOH A 46 2047 46 HOH HOH . 
E 5 HOH A 47 2048 47 HOH HOH . 
E 5 HOH A 48 2049 48 HOH HOH . 
E 5 HOH A 49 2050 49 HOH HOH . 
E 5 HOH A 50 2051 50 HOH HOH . 
E 5 HOH A 51 2052 51 HOH HOH . 
E 5 HOH A 52 2053 52 HOH HOH . 
E 5 HOH A 53 2054 53 HOH HOH . 
E 5 HOH A 54 2055 54 HOH HOH . 
E 5 HOH A 55 2056 55 HOH HOH . 
E 5 HOH A 56 2057 56 HOH HOH . 
E 5 HOH A 57 2058 57 HOH HOH . 
E 5 HOH A 58 2059 58 HOH HOH . 
E 5 HOH A 59 2060 59 HOH HOH . 
E 5 HOH A 60 2061 60 HOH HOH . 
E 5 HOH A 61 2062 61 HOH HOH . 
E 5 HOH A 62 2063 62 HOH HOH . 
E 5 HOH A 63 2064 63 HOH HOH . 
E 5 HOH A 64 2065 64 HOH HOH . 
E 5 HOH A 65 2066 65 HOH HOH . 
E 5 HOH A 66 2067 66 HOH HOH . 
E 5 HOH A 67 2068 67 HOH HOH . 
E 5 HOH A 68 2069 68 HOH HOH . 
E 5 HOH A 69 2070 69 HOH HOH . 
E 5 HOH A 70 2071 70 HOH HOH . 
E 5 HOH A 71 2072 71 HOH HOH . 
E 5 HOH A 72 2073 72 HOH HOH . 
E 5 HOH A 73 2074 73 HOH HOH . 
E 5 HOH A 74 2075 74 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . D 4 -9.553 48.153 24.816 1 48.64 ? PA TTP 1001 A 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . D 4 -9.285 49.616 25.088 1 47.18 ? O1A TTP 1001 A 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . D 4 -8.929 47.259 25.858 1 45.09 ? O2A TTP 1001 A 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . D 4 -11.155 47.946 24.746 1 53.87 ? O3A TTP 1001 A 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . D 4 -11.997 47.373 25.998 1 56.07 ? PB TTP 1001 A 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . D 4 -13.452 47.544 25.676 1 57.32 ? O1B TTP 1001 A 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . D 4 -11.616 47.957 27.328 1 55.62 ? O2B TTP 1001 A 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . D 4 -11.422 45.865 26.013 1 59.29 ? O3B TTP 1001 A 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . D 4 -12.342 44.576 25.853 1 59.06 ? PG TTP 1001 A 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . D 4 -13.521 44.798 26.767 1 62.74 ? O1G TTP 1001 A 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . D 4 -12.709 44.305 24.424 1 59.88 ? O2G TTP 1001 A 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . D 4 -11.571 43.384 26.342 1 63.39 ? O3G TTP 1001 A 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . D 4 -9.16 47.723 23.312 1 48.67 ? O5' TTP 1001 A 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . D 4 -8.769 46.376 23.072 1 48.27 ? C5' TTP 1001 A 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . D 4 -8.031 46.161 21.749 1 46.84 ? C4' TTP 1001 A 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . D 4 -8.832 46.59 20.657 1 46.4 ? O4' TTP 1001 A 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . D 4 -6.687 46.844 21.636 1 46.58 ? C3' TTP 1001 A 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . D 4 -5.785 45.947 20.934 1 43.94 ? O3' TTP 1001 A 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . D 4 -7.026 48.066 20.813 1 46.02 ? C2' TTP 1001 A 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . D 4 -8.137 47.548 19.899 1 49.31 ? C1' TTP 1001 A 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . D 4 -9.026 48.633 19.471 1 50.61 ? N1 TTP 1001 A 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . D 4 -9.059 48.997 18.101 1 50.01 ? C2 TTP 1001 A 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . D 4 -8.348 48.368 17.27 1 50.73 ? O2 TTP 1001 A 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . D 4 -9.839 50.011 17.688 1 50.48 ? N3 TTP 1001 A 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . D 4 -10.616 50.689 18.567 1 51.57 ? C4 TTP 1001 A 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . D 4 -11.349 51.634 18.173 1 51.58 ? O4 TTP 1001 A 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . D 4 -10.6 50.315 20.017 1 51.17 ? C5 TTP 1001 A 1 
HETATM 28 C C5M TTP . . . D 4 -11.441 51.009 21.051 1 49.37 ? C5M TTP 1001 A 1 
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#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    10 
_model_server_stats.query_time_ms           320 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           29 
#