data_2DC9
#
_model_server_result.job_id            6RC72B9QiQmyRZmewE7FFg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 00:12:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2dc9 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":500}' 
#
_entry.id    2DC9 
#
_exptl.entry_id    2DC9 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              92.094 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            GLYCEROL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2DC9 
_cell.length_a            72.32 
_cell.length_b            72.32 
_cell.length_c            139.69 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2DC9 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             D 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 14 A CYS 14 1_555 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 26 A CYS 26 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 100 A CYS 100 1_555 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 A SG CYS 252 A CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
covale ? covale1 A SG CYS 29 A CYS 29 1_555 C C3 74M . A 74M 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.813 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H8 O3' 
_chem_comp.formula_weight    92.094 
_chem_comp.id                GOL 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              GLYCEROL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 GOL sing 189 n n 
C1 C2 GOL sing 190 n n 
C1 H11 GOL sing 191 n n 
C1 H12 GOL sing 192 n n 
O1 HO1 GOL sing 193 n n 
C2 O2 GOL sing 194 n n 
C2 C3 GOL sing 195 n n 
C2 H2 GOL sing 196 n n 
O2 HO2 GOL sing 197 n n 
C3 O3 GOL sing 198 n n 
C3 H31 GOL sing 199 n n 
C3 H32 GOL sing 200 n n 
O3 HO3 GOL sing 201 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2DC9 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013827 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.013827 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007159 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 PO4 A 1 801 801 PO4 PO4 . 
C 3 74M A 1 740 740 74M 74M . 
D 4 GOL A 1 500 500 GOL GOL . 
E 5 HOH A 1 802 1 HOH WAT . 
E 5 HOH A 2 803 2 HOH WAT . 
E 5 HOH A 3 804 3 HOH WAT . 
E 5 HOH A 4 805 4 HOH WAT . 
E 5 HOH A 5 806 5 HOH WAT . 
E 5 HOH A 6 807 6 HOH WAT . 
E 5 HOH A 7 808 7 HOH WAT . 
E 5 HOH A 8 809 8 HOH WAT . 
E 5 HOH A 9 810 9 HOH WAT . 
E 5 HOH A 10 811 10 HOH WAT . 
E 5 HOH A 11 812 11 HOH WAT . 
E 5 HOH A 12 813 12 HOH WAT . 
E 5 HOH A 13 814 13 HOH WAT . 
E 5 HOH A 14 815 14 HOH WAT . 
E 5 HOH A 15 816 15 HOH WAT . 
E 5 HOH A 16 817 16 HOH WAT . 
E 5 HOH A 17 818 19 HOH WAT . 
E 5 HOH A 18 819 20 HOH WAT . 
E 5 HOH A 19 820 21 HOH WAT . 
E 5 HOH A 20 821 22 HOH WAT . 
E 5 HOH A 21 822 23 HOH WAT . 
E 5 HOH A 22 823 24 HOH WAT . 
E 5 HOH A 23 824 25 HOH WAT . 
E 5 HOH A 24 825 26 HOH WAT . 
E 5 HOH A 25 826 27 HOH WAT . 
E 5 HOH A 26 827 28 HOH WAT . 
E 5 HOH A 27 828 29 HOH WAT . 
E 5 HOH A 28 829 30 HOH WAT . 
E 5 HOH A 29 830 31 HOH WAT . 
E 5 HOH A 30 831 32 HOH WAT . 
E 5 HOH A 31 832 33 HOH WAT . 
E 5 HOH A 32 833 34 HOH WAT . 
E 5 HOH A 33 834 35 HOH WAT . 
E 5 HOH A 34 835 36 HOH WAT . 
E 5 HOH A 35 836 37 HOH WAT . 
E 5 HOH A 36 837 38 HOH WAT . 
E 5 HOH A 37 838 39 HOH WAT . 
E 5 HOH A 38 839 40 HOH WAT . 
E 5 HOH A 39 840 41 HOH WAT . 
E 5 HOH A 40 841 42 HOH WAT . 
E 5 HOH A 41 842 43 HOH WAT . 
E 5 HOH A 42 843 45 HOH WAT . 
E 5 HOH A 43 844 46 HOH WAT . 
E 5 HOH A 44 845 47 HOH WAT . 
E 5 HOH A 45 846 48 HOH WAT . 
E 5 HOH A 46 847 49 HOH WAT . 
E 5 HOH A 47 848 50 HOH WAT . 
E 5 HOH A 48 849 51 HOH WAT . 
E 5 HOH A 49 850 52 HOH WAT . 
E 5 HOH A 50 851 53 HOH WAT . 
E 5 HOH A 51 852 54 HOH WAT . 
E 5 HOH A 52 853 55 HOH WAT . 
E 5 HOH A 53 854 56 HOH WAT . 
E 5 HOH A 54 855 57 HOH WAT . 
E 5 HOH A 55 856 58 HOH WAT . 
E 5 HOH A 56 857 59 HOH WAT . 
E 5 HOH A 57 858 60 HOH WAT . 
E 5 HOH A 58 859 61 HOH WAT . 
E 5 HOH A 59 860 62 HOH WAT . 
E 5 HOH A 60 861 63 HOH WAT . 
E 5 HOH A 61 862 64 HOH WAT . 
E 5 HOH A 62 863 65 HOH WAT . 
E 5 HOH A 63 864 66 HOH WAT . 
E 5 HOH A 64 865 67 HOH WAT . 
E 5 HOH A 65 866 68 HOH WAT . 
E 5 HOH A 66 867 69 HOH WAT . 
E 5 HOH A 67 868 71 HOH WAT . 
E 5 HOH A 68 869 72 HOH WAT . 
E 5 HOH A 69 870 73 HOH WAT . 
E 5 HOH A 70 871 74 HOH WAT . 
E 5 HOH A 71 872 75 HOH WAT . 
E 5 HOH A 72 873 77 HOH WAT . 
E 5 HOH A 73 874 78 HOH WAT . 
E 5 HOH A 74 875 79 HOH WAT . 
E 5 HOH A 75 876 80 HOH WAT . 
E 5 HOH A 76 877 81 HOH WAT . 
E 5 HOH A 77 878 82 HOH WAT . 
E 5 HOH A 78 879 83 HOH WAT . 
E 5 HOH A 79 880 85 HOH WAT . 
E 5 HOH A 80 881 86 HOH WAT . 
E 5 HOH A 81 882 87 HOH WAT . 
E 5 HOH A 82 883 88 HOH WAT . 
E 5 HOH A 83 884 89 HOH WAT . 
E 5 HOH A 84 885 90 HOH WAT . 
E 5 HOH A 85 886 91 HOH WAT . 
E 5 HOH A 86 887 92 HOH WAT . 
E 5 HOH A 87 888 93 HOH WAT . 
E 5 HOH A 88 889 94 HOH WAT . 
E 5 HOH A 89 890 95 HOH WAT . 
E 5 HOH A 90 891 96 HOH WAT . 
E 5 HOH A 91 892 97 HOH WAT . 
E 5 HOH A 92 893 98 HOH WAT . 
E 5 HOH A 93 894 99 HOH WAT . 
E 5 HOH A 94 895 100 HOH WAT . 
E 5 HOH A 95 896 101 HOH WAT . 
E 5 HOH A 96 897 102 HOH WAT . 
E 5 HOH A 97 898 103 HOH WAT . 
E 5 HOH A 98 899 104 HOH WAT . 
E 5 HOH A 99 900 105 HOH WAT . 
E 5 HOH A 100 901 106 HOH WAT . 
E 5 HOH A 101 902 108 HOH WAT . 
E 5 HOH A 102 903 111 HOH WAT . 
E 5 HOH A 103 904 112 HOH WAT . 
E 5 HOH A 104 905 113 HOH WAT . 
E 5 HOH A 105 906 114 HOH WAT . 
E 5 HOH A 106 907 115 HOH WAT . 
E 5 HOH A 107 908 116 HOH WAT . 
E 5 HOH A 108 909 117 HOH WAT . 
E 5 HOH A 109 910 118 HOH WAT . 
E 5 HOH A 110 911 119 HOH WAT . 
E 5 HOH A 111 912 120 HOH WAT . 
E 5 HOH A 112 913 121 HOH WAT . 
E 5 HOH A 113 914 122 HOH WAT . 
E 5 HOH A 114 915 123 HOH WAT . 
E 5 HOH A 115 916 124 HOH WAT . 
E 5 HOH A 116 917 125 HOH WAT . 
E 5 HOH A 117 918 126 HOH WAT . 
E 5 HOH A 118 919 127 HOH WAT . 
E 5 HOH A 119 920 128 HOH WAT . 
E 5 HOH A 120 921 131 HOH WAT . 
E 5 HOH A 121 922 132 HOH WAT . 
E 5 HOH A 122 923 133 HOH WAT . 
E 5 HOH A 123 924 134 HOH WAT . 
E 5 HOH A 124 925 135 HOH WAT . 
E 5 HOH A 125 926 137 HOH WAT . 
E 5 HOH A 126 927 138 HOH WAT . 
E 5 HOH A 127 928 139 HOH WAT . 
E 5 HOH A 128 929 140 HOH WAT . 
E 5 HOH A 129 930 141 HOH WAT . 
E 5 HOH A 130 931 144 HOH WAT . 
E 5 HOH A 131 932 145 HOH WAT . 
E 5 HOH A 132 933 150 HOH WAT . 
E 5 HOH A 133 934 151 HOH WAT . 
E 5 HOH A 134 935 152 HOH WAT . 
E 5 HOH A 135 936 153 HOH WAT . 
E 5 HOH A 136 937 154 HOH WAT . 
E 5 HOH A 137 938 155 HOH WAT . 
E 5 HOH A 138 939 156 HOH WAT . 
E 5 HOH A 139 940 159 HOH WAT . 
E 5 HOH A 140 941 163 HOH WAT . 
E 5 HOH A 141 942 164 HOH WAT . 
E 5 HOH A 142 943 167 HOH WAT . 
E 5 HOH A 143 944 168 HOH WAT . 
E 5 HOH A 144 945 169 HOH WAT . 
E 5 HOH A 145 946 170 HOH WAT . 
E 5 HOH A 146 947 171 HOH WAT . 
E 5 HOH A 147 948 172 HOH WAT . 
E 5 HOH A 148 949 173 HOH WAT . 
E 5 HOH A 149 950 174 HOH WAT . 
E 5 HOH A 150 951 175 HOH WAT . 
E 5 HOH A 151 952 179 HOH WAT . 
E 5 HOH A 152 953 180 HOH WAT . 
E 5 HOH A 153 954 181 HOH WAT . 
E 5 HOH A 154 955 182 HOH WAT . 
E 5 HOH A 155 956 184 HOH WAT . 
E 5 HOH A 156 957 185 HOH WAT . 
E 5 HOH A 157 958 186 HOH WAT . 
E 5 HOH A 158 959 187 HOH WAT . 
E 5 HOH A 159 960 188 HOH WAT . 
E 5 HOH A 160 961 190 HOH WAT . 
E 5 HOH A 161 962 191 HOH WAT . 
E 5 HOH A 162 963 192 HOH WAT . 
E 5 HOH A 163 964 194 HOH WAT . 
E 5 HOH A 164 965 197 HOH WAT . 
E 5 HOH A 165 966 201 HOH WAT . 
E 5 HOH A 166 967 203 HOH WAT . 
E 5 HOH A 167 968 204 HOH WAT . 
E 5 HOH A 168 969 206 HOH WAT . 
E 5 HOH A 169 970 208 HOH WAT . 
E 5 HOH A 170 971 209 HOH WAT . 
E 5 HOH A 171 972 210 HOH WAT . 
E 5 HOH A 172 973 211 HOH WAT . 
E 5 HOH A 173 974 215 HOH WAT . 
E 5 HOH A 174 975 216 HOH WAT . 
E 5 HOH A 175 976 217 HOH WAT . 
E 5 HOH A 176 977 218 HOH WAT . 
E 5 HOH A 177 978 219 HOH WAT . 
E 5 HOH A 178 979 222 HOH WAT . 
E 5 HOH A 179 980 223 HOH WAT . 
E 5 HOH A 180 981 224 HOH WAT . 
E 5 HOH A 181 982 225 HOH WAT . 
E 5 HOH A 182 983 229 HOH WAT . 
E 5 HOH A 183 984 233 HOH WAT . 
E 5 HOH A 184 985 236 HOH WAT . 
E 5 HOH A 185 986 237 HOH WAT . 
E 5 HOH A 186 987 242 HOH WAT . 
E 5 HOH A 187 988 244 HOH WAT . 
E 5 HOH A 188 989 245 HOH WAT . 
E 5 HOH A 189 990 246 HOH WAT . 
E 5 HOH A 190 991 247 HOH WAT . 
E 5 HOH A 191 992 248 HOH WAT . 
E 5 HOH A 192 993 252 HOH WAT . 
E 5 HOH A 193 994 254 HOH WAT . 
E 5 HOH A 194 995 255 HOH WAT . 
E 5 HOH A 195 996 258 HOH WAT . 
E 5 HOH A 196 997 259 HOH WAT . 
E 5 HOH A 197 998 264 HOH WAT . 
E 5 HOH A 198 999 266 HOH WAT . 
E 5 HOH A 199 1000 267 HOH WAT . 
E 5 HOH A 200 1001 270 HOH WAT . 
E 5 HOH A 201 1002 271 HOH WAT . 
E 5 HOH A 202 1003 274 HOH WAT . 
E 5 HOH A 203 1004 278 HOH WAT . 
E 5 HOH A 204 1005 279 HOH WAT . 
E 5 HOH A 205 1006 283 HOH WAT . 
E 5 HOH A 206 1007 287 HOH WAT . 
E 5 HOH A 207 1008 296 HOH WAT . 
E 5 HOH A 208 1009 297 HOH WAT . 
E 5 HOH A 209 1010 299 HOH WAT . 
E 5 HOH A 210 1011 300 HOH WAT . 
E 5 HOH A 211 1012 303 HOH WAT . 
E 5 HOH A 212 1013 305 HOH WAT . 
E 5 HOH A 213 1014 308 HOH WAT . 
E 5 HOH A 214 1015 312 HOH WAT . 
E 5 HOH A 215 1016 313 HOH WAT . 
E 5 HOH A 216 1017 328 HOH WAT . 
E 5 HOH A 217 1018 330 HOH WAT . 
E 5 HOH A 218 1019 331 HOH WAT . 
E 5 HOH A 219 1020 334 HOH WAT . 
E 5 HOH A 220 1021 335 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 GOL . . . D 4 2.655 38.727 -7.706 1 25.78 ? C1 GOL 500 A 1 
HETATM 2 O O1 GOL . . . D 4 1.918 39.398 -8.484 1 27.49 ? O1 GOL 500 A 1 
HETATM 3 C C2 GOL . . . D 4 2.976 39.629 -6.494 1 26.26 ? C2 GOL 500 A 1 
HETATM 4 O O2 GOL . . . D 4 3.69 40.776 -6.911 1 24.59 ? O2 GOL 500 A 1 
HETATM 5 C C3 GOL . . . D 4 3.866 38.966 -5.433 1 24.64 ? C3 GOL 500 A 1 
HETATM 6 O O3 GOL . . . D 4 4.071 39.897 -4.381 1 26.98 ? O3 GOL 500 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    5 
_model_server_stats.query_time_ms           292 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           6 
#