data_2DC9 # _model_server_result.job_id QXwSwksfBqXexcTyh6b8gQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 23:54:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2dc9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":801}' # _entry.id 2DC9 # _exptl.entry_id 2DC9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 94.971 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2DC9 _cell.length_a 72.32 _cell.length_b 72.32 _cell.length_c 139.69 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2DC9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 14 A CYS 14 1_555 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 26 A CYS 26 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 100 A CYS 100 1_555 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 A SG CYS 252 A CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? covale ? covale1 A SG CYS 29 A CYS 29 1_555 C C3 74M . A 74M 740 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.813 ? # _chem_comp.formula 'O4 P -3' _chem_comp.formula_weight 94.971 _chem_comp.id PO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1 PO4 doub 333 n n P O2 PO4 sing 334 n n P O3 PO4 sing 335 n n P O4 PO4 sing 336 n n # _atom_sites.entry_id 2DC9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013827 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013827 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007159 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 PO4 A 1 801 801 PO4 PO4 . C 3 74M A 1 740 740 74M 74M . D 4 GOL A 1 500 500 GOL GOL . E 5 HOH A 1 802 1 HOH WAT . E 5 HOH A 2 803 2 HOH WAT . E 5 HOH A 3 804 3 HOH WAT . E 5 HOH A 4 805 4 HOH WAT . E 5 HOH A 5 806 5 HOH WAT . E 5 HOH A 6 807 6 HOH WAT . E 5 HOH A 7 808 7 HOH WAT . E 5 HOH A 8 809 8 HOH WAT . E 5 HOH A 9 810 9 HOH WAT . E 5 HOH A 10 811 10 HOH WAT . E 5 HOH A 11 812 11 HOH WAT . E 5 HOH A 12 813 12 HOH WAT . E 5 HOH A 13 814 13 HOH WAT . E 5 HOH A 14 815 14 HOH WAT . E 5 HOH A 15 816 15 HOH WAT . E 5 HOH A 16 817 16 HOH WAT . E 5 HOH A 17 818 19 HOH WAT . E 5 HOH A 18 819 20 HOH WAT . E 5 HOH A 19 820 21 HOH WAT . E 5 HOH A 20 821 22 HOH WAT . E 5 HOH A 21 822 23 HOH WAT . E 5 HOH A 22 823 24 HOH WAT . E 5 HOH A 23 824 25 HOH WAT . E 5 HOH A 24 825 26 HOH WAT . E 5 HOH A 25 826 27 HOH WAT . E 5 HOH A 26 827 28 HOH WAT . E 5 HOH A 27 828 29 HOH WAT . E 5 HOH A 28 829 30 HOH WAT . E 5 HOH A 29 830 31 HOH WAT . E 5 HOH A 30 831 32 HOH WAT . E 5 HOH A 31 832 33 HOH WAT . E 5 HOH A 32 833 34 HOH WAT . E 5 HOH A 33 834 35 HOH WAT . E 5 HOH A 34 835 36 HOH WAT . E 5 HOH A 35 836 37 HOH WAT . E 5 HOH A 36 837 38 HOH WAT . E 5 HOH A 37 838 39 HOH WAT . E 5 HOH A 38 839 40 HOH WAT . E 5 HOH A 39 840 41 HOH WAT . E 5 HOH A 40 841 42 HOH WAT . E 5 HOH A 41 842 43 HOH WAT . E 5 HOH A 42 843 45 HOH WAT . E 5 HOH A 43 844 46 HOH WAT . E 5 HOH A 44 845 47 HOH WAT . E 5 HOH A 45 846 48 HOH WAT . E 5 HOH A 46 847 49 HOH WAT . E 5 HOH A 47 848 50 HOH WAT . E 5 HOH A 48 849 51 HOH WAT . E 5 HOH A 49 850 52 HOH WAT . E 5 HOH A 50 851 53 HOH WAT . E 5 HOH A 51 852 54 HOH WAT . E 5 HOH A 52 853 55 HOH WAT . E 5 HOH A 53 854 56 HOH WAT . E 5 HOH A 54 855 57 HOH WAT . E 5 HOH A 55 856 58 HOH WAT . E 5 HOH A 56 857 59 HOH WAT . E 5 HOH A 57 858 60 HOH WAT . E 5 HOH A 58 859 61 HOH WAT . E 5 HOH A 59 860 62 HOH WAT . E 5 HOH A 60 861 63 HOH WAT . E 5 HOH A 61 862 64 HOH WAT . E 5 HOH A 62 863 65 HOH WAT . E 5 HOH A 63 864 66 HOH WAT . E 5 HOH A 64 865 67 HOH WAT . E 5 HOH A 65 866 68 HOH WAT . E 5 HOH A 66 867 69 HOH WAT . E 5 HOH A 67 868 71 HOH WAT . E 5 HOH A 68 869 72 HOH WAT . E 5 HOH A 69 870 73 HOH WAT . E 5 HOH A 70 871 74 HOH WAT . E 5 HOH A 71 872 75 HOH WAT . E 5 HOH A 72 873 77 HOH WAT . E 5 HOH A 73 874 78 HOH WAT . E 5 HOH A 74 875 79 HOH WAT . E 5 HOH A 75 876 80 HOH WAT . E 5 HOH A 76 877 81 HOH WAT . E 5 HOH A 77 878 82 HOH WAT . E 5 HOH A 78 879 83 HOH WAT . E 5 HOH A 79 880 85 HOH WAT . E 5 HOH A 80 881 86 HOH WAT . E 5 HOH A 81 882 87 HOH WAT . E 5 HOH A 82 883 88 HOH WAT . E 5 HOH A 83 884 89 HOH WAT . E 5 HOH A 84 885 90 HOH WAT . E 5 HOH A 85 886 91 HOH WAT . E 5 HOH A 86 887 92 HOH WAT . E 5 HOH A 87 888 93 HOH WAT . E 5 HOH A 88 889 94 HOH WAT . E 5 HOH A 89 890 95 HOH WAT . E 5 HOH A 90 891 96 HOH WAT . E 5 HOH A 91 892 97 HOH WAT . E 5 HOH A 92 893 98 HOH WAT . E 5 HOH A 93 894 99 HOH WAT . E 5 HOH A 94 895 100 HOH WAT . E 5 HOH A 95 896 101 HOH WAT . E 5 HOH A 96 897 102 HOH WAT . E 5 HOH A 97 898 103 HOH WAT . E 5 HOH A 98 899 104 HOH WAT . E 5 HOH A 99 900 105 HOH WAT . E 5 HOH A 100 901 106 HOH WAT . E 5 HOH A 101 902 108 HOH WAT . E 5 HOH A 102 903 111 HOH WAT . E 5 HOH A 103 904 112 HOH WAT . E 5 HOH A 104 905 113 HOH WAT . E 5 HOH A 105 906 114 HOH WAT . E 5 HOH A 106 907 115 HOH WAT . E 5 HOH A 107 908 116 HOH WAT . E 5 HOH A 108 909 117 HOH WAT . E 5 HOH A 109 910 118 HOH WAT . E 5 HOH A 110 911 119 HOH WAT . E 5 HOH A 111 912 120 HOH WAT . E 5 HOH A 112 913 121 HOH WAT . E 5 HOH A 113 914 122 HOH WAT . E 5 HOH A 114 915 123 HOH WAT . E 5 HOH A 115 916 124 HOH WAT . E 5 HOH A 116 917 125 HOH WAT . E 5 HOH A 117 918 126 HOH WAT . E 5 HOH A 118 919 127 HOH WAT . E 5 HOH A 119 920 128 HOH WAT . E 5 HOH A 120 921 131 HOH WAT . E 5 HOH A 121 922 132 HOH WAT . E 5 HOH A 122 923 133 HOH WAT . E 5 HOH A 123 924 134 HOH WAT . E 5 HOH A 124 925 135 HOH WAT . E 5 HOH A 125 926 137 HOH WAT . E 5 HOH A 126 927 138 HOH WAT . E 5 HOH A 127 928 139 HOH WAT . E 5 HOH A 128 929 140 HOH WAT . E 5 HOH A 129 930 141 HOH WAT . E 5 HOH A 130 931 144 HOH WAT . E 5 HOH A 131 932 145 HOH WAT . E 5 HOH A 132 933 150 HOH WAT . E 5 HOH A 133 934 151 HOH WAT . E 5 HOH A 134 935 152 HOH WAT . E 5 HOH A 135 936 153 HOH WAT . E 5 HOH A 136 937 154 HOH WAT . E 5 HOH A 137 938 155 HOH WAT . E 5 HOH A 138 939 156 HOH WAT . E 5 HOH A 139 940 159 HOH WAT . E 5 HOH A 140 941 163 HOH WAT . E 5 HOH A 141 942 164 HOH WAT . E 5 HOH A 142 943 167 HOH WAT . E 5 HOH A 143 944 168 HOH WAT . E 5 HOH A 144 945 169 HOH WAT . E 5 HOH A 145 946 170 HOH WAT . E 5 HOH A 146 947 171 HOH WAT . E 5 HOH A 147 948 172 HOH WAT . E 5 HOH A 148 949 173 HOH WAT . E 5 HOH A 149 950 174 HOH WAT . E 5 HOH A 150 951 175 HOH WAT . E 5 HOH A 151 952 179 HOH WAT . E 5 HOH A 152 953 180 HOH WAT . E 5 HOH A 153 954 181 HOH WAT . E 5 HOH A 154 955 182 HOH WAT . E 5 HOH A 155 956 184 HOH WAT . E 5 HOH A 156 957 185 HOH WAT . E 5 HOH A 157 958 186 HOH WAT . E 5 HOH A 158 959 187 HOH WAT . E 5 HOH A 159 960 188 HOH WAT . E 5 HOH A 160 961 190 HOH WAT . E 5 HOH A 161 962 191 HOH WAT . E 5 HOH A 162 963 192 HOH WAT . E 5 HOH A 163 964 194 HOH WAT . E 5 HOH A 164 965 197 HOH WAT . E 5 HOH A 165 966 201 HOH WAT . E 5 HOH A 166 967 203 HOH WAT . E 5 HOH A 167 968 204 HOH WAT . E 5 HOH A 168 969 206 HOH WAT . E 5 HOH A 169 970 208 HOH WAT . E 5 HOH A 170 971 209 HOH WAT . E 5 HOH A 171 972 210 HOH WAT . E 5 HOH A 172 973 211 HOH WAT . E 5 HOH A 173 974 215 HOH WAT . E 5 HOH A 174 975 216 HOH WAT . E 5 HOH A 175 976 217 HOH WAT . E 5 HOH A 176 977 218 HOH WAT . E 5 HOH A 177 978 219 HOH WAT . E 5 HOH A 178 979 222 HOH WAT . E 5 HOH A 179 980 223 HOH WAT . E 5 HOH A 180 981 224 HOH WAT . E 5 HOH A 181 982 225 HOH WAT . E 5 HOH A 182 983 229 HOH WAT . E 5 HOH A 183 984 233 HOH WAT . E 5 HOH A 184 985 236 HOH WAT . E 5 HOH A 185 986 237 HOH WAT . E 5 HOH A 186 987 242 HOH WAT . E 5 HOH A 187 988 244 HOH WAT . E 5 HOH A 188 989 245 HOH WAT . E 5 HOH A 189 990 246 HOH WAT . E 5 HOH A 190 991 247 HOH WAT . E 5 HOH A 191 992 248 HOH WAT . E 5 HOH A 192 993 252 HOH WAT . E 5 HOH A 193 994 254 HOH WAT . E 5 HOH A 194 995 255 HOH WAT . E 5 HOH A 195 996 258 HOH WAT . E 5 HOH A 196 997 259 HOH WAT . E 5 HOH A 197 998 264 HOH WAT . E 5 HOH A 198 999 266 HOH WAT . E 5 HOH A 199 1000 267 HOH WAT . E 5 HOH A 200 1001 270 HOH WAT . E 5 HOH A 201 1002 271 HOH WAT . E 5 HOH A 202 1003 274 HOH WAT . E 5 HOH A 203 1004 278 HOH WAT . E 5 HOH A 204 1005 279 HOH WAT . E 5 HOH A 205 1006 283 HOH WAT . E 5 HOH A 206 1007 287 HOH WAT . E 5 HOH A 207 1008 296 HOH WAT . E 5 HOH A 208 1009 297 HOH WAT . E 5 HOH A 209 1010 299 HOH WAT . E 5 HOH A 210 1011 300 HOH WAT . E 5 HOH A 211 1012 303 HOH WAT . E 5 HOH A 212 1013 305 HOH WAT . E 5 HOH A 213 1014 308 HOH WAT . E 5 HOH A 214 1015 312 HOH WAT . E 5 HOH A 215 1016 313 HOH WAT . E 5 HOH A 216 1017 328 HOH WAT . E 5 HOH A 217 1018 330 HOH WAT . E 5 HOH A 218 1019 331 HOH WAT . E 5 HOH A 219 1020 334 HOH WAT . E 5 HOH A 220 1021 335 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P PO4 . . . B 2 17.074 50.604 -2.464 1 26.73 ? P PO4 801 A 1 HETATM 2 O O1 PO4 . . . B 2 18.511 50.762 -2.797 1 23.77 ? O1 PO4 801 A 1 HETATM 3 O O2 PO4 . . . B 2 16.794 51.266 -1.162 1 27.42 ? O2 PO4 801 A 1 HETATM 4 O O3 PO4 . . . B 2 16.242 51.23 -3.526 1 24.31 ? O3 PO4 801 A 1 HETATM 5 O O4 PO4 . . . B 2 16.745 49.157 -2.365 1 24.48 ? O4 PO4 801 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 371 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 5 #