data_2DCA # _model_server_result.job_id 6L6P4FlcPu2FtQZfvW5REQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 15:09:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2dca # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":500}' # _entry.id 2DCA # _exptl.entry_id 2DCA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2DCA _cell.length_a 72.19 _cell.length_b 72.19 _cell.length_c 139.71 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2DCA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 14 A CYS 14 1_555 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 26 A CYS 26 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 100 A CYS 100 1_555 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 A SG CYS 252 A CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 A SG CYS 29 A CYS 29 1_555 C C3 75V . A 75V 750 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.808 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 177 n n C1 C2 GOL sing 178 n n C1 H11 GOL sing 179 n n C1 H12 GOL sing 180 n n O1 HO1 GOL sing 181 n n C2 O2 GOL sing 182 n n C2 C3 GOL sing 183 n n C2 H2 GOL sing 184 n n O2 HO2 GOL sing 185 n n C3 O3 GOL sing 186 n n C3 H31 GOL sing 187 n n C3 H32 GOL sing 188 n n O3 HO3 GOL sing 189 n n # _atom_sites.entry_id 2DCA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013852 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013852 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007158 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 PO4 A 1 801 801 PO4 PO4 . C 3 75V A 1 750 750 75V 75V . D 4 GOL A 1 500 500 GOL GOL . E 5 HOH A 1 802 1 HOH WAT . E 5 HOH A 2 803 2 HOH WAT . E 5 HOH A 3 804 3 HOH WAT . E 5 HOH A 4 805 4 HOH WAT . E 5 HOH A 5 806 5 HOH WAT . E 5 HOH A 6 807 6 HOH WAT . E 5 HOH A 7 808 7 HOH WAT . E 5 HOH A 8 809 8 HOH WAT . E 5 HOH A 9 810 9 HOH WAT . E 5 HOH A 10 811 10 HOH WAT . E 5 HOH A 11 812 11 HOH WAT . E 5 HOH A 12 813 12 HOH WAT . E 5 HOH A 13 814 13 HOH WAT . E 5 HOH A 14 815 14 HOH WAT . E 5 HOH A 15 816 15 HOH WAT . E 5 HOH A 16 817 17 HOH WAT . E 5 HOH A 17 818 18 HOH WAT . E 5 HOH A 18 819 19 HOH WAT . E 5 HOH A 19 820 20 HOH WAT . E 5 HOH A 20 821 21 HOH WAT . E 5 HOH A 21 822 22 HOH WAT . E 5 HOH A 22 823 23 HOH WAT . E 5 HOH A 23 824 24 HOH WAT . E 5 HOH A 24 825 25 HOH WAT . E 5 HOH A 25 826 26 HOH WAT . E 5 HOH A 26 827 28 HOH WAT . E 5 HOH A 27 828 29 HOH WAT . E 5 HOH A 28 829 31 HOH WAT . E 5 HOH A 29 830 33 HOH WAT . E 5 HOH A 30 831 34 HOH WAT . E 5 HOH A 31 832 35 HOH WAT . E 5 HOH A 32 833 36 HOH WAT . E 5 HOH A 33 834 37 HOH WAT . E 5 HOH A 34 835 39 HOH WAT . E 5 HOH A 35 836 40 HOH WAT . E 5 HOH A 36 837 41 HOH WAT . E 5 HOH A 37 838 42 HOH WAT . E 5 HOH A 38 839 43 HOH WAT . E 5 HOH A 39 840 44 HOH WAT . E 5 HOH A 40 841 45 HOH WAT . E 5 HOH A 41 842 46 HOH WAT . E 5 HOH A 42 843 47 HOH WAT . E 5 HOH A 43 844 48 HOH WAT . E 5 HOH A 44 845 49 HOH WAT . E 5 HOH A 45 846 50 HOH WAT . E 5 HOH A 46 847 51 HOH WAT . E 5 HOH A 47 848 52 HOH WAT . E 5 HOH A 48 849 53 HOH WAT . E 5 HOH A 49 850 54 HOH WAT . E 5 HOH A 50 851 56 HOH WAT . E 5 HOH A 51 852 57 HOH WAT . E 5 HOH A 52 853 58 HOH WAT . E 5 HOH A 53 854 62 HOH WAT . E 5 HOH A 54 855 63 HOH WAT . E 5 HOH A 55 856 65 HOH WAT . E 5 HOH A 56 857 66 HOH WAT . E 5 HOH A 57 858 67 HOH WAT . E 5 HOH A 58 859 68 HOH WAT . E 5 HOH A 59 860 71 HOH WAT . E 5 HOH A 60 861 72 HOH WAT . E 5 HOH A 61 862 73 HOH WAT . E 5 HOH A 62 863 74 HOH WAT . E 5 HOH A 63 864 75 HOH WAT . E 5 HOH A 64 865 76 HOH WAT . E 5 HOH A 65 866 77 HOH WAT . E 5 HOH A 66 867 78 HOH WAT . E 5 HOH A 67 868 79 HOH WAT . E 5 HOH A 68 869 81 HOH WAT . E 5 HOH A 69 870 82 HOH WAT . E 5 HOH A 70 871 83 HOH WAT . E 5 HOH A 71 872 84 HOH WAT . E 5 HOH A 72 873 85 HOH WAT . E 5 HOH A 73 874 86 HOH WAT . E 5 HOH A 74 875 88 HOH WAT . E 5 HOH A 75 876 89 HOH WAT . E 5 HOH A 76 877 90 HOH WAT . E 5 HOH A 77 878 91 HOH WAT . E 5 HOH A 78 879 92 HOH WAT . E 5 HOH A 79 880 93 HOH WAT . E 5 HOH A 80 881 94 HOH WAT . E 5 HOH A 81 882 96 HOH WAT . E 5 HOH A 82 883 97 HOH WAT . E 5 HOH A 83 884 98 HOH WAT . E 5 HOH A 84 885 99 HOH WAT . E 5 HOH A 85 886 100 HOH WAT . E 5 HOH A 86 887 101 HOH WAT . E 5 HOH A 87 888 102 HOH WAT . E 5 HOH A 88 889 103 HOH WAT . E 5 HOH A 89 890 104 HOH WAT . E 5 HOH A 90 891 105 HOH WAT . E 5 HOH A 91 892 106 HOH WAT . E 5 HOH A 92 893 107 HOH WAT . E 5 HOH A 93 894 109 HOH WAT . E 5 HOH A 94 895 110 HOH WAT . E 5 HOH A 95 896 111 HOH WAT . E 5 HOH A 96 897 112 HOH WAT . E 5 HOH A 97 898 113 HOH WAT . E 5 HOH A 98 899 114 HOH WAT . E 5 HOH A 99 900 115 HOH WAT . E 5 HOH A 100 901 116 HOH WAT . E 5 HOH A 101 902 117 HOH WAT . E 5 HOH A 102 903 118 HOH WAT . E 5 HOH A 103 904 119 HOH WAT . E 5 HOH A 104 905 121 HOH WAT . E 5 HOH A 105 906 122 HOH WAT . E 5 HOH A 106 907 123 HOH WAT . E 5 HOH A 107 908 125 HOH WAT . E 5 HOH A 108 909 126 HOH WAT . E 5 HOH A 109 910 127 HOH WAT . E 5 HOH A 110 911 128 HOH WAT . E 5 HOH A 111 912 130 HOH WAT . E 5 HOH A 112 913 131 HOH WAT . E 5 HOH A 113 914 132 HOH WAT . E 5 HOH A 114 915 133 HOH WAT . E 5 HOH A 115 916 134 HOH WAT . E 5 HOH A 116 917 135 HOH WAT . E 5 HOH A 117 918 137 HOH WAT . E 5 HOH A 118 919 138 HOH WAT . E 5 HOH A 119 920 139 HOH WAT . E 5 HOH A 120 921 140 HOH WAT . E 5 HOH A 121 922 141 HOH WAT . E 5 HOH A 122 923 142 HOH WAT . E 5 HOH A 123 924 143 HOH WAT . E 5 HOH A 124 925 144 HOH WAT . E 5 HOH A 125 926 145 HOH WAT . E 5 HOH A 126 927 146 HOH WAT . E 5 HOH A 127 928 154 HOH WAT . E 5 HOH A 128 929 155 HOH WAT . E 5 HOH A 129 930 159 HOH WAT . E 5 HOH A 130 931 165 HOH WAT . E 5 HOH A 131 932 166 HOH WAT . E 5 HOH A 132 933 168 HOH WAT . E 5 HOH A 133 934 171 HOH WAT . E 5 HOH A 134 935 172 HOH WAT . E 5 HOH A 135 936 173 HOH WAT . E 5 HOH A 136 937 174 HOH WAT . E 5 HOH A 137 938 175 HOH WAT . E 5 HOH A 138 939 177 HOH WAT . E 5 HOH A 139 940 178 HOH WAT . E 5 HOH A 140 941 179 HOH WAT . E 5 HOH A 141 942 181 HOH WAT . E 5 HOH A 142 943 184 HOH WAT . E 5 HOH A 143 944 186 HOH WAT . E 5 HOH A 144 945 187 HOH WAT . E 5 HOH A 145 946 188 HOH WAT . E 5 HOH A 146 947 189 HOH WAT . E 5 HOH A 147 948 190 HOH WAT . E 5 HOH A 148 949 191 HOH WAT . E 5 HOH A 149 950 192 HOH WAT . E 5 HOH A 150 951 194 HOH WAT . E 5 HOH A 151 952 195 HOH WAT . E 5 HOH A 152 953 196 HOH WAT . E 5 HOH A 153 954 197 HOH WAT . E 5 HOH A 154 955 198 HOH WAT . E 5 HOH A 155 956 200 HOH WAT . E 5 HOH A 156 957 201 HOH WAT . E 5 HOH A 157 958 202 HOH WAT . E 5 HOH A 158 959 203 HOH WAT . E 5 HOH A 159 960 205 HOH WAT . E 5 HOH A 160 961 206 HOH WAT . E 5 HOH A 161 962 207 HOH WAT . E 5 HOH A 162 963 212 HOH WAT . E 5 HOH A 163 964 213 HOH WAT . E 5 HOH A 164 965 214 HOH WAT . E 5 HOH A 165 966 216 HOH WAT . E 5 HOH A 166 967 217 HOH WAT . E 5 HOH A 167 968 219 HOH WAT . E 5 HOH A 168 969 220 HOH WAT . E 5 HOH A 169 970 221 HOH WAT . E 5 HOH A 170 971 222 HOH WAT . E 5 HOH A 171 972 223 HOH WAT . E 5 HOH A 172 973 224 HOH WAT . E 5 HOH A 173 974 227 HOH WAT . E 5 HOH A 174 975 228 HOH WAT . E 5 HOH A 175 976 230 HOH WAT . E 5 HOH A 176 977 231 HOH WAT . E 5 HOH A 177 978 234 HOH WAT . E 5 HOH A 178 979 245 HOH WAT . E 5 HOH A 179 980 252 HOH WAT . E 5 HOH A 180 981 253 HOH WAT . E 5 HOH A 181 982 263 HOH WAT . E 5 HOH A 182 983 266 HOH WAT . E 5 HOH A 183 984 267 HOH WAT . E 5 HOH A 184 985 268 HOH WAT . E 5 HOH A 185 986 270 HOH WAT . E 5 HOH A 186 987 271 HOH WAT . E 5 HOH A 187 988 272 HOH WAT . E 5 HOH A 188 989 282 HOH WAT . E 5 HOH A 189 990 283 HOH WAT . E 5 HOH A 190 991 285 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . D 4 2.549 38.632 -7.932 1 27.75 ? C1 GOL 500 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . D 4 1.835 39.244 -8.775 1 30.2 ? O1 GOL 500 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . D 4 2.895 39.511 -6.715 1 27.35 ? C2 GOL 500 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . D 4 3.644 40.638 -7.123 1 27.69 ? O2 GOL 500 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . D 4 3.759 38.811 -5.659 1 25.38 ? C3 GOL 500 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . D 4 3.993 39.729 -4.604 1 27.17 ? O3 GOL 500 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 322 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 6 #