data_2DCC # _model_server_result.job_id VbmdsZ3iIjLZkY5BiK7VmQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:34:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 2dcc # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":500}' # _entry.id 2DCC # _exptl.entry_id 2DCC _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 2DCC _cell.length_a 72.32 _cell.length_b 72.32 _cell.length_c 139.82 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 2DCC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 14 A CYS 14 1_555 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 26 A CYS 26 1_555 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 100 A CYS 100 1_555 A SG CYS 132 A CYS 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 A SG CYS 252 A CYS 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? covale ? covale1 A SG CYS 29 A CYS 29 1_555 C C2 77B . A 77B 770 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.81 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 205 n n C1 C2 GOL sing 206 n n C1 H11 GOL sing 207 n n C1 H12 GOL sing 208 n n O1 HO1 GOL sing 209 n n C2 O2 GOL sing 210 n n C2 C3 GOL sing 211 n n C2 H2 GOL sing 212 n n O2 HO2 GOL sing 213 n n C3 O3 GOL sing 214 n n C3 H31 GOL sing 215 n n C3 H32 GOL sing 216 n n O3 HO3 GOL sing 217 n n # _atom_sites.entry_id 2DCC _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013827 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.013827 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007152 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 PO4 A 1 801 801 PO4 PO4 . C 3 77B A 1 770 770 77B 77B . D 4 GOL A 1 500 500 GOL GOL . E 5 HOH A 1 802 2 HOH WAT . E 5 HOH A 2 803 3 HOH WAT . E 5 HOH A 3 804 4 HOH WAT . E 5 HOH A 4 805 5 HOH WAT . E 5 HOH A 5 806 6 HOH WAT . E 5 HOH A 6 807 7 HOH WAT . E 5 HOH A 7 808 9 HOH WAT . E 5 HOH A 8 809 10 HOH WAT . E 5 HOH A 9 810 11 HOH WAT . E 5 HOH A 10 811 12 HOH WAT . E 5 HOH A 11 812 13 HOH WAT . E 5 HOH A 12 813 14 HOH WAT . E 5 HOH A 13 814 15 HOH WAT . E 5 HOH A 14 815 16 HOH WAT . E 5 HOH A 15 816 17 HOH WAT . E 5 HOH A 16 817 18 HOH WAT . E 5 HOH A 17 818 19 HOH WAT . E 5 HOH A 18 819 20 HOH WAT . E 5 HOH A 19 820 21 HOH WAT . E 5 HOH A 20 821 22 HOH WAT . E 5 HOH A 21 822 23 HOH WAT . E 5 HOH A 22 823 24 HOH WAT . E 5 HOH A 23 824 25 HOH WAT . E 5 HOH A 24 825 26 HOH WAT . E 5 HOH A 25 826 27 HOH WAT . E 5 HOH A 26 827 28 HOH WAT . E 5 HOH A 27 828 29 HOH WAT . E 5 HOH A 28 829 30 HOH WAT . E 5 HOH A 29 830 31 HOH WAT . E 5 HOH A 30 831 32 HOH WAT . E 5 HOH A 31 832 33 HOH WAT . E 5 HOH A 32 833 34 HOH WAT . E 5 HOH A 33 834 35 HOH WAT . E 5 HOH A 34 835 36 HOH WAT . E 5 HOH A 35 836 39 HOH WAT . E 5 HOH A 36 837 40 HOH WAT . E 5 HOH A 37 838 41 HOH WAT . E 5 HOH A 38 839 42 HOH WAT . E 5 HOH A 39 840 44 HOH WAT . E 5 HOH A 40 841 45 HOH WAT . E 5 HOH A 41 842 46 HOH WAT . E 5 HOH A 42 843 47 HOH WAT . E 5 HOH A 43 844 49 HOH WAT . E 5 HOH A 44 845 50 HOH WAT . E 5 HOH A 45 846 52 HOH WAT . E 5 HOH A 46 847 53 HOH WAT . E 5 HOH A 47 848 54 HOH WAT . E 5 HOH A 48 849 55 HOH WAT . E 5 HOH A 49 850 56 HOH WAT . E 5 HOH A 50 851 57 HOH WAT . E 5 HOH A 51 852 61 HOH WAT . E 5 HOH A 52 853 63 HOH WAT . E 5 HOH A 53 854 64 HOH WAT . E 5 HOH A 54 855 65 HOH WAT . E 5 HOH A 55 856 66 HOH WAT . E 5 HOH A 56 857 67 HOH WAT . E 5 HOH A 57 858 68 HOH WAT . E 5 HOH A 58 859 70 HOH WAT . E 5 HOH A 59 860 71 HOH WAT . E 5 HOH A 60 861 72 HOH WAT . E 5 HOH A 61 862 73 HOH WAT . E 5 HOH A 62 863 74 HOH WAT . E 5 HOH A 63 864 75 HOH WAT . E 5 HOH A 64 865 79 HOH WAT . E 5 HOH A 65 866 80 HOH WAT . E 5 HOH A 66 867 81 HOH WAT . E 5 HOH A 67 868 82 HOH WAT . E 5 HOH A 68 869 84 HOH WAT . E 5 HOH A 69 870 85 HOH WAT . E 5 HOH A 70 871 86 HOH WAT . E 5 HOH A 71 872 87 HOH WAT . E 5 HOH A 72 873 89 HOH WAT . E 5 HOH A 73 874 90 HOH WAT . E 5 HOH A 74 875 91 HOH WAT . E 5 HOH A 75 876 92 HOH WAT . E 5 HOH A 76 877 93 HOH WAT . E 5 HOH A 77 878 95 HOH WAT . E 5 HOH A 78 879 96 HOH WAT . E 5 HOH A 79 880 97 HOH WAT . E 5 HOH A 80 881 98 HOH WAT . E 5 HOH A 81 882 100 HOH WAT . E 5 HOH A 82 883 102 HOH WAT . E 5 HOH A 83 884 103 HOH WAT . E 5 HOH A 84 885 104 HOH WAT . E 5 HOH A 85 886 105 HOH WAT . E 5 HOH A 86 887 106 HOH WAT . E 5 HOH A 87 888 107 HOH WAT . E 5 HOH A 88 889 109 HOH WAT . E 5 HOH A 89 890 110 HOH WAT . E 5 HOH A 90 891 111 HOH WAT . E 5 HOH A 91 892 112 HOH WAT . E 5 HOH A 92 893 113 HOH WAT . E 5 HOH A 93 894 114 HOH WAT . E 5 HOH A 94 895 115 HOH WAT . E 5 HOH A 95 896 116 HOH WAT . E 5 HOH A 96 897 117 HOH WAT . E 5 HOH A 97 898 118 HOH WAT . E 5 HOH A 98 899 119 HOH WAT . E 5 HOH A 99 900 120 HOH WAT . E 5 HOH A 100 901 121 HOH WAT . E 5 HOH A 101 902 122 HOH WAT . E 5 HOH A 102 903 123 HOH WAT . E 5 HOH A 103 904 124 HOH WAT . E 5 HOH A 104 905 125 HOH WAT . E 5 HOH A 105 906 126 HOH WAT . E 5 HOH A 106 907 127 HOH WAT . E 5 HOH A 107 908 128 HOH WAT . E 5 HOH A 108 909 129 HOH WAT . E 5 HOH A 109 910 130 HOH WAT . E 5 HOH A 110 911 132 HOH WAT . E 5 HOH A 111 912 134 HOH WAT . E 5 HOH A 112 913 135 HOH WAT . E 5 HOH A 113 914 136 HOH WAT . E 5 HOH A 114 915 137 HOH WAT . E 5 HOH A 115 916 138 HOH WAT . E 5 HOH A 116 917 139 HOH WAT . E 5 HOH A 117 918 143 HOH WAT . E 5 HOH A 118 919 144 HOH WAT . E 5 HOH A 119 920 145 HOH WAT . E 5 HOH A 120 921 149 HOH WAT . E 5 HOH A 121 922 151 HOH WAT . E 5 HOH A 122 923 155 HOH WAT . E 5 HOH A 123 924 158 HOH WAT . E 5 HOH A 124 925 160 HOH WAT . E 5 HOH A 125 926 161 HOH WAT . E 5 HOH A 126 927 162 HOH WAT . E 5 HOH A 127 928 164 HOH WAT . E 5 HOH A 128 929 165 HOH WAT . E 5 HOH A 129 930 171 HOH WAT . E 5 HOH A 130 931 174 HOH WAT . E 5 HOH A 131 932 175 HOH WAT . E 5 HOH A 132 933 176 HOH WAT . E 5 HOH A 133 934 179 HOH WAT . E 5 HOH A 134 935 180 HOH WAT . E 5 HOH A 135 936 183 HOH WAT . E 5 HOH A 136 937 184 HOH WAT . E 5 HOH A 137 938 185 HOH WAT . E 5 HOH A 138 939 186 HOH WAT . E 5 HOH A 139 940 188 HOH WAT . E 5 HOH A 140 941 192 HOH WAT . E 5 HOH A 141 942 193 HOH WAT . E 5 HOH A 142 943 194 HOH WAT . E 5 HOH A 143 944 196 HOH WAT . E 5 HOH A 144 945 197 HOH WAT . E 5 HOH A 145 946 198 HOH WAT . E 5 HOH A 146 947 199 HOH WAT . E 5 HOH A 147 948 200 HOH WAT . E 5 HOH A 148 949 203 HOH WAT . E 5 HOH A 149 950 204 HOH WAT . E 5 HOH A 150 951 205 HOH WAT . E 5 HOH A 151 952 206 HOH WAT . E 5 HOH A 152 953 207 HOH WAT . E 5 HOH A 153 954 208 HOH WAT . E 5 HOH A 154 955 209 HOH WAT . E 5 HOH A 155 956 210 HOH WAT . E 5 HOH A 156 957 211 HOH WAT . E 5 HOH A 157 958 214 HOH WAT . E 5 HOH A 158 959 217 HOH WAT . E 5 HOH A 159 960 218 HOH WAT . E 5 HOH A 160 961 219 HOH WAT . E 5 HOH A 161 962 222 HOH WAT . E 5 HOH A 162 963 223 HOH WAT . E 5 HOH A 163 964 224 HOH WAT . E 5 HOH A 164 965 225 HOH WAT . E 5 HOH A 165 966 226 HOH WAT . E 5 HOH A 166 967 227 HOH WAT . E 5 HOH A 167 968 228 HOH WAT . E 5 HOH A 168 969 230 HOH WAT . E 5 HOH A 169 970 234 HOH WAT . E 5 HOH A 170 971 237 HOH WAT . E 5 HOH A 171 972 238 HOH WAT . E 5 HOH A 172 973 239 HOH WAT . E 5 HOH A 173 974 240 HOH WAT . E 5 HOH A 174 975 241 HOH WAT . E 5 HOH A 175 976 242 HOH WAT . E 5 HOH A 176 977 243 HOH WAT . E 5 HOH A 177 978 244 HOH WAT . E 5 HOH A 178 979 245 HOH WAT . E 5 HOH A 179 980 246 HOH WAT . E 5 HOH A 180 981 248 HOH WAT . E 5 HOH A 181 982 249 HOH WAT . E 5 HOH A 182 983 251 HOH WAT . E 5 HOH A 183 984 254 HOH WAT . E 5 HOH A 184 985 255 HOH WAT . E 5 HOH A 185 986 256 HOH WAT . E 5 HOH A 186 987 257 HOH WAT . E 5 HOH A 187 988 258 HOH WAT . E 5 HOH A 188 989 261 HOH WAT . E 5 HOH A 189 990 263 HOH WAT . E 5 HOH A 190 991 264 HOH WAT . E 5 HOH A 191 992 265 HOH WAT . E 5 HOH A 192 993 266 HOH WAT . E 5 HOH A 193 994 267 HOH WAT . E 5 HOH A 194 995 268 HOH WAT . E 5 HOH A 195 996 269 HOH WAT . E 5 HOH A 196 997 270 HOH WAT . E 5 HOH A 197 998 271 HOH WAT . E 5 HOH A 198 999 273 HOH WAT . E 5 HOH A 199 1000 274 HOH WAT . E 5 HOH A 200 1001 276 HOH WAT . E 5 HOH A 201 1002 279 HOH WAT . E 5 HOH A 202 1003 283 HOH WAT . E 5 HOH A 203 1004 284 HOH WAT . E 5 HOH A 204 1005 286 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . D 4 2.688 38.734 -7.582 1 33.42 ? C1 GOL 500 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . D 4 1.929 39.31 -8.412 1 35.27 ? O1 GOL 500 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . D 4 3.01 39.63 -6.371 1 33.56 ? C2 GOL 500 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . D 4 3.694 40.793 -6.794 1 31.82 ? O2 GOL 500 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . D 4 3.926 38.975 -5.327 1 32.8 ? C3 GOL 500 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . D 4 4.13 39.903 -4.272 1 33.72 ? O3 GOL 500 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 6 #