data_2DG2
#
_model_server_result.job_id            YWBz7pOBRYM13AGsIRUN-g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 02:12:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          2dg2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":1001}' 
#
_entry.id    2DG2 
#
_exptl.entry_id    2DG2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              96.063 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SULFATE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          106.56 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            2DG2 
_cell.length_a            104.855 
_cell.length_b            125.745 
_cell.length_c            163.62 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 2DG2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,G,H,I,J,S,T 1 1 
C,D,K,L,M,N,U,V 2 1 
E,F,O,P,Q,R,W,X 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 G N N 
? 2 I N N 
? 2 K N N 
? 2 M N N 
? 2 O N N 
? 2 Q N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 54 A LEU 53 1_555 A N MSE 55 A MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale2 A C MSE 55 A MSE 54 1_555 A N GLU 56 A GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale3 A C SER 74 A SER 73 1_555 A N MSE 75 A MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale4 A C MSE 75 A MSE 74 1_555 A N SER 76 A SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale5 A C LYS 131 A LYS 130 1_555 A N MSE 132 A MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 A C MSE 132 A MSE 131 1_555 A N ASP 133 A ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale7 A C GLU 139 A GLU 138 1_555 A N MSE 140 A MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? 
covale ? covale8 A C MSE 140 A MSE 139 1_555 A N PRO 141 A PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale9 A C PRO 144 A PRO 143 1_555 A N MSE 145 A MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.303 ? 
covale ? covale10 A C MSE 145 A MSE 144 1_555 A N MSE 146 A MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale11 A C MSE 146 A MSE 145 1_555 A N VAL 147 A VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale12 B C LEU 54 B LEU 53 1_555 B N MSE 55 B MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale13 B C MSE 55 B MSE 54 1_555 B N GLU 56 B GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale14 B C SER 74 B SER 73 1_555 B N MSE 75 B MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale15 B C MSE 75 B MSE 74 1_555 B N SER 76 B SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale16 B C LYS 131 B LYS 130 1_555 B N MSE 132 B MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale17 B C MSE 132 B MSE 131 1_555 B N ASP 133 B ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale18 B C GLU 139 B GLU 138 1_555 B N MSE 140 B MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.31 ? 
covale ? covale19 B C MSE 140 B MSE 139 1_555 B N PRO 141 B PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale20 B C PRO 144 B PRO 143 1_555 B N MSE 145 B MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? 
covale ? covale21 B C MSE 145 B MSE 144 1_555 B N MSE 146 B MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? 
covale ? covale22 B C MSE 146 B MSE 145 1_555 B N VAL 147 B VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale23 C C LEU 54 C LEU 53 1_555 C N MSE 55 C MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale24 C C MSE 55 C MSE 54 1_555 C N GLU 56 C GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale25 C C SER 74 C SER 73 1_555 C N MSE 75 C MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale26 C C MSE 75 C MSE 74 1_555 C N SER 76 C SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale27 C C LYS 131 C LYS 130 1_555 C N MSE 132 C MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale28 C C MSE 132 C MSE 131 1_555 C N ASP 133 C ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale29 C C GLU 139 C GLU 138 1_555 C N MSE 140 C MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.311 ? 
covale ? covale30 C C MSE 140 C MSE 139 1_555 C N PRO 141 C PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.351 ? 
covale ? covale31 C C PRO 144 C PRO 143 1_555 C N MSE 145 C MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.308 ? 
covale ? covale32 C C MSE 145 C MSE 144 1_555 C N MSE 146 C MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale33 C C MSE 146 C MSE 145 1_555 C N VAL 147 C VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale34 D C LEU 54 D LEU 53 1_555 D N MSE 55 D MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale35 D C MSE 55 D MSE 54 1_555 D N GLU 56 D GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale36 D C SER 74 D SER 73 1_555 D N MSE 75 D MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale37 D C MSE 75 D MSE 74 1_555 D N SER 76 D SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale38 D C LYS 131 D LYS 130 1_555 D N MSE 132 D MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale39 D C MSE 132 D MSE 131 1_555 D N ASP 133 D ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale40 D C GLU 139 D GLU 138 1_555 D N MSE 140 D MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale41 D C MSE 140 D MSE 139 1_555 D N PRO 141 D PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.35 ? 
covale ? covale42 D C PRO 144 D PRO 143 1_555 D N MSE 145 D MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale43 D C MSE 145 D MSE 144 1_555 D N MSE 146 D MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale44 D C MSE 146 D MSE 145 1_555 D N VAL 147 D VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale45 E C LEU 54 E LEU 53 1_555 E N MSE 55 E MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale46 E C MSE 55 E MSE 54 1_555 E N GLU 56 E GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale47 E C SER 74 E SER 73 1_555 E N MSE 75 E MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale48 E C MSE 75 E MSE 74 1_555 E N SER 76 E SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale49 E C LYS 131 E LYS 130 1_555 E N MSE 132 E MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale50 E C MSE 132 E MSE 131 1_555 E N ASP 133 E ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale51 E C GLU 139 E GLU 138 1_555 E N MSE 140 E MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale52 E C MSE 140 E MSE 139 1_555 E N PRO 141 E PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.358 ? 
covale ? covale53 E C PRO 144 E PRO 143 1_555 E N MSE 145 E MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.312 ? 
covale ? covale54 E C MSE 145 E MSE 144 1_555 E N MSE 146 E MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale55 E C MSE 146 E MSE 145 1_555 E N VAL 147 E VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale56 F C LEU 54 F LEU 53 1_555 F N MSE 55 F MSE 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale57 F C MSE 55 F MSE 54 1_555 F N GLU 56 F GLU 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.321 ? 
covale ? covale58 F C SER 74 F SER 73 1_555 F N MSE 75 F MSE 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale59 F C MSE 75 F MSE 74 1_555 F N SER 76 F SER 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale60 F C LYS 131 F LYS 130 1_555 F N MSE 132 F MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale61 F C MSE 132 F MSE 131 1_555 F N ASP 133 F ASP 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.313 ? 
covale ? covale62 F C GLU 139 F GLU 138 1_555 F N MSE 140 F MSE 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale63 F C MSE 140 F MSE 139 1_555 F N PRO 141 F PRO 140 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.354 ? 
covale ? covale64 F C PRO 144 F PRO 143 1_555 F N MSE 145 F MSE 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.306 ? 
covale ? covale65 F C MSE 145 F MSE 144 1_555 F N MSE 146 F MSE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale66 F C MSE 146 F MSE 145 1_555 F N VAL 147 F VAL 146 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
#
_chem_comp.formula           'O4 S -2' 
_chem_comp.formula_weight    96.063 
_chem_comp.id                SO4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SULFATE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
S O1 SO4 doub 309 n n 
S O2 SO4 doub 310 n n 
S O3 SO4 sing 311 n n 
S O4 SO4 sing 312 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     2DG2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009537 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.002835 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007953 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006376 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 2 SO4 A 1 1001 1 SO4 SO4 . 
H 3 CL A 1 1002 2 CL CL . 
I 2 SO4 B 1 1003 3 SO4 SO4 . 
J 3 CL B 1 1004 4 CL CL . 
K 2 SO4 C 1 1005 5 SO4 SO4 . 
L 3 CL C 1 1006 6 CL CL . 
M 2 SO4 D 1 1007 7 SO4 SO4 . 
N 3 CL D 1 1008 8 CL CL . 
O 2 SO4 E 1 1009 9 SO4 SO4 . 
P 3 CL E 1 1010 10 CL CL . 
Q 2 SO4 F 1 1011 11 SO4 SO4 . 
R 3 CL F 1 1012 12 CL CL . 
S 4 HOH A 1 1003 1 HOH HOH . 
S 4 HOH A 2 1004 5 HOH HOH . 
S 4 HOH A 3 1005 6 HOH HOH . 
S 4 HOH A 4 1006 10 HOH HOH . 
S 4 HOH A 5 1007 17 HOH HOH . 
S 4 HOH A 6 1008 21 HOH HOH . 
S 4 HOH A 7 1009 48 HOH HOH . 
S 4 HOH A 8 1010 50 HOH HOH . 
S 4 HOH A 9 1011 51 HOH HOH . 
S 4 HOH A 10 1012 58 HOH HOH . 
S 4 HOH A 11 1013 68 HOH HOH . 
S 4 HOH A 12 1014 71 HOH HOH . 
S 4 HOH A 13 1015 82 HOH HOH . 
S 4 HOH A 14 1016 87 HOH HOH . 
S 4 HOH A 15 1017 88 HOH HOH . 
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